The impact of bacterial diversity on resistance to biocides in oilfields

Extreme conditions and the availability of determinate substrates in oil fields promote the growth of a specific microbiome. Sulfate-reducing bacteria (SRB) and acid-producing bacteria (APB) are usually found in these places and can harm important processes due to increases in corrosion rates, biofouling and reservoir biosouring. Biocides such as glutaraldehyde, dibromo-nitrilopropionamide (DBNPA), tetrakis (hydroxymethyl) phosphonium sulfate (THPS) and alkyl dimethyl benzyl ammonium chloride (ADBAC) are commonly used in oil fields to mitigate uncontrolled microbial growth. The aim of this work was to evaluate the differences among microbiome compositions and their resistance to standard biocides in four different Brazilian produced water samples, two from a Southeast Brazil offshore oil field and two from different Northeast Brazil onshore oil fields. Microbiome evaluations were carried out through 16S rRNA amplicon sequencing. To evaluate the biocidal resistance, the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) of the standard biocides were analyzed using enriched consortia of SRB and APB from the produced water samples. The data showed important differences in terms of taxonomy but similar functional characterization, indicating the high diversity of the microbiomes. The APB and SRB consortia demonstrated varying resistance levels against the biocides. These results will help to customize biocidal treatments in oil fields

Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin

(Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin). Escherichia coli is widely used as a biological indicator of faecal contamination due to its ubiquity in faecal material, however, it may have the ability to persist and multiply in environments outside its primary habitat. The genetic substructure in E. coli can be determined on the presence/absence of the the genes chuA and yjaA and a DNA fragment TspE4.C2 based on this method the strains could be assigned to the phylogroups A, B1, B2 or D. This study aimed to carry out phylogenetic affiliation of multiresistant E. coli strains from environmental, animal and human samples using the triplex PCR method. Animal and human-origin isolates were associated with a broader multiresistant profile (7 to 13 antimicrobials) and to Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) production. Phylogroup determination demonstrated that B1 (49%) and A (34%) phylogroups were the most prevalent; D (11%) and B2 (6%) were less representative. Phylogroups A and B1 were also related to a broader multiresistant profile. According to the data obtained, the isolates in this study, even the enviromental ones, were associated with human and animal commensal microbiota and not to strains responsible for extra-intestinal infections and had previously been exposed to broad-spectrum antimicrobials.(Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal). A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro

Produção de adesinas em isolados de Enterococcus sp provenientes de amostras clínicas

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Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal

Escherichia coli is widely used as a biological indicator of faecal contamination due to its ubiquity in faecal material, however, it may have the ability to persist and multiply in environments outside its primary habitat. The genetic substructure in E. coli can be determined on the presence/absence of the the genes chuA and yjaA and a DNA fragment TspE4.C2 based on this method the strains could be assigned to the phylogroups A, B1, B2 or D. This study aimed to carry out phylogenetic affiliation of multiresistant E. coli strains from environmental, animal and human samples using the triplex PCR method. Animal and human-origin isolates were associated with a broader multiresistant profile (7 to 13 antimicrobials) and to Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) production. Phylogroup determination demonstrated that B1 (49%) and A (34%) phylogroups were the most prevalent; D (11%) and B2 (6%) were less representative. Phylogroups A and B1 were also related to a broader multiresistant profile. According to the data obtained, the isolates in this study, even the enviromental ones, were associated with human and animal commensal microbiota and not to strains responsible for extra-intestinal infections and had previously been exposed to broad-spectrum antimicrobials.A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro

Biofilmes formados em matéria-prima em contato com leite: fatores de virulência envolvidos

Biofilmes bacterianos representam uma preocupação à indústria de alimentos por sua potencialidade em resistir a tratamentos antimicrobianos, além de degradar e contaminar os alimentos com patógenos. O presente trabalho avaliou a relação entre fatores de adesão e hidrofobicidade celular na formação de biofilmes, bem como as atividades citotóxica e proteolítica de isolados bacterianos do biofilme. Corpos de prova compostos de polipropileno, aço inoxidável e pano de algodão foram imersos em leite in natura, em diferentes condições de tempo e temperatura. Posteriormente, foram lavados com solução Salina Fosfatada Tamponada e submetidos à sonicação para remoção das células aderidas. Estas foram isoladas, identificadas e submetidas aos testes de produção de cápsula, fímbria, hemolisina, protease e determinação da hidrofobicidade celular. Dos 101 isolados obtidos, 57 foram Gram negativos e 44, Gram positivos; 52,5% foram produtores de cápsula, 49,4% de fímbria, 4,0% de fímbria tipo I, 53,5% de hemolisina e 20,2% de proteases. A maioria dos isolados teve hidrofobicidade celular elevada, e a associação entre presença de cápsula e adesão em pano de algodão foi estatisticamente significante. A presença de bactérias potencialmente patogênicos como Escherichia coli, Staphylococcus aureus e Staphylococcus coagulase-negativos, revela a necessidade do controle microbiológico já em nível de produção de leite, no sentido de evitar complicações à saúde pública

Resistência a antimicrobianos em enterococos isolados de amostras de fezes de suínos*

Nos últimos anos, os enterococos têm sido considerados importantes patógenos nosocomiais associados a infecções de difÍcil tratamento, devido a multiresistência a antimicrobianos. Freqüentes ocorrências de enterococos multiresistentes têm sido reportadas em amostras de origem animal, as quais atuariam como reservatórios destas linhagens e contribuiriam para disseminação desta resistência através da cadeia alimentar. O presente estudo teve como objetivo comparar a resistência a 11 antimicrobianos em 85 isolados de Enterococcus provenientes de fezes de suínos arraçoados e em 88 isolados provenientes de suínos não arraçoados. No primeiro grupo foram isolados E. faecalis (21), E. faecium (18), E. hirae (9), E. durans (30) e E. mundtii (7) e no segundo grupo, E. faecalis (27), E. faecium (17), E. durans (1) e E. mundtii (43). Entre os Enterococcus spp. isolados de amostras de fezes de suínos arraçoados, foI observada uma maior porcentagem de cepas resistentes e a multiresistência entre estes isolados foi de 3 a 6 antimicrobianos, enquanto que entre os não arraçoados foi de 3 a 4 antimicrobianos. As diferenças na predominância de espécies e perfil de resistência entre as diferentes amostras pode estar relacionado à dieta alimentar dos animais

Biofilm formation and antibiotic susceptibility of Staphylococcus and Bacillus species isolated from human allogeneic skin

Human skin banks around the world face a serious problem with the high number of allogeneic skins that are discarded and cannot be used for grafting due to persistent bacterial contamination even after antibiotic treatment. The biofilm formation capacity of these microorganisms may contribute to the antibiotic tolerance; however, this is not yet widely discussed in the literature. Thisstudy analyzed bacterial strains isolated from allogeneic human skin samples,which were obtained from a hospital skin bank that had already been discardeddue to microbial contamination. Biofilm formation and susceptibility topenicillin, tetracycline, and gentamicin were evaluated by crystal violetbiomass quantification and determination of the minimum inhibitoryconcentration (MIC), minimum biofilm inhibitory concentration (MBIC), andminimum biofilm eradication concentration (MBEC) by the broth microdilutionmethod with resazurin dye. A total of 216 bacterial strains were evaluated, and204 (94.45%) of them were classified as biofilm formers with varying degrees ofadhesion. MBICs were at least 512 times higher than MICs, and MBECs were atleast 512 times higher than MBICs. Thus, the presence of biofilm in allogeneicskin likely contributes to the inefficiency of the applied treatments as antibiotictolerance is known to be much higher when bacteria are in the biofilmconformation. Thus, antibiotic treatment protocols in skin banks shouldconsider biofilm formation and should include compounds with antibiofilmaction

Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin

A Escherichia coli é largamente utilizada como um indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes, no entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. Membros da microbiota comensal, tais como E. coli, sofrem pressão seletiva pela sua exposição a agentes antimicrobianos, resultando no aumento de cepas resistentes. Este estudo teve como objetivo realizar uma determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a um perfil de multirresistencia mais amplo e à produção de ESBL. A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram relacionados a um perfil de multiresistencia mais significativo. Os resultados indicaram que os isolados deste estudo são associados a microbiota comensal de humanos e animais e que estas populações sofreram exposição a antimicrobianos de amplo espectro.(Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal). A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro