Optimization of a viability PCR method for the detection of Listeria monocytogenes in food samples

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Inventario de las emisiones de contaminantes atmosféricos por tráfico rodado en España en el año 2009

Este PFC tiene como finalidad la elaboración de un inventario de emisiones de contaminantes atmosféricos debidos al tráfico rodado en España, para el año 2009. En éste, se estiman las emisiones producidas por el parque vehicular español (turismos, camiones, furgonetas, motocicletas y ciclomotores) con una resolución espacial de 1 km2 y una resolución horaria de 1 h. Para la modelización de las emisiones del tráfico rodado se ha conseguido información de la intensidad media diaria de circulación (IMD) de más de 24000 puntos, cubriendo así más de 111000 km de carreteras. En especial, se destaca el gran número de aforos de las ciudades de Madrid (3198) y Barcelona (2575), las cuales soportan una parte muy importante del tráfico presente en todo el estado. Además se han conseguido más de 27600 perfiles (horarios, semanales y mensuales) de distribución temporal de la IMD, que permiten mostrar cual es la evolución del tráfico al largo de las horas, días y meses; en especial las diferencias entre días laborables y festivos. La metodología usada para la estimación de emisiones es la planteada por EMEP/EEA (2009), en la que se distinguen cuatro tipos de emisiones: en caliente, en frío, evaporativas y de desgaste (neumáticos, frenos y abrasión de pavimento). Además se destaca la inclusión de las emisiones por resuspensión. Esta metodología describe factores de emisión para 246 categorías de vehículos. Los contaminantes considerados en el presente inventario son los principales primarios: NOx (óxidos de nitrógeno), CO (monóxido de carbono), NMVOC (compuestos orgánicos volátiles distintos del metano), SOx (dióxido de sodio), PM (material particulado) y amoníaco (NH3). Nótese que en el caso de NMVOC y PM se nombran siguiendo su expresión en inglés para más comodidad con la literatura consultada. Mediante el soporte informático del programa ArcGIS Desktop 10 y la cartografía digital proporcionada por Tele Atlas Multinet, se ha podido obtener la visualización de los resultados espacialmente y siguiendo una distribución horaria. De esta forma se ha podido identificar las principales focos de emisión así como su evolución a lo largo de un período. Los resultados obtenidos muestran como existe una elevada emisión de PM y NOx producidos, esencialmente por los vehículos diésel, y elevadas concentraciones de CO y NMVOC producidas por vehículos gasolina. Tanto el SOx como el NH3 presentan cantidades poco significativas. Para la validación de los resultados, se hace una comparación con los resultados que reporta el Inventario Nacional de Emisiones (INESP), elaborado por el Ministerio de Medio Ambiente Rural y Marino (MARM)

Tumorous area detection in breast cancer biopsy images using multi-resolution networks

En aquest projecte, volem fer detecció de zona tumoral de mostres de teixits mamaris tenyides amb Hematoxilina-Eosina. En particular, volem detectar tumors in situ i invasius per separat. Com els patòlegs utilitzen múltiples resolucions en la realització d'aquesta tasca, hem entrenat una xarxa de multiresolució per segmentació semàntica anomenada HookNet. L'arquitectura d'aquesta xarxa permet al model de segmentació prendre un parell d'imatges concèntrices amb diferents resolucions, d'aquesta manera proporcionem a la xarxa informació contextual, així com detalls d'alta resolució de les cèl·lules. Les prediccions de HookNet van obtenir un F-score mitjà de 0,71, superant una U-Net entrenada amb imatges a un nivell de zoom de 10x, que va obtenir un F-score de 0,49. No obstant això, una U-Net entrenada amb imatges amb una magnificació de 2,5x millora els resultats de HookNet i obté un F-score de 0,81.In this project we want to perform tumorous area segmentation of breast tissue samples stained with Hematoxylin-Eosin. In particular, we want to detect in situ and invasive tumors separately. Since pathologists use multiple resolutions when performing this task, we have chosen and trained a multiresolution network for semantic segmentation called HookNet. The architecture of this network allows the segmentation model to take a pair of concentric images with different resolutions, this way we provide the network with contextual information as well as high resolution details of the cells. The predictions of HookNet obtained an average F-score of 0.71, outperforming a U-Net trained on image patches at 10x magnification level which obtained an F-score of 0.49. However, a single-resolution U-Net trained with imaged at 2.5x magnification level still beat HookNet with an F-score of 0.81

NieR: anàlisi i dissertació

Treballs Finals del Grau de Comunicació Audiovisual, Facultat de Biblioteconomia i Documentació, Universitat de Barcelona, Curs 2016-2017, Tutor: Sergi HerreroAnàlisi escrit del videojoc japonès NieR, comparativa amb referents literaris i temes diversos que l'obra tracta, a més de la seva intencionalitat i usos innovadors del mitjà. Inclou dos annexos informatius i el treball de fi de grau que parteix del material exposat en aquests annexos

On the construction and algebraic semantics of relevance logic

Treballs Finals de Grau de Matemàtiques, Facultat de Matemàtiques, Universitat de Barcelona, Any: 2020, Director: Joan Gispert Brasó[en] The truth-functional interpretation of classical implication gives rise to relevance paradoxes, since it doesn't adequately model our usual understanding of a valid implication, which assumes the antecedent is relevant to the truth of the consequent. This work gives an overview of the system $\mathbf{R}$ of relevance logic, which aims to avoid said paradoxes. We present the logic $\mathbf{R}$ with a Hilbert calculus and then prove the Variable-sharing Theorem. We also give an equivalent algebraic semantics for $\mathbf{R}$ and a semantics for its first-degree entailment fragment

Visible light enhances the antimicrobial effect of some essential oils

The photodisinfection is a topical, broad spectrum antimicrobial technology, targeting bacteria, virus, fungi, and protozoa effective for single cells as for biofilms. Natural molecules have been studied less than synthetic agents in the process but they are currently receiving great interest. Therefore, the aim of this study is to evaluate for the first time if non-coherent blue and red light enhances the antimicrobial activity of some essential oils when standard strains for antibiotic or fungicide tests are enlightened in vitro. Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans collection strains were irradiated with monochromatic visible light from light emitting diodes in the presence of 5% and 0.5% eucalyptus (Eucalyptus globulus), clove (Eugenia caryophyllata), and thyme (Thymus vulgaris) essential oils. Microbial levels were measured by plate count on culture media. In this preliminary report, the results differ according to the kind and concentration of antimicrobial oils, the wavelength of light, and the prokaryotic or eukaryotic microorganism. The results support the idea that mainly blue light enhances the innate antimicrobial activity of the essential oils, especially phenols, and could offer a very efficient and natural way to combat microorganisms in several industries and medical applications.Postprint (author's final draft

Presence of Waddlia chondrophila in hot water systems from non-domestic buildings in France

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GeNIUL, experts on viability PCR

The standard PCR technique allows the rapid detection of microorganisms, difficult to detect by traditional culture methods. However, the control of samples through PCR has the drawback of false positives due to amplification of DNA/RNA of non-viable cells. This can be overcome by adding intercalating agents (EMA or PMA) to the sample, which selectively penetrates nonviable cells and blocks their DNA/RNA after a photo-activation process, preventing its subsequent amplification by PCR. This process is known as viability PCR (v-PCR). v-PCR has been used as an accurate, reliable and simple method to detect and quantify viable microorganism involved in environmental samples, food production process and clinical samples. GenIUL provides the reagents (EMA and PMA) and the PhAST Blue photo-activation system needed to carry out v-PCR, ensuring optimum and uniform photochemical reaction of intercalating agents prior to PCRPeer Reviewe