A combined beta and normal random-effects model for repeated, overdispersed binary and binomial data

AbstractNon-Gaussian outcomes are often modeled using members of the so-called exponential family. Notorious members are the Bernoulli model for binary data, leading to logistic regression, and the Poisson model for count data, leading to Poisson regression. Two of the main reasons for extending this family are (1) the occurrence of overdispersion, meaning that the variability in the data is not adequately described by the models, which often exhibit a prescribed mean-variance link, and (2) the accommodation of hierarchical structure in the data, stemming from clustering in the data which, in turn, may result from repeatedly measuring the outcome, for various members of the same family, etc. The first issue is dealt with through a variety of overdispersion models, such as, for example, the beta-binomial model for grouped binary data and the negative-binomial model for counts. Clustering is often accommodated through the inclusion of random subject-specific effects. Though not always, one conventionally assumes such random effects to be normally distributed. While both of these phenomena may occur simultaneously, models combining them are uncommon. This paper starts from the broad class of generalized linear models accommodating overdispersion and clustering through two separate sets of random effects. We place particular emphasis on so-called conjugate random effects at the level of the mean for the first aspect and normal random effects embedded within the linear predictor for the second aspect, even though our family is more general. The binary and binomial cases are our focus. Apart from model formulation, we present an overview of estimation methods, and then settle for maximum likelihood estimation with analytic-numerical integration. The methodology is applied to two datasets of which the outcomes are binary and binomial, respectively

Efeitos de ethephon e uréia na maturação de frutos e abscisão foliar do cafeeiro (Coffea arábica L.)

A field experiment was carried out to investigate the effects of ethephon and urea on ripening of fruits and leaf abscission of coffee plant. Ethephon (2-chloroethane phosphonic acid) sprays were applied to green Coffea arábica berries 26 days before counting date in concentrations of 0.5 and 0.25 ml/1 from Ethrel (240 a.i./l). The chemical accelerated the onset of fruit ripening at both concentrations. The efficacy of ethephon was increased adding urea. Ethephon 0.5 ml/1 promoted abscission of leaves and low concentration reduced shedding of leaves. The treatments did not affect the growth and production on the next harvest.Como o ethephon pode melhorar a uniformidade na maturação dos frutos e uréia pode aumentar a eficácia do regulador vegetal, estes compostos foram utilizados no estudo da maturação e abscisão foliar em cafeeiro. E-thephon (ácido 2-cloroetilfosfônico) foi pulverizado em Coffea arábica cv. CatuaT Vermelho com frutos verdes, nas dosagens de 0,5 e 0,25 ml/l de Ethrel (240g i.a./l). 0 regulador vegetal acelerou a maturação dos frutos em ambas dosagens e adicionando-se uréia 2%, conforme determinações realizadas 26 dias após os tratamentos. A eficiência do ethephon foi incrementada com adição de uréia. Ethephon 0,5 ml/l provocou absci são foi iar, sendo que a dosagem de 0,25 ml/1 reduziu a queda das folhas do cafeeiro. Os tratamentos não afetaram o desenvolvimento dos ramos e a frutificação na safra seguinte

Effects of plant regulators on germination of seeds

This research deals with the effects of exogenous growth regulators on germination of seeds of several plants. To study the influence of the chemicals, Zea mays, Crotalaria juncea, Lablab purpurcus, Arachis hypogeae, Setaria anceps, Brachiaria humidicola. Stylosanthes sp . , Macroptilium a tropurpurcum , Tefrosia candida, Neonotonia wightti and Panicum maximum seeds were immersed during 22 hours in water solutions of (2-chloroethyl ) trimethylammonium chloride (CCC) 2000 ppm, succinic acid - 2,2-dimethylhydrazide (SADH) 4000 ppm, gibberellic acid (GA) 100 ppm, indoIylacetic acid (IAA) 100 ppm, 6-furfurylaminopurine (FAP) 100 ppm, and water ascheck treatment. GA increased germination of Brachiaria, Macroptilium, Neonotonia and green panic. GA also promoted a more rapid growth of Crotalaria, Lablab and Stylosanthes seedlings. IAA application increased growth of Stylosanthes seedlings; GA and IAA also increased the leaf number of these plants. Soaking Lablab and peanut seeds in SADH reduced the growth of the seedlings. FAP treatment reduced the growth of corn and Lablab plants and increased the growth of Stylosanthes.A aplicação de reguladores vegetais em sementes tem por objetivos quebrar a dormência e promover maior uniformidade no crescimento das plántulas. Com a finalidade de estabelecer os efeitos de alguns reguladores vegetais na germinação e desenvolvimento inicial de milho, crotalaria, lablab, amendoinzeiro, 'Kazungula', braquiaria, Stylosanthes, siratro, Tefrosia, soja perene e "green panic", sementes destas plantas foram imersas por 22 horas em soluções aquosas deCCC 2000 ppm, SADH 4000 ppm, GA 100 ppm, IAA 100 ppm e FAP 100 ppm, antes do plantio em condições de casa de vegetação. Verificou-se que tratamento com GA aumentou a germinação de braquiaria , sirato, soja perene e "green panic". 0 GA também promoveu maior crescimento das plântulas de crotalaria, lablab e Stylosanthes . Aplicação de IAA aumentou a altura das plantas de Stylosanthes , sendo que GA e IAA também incrementaram o numero de folhas dessas plantas. Imersão das sementes em SADH reduziu a altura das plântulas de lablab e amendoinzeiro. Tratamento com FAP diminuiu o crescimento das plantas de milho e lablab, sendo que aumentou a altura das plântulas de Stylosanthes

Ação de calciocianamida e alzodef na época de brotação e produtividade da videira 'Niagara Rosada'

In an experiment carried out in Jundiaí, São Paulo State, it was studied the possibility of termination of rest in plant buds by treatment with chemicals. The control of bud sprouting in the vineyard is important to pre vent chilling effects and to increase grape harvesting period. At October, 28, two hours after pruning, 'Niagara Rosada' plants were treated with calcium cyanamide at 20% applied on buds and on cuted region of pruned twig, sprayed with Alzodef 2% and 5%. It was observed that Alzodef 2% terminated bud rest more rapidly in relation to the control plants. Application of calcium cyanamide 20% on buds or on cuted region, and spraying with Alzodef 2% or 5% promoted good results on terminate bud rest of 'Niagara Rosada' plants. The chemiacals did not affect significantly the quantity of bunches and the yield per plant.Este ensaio foi realizado com o objetivo de determinar o efeito de calciocianamida e Alzodef na quebra de dormência das gemas da videira 'Niagara Rosada'. O controle da brotação da videira pode possibilitar a produção de uvas nas diferentes épocas do ano. Em 28 de outubro, na regiãode Jundiaí, duas horas depois da poda, aplicou-se calciocianamida 20% através de pincelamento da região apical do ramo, calciocianamida 20% pincelada sobre o corte da poda, pulverização com Alzodef 2% e com Alzodef 5% sobre a região apical do ramo , além do controle. Verificou-se que Alzodef 2% promoveu maior precocidade na emergência das gemas da videira 'Niagara Rosada'. Pincelamento do ramo ou do corte da poda com calciocianamida 20% e pulverização com Alzodef 2% e 5%promoveram quebra da dormência das gemas. Os produtos químicos aplicados não afetaram significati vãmente o número de panículas nem o peso das panículas na colheita

Efeitos de reguladores vegetais na produtividade do tomateiro

This research deals with the effects of exogenous growth regulators on fruiting of tomato plants (Lycopersicon esculentum Mill.) under greenhouse conditions. Applications of (2-chloroethyl) trimethylammonium chloride (CCC) 1,000 ppm, succinic acid-2,2-dimethylhydrazide (SADH) 2,000 ppm, 3-chlorophenoxy propionic acid (3 -CP) 50 ppm, thiazolidin-4-carboxylic acid plus folic acid 0,75 ml/l, and water (check treatment) were performed. It was observed that SADH reduced total weight, number and weight average of tomato fruits, because of flower abscission caused by the timing of the repeated application. Thiazolidin-4-carboxylic acid plus folic acid reduced the total weight and weight average of tomato fruits. Application of 3-CP showed a tendency to increase total weight and number of fruits in the plant.Estudaram-se em condições de casa de vegetação, os efeitos de reguladores vegetais no peso, número e peso médio dos frutos de tomateiro (Lycopersiaon esculentun Mill.). Cloreto (2-cloroetil) trimetilamônio (CCC) 1.000 ppm e ácido succínico-2,2-dimetilhidrazida (SADH) 2.000 ppm foram aplicados antes da abertura floral e duas semanas depois, ácido 3-clorofenoxipropiônico (Fruitone-CPA) 50 ppm pulverizado 4 semanas após a antese das primeiras flores e ácido N-acetil tiazolidin-4-carboxílico com ácido fólico (Ergostim) 0,75 ml/l aplicado durante a antese das primeiras flores dos 3 cachos. Observou-se que o SADH reduziu o peso, número e peso médio dos frutos de tomateiro, Ergostim diminuiu o peso total e o peso médio dos frutos produzidos. Aplicação de Fruitone-CPA mostrou uma tendência de aumentar o peso total e o número de frutos, colhidos

Efeitos da vernalização e de fitoreguladores no desenvolvimento de Gladiolus grandiflorus

Gladiolus corms were held at 22°C or vernalized at 4° or 8°C for two weeks and then soaked for 24 hours in 1,000 ppm gibberellic acid (GA) or 1,000 ppm indolylacetic acid (IAA) before being planted in the field. There were no differences in the period of time for shoot emergence among the treatments. Treatment of gladiolus corms with 4°C for two weeks increased plant height in relation to storage at 22°C (control). Gladiolus corms soaked for 24 hours in 1,000 ppm GA reduced the number of leaves of the plants, and corms vernalization at 4°C for two weeks increased the number of leaves. Corms vernalization at 4° or 8°C for two weeks improved plant quality. There were no differences in the dates of anthesis among the treatments. Flower quality was improved by corm vernalization at 4° or 8°C for two weeks.Bulbos de gladíolo foram mantidos a 22°C ou vernalizados a 4º ou 8°C por duas semanas, sendo então imersos por 24 horas em soluções de ácido giberélico (GA) 1000 ppm ou ácido indolilacético (IAA) 1000 ppm, antes de serem plantados em condições de campo. A época de emergência das brotações não foi afetada pelos tratamentos utilizados. A vernalização dos bulbos de gladíolo a 4°C, por duas semanas, promoveu aumento na altura das plantas em relação ao controle mantido a 22°C. Bulbos imersos por 24 horas em solução de GA 1000 ppm originaram plantas com menor número de folhas, sendo que bulbos vernalizados a 4°C, durante duas semanas, originaram plantas com maior número de folhas. A vernalização dos bulbos a 4º ou 8°C, por duas semanas, melhorou a qualidade das plantas de gladíolo. Não ocorreram diferenças nas datas da abertura das flores entre os tratamentos. A qualidade floral foi melhorada pela vernalização dos bulbos de gladíolo a 4º ou 8°C, durante duas semanas

Testes para avaliação do vigor de sementes de soja e suas relações com a emergência das plântulas em campo

The relationship between laboratory tests and field emergence of eight soybean Glycine max (L.) Merrill seed lots was studied at the Seed Laboratory of the Agriculture and Horticulture Department of the Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Universidade of São Paulo, Brazil. The data were obtained bimonthly, during six months, comparing standard germination, first-count, speed of germination, accelerated aging, cool germination and K+ leachates to field emergence. Standard germination, first-count and speed of germination were found to be related to field emergence. It was also concluded that using simple correlation coefficients can be misleading to compare laboratory results to field emergence.Sementes de soja (Glycine max (L.) Merrill) foram submetidas a testes de geminação-padrão, primeira contagem, velocidade de germinação e envelhecimento acelerado, germinação a baixa temperatura e lixiviação de K+, no laboratório do Departamento de Agricultura e Horticultura da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", da Universidade de São Paulo, de maio a novembro de 1981. Os resultados foram anotados bimestralmente, durante seis meses. Percentagem de germinação, primeira contagem e velocidade de germinação apresentaram relação mais consistente com a emergência das plântulas. Também se constatou a impropriedade do uso exclusivo da análise de correlação na comparação de resultados laboratoriais com a emergência em campo, porque pode até levar a enganos

Testes para avaliação do vigor de sementes de soja e suas relações com a emergência das plântulas em campo

The relationship between laboratory tests and field emergence of eight soybean Glycine max (L.) Merrill seed lots was studied at the Seed Laboratory of the Agriculture and Horticulture Department of the Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Universidade of São Paulo, Brazil. The data were obtained bimonthly, during six months, comparing standard germination, first-count, speed of germination, accelerated aging, cool germination and K+ leachates to field emergence. Standard germination, first-count and speed of germination were found to be related to field emergence. It was also concluded that using simple correlation coefficients can be misleading to compare laboratory results to field emergence.Sementes de soja (Glycine max (L.) Merrill) foram submetidas a testes de geminação-padrão, primeira contagem, velocidade de germinação e envelhecimento acelerado, germinação a baixa temperatura e lixiviação de K+, no laboratório do Departamento de Agricultura e Horticultura da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", da Universidade de São Paulo, de maio a novembro de 1981. Os resultados foram anotados bimestralmente, durante seis meses. Percentagem de germinação, primeira contagem e velocidade de germinação apresentaram relação mais consistente com a emergência das plântulas. Também se constatou a impropriedade do uso exclusivo da análise de correlação na comparação de resultados laboratoriais com a emergência em campo, porque pode até levar a enganos

Aplicação de produtos químicos na repicagem da figueira

Como a repicagem de mudas de figueira (Ficus carica L. cv. Roxo de Valinhas) apresen ta frequentemente problemas no transplante, estudou-se o efeito de produtos químicos nesta fase crftica para a formação do figueiral. Procedeu-se aos tratamentos de redução da área foliar, pulverização com Transplantone 10 g/l água, Oed green (oxietileno docosanol) 40 ml/1 ,Good-rite peps (polisulfeto de polietíleno) 0,6 ml/l e Mobileaf 200 ml/l, além do controle. Redução da área foliar ou pulverização com oxietileno docasonol aumentaram a porcentagem de sobrevivência das figueiras transplantadas. Os produtos químicos não promoveram variações significativas na altura das mudas de figueira 'Roxo de Valinhos'. Auxinas componentes do Transplantone (naftalenacetamida e àcido naftalenacético) causaram aumento no número de folhas da figueira transplantada.This research deals with the effects of chemicals on, transplantation of Ficus carica L. cv. Roxo de Valinhos. Fig plants were sprayed with Transplantone (naphthaleneacetamide plusnaphtaleneacetic acid) 10 g/1 , Oed green (oxyethylene docosanol) 40 ml/1, Good-rite peps (polyethylene polysulfite) 0,6 ml/1, and Mobileaf 200 ml/1. A check treatment and aereduction to half of leaf area were also established. Reduction of leaf area and application of oxyethylene docosanol promoted higher plant survival. The chemicals did not affect the growth of transplanted plants. Auxins constituents of Transplantone increased leaf number of fig plants

Ação de fitoreguladores no desenvolvimento de Chrysanthemum leucanthemum L.

Plants of Chrysanthemum leucanthemum grown in pots with soil under greenhouse conditions, were sprayed with growth regulators twice, in May and June, to study the development of the plants in October. Succinic acid-2,2-dimethylhydrazide (SADH) at concentrations of 1250, 2500 and 5000 ppm, (2-chloroethyl) trimethylammonium chloride (CCC) 2000 ppm, (2-chloroethyl) phosphonic acid (CEPA) 320 ppm, maleic hydrazide (MH;) 1000 ppm, gibberellic acid (GA) 50 and 100 ppm, indolylacetic acid (IAA) 100 ppm, and water as check treatment, were applied. MH 1000 ppm reduced the number of leaves and stems. SADH treatments reduced the shoot growth and the number of stems. Applications of IAA 100 ppm promoted the formation of higher number of leaves and stems in Chrysanthemum leucanthemum. It was seen that sprays with GA at a concentration of 100 ppm elongated shoots.Plantas ornamentais de Chrysanthemum leucanthemum, cultivadas em recipientes contendo solo como substrato, em condições de estufa, foram pulverizadas em maio e junho com reguladores de crescimento, com a finalidade de se verificar a ação dos mesmos no desenvolvimento das plantas, determinado em outubro. Aplicaram-se SADH nas concentrações de 1250, 2500 e 5000 ppm, CCC na dosagem de 2000 ppm, CEPA 320 ppm, MH 1000 ppm, GA 50 e 100 ppm, IAA 100 ppm e água como controle. Hidrazida maleica 1000 ppm reduziu o número de folhas e hastes formadas. Tratamentos com ácido succínico - 2,2-dimetilhidrazida diminuiram a altura do caule e o número de hastes das plantas. Aplicações de ácido indolilacético 100 ppm promoveram a formação de maior número de folhas e de hastes em Chrysanthemum. Pulverizações com ácido giberélico 100 ppm incrementaram a altura do caule da espécie estudada