Microsatellites and agronomic traits for assessing genetic relationships among 18 New Rice for Africa (NERICA) varieties

The Africa Rice Center (WARDA) has developed several interspecific rice varieties by crossing the high yielding Asian rice (Oryza sativa subsp. japonica) with the locally adapted African rice (Oryza glaberrima). Eighteen varieties were named with the prefix NERICA (New Rice for Africa) but theirgenetic difference and patterns of relationship is largely unknown. A total of 102 polymorphic microsatellite markers were used to genotype 18 NERICAs. A subset of seven NERICAs (NERICA 1 to 7) was further characterized for 10 agronomic traits. The microsatellites data revealed no genetic difference between NERICA 8 and 9. The absence of genetic distance and identical SSR haplotype distribution (banding pattern) observed between NERICAs 8 and 9 is highly likely to be due to lack molecular difference at the DNA level but the possibility for seed admixture remains to be explored. This study, however, revealed the presence of a wide range of genetic differences among all other NERICAs, with the highest being between NERICA 6 and 17. Cluster and principal component analyses of the SSR data revealed distinct separation of NERICA 1 to 7 from NERICA 8 to 18. The possible reasons for such separation and the implications for breeding programs are discusse

Molecular profiling of an interspecific rice population derived from a cross between WAB 56-104 (Oryza sativa) and CG 14 (Oryza glaberrima)

NERICA rices are interspecific inbred progeny derived from crosses between Oryza sativa x O. glaberrima. In this study, we evaluated 70 BC2 interspecific lines, developed by crossing a tropicaljaponica variety (WAB 56-104) as the recurrent parent to an O. glaberrima variety (CG 14) as the donor parent, followed by the use of anther culture to derive doubled haploids (DH) (26 lines) or eightgenerations of inbreeding to fix the lines (44 lines). Seven of these BC2 derived inbred lines have been released as NERICA 1 - NERICA 7. This study examined the relative contribution of each parent and theextent of genetic differences among these 70 sister lines using 130 well-distributed microsatellite markers which cover 1725 cM of the rice genome. The average proportion of O. sativa recurrent parentgenome was 87.4% (1,508 cM), while the observed average proportion of O. glaberrima donor genome was 6.3% (108 cM). Non-parental alleles were detected in 83% of the lines and contributed an average of38 cM per line (~2.2% of genomic DNA). Lines that had undergone eight generations of inbreeding in the field contained significantly more non-parental alleles (av. 2.7%) compared to the DH lines (av. 1.3%)that were developed from BC2 anthers. Using both cluster and principal component analyses, two major groups were detected in these materials. The NERICA varieties (NERICA 1 to 7) clustered in one group while the remaining 63 lines clustered in another group, suggesting that the second group may offer significant opportunities for further selection and variety development

Molecular profiling of interspecific lowland rice populations derived from IR64 (Oryza sativa) and Tog5681 (Oryza glaberrima)

Several lowland NERICAs (New Rice for Africa) were derived from crosses between IR64 (an Oryza sativa subsp. indica variety) and Tog5681 (an Oryza glaberrima variety) that possess useful traitsadapted to lowland conditions in West Africa. The proportion of parental genomic contribution and extent of genetic differences among these sister lines is unknown at the molecular level. The objectivesin this study were therefore to determine, with 60 SSR markers that cover 1162 cM of the rice genome, the frequency and magnitude of deviations from the expected parental contributions among 21 BC2F10,17 BC3 F8 and 10 BC4F8 lines and determine patterns of their genetic relationships. The estimated average O. glaberrima genome coverage was 7.2% (83.5 cM) at BC2F10, 8.5% (99.3 cM) at BC3F8 and 8.1%(93.8 cM) at BC4F8 lines. The O. sativa parent accounted for 73.2% (851.3 cM) at BC2F10, 82.6% (959.5 cM) at BC3F8 and 78.2% (908.6 cM) at BC3F8. Non-parental alleles were detected at all 3 backcross generations but the frequency of such alleles at BC2 (8.8%) was twice that of BC3F8 (3.4%) and nine times that of BC4F8 (0.9%). Both cluster and principal component analyses revealed two major groups irrespective of the level of backcross generations and the proportion of parental genome contribution

La migraine en milieu scolaire a Gao ua Mali

Introduction La migraine est une maladie bénigne mais handicapante et qui peut altérer la qualité de vie des patients, perturber les relations affectives et retentir sur les activités scolaires et professionnelles. Objectifs L’objectif de notre travail était d’étudier les aspects épidémiologiques et l’impact de la migraine en milieu scolaire dans la commune urbaine de Gao au Mali. Méthodes Il s’agit d’une étude transversale réalisée chez les élèves de la ville de Gao. Le sondage a été fait par grappes dans 11 lycées dont chacun a représenté une grappe. L’étude a porté sur 733 élèves le diagnostic de migraine était retenu suivant les critères de L’International Headache Society (IHS) IHS 2004 et le GRIM. Résultats La prévalence globale de la migraine en milieu scolaire était de 17,3% (IC95% : [14,6% à 20%]). La prévalence parmi les élèves céphalalgiques était de 20%(IC95% : [16,91% à 23,09]), elle était significativement plus élevée chez les filles 23,0% que chez les garçons 14,8% (p< 0,01). Concernant son impact sur la vie scolaire, 63,8% des élèves migraineux avaient un absentéisme de 1 à 14 jours avec une moyenne de 5 jours pendant le dernier trimestre précédant l’enquête ; il y avait une limitation de la concentration chez 19,2% des élèves migraineux.Conclusion La migraine est fréquente chez les lycéens de Gao avec une prédominance féminine. Elle a un impact négatif sur le rendement scolaire du à l’absentéisme et aux troubles de la concentration. Il apparait donc important de procéder à une campagne de sensibilisation ciblée à grande échelle dans l’environnement scolaire

Etude préliminaire portant sur le dépistage de la protéinurie à l’aide de bandelette urinaire chez les patients vivants avec le VIH au CHNU de Fann à Dakar.

Les glomérulopathies et autres affections rénales sont fréquentes au cours de l’histoire naturelle du VIH même si leur incidence a diminué avec la trithérapie. Elles sont pratiquement toujours responsables d’une protéinurie et/ou d’une hématurie. Nous avons fait une étude préliminaire portant sur la prévalence de la protéinurie dépistée à l’aide de bandelettes urinaires chez les PVVIH suivies à la clinique des maladies infectieuses du CHNU de Fann à Dakar. Il s’agissait d’une étude prospective allant du 1er Août au 30 Octobre 2008. Ont été inclus de façon exhaustive les patients séropositifs pour le VIH à la fois vus en ambulatoire et en hospitalisation présentant une protéinurie sans infection urinaire intercurrente. Nous avons recueilli leurs données sociodémographiques, les éléments de l’histoire naturelle, les facteurs en rapport avec la protéinurie et la néphropathie. La saisie et l’analyse des données ont été faites avec le logiciel Epi Info version 6.04. Nous avons utilisé le test de Chi2 pour comparer les variables qualitatives et p<0,05 a été retenu comme significative. Au total 100 patients ont été inclus, la moyenne d’âge était de 43± 9,8 ans chez les hommes et de 39± 10 ans pour les femmes. Les femmes étaient prédominantes (sex ratio H/F = 0,5). Tous les patients étaient infectés par le VIH1, ils avaient été dépistés à un stade tardif d’immunodépression, la moitié était sous ARV avec le plus souvent le protocole AZT +3TC+ EFV. La prévalence de la protéinurie était de 47,9%. Les facteurs significativement associés à la présence d’une protéinurie étaient : le sexe ; le taux de CD4<350/mm3 ; la charge virale > 100000copies/mm3 ; l’IMC <18,5 ; le taux d’hémoglobine<8,5 g/dl, la chimioprophylaxie au cotrimoxazole et les stades cliniques OMS 3 et 4. La fréquence de la néphropathie au cours du VIH au service des maladies infectieuses de Fann à Dakar suggère d’inclure son dépistage à la bandelette dans le bilan initial et de suivi de tout patient infecté par le VIH. Dans tous les cas il faudrait corriger tout facteur favorisant la survenue de cette néphropathie. La ponction biopsie rénale pourrait permettre des études plus approfondies

DIFFÉRENCES DANS LE RESPECT DES NORMES DU PROCESSUS DE STÉRILISATION DANS DES HÔPITAUX DE RÉFÉRENCE DE 3ÈME NIVEAU AU MALI ET AU SÉNÉGAL

La stérilisation est essentielle dans la prévention des infections nosocomiales et pour la sécurité des patients. Cette étude a pour objectif d’évaluer le respect des normes du processus de stérilisation des dispositifs médicaux et textiles opératoires dans hôpitaux du Mali et du Sénégal, en Afrique de l’ouest. Il s’agissait d’une étude prospective descriptive réalisée sur une période de quatre mois. Les données ont été recueillies par entretien avec les surveillants des unités de stérilisation centrale et par observation directe des pratiques de stérilisation. Elles ont été saisies et analysées avec le logiciel Epi info3.3.2. Des produits de nettoyage et de désinfection conformes aux normes en vigueur étaient disponibles dans 3 des 7 hôpitaux enquêtés. L’usage d’un emballage secondaire était pratiqué dans 2 hôpitaux au Sénégal. Au Mali, la moitié des hôpitaux stérilisait leurs dispositifs métalliques à la vapeur d'eau tandis qu’au Sénégal tous les hôpitaux le faisaient. Les unités de stérilisation évaluées dans les deux pays n’avaient pas encore mis en place un système d’assurance qualité. Dans 6 des hôpitaux, la place du pharmacien en unité de stérilisation était occultée et le personnel n’avait pas bénéficié de formation selon les bonnes pratiques de Stérilisation. Les insuffisances relevées ont permis de formuler des recommandations pour une meilleure pratique de la stérilisation et partant, l’amélioration de la qualité des soins dans les deux pays

Heart of endosymbioses : transcriptomics reveals a conserved genetic program among arbuscular mycorrhizal, actinorhizal and legume-rhizobial symbioses

To improve their nutrition, most plants associate with soil microorganisms, particularly fungi, to form mycorrhizae. A few lineages, including actinorhizal plants and legumes are also able to interact with nitrogen-fixing bacteria hosted intracellularly inside root nodules. Fossil and molecular data suggest that the molecular mechanisms involved in these root nodule symbioses (RNS) have been partially recycled from more ancient and widespread arbuscular mycorrhizal (AM) symbiosis. We used a comparative transcriptomics approach to identify genes involved in establishing these 3 endosymbioses and their functioning. We analysed global changes in gene expression in AM in the actinorhizal tree C. glauca. A comparison with genes induced in AM in Medicago truncatula and Oryza sativa revealed a common set of genes induced in AM. A comparison with genes induced in nitrogen-fixing nodules of C. glauca and M. truncatula also made it possible to define a common set of genes induced in these three endosymbioses. The existence of this core set of genes is in accordance with the proposed recycling of ancient AM genes for new functions related to nodulation in legumes and actinorhizal plants

Titrage des immunoglobulines G anti-Plasmodium falciparum chez les enfants atteints de paludisme grave au CHU de Yopougon.

Objectifs : La pathogénie du paludisme dépend de l’interaction du plasmodium et le système immunitaire de son hôte. L’objectif de cette étude était d’évaluer la relation entre la parasitémie et le titre des Immunoglobulines de classe G anti-Plasmodium falciparum. Patients et Méthodes : Cette étude transversale a concerné 37 enfants âgés de 0 à15 ans souffrant de paludisme grave ayant été consultés au service de pédiatrie du centre hospitalier universitaire de Yopougon en Côte d’Ivoire. Le titre des IgG anti-P. falciparum a été évalué par immunofluorescence indirecte. Résultats : La parasitémie variait entre 360 et 400000 trophozoites avec une moyenne de 48525 trophozoites/mm3. La concentration en hémoglobine variait entre 3,4 et 10,7 g/dL avec une moyenne de 6,28 g/dL. Les plaquettes variaient entre 17 et 506 .103/mm3 avec une moyenne de 110,18.103/mm3. Le titre des IgG anti- P. falciparum variait entre 40 et 320 avec une moyenne de 220. L’hyperparasitémie (parasitémie ≥ 100000 trophozoites/mm3) était présente uniquement chez les patients de 0 à 5 ans. La moyenne du titre des IgG anti-P. falciparum était significativement plus élevée chez les sujets ayant une parasitémie < 100000 trophozoites/mm3 comparés à ceux présentant une parasitémie ≥ 100000 (110 vs 233,3) p = 0,017 test U de Mann-Withney. Conclusions : Le paludisme grave et l’hyperparasitémie (≥ 100000 trophozoites/mm3) sont plus fréquents chez les enfants de 0 à 5 ans et touche plus les garçons que les filles. Les anticorps IgG anti-P.falciparum ont été retrouvés chez tous les patients

Point-of-Care Ultrasound for Tuberculosis Management in Sub-Saharan Africa-A Balanced SWOT Analysis.

Point-of-care ultrasound (POCUS) is an increasingly accessible skill, allowing for the decentralization of its use to non-specialist healthcare workers to guide routine clinical decision making. The advent of ultrasound-on-a-chip has transformed the technology into a portable mobile health device. Due to its high sensitivity to detect small consolidations, pleural effusions and sub pleural nodules, POCUS has recently been proposed as a sputum-free likely triage tool for tuberculosis (TB). To make an objective assessment of the potential and limitations of POCUS in routine TB management, we present a Strengths, Weaknesses, Opportunities & Threats (SWOT) analysis based on a review of the relevant literature and focusing on Sub-Saharan Africa (SSA). We idenitified numerous strengths and opportunities of POCUS for TB management e.g.; accessible, affordable, easy to use & maintain, expedited diagnosis, extra-pulmonary TB detection, safer pleural/pericardial puncture, use in children/pregnant women/PLHIV, targeted screening of TB contacts, monitoring TB sequelae, and creating AI decision support. Weaknesses and external threats such as operator dependency, lack of visualization of central lung pathology, poor specificity, lack of impact assessments and data from Sub-Saharan Africa must be taken into consideration to ensure that the potential of the technology can be fully realized in research as in practice