Factores de riesgo asociados a mortalidad en infecciones relacionadas con la atención en salud en un hospital universitario de tercer nivel en Colombia

Introduction: Nosocomial infections are a public health threat. Despite multiple efforts, its incidence is still significant and it generates high costs in health care.Objective: To determine risk factors associated with mortality in patients with healthcare infections in a tertiary level hospital in Colombia.Materials and methods: A prospective cohort observational study was performed between January and December 2011. One thousand one hundred and fifteen patients with health care infections using the CDC definition criteria were included. Exclusion criteria were those patients with no microbiologic isolate associated with the infection or hospital readmissions in the last year. Socio-demographic and clinical variables, bacterial resistance profiles and antibiotic use were evaluated. Death was the primary outcome. Survival analysis for each variable was performed using statistical significance defined by the log-rank test. Multivariate and Cox regression analyses were done. Values of p less than 0.05 were considered statistically significant.Results: Mean age was 43 years old (57% men and 47% women); 53% of patients had a medical condition and 47% surgical diagnosis; 54% of health care infections were surgical site infections and 62% were associated to Gram-negative bacilli. The mortality rate during follow-up was 24.4%. On multivariate analysis we found an association with intensive care stay (HR=1.51; 95% CI: 1.13-2.01), inappropriate use of antibiotics (HR=3.05; 95% CI: 2.34-3.98) and use of generic antibiotics or copies (HR=1.91; 95%CI: 1.43-2.55).Conclusions: The use of generic molecules of antibiotics and inappropriate antibiotic treatments in patients with health care infections are modifiable factors to decrease mortality.Introducción. Las infecciones hospitalarias son una amenaza para la salud pública. A pesar de los esfuerzos para contenerlas, su incidencia sigue siendo grande y genera altos costos en la atención en salud.Objetivo. Determinar los factores asociados a mortalidad en pacientes con diagnóstico de infecciones hospitalarias en nuestra institución.Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo de cohortes entre enero y diciembre del 2011 por medio de la observación de 1.015 pacientes con diagnóstico de infección de acuerdo a los criterios del sistema de vigilancia hospitalaria sugeridos por los Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Se excluyó a quienes no tenían cultivo microbiológico de la infección o habían tenido reingresos hospitalarios en menos de un año. Se evaluaron variables sociodemográficas y clínicas, perfiles de resistencia microbiológica y uso de antibióticos. La variable de desenlace fue la muerte. Se realizó un análisis de supervivencia para cada variable, estableciendo significación estadística con la prueba de log-rank, así como un análisis multivariado mediante regresión de Cox. Se consideraron significativos los valores de p menores de 0,05.Resultados. El promedio de edad fue de 43 años (57 % hombres y 43 % mujeres); 53 % de los pacientes tuvo diagnóstico clínico y 47 %, quirúrgico; 54 % de las infecciones se presentó en la herida quirúrgica y 62 % de ellas se asociaron a microorganismos Gram negativos. La mortalidad durante el seguimiento fue de 24,4 %. En el análisis multivariado se encontró asociación con mortalidad para las variables de estancia en cuidado intensivo (hazard ratio (HR)=1,51; IC95% 1,13-2,01), uso inapropiado de antibióticos (HR=3,05; IC95% 2,34-3,98) y uso de antibiótico genérico o copia (HR=1,91; IC IC95% 1,43-2,55).Conclusiones. El empleo de moléculas genéricas y el uso inadecuado de antibióticos en pacientes con infecciones hospitalarias son factores que pueden modificarse para disminuir la mortalidad.

Evaluation of Allplex™ Entero-DR assay for detection of antimicrobial resistance determinants from bacterial cultures

Objective To evaluate the sensitivity and specificity of the Allplex™ Entero-DR, a quantitative PCR-based method, for the detection of β-lactamase-encoding genes and vancomycin-resistance determinants in 156 previously characterized Gram-negative bacilli and Enterococcus spp. from bacterial cultures. Result The method had 100% sensitivity and between 92 and 100% of specificity for identifying blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-48-like, blaCTX-M and vanA. In nine isolates, unspecific amplifications were detected. The Ct of these false positives was above 33. The Ct of the correctly identified bla and van genes did not surpass 28 and 30, respectively. None of the clinical isolates included as negative controls yielded any amplification. Therefore, the Allplex™ Entero-DR assay is a highly accurate test for the detection of important antibiotic resistance determinants. With this assay, reliable results can be obtained within 3 h. However, according to our data, samples with Ct values greater than 33 should be considered with caution

Impact of antimicrobial stewardship programs on antibiotic consumption and antimicrobial resistance in four Colombian healthcare institutions

Background: Antimicrobial stewardship programs (ASPs) have become a fundamental pillar in optimizing antimicro‑ bial usage, improving patient care, and reducing antimicrobial resistance (AMR). Herein we evaluated the impact of an ASP on antimicrobial consumption and AMR in Colombia. Methods: We designed a retrospective observational study and measured trends in antibiotic consumption and AMR before and after the implementation of an ASP using interrupted time series analysis over a 4-year period (24 months before and 24 months after ASP implementation). Results: ASPs were implemented according to the available resources in each of the institutions. Before ASP imple‑ mentation, there was a trend toward an increase in the antibiotic consumption of all measured antimicrobials selected. Afterward, an overall decrease in antibiotic consumption was observed. The use of ertapenem and mero‑ penem decreased in hospital wards, while a decrease in the use of ceftriaxone, cefepime, piperacillin/tazobactam, meropenem, and vancomycin was observed in intensive care units. After ASP implementation, the trend toward an increase of oxacillin-resistant Staphylococcus aureus, ceftriaxone-resistant Escherichia coli, and meropenem-resistant Pseudomonas aeruginosa was reversed. Conclusions: In our study, we showed that ASPs are a key strategy in tackling the emerging threat of AMR and have a positive impact on antibiotic consumption and resistance

Genomic Analysis of CTX-M-Group-1-ProducingExtraintestinal PathogenicE. coli(ExPEc) fromPatients with Urinary Tract Infections (UTI)from Colombia

Background: The dissemination of the uropathogenic O25b-ST131Escherichia coliclone constitutes a threat to public health. We aimed to determine the circulation ofE. colistrains belonging to O25b:H4-B2-ST131 and theH30-Rx epidemic subclone causing hospital andcommunity-acquired urinary tract infections (UTI) in Colombia. Methods: Twenty-six nonduplicate,CTX-M group-1-producing isolates causing UTI in the hospital and community were selected for thisstudy. Results: Twenty-twoE. coliisolates harboring CTX-M-15, one CTX-M-3, and three CTX-M-55were identified. Multilocus Sequence Typing (MLST) showed a variety of sequence types (STs), amongwhich, ST131, ST405, and ST648 were reported as epidemic clones. All theE. coliST131 sequencescarried CTX-M-15, from which 80% belonged to the O25b:H4-B2 andH30-Rx pandemic subclonesand were associated with virulence factorsiss,iha, andsat.E. coliisolates (23/26) were resistant tociprofloxacin and associated with amino acid substitutions in quinolone resistance-determining regions(QRDR). We detected two carbapenem-resistantE. coliisolates, one coproducing CTX-M-15, KPC-2,and NDM-1 while the other presented mutations inompC. Additionally, one isolate harbored thegenemcr-1. Conclusions: Our study revealed the circulation of theE. coliST131, O25b:H4-B2-H30-Rxsubclone, harboring CTX-M-15, QRDR mutations, and other resistant genes. The association of theH30-Rx subclone with sepsis and rapid dissemination warrants attention from the public health andinfections control

Diversidad genética de aislados de pseudomonas aeruginosa multirresistentes portadores de los genes blavim-2 y blakpc-2 que se propagan en diferentes entornos genéticos en colombia

Pseudomonas aeruginosa es un patógeno Gram negativo oportunista con un aumento de la frecuencia de infecciones causadas por cepas multirresistentes (MDR) y extremadamente resistentes (XDR), lo que limita las opciones terapéuticas disponibles. La resistencia más problemática es la adquisición y producción de carbapenemasas, como las metalo-β-lactamasas codificadas por integrones de Verona (VIM), las más frecuentes y extendidas, y las carbapenemasas de Klebsiella pneumoniae (KPC), que no han dejado de propagarse en la última década. Su diseminación está ligada a su localización en elementos genéticos móviles (EGM). En Colombia, VIM y KPC han venido aumentando en su frecuencia mostrando una importante diseminación exitosa. En este artículo, caracterizamos molecularmente y analizamos el contexto genético de blaVIM y blaKPC en aislamientos de P. aeruginosa resistente a carbapenemasas (CRPA) provenientes de pacientes infectados y colonizados en dos hospitales de tercer nivel de atención, uno en Medellín y el otro en un municipio cercano a Medellín, ambas zonas con alta endemicidad de carbapenemasas en Colombia (2013-2015). Usando secuenciación del genoma completo (WGS), identificamos una notable variedad de antecedentes genéticos en estos aislados de P. aeruginosa MDR portadores de blaKPC-2 y blaVIM-2. Se observó una diversidad de integradores de clase 1 en los aislados de P. aeruginosa MDR. Hubo diversidad de integrones de clase 1 y variaciones en los casetes génicos asociados a blaVIM-2, así como un posible evento de diseminación de blaKPC-2 mediado por un plásmido que contenía parte de Tn4401b en un caso de infección. La diseminación de blaVIM-2 y blaKPC-2 en P. aeruginosa en esta área en Colombia ha estado fuertemente influenciada por clones internacionales exitosos, portadores de estos genes y determinantes adicionales de resistencia en MGEs, acompañados de reordenamiento génico bajo una presión de selección antimicrobiana. Estos hallazgos enfatizan la necesidad de implementar estrategias de control basadas en el uso racional de antibióticos.Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic Gram-negative pathogen with an increase in the frequency of infections caused by multidrug resistant (MDR) and extensively drug resistant (XDR) strains, limiting the available therapeutic options. The most troublesome resistance is the acquisition and production of carbapenemases such as Verona integron-encoded metallo-β-lactamases (VIM), the most frequent and widespread, and the Klebsiella pneumoniae carbapenemases (KPC), which has continuously spread in the last decade. Its dissemination is linked to their location on mobile genetic elements (MGEs). In Colombia, VIM and KPC have been increasing in its frequency showing major successful dissemination. In this article, we molecularly characterized and analyzed the genetic context of blaVIM and blaKPC in carbapenem-resistant P. aeruginosa (CRPA) isolates from infected and colonized patients in two tertiary-care hospitals, one in Medellín and the other in a municipality close to Medellín, both areas with high carbapenemase endemicity in Colombia (2013–2015). Using whole-genome sequencing (WGS), we identified a remarkable variety of genetic backgrounds in these MDR P. aeruginosa isolates carrying blaKPC–2 and blaVIM–2. There were a diversity of class 1 integron and variations in the gene cassettes associated to blaVIM–2, as well as a possible event of spread of blaKPC–2 mediated by a plasmid that contained part of Tn4401b in one infection case. The dissemination of blaVIM–2 and blaKPC–2 in P. aeruginosa in this area in Colombia has been strongly influenced by successful international clones, carrying these genes and additional determinants of resistance on MGEs, accompanied by gene rearrangement under an antimicrobial selection pressure. These findings emphasize the need to implement control strategies based on rational antibiotic us

Actualización de la resistencia antimicrobiana en instituciones de salud de nivel III y IV en Colombia entre enero 2018 a diciembre 2021

Introduction. Antimicrobial resistance surveillance is a fundamental tool for the development, improvement, and adjustment of Antimicrobial Stewardship Programs, therapeutic guidelines, and universal precautions to limit the cross-transmission of resistant bacteria between patients. Since the beginning of 2020, the SARS-CoV-2 pandemic profoundly challenged the health system and, according to some reports, increased the rates of antimicrobial resistance. Objective. To describe the behavior of antimicrobial resistance of the most frequent bacterial pathogens in 20 Colombian hospitals during the period from January 2018 to December 2021. Materials and methods. Descriptive study based on microbiological information obtained between January 2018 to December 2021 from 20 level III and level IV health institutions, in 12 Colombian cities. Species identification of the 10 most frequent bacteria along with their resistance profile against antibiotic markers, which in addition, are used therapeutically in general hospitalization and adult intensive care units. The microbiological information was determined by analyzing the data via WHONET (version 5.6). Results. For most of the pathogens analyzed, there were no statistically significant changes in their resistance profiles during the period from January 2018 to December 2021. In contrast, Pseudomonas aeruginosa, had a statistically significant increase in its resistance profile, particularly to piperacillin/tazobactam and carbapenems. Conclusions: the changes in antimicrobial resistance in these 4 years have not been statistically significant, except for P. aeruginosa, to piperacillin/tazobactam and carbapenems.  Introducción. El comportamiento de la resistencia antimicrobiana es fundamental en el mejoramiento y ajuste de los programas de optimización de antimicrobianos, la implementación de las guías terapéuticas y las precauciones que limitan la transmisión cruzada de bacterias resistentes entre pacientes. Desde el inicio del 2020, la pandemia del SARS-CoV-2 desafió profundamente al sistema de salud y según algunos reportes, aumento las tasas de resistencia antimicrobiana. Objetivo. Describir el comportamiento de la resistencia antimicrobiana en los microrganismos más frecuentes en 20 hospitales colombianos durante el periodo 2018 - 2021. Materiales y métodos. Estudio descriptivo basado en la información microbiológica reportada entre enero 2018 a diciembre 2021 por 20 instituciones de salud de nivel III y IV, en 12 ciudades de Colombia que hacen parte del Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial en Colombia, liderado por la Universidad El Bosque. La identificación de género y especie de los microorganismos más frecuentes, junto con su perfil de resistencia frente a antibióticos marcadores se determinó mediante el análisis de los datos vía WHONET.  Resultados. La mayoría de los 10 microorganismos más frecuentes analizados a través de los 4 años no presentaron cambios estadísticamente significativos en sus perfiles de resistencia durante el periodo evaluado 2018 – 2021. En contraste, Pseudomonas aeruginosa, aumento su resistencia frente a piperacilina/tazobactam y carbapenémicos, lo cual fue estadísticamente significativo. Conclusiones. Los cambios en la resistencia antimicrobiana en estos años no han sido estadísticamente significativos, excepto para P. aeruginosa, donde se observó un incremento en las tasas de resistencia a piperacilina/tazobactam y carbapenémicos

Optimal protocol for PTEN immunostaining; role of analytical and preanalytical variables in PTEN staining in normal and neoplastic endometrial, breast, and prostatic tissues

In some tumors, phosphatase and tensin homolog (PTEN) inactivation may have prognostic importance and predictive value for targeted therapies. Immunohistochemistry (IHC) may be an effective method to demonstrate PTEN loss. It was claimed that PTEN IHC showed poor reproducibility, lack of standardization, and variable effects of preanalytical factors. In this study, we developed an optimal protocol for PTEN IHC, with clone 6H2.1, by checking the relevance of analytical variables in normal tissue and tumors of endometrium, breast, and prostate. Pattern and intensity of cellular staining and background nonspecific staining were quantified and subjected to statistical analysis by linear mixed models. The proposed protocol showed a statistically best performance (P .001). However, there was a trend of significance for decreased staining and fixation under high temperature. Moreover, staining was better in endometrial aspirates than in matched hysterectomy specimens, subjected to less controlled preanalytical variables (mean histoscores, 80 and 40, respectively; P = .002). A scoring system combining intensity of staining and percentage of positive cells was statistically associated with PTEN alterations (P = .01).The study was done according to the research collaboration with Dako Denmark A/S. The research team was also supported by grants FIS PI100922, Fundación Mutua Madrileña AP75732010, 2009SGR794, RD12/0036/0013, Fundación Asociación Española contra el Cancer, programa de intensificación de la investigación, Instituto Carlos III, Verelst Baarmoederkankerfonds, Leuven, and European Network for Individualized Treatment of Endometrial Carcinoma. F. A. is senior researcher for the research fund Flandersb. Tumor samples were obtained with the support of XarxaCatalana de Bancs de Tumors, the TumorBanc Platform of RTICC, and Red de Biobancos (RD09/0076/00059

Análisis molecular de la resistencia a la polimixina en Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas en Colombia

La resistencia a la polimixina en Klebsiella pneumoniae se ha atribuido a mutaciones en mgrB, phoPQ, pmrAB y crrAB y a la presencia de genes mediados por plásmidos mcr. En este trabajo se describen las características moleculares de 24 aislamientos de K. pneumoniae resistentes a polimixina y carbapenem recuperados en seis ciudades colombianas entre 2009 y 2019. Las concentraciones inhibitorias mínimas (CIM) a la polimixina se confirmaron por microdilución en caldo, y se realizó la secuenciación del genoma completo para determinar el tipo de secuencia, el resistoma y las mutaciones en los genes relacionados con la resistencia a la polimixina, así como la presencia de mcr. Los resultados mostraron una resistencia de alto nivel a la polimixina (CMI _ 4 _g/mL). blaKPC-3 estaba presente en la mayoría de los aislados (17/24; 71%), seguido de blaKPC-2 (6/24; 25%) y blaNDM-1 (1/24; 4%). La mayoría de los aislados pertenecían al CG258 (17/24; 71%) y presentaban sustituciones de aminoácidos en PmrB (22/24; 92%) y CrrB (15/24; 63%); las mutaciones en mgrB sólo se produjeron en cinco aislados (21%). No se identificaron mutaciones adicionales en pmrA, crrA y phoPQ ni en ninguno de los genes de resistencia mcr. En conclusión, se encontró diseminación clonal de aislamientos de K. pneumoniae resistentes a polimixina y carbapenemes en Colombia, principalmente asociados con CG258 y blaKPC-3. La vigilancia de esta bacteria multirresistente a fármacos se ha llevado a cabo en Colombia. La vigilancia de este clon multirresistente se justifica debido a las limitadas opciones terapéuticas para el tratamiento de las infecciones por K. pneumoniae resistente a carbapenemes.Polymyxin resistance in Klebsiella pneumoniae has been attributed to mutations in mgrB, phoPQ, pmrAB, and crrAB and to the presence of mcr plasmid-mediated genes. Herein, we describe the molecular characteristics of 24 polymyxin- and carbapenem-resistant K. pneumoniae isolates recovered from six Colombian cities between 2009 and 2019. Minimum inhibitory concentrations (MICs) to polymyxin were confirmed by broth microdilution, and whole-genome sequencing was performed to determine sequence type, resistome, and mutations in the genes related to polymyxin resistance, as well the presence of mcr. The results showed high-level resistance to polymyxin (MICs _ 4 _g/mL). blaKPC-3 was present in the majority of isolates (17/24; 71%), followed by blaKPC-2 (6/24; 25%) and blaNDM-1 (1/24; 4%). Most isolates belonged to the CG258 (17/24; 71%) and presented amino acid substitutions in PmrB (22/24; 92%) and CrrB (15/24; 63%); mutations in mgrB occurred in only five isolates (21%). Additional mutations in pmrA, crrA, and phoPQ nor any of the mcr resistance genes were identified. In conclusion, we found clonal dissemination of polymyxin and carbapenemresistant K. pneumoniae isolates in Colombia, mainly associated with CG258 and blaKPC-3. Surveillance of this multidrug-resistant clone is warranted due to the limited therapeutic options for the treatment of carbapenem-resistant K. pneumoniae infections

Antimicrobial stewardship programs in seven Latin American countries: facing the challenges

Antecedentes: Diversos estudios han demostrado que más del 50% de los antibióticos utilizados en los hospitales son innecesarios o inadecuados y que la resistencia a los antimicrobianos puede suponer cada año hasta 20.000 millones de dólares de sobrecostes médicos. Por otro lado, los programas de administración de antimicrobianos (PEA) reducen significativamente el uso inadecuado de antimicrobianos, la aparición de resistencias a los antimicrobianos, las infecciones asociadas a la atención sanitaria y los costes en el ámbito hospitalario. Objetivo: Evaluar el desarrollo de ASP y el ahorro de antibióticos en 7 hospitales latinoamericanos utilizando indicadores cuantitativos estandarizados en todas las instituciones de salud participantes. Métodos: Se realizó un estudio de intervención, donde se realizaron evaluaciones pre y post utilizando una herramienta de puntuación estandarizada adaptada de los estándares de acreditación de la Joint Commission International y, del Instituto Colombiano de Normas Técnicas y Certificación. Se evaluó ASP de 7 hospitales latinoamericanos entre 2019 y 2020. Se realizó una evaluación pre-intervención en cada hospital para cuantificar el grado de desarrollo de la ASP (ASP Development score). Con base en estos resultados, se implementó una capacitación in situ adaptada en cada hospital, seguida de una evaluación posterior a la intervención para cuantificar la mejora de los indicadores de desarrollo de ASP. Además, se estimó el ahorro monetario en antimicrobianos derivado de la intervención del PEA. Resultados: En la evaluación previa a la intervención, la puntuación media de desarrollo del PEA en las 7 instituciones fue del 65,8% (40-94,3%). Los puntos con la puntuación más baja fueron los relacionados con el seguimiento y la comunicación de los progresos y el éxito del PEA. Para la evaluación posterior a la intervención, 2 instituciones no pudieron participar debido a la presión impuesta por la pandemia COVID-19. Para los 5/7 hospitales restantes, la puntuación media del desarrollo del PEA fue del 82,3%, con un aumento del 12,0% en comparación con la medición previa a la intervención de las mismas instituciones (puntuación media previa a la intervención 70,3% (48,2%-94,3%) Los puntos con un aumento significativo fueron los indicadores clave de rendimiento, la educación de los AMS y la formación de los prescriptores. Tres de los siete (3/7) hospitales informaron de ahorros monetarios en antibióticos asociados a la intervención ASP. Conclusiones: El uso de la herramienta descrita demostró ser útil para evaluar áreas específicas del desarrollo del PEA que eran deficientes y adaptar las intervenciones para los hospitales participantes, en consecuencia, ayudó a mejorar el desarrollo del PEA en las instituciones que se sometieron al análisis previo y posterior a la intervención. Además, las estrategias mostraron ahorros monetarios en los costes antimicrobianos cuando se midieron. © 2023, Los autores.Background: Studies have shown that more than 50% of the antibiotics used in hospitals are unnecessary or inappropriate and, that antimicrobial resistance may cost up to 20 billion USD in excess medical costs each year. On the other hand, Antimicrobial Stewardship Programs (ASP) significantly reduce inappropriate antimicrobial use, emergence of antimicrobial resistance, healthcare associated infections, and costs in hospital settings. Objective: To evaluate the development of ASP and antibiotic savings in 7 Latin American hospitals using standardized quantitative indicators in all the participating health care institutions. Methods: An interventional study was conducted, where pre- and post- evaluations were performed using a standardized score tool adapted from the Joint Commission International accreditation standards and, the Colombian Institute of Technical Standards and Certification. We evaluated ASP from 7 Latin American hospitals between 2019 and 2020. A pre-intervention evaluation was done in each hospital to quantify the degree of development of the ASP (ASP Development score). Based on these results, tailored on-site training was implemented in each hospital, followed by a post-intervention evaluation to quantify improvement of ASP-development indicators. In addition, monetary savings in antimicrobials derived from the ASP intervention were estimated. Results: In the pre-intervention evaluation, the average ASP development score for the 7 institutions was 65.8% (40-94.3%). The items with the lowest development score were those related to monitoring and communicating the ASP progress and success. For the post-intervention evaluation, 2 institutions couldn’t participate due to the pressure imposed by the COVID-19 pandemic. For the remaining 5/7 hospitals, the average ASP development score was 82.3% with an increase of 12.0% when compared to the pre-intervention measurement of the same institutions (average pre-intervention score 70.3% (48.2%-94.3%) The items with a significant increase were key performance indicators, AMS education and training of the prescribers. Three of the seven (3/7) hospitals reported antibiotic monetary savings associated to the ASP intervention. Conclusions: The use of the tool described shown to be useful to evaluate specific areas of ASP-development that were lacking and tailor interventions for the participating hospitals, consequently, it helped improve ASP-development in the institutions that underwent pre- intervention and post-intervention analysis. In addition, the strategies showed monetary savings on antimicrobial costs when measured. © 2023, The Author(s)