Concordant inter-laboratory derived concentrations of ceramides in human plasma reference materials via authentic standards

In this community effort, we compare measurements between 34 laboratories from 19 countries, utilizing mixtures of labelled authentic synthetic standards, to quantify by mass spectrometry four clinically used ceramide species in the NIST (National Institute of Standards and Technology) human blood plasma Standard Reference Material (SRM) 1950, as well as a set of candidate plasma reference materials (RM 8231). Participants either utilized a provided validated method and/or their method of choice. Mean concentration values, and intra- and inter-laboratory coefficients of variation (CV) were calculated using single-point and multi-point calibrations, respectively. These results are the most precise (intra-laboratory CVs ≤ 4.2%) and concordant (inter-laboratory CVs < 14%) community-derived absolute concentration values reported to date for four clinically used ceramides in the commonly analyzed SRM 1950. We demonstrate that calibration using authentic labelled standards dramatically reduces data variability. Furthermore, we show how the use of shared RM can correct systematic quantitative biases and help in harmonizing lipidomics. Collectively, the results from the present study provide a significant knowledge base for translation of lipidomic technologies to future clinical applications that might require the determination of reference intervals (RIs) in various human populations or might need to estimate reference change values (RCV), when analytical variability is a key factor for recall during multiple testing of individuals

Effect of temperature on the retention of small molecules on monolithic stationary phases

Hlavním cílem této diplomové práce je studium vlivu složení polymerační směsi, mobilní fáze a pracovní teploty na retenci nízkomolekulárních látek na monolitických stacionárních fázích připravených pomocí přímé kopolymerace tepelně citlivého monomeru N-isopropylakrylamidu. Pomocí kvadratického modelu popisujícího kombinovaný vliv složení mobilní fáze a pracovní teploty byla na připravených kolonách charakterizována retence polárních a nepolárních látek. Dále byl také studován vliv experimentálních podmínek a složení polymerační směsi na možné využití připravených kapilárních kolon ve vícerozměrných separačních technikách, kde by byl výběr retenčního mechanismu kontrolován pouze pracovní teplotou.The aim of this work is to study aneffect of polymerization mixture composition, mobile phase composition, and working temperature on retention of small molecules on monolithic stationary phases prepared via direct copolymerzation of N-isopropylacrylamide as a thermally responsive monomer. Quadratic model has been used to explore individual effects on retention of both polar and non-polar compounds. Developed models can be used to predict elution of small molecules on monolithic capillary columns. Moreover, we have tested possible application of prepared columns in temperature-controlled two-dimensional liquid chromatography.Fakulta chemicko-technologick

Prenatal Screening in the Czech Republic and in Abroad

Prenatální screening je součástí fetální medicíny. Tento obor se zabývá zjišťováním vrozených vývojových vad plodu. Screeningové metody jsou jednoduché, rychlé, bezbolestné a nepřináší s sebou riziko potratu. Mezi screeningové neinvazivní metody patří ultrazvuk a krevní testy těhotné ženy. Pozitivní výsledek prenatálního screeningu znamená, že těhotná žena musí podstoupit další vyšetření pomocí invazivních metod, např. amniocentézu. Tyto metody už s sebou přinášejí menší riziko potratu, ale jsou mnohem spolehlivější než metody neinvazivní.Prenatal screening is a part of the Fetal medicine. This specialization deals with the detection of congenital defects of the fetus. Screening methods are quick, easy, painless and they don´t bring with it the risk of abortion. Ultrasound and blood tests of a pregnant woman belong to the screening methods. Positive result means that the pregnant woman has to undergo another testing using invasive methods, for example amnicentesis. These methods already bring a lower risk of abortion, but are more trustworthy than non-invasive methods.Katedra biologických a biochemických věd1. Prezentace výsledků bakalářské práce. 2. Diskuze k~posudku vedoucího bakalářské práce. 3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k BP

Prenatal Screening in the Czech Republic and in Abroad

Prenatální screening je součástí fetální medicíny. Tento obor se zabývá zjišťováním vrozených vývojových vad plodu. Screeningové metody jsou jednoduché, rychlé, bezbolestné a nepřináší s sebou riziko potratu. Mezi screeningové neinvazivní metody patří ultrazvuk a krevní testy těhotné ženy. Pozitivní výsledek prenatálního screeningu znamená, že těhotná žena musí podstoupit další vyšetření pomocí invazivních metod, např. amniocentézu. Tyto metody už s sebou přinášejí menší riziko potratu, ale jsou mnohem spolehlivější než metody neinvazivní.Prenatal screening is a part of the Fetal medicine. This specialization deals with the detection of congenital defects of the fetus. Screening methods are quick, easy, painless and they don´t bring with it the risk of abortion. Ultrasound and blood tests of a pregnant woman belong to the screening methods. Positive result means that the pregnant woman has to undergo another testing using invasive methods, for example amnicentesis. These methods already bring a lower risk of abortion, but are more trustworthy than non-invasive methods.Katedra biologických a biochemických věd1. Prezentace výsledků bakalářské práce. 2. Diskuze k~posudku vedoucího bakalářské práce. 3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k BP

Retence malých molekul na polymethakrylátových monolitických kapilárních kolonách

In this paper, the concentration of N-isopropylacrylamide in the polymerization mixture has been variedto prepare several polymethacrylate monolithic capillary columns. Polymer monoliths combining N-isopropylacrylamide with zwitterion monomer, as well as various dimethacrylate crosslinking monomershave been prepared and characterized. Uracil, thiourea, phenol, toluene, ethylbenzene, propylbenzene,and butylbenzene have been used to characterize retention of prepared capillary columns in the mobilephases with 40–95% of acetonitrile and at working temperatures ranging from 25 to 60◦C. By an optimiza-tion of six-parameter polynomial models we have found that the retention of small molecules is affectedmainly by the concentration of the acetonitrile in the mobile phase with very low contribution of work-ing temperature and combined effect of acetonitrile concentration and temperature. Concentration ofthe mobile phase controlled also enthalpy of the retention. On the other hand, entropic contribution wasalmost insensitive to the change of the mobile phase composition, especially for mobile phases containingmore than 60% of acetonitrile.Publikovaná práce se zabývá přípravou polymethakrylátových monolitických kapilárních kolon. V rámci práce byla koncentrace N-isopropylakrylamidu v polymerizační směsi měněna pro přípravu několika polymethakrylátových monolitických kapilárních kolon. Byly připraveny a charakterizovány polymerní monolity kombinující N-isopropylakrylamid s amoniovým monomerem a také různé dimetakrylátové zesíťující monomery. Uracil, thiomočovina, fenol, toluen, ethylbenzen, propylbenzen a butylbenzen se používají k charakterizaci retence připravených kapilárních kolon v mobilních fázích 40 až 95% acetonitrilu a při pracovní teplotě v rozmezí 25 až 60 ° C. Optimalizací jsme zjistili, že retence malých molekul je ovlivněna hlavně koncentrací acetonitrilu v mobilní fázi s nízkým vlivem pracovní teploty a kombinace účinku koncentrace acetonitrilu a teploty. Koncentrace mobilní fáze je řízena také entalpií retence. Na druhou stranu entropický přínos byl nejméně ovlivněn změnou složení mobilní fáze, zejména pro mobilní fáze obsahující více než 60% acetonitrilu

Ultravysoko-účinná superkritická fluidní chromatografie / hmotnostní spektrometrie v lipidomické analýze

Ultrahigh-performance supercritical fluid chromatography/mass spectrometry (UHPSFC/MS) is one of the fastest analytical approaches for high-throughput lipidomic analysis covering a wide range of lipid categories and classes. Lipid class separation and lipid species separation are two main separation modes available for the UHPSFC analysis of lipids. The mechanism of the lipid class separation mode is com-parable to that of hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC). The direct comparison of HILIC -ultrahigh-performance liquid chromatography (HILIC-UHPLC) and UHPSFC shows the applicability of UHPSFC/MS for high-throughput quantitation of both nonpolar and polar lipid classes, the faster analysis time, and comparable reproducibility and sensitivity. The retention mechanism of the lipid species separation mode is comparable to reversed-phase UHPLC, but the nonpolar character of supercritical carbon dioxide (scCO(2)) provides a different selectivity compared to that of conventional RP-UHPLC. The introduction of various hyphenation interfaces to MS broadens the applicability and sensitivity range of UHPSFC/MS using scCO(2) as the main component of the mobile phase. The addition of ionic additives (volatile salts, acids, and bases) to the modifier improves the separation of medium to polar lipids. Furthermore, UHPSFC/MS has also a great potential in the chiral separation of lipids, but the field has not yet been fully explored.Ultravysoko-účinná superkritická fluidní chromatografie / hmotnostní spektrometrie (UHPSFC/MS) je jedním z nejrychlejších analytických přístupů pro vysoce výkonnou lipidomickou analýzu pokrývající širokou škálu kategorií a tříd lipidů. Separace tříd lipidů a separace lipidových druhů jsou dva hlavní separační režimy dostupné pro analýzu lipidů UHPSFC. Mechanismus režimu separace lipidů je srovnatelný s mechanismem hydrofilní interakce kapalinová chromatografie (HILIC). Přímé srovnání HILIC-UHPLC a UHPSFC ukazuje použitelnost UHPSFC/MS pro vysoce výkonnou kvantifikaci nepolárních i polárních lipidových tříd, rychlejší dobu analýzy a srovnatelnou reprodukovatelnost a citlivost. Retenční mechanismus režimu separace lipidových druhů je srovnatelný s reverzní fází UHPLC, ale nepolární charakter superkritického oxidu uhličitého (scCO(2)) poskytuje odlišnou selektivitu ve srovnání s konvenčním RP-UHPLC. Zavedení různých rozhraní dělení do MS rozšiřuje použitelnost a rozsah citlivosti UHPSFC/MS s využitím scCO(2) jako hlavní složky mobilní fáze. Přidáním iontových aditiv (těkavých solí, kyselin a zásad) do modifikátoru se zlepšuje separace středních a polárních lipidů. Dále má UHPSFC/MS také velký potenciál v chirální separaci lipidů

LIPIDOMIC ANALYSIS OF BIOLOGICAL SAMPLES USING DIRECT- INFUSION MASS SPECTROMETRY

Lipidomic analysis of biological samples in clinical research represents a challenging task due to the extreme complexity of samples and their large number. One of the ways to get complex information on the composition of sample is to use direct infusion mass spectrometry (DI-MS). The DI-MS technique was used to measure plasma samples of patients with renal cancer and healthy volunteers.Lipidomická analýza biologických vzorků v klinickém výzkumu představuje náročný úkol, který je dán vysokou komplexností a velkým počtem zpracovávaných vzorků. Jednou z možností, jak získat komplexní informace o složení vzorku je použití přímé infuze spojené s hmotnostní spektrometrií (DI-MS). Technika DI-MS byla použita pro měření vzorků plazmy pacientů s rakovinou ledvin a zdravých dobrovolníků