Tetratricopeptide repeat domain 7A is a nuclear factor that modulates transcription and chromatin structure

A loss-of-function mutation in tetratricopeptide repeat domain 7A (TTC7A) is a recently identified cause of human intestinal and immune disorders. However, clues to related underlying molecular dysfunctions remain elusive. It is now shown based on the study of TTC7A-deficient and wild-type cells that TTC7A is an essential nuclear protein. It binds to chromatin, preferentially at actively transcribed regions. Its depletion results in broad range of epigenomic changes at proximal and distal transcriptional regulatory elements and in altered control of the transcriptional program. Loss of WT_TTC7A induces general decrease in chromatin compaction, unbalanced cellular distribution of histones, higher nucleosome accessibility to nuclease digestion along with genome instability, and reduced cell viability. Our observations characterize for the first time unreported functions for TTC7A in the nucleus that exert a critical role in chromatin organization and gene regulation to safeguard healthy immune and intestinal status.</p

BMJ Open

OBJECTIVE: To evaluate the effect of air pollution, from oocyte retrieval to embryo transfer, on the results of in vitro fertilisation (IVF) in terms of clinical pregnancy rates, at two fertility centres, from 2013 to 2019. DESIGN: Exploratory retrospective cohort study. SETTING: This retrospective cohort study was performed in the Reproductive Biology Department of Bordeaux University Hospital localised in Bordeaux, France and the Jean Villar Fertility Center localised in Bruges, France. PARTICIPANTS: This study included 10 763 IVF attempts occurring between January 2013 and December 2019, 2194 of which resulted in a clinical pregnancy. PRIMARY AND SECONDARY OUTCOME MEASURES: The outcome of the IVF attempt was recorded as the presence or absence of a clinical pregnancy; exposure to air pollution was assessed by calculating the cumulative exposure of suspended particulate matter, fine particulate matter, black carbon, nitrogen dioxide and ozone (O(3)), over the period from oocyte retrieval to embryo transfer, together with secondary exposure due to the presence of the biomass boiler room, which was installed in 2016, close to the Bordeaux University Hospital laboratory. The association between air pollution and IVF outcome was evaluated by a random-effects logistic regression analysis. RESULTS: We found negative associations between cumulative O(3) exposure and clinical pregnancy rate (OR=0.92, 95% CI = (0.86 to 0.98)), and between biomass boiler room exposure and clinical pregnancy rate (OR=0.75, 95% CI = (0.61 to 0.91)), after adjustment for potential confounders. CONCLUSION: Air pollution could have a negative effect on assisted reproductive technology results and therefore precautions should be taken to minimise the impact of outdoor air on embryo culture

R497K polymorphism in epidermal growth factor receptor gene is associated with the risk of acute coronary syndrome

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Previous studies suggested that genetic polymorphisms in the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene had been implicated in the susceptibility to some tumors and inflammatory diseases. EGFR has been recently implicated in vascular pathophysiological processes associated with excessive remodeling and atherosclerosis. Acute coronary syndrome (ACS) is a clinical manifestation of preceding atherosclerosis. Our purpose was to investigate the association of the EGFR polymorphism with the risk of ACS. In this context, we analyzed the HER-1 R497K and EGFR intron 1 (CA)_nrepeat polymorphisms in 191 patients with ACS and 210 age- and sex-matched controls in a Chinese population, using a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) strategy and direct sequencing.</p> <p>Results</p> <p>There were significant differences in the genotype and allele distribution of R497K polymorphism of the EGFR gene between cases and controls. The <it>Lys </it>allele had a significantly increased risk of ACS compared with the <it>Arg </it>allele (adjusted OR = 1.49, 95% CI: 1.12–1.98, adjusted <it>P </it>= 0.006). However, no significant relationship between the number of (CA)_nrepeats of EGFR intron 1 (both alleles < 20 or any allele ≥ 20) and the risk of ACS was observed (adjusted OR = 0.97, 95% CI: 0.58–1.64, adjusted <it>P </it>= 0.911). Considering these two polymorphisms together, there was no statistically significant difference between the two groups.</p> <p>Conclusion</p> <p>R497K polymorphism of the EGFR gene is significantly associated with the risk of ACS. Our data suggests that R497K polymorphism may be used as a genetic susceptibility marker of the ACS.</p

Innovative methods of transgenesis in rats : application to model Parkinson's disease

Les avancées récentes dans la technique de transgénèse utilisant l’approche AAV ont permis de générer de nouveaux modèles animaux. Depuis quelques années, le développement des modèles de la maladie de Parkinson (MP) a amélioré la compréhension des mécanismes physiopathologiques de ce trouble dégénératif. Cependant, aucun modèle mammifère ne reproduit à ce jour la neurodégénérescence liée à l’âge associée à la pathologie synucléine et la symptomatologie motrice et non motrice. L’objectif de mon travail de thèse fut de développer de nouvelles stratégies de transgénèse chez le rat en utilisant ces vecteurs viraux pour la modélisation de la MP. Le challenge est de parvenir à une infection virale la plus précoce possible afin de transduire un maximum de neurones dopaminergiques. Pour cela, différentes voies d’approche ont été testées pour améliorer le processus de transgénèse : 1) l’injection de vecteurs viraux dans le rete testis de jeunes mâles pour transduire les cellules de la lignée germinale, 2) l’injection dans les embryons pré-implantatoires, 3) l’injection in utero intracérébroventriculaire et enfin 4) l’injection intracardiaque au premier jour de vie des animaux. Parmi elles, les injections in utero et intracardiaques ont permis d’aboutir à une transduction importante d’un grand nombre de structures cérébrales avec un tropisme neuronal. Ces techniques ouvrent la voie à la génération de nouveaux modèles animaux de maladies à composante génétique et à la thérapie génique.Recent advances in the transgenesis technique using the AAV approach have led to the generation of new animal models. In recent years, the development of models of Parkinson's disease (PD) has improved understanding of the pathophysiological mechanisms of this degenerative pathology. However, no mammalian model recapitulates the required age-dependant parkinsonian degeneration, the α-synuclein inclusion pathology and motor and non-motor symptoms. The objective of my Ph.D work was to develop new transgenesis strategies in rats using these viral vectors for modeling PD. The challenge is to achieve a viral infection as early as possible in order to transduce as many dopaminergic neurons as possible. To this end, different strategies have been tested to improve transgenesis efficacy : i) injection in rete testis in young male to transduce germinal cells, ii) injection into early stage embryos, iii) in utero intracerebroventricular injection and iv) intracardiac injection in one day-old animals. Among them, in utero and intracardiac injections led to neuronal transgene expression in most regions of the brain. These techniques pave the way for the generation of new animal models of genetic diseases and offer unique opportunities for gene therapy

Innovative methods of transgenesis in rats : application to model Parkinson's disease

Les avancées récentes dans la technique de transgénèse utilisant l’approche AAV ont permis de générer de nouveaux modèles animaux. Depuis quelques années, le développement des modèles de la maladie de Parkinson (MP) a amélioré la compréhension des mécanismes physiopathologiques de ce trouble dégénératif. Cependant, aucun modèle mammifère ne reproduit à ce jour la neurodégénérescence liée à l’âge associée à la pathologie synucléine et la symptomatologie motrice et non motrice. L’objectif de mon travail de thèse fut de développer de nouvelles stratégies de transgénèse chez le rat en utilisant ces vecteurs viraux pour la modélisation de la MP. Le challenge est de parvenir à une infection virale la plus précoce possible afin de transduire un maximum de neurones dopaminergiques. Pour cela, différentes voies d’approche ont été testées pour améliorer le processus de transgénèse : 1) l’injection de vecteurs viraux dans le rete testis de jeunes mâles pour transduire les cellules de la lignée germinale, 2) l’injection dans les embryons pré-implantatoires, 3) l’injection in utero intracérébroventriculaire et enfin 4) l’injection intracardiaque au premier jour de vie des animaux. Parmi elles, les injections in utero et intracardiaques ont permis d’aboutir à une transduction importante d’un grand nombre de structures cérébrales avec un tropisme neuronal. Ces techniques ouvrent la voie à la génération de nouveaux modèles animaux de maladies à composante génétique et à la thérapie génique.Recent advances in the transgenesis technique using the AAV approach have led to the generation of new animal models. In recent years, the development of models of Parkinson's disease (PD) has improved understanding of the pathophysiological mechanisms of this degenerative pathology. However, no mammalian model recapitulates the required age-dependant parkinsonian degeneration, the α-synuclein inclusion pathology and motor and non-motor symptoms. The objective of my Ph.D work was to develop new transgenesis strategies in rats using these viral vectors for modeling PD. The challenge is to achieve a viral infection as early as possible in order to transduce as many dopaminergic neurons as possible. To this end, different strategies have been tested to improve transgenesis efficacy : i) injection in rete testis in young male to transduce germinal cells, ii) injection into early stage embryos, iii) in utero intracerebroventricular injection and iv) intracardiac injection in one day-old animals. Among them, in utero and intracardiac injections led to neuronal transgene expression in most regions of the brain. These techniques pave the way for the generation of new animal models of genetic diseases and offer unique opportunities for gene therapy

Identification and analysis of a disease-causing separation of function mutation in RAD50

Le complexe MRN (MRE11-RAD50-NBS1) est un des acteurs centraux de la réparation des cassures double brin de l'ADN. Nous avons identifié un patient présentant un retard du développement associé à une insuffisance médullaire et porteur de mutations bialléliques du gène RAD50. La première mutation conduit à un allèle nul tandis que la seconde (notée RAD50E1035del) entraîne l'expression d'une protéine ayant perdue un unique résidu dans une des heptades répétées du domaine en bobine enroulée de RAD50. Une analyse phénotypique exhaustive démontre que RAD50E1035del représente une mutation séparation de fonction qui perturbe les fonctions du complexe MRN garantissant la réparation, la réplication et la résection de l'ADN, sans pour autant affecter sa capacité d'activer ATM. Les résultats obtenus, confirmés par l'utilisation de protéines recombinantes purifiées, suggèrent que c'est l'activité nucléasique de MRE11 qui est affectée. L'expression ectopique de la forme sauvage de la protéine RAD50 dans les cellules du patient restaure les capacités de réparation et de réplication montrant un lien direct entre le phénotype observé et la mutation de RAD50 portée par le patient. La mutation correspondante chez Saccharomyces cerevisiae entraine un défaut de réparation et d'activation de la voie Tel1 (ATM) thermosensible extrêmement sévère. Cette étude démontre l'importance du domaine en bobine enroulée de RAD50 pour garantir la régulation de l'activité de résection de MRE11 au sein du complexe MRN.The MRN complex (MRE11-RAD50-NBS1) plays a central role in response to DNA double-strand breaks. We identified a patient with developmental defects and bone marrow failure carrying biallelic RAD50 mutations. One of the mutations creates a null allele while the other (noted RAD50E1035del) leads to the expression of a protein that has lost a single residue in one of the repeated heptad of the coiled-coil domain of RAD50. We show that RAD50E1035del represents a separation-of-functions mutation that impairs the DNA repair, the DNA replication and the resection warranted by the MRN complex whithout affecting its ability to activate ATM. The results, confirmed by the analysis of purified recombinant proteins, suggest that RAD50E1035del directly impacts the nuclease activity of MRE11. The ectopic expression of the wild type form of RAD50 complemented the defects observed in the patient's cells demonstrating the casual link between the phenotype and the RAD50 mutations carried by the patient. The corresponding mutation in Saccharomyces cerevisiae caused severe thermosensitive defects in both DNA repair and Tel1ATM dependent signaling. Collectively, this study emphasizes the importance of the RAD50 coiled-coil to regulate MRE11-dependent DNA end resection

Identification et analyse d'une mutation pathogénique séparation de fonction de RAD50

The MRN complex (MRE11-RAD50-NBS1) plays a central role in response to DNA double-strand breaks. We identified a patient with developmental defects and bone marrow failure carrying biallelic RAD50 mutations. One of the mutations creates a null allele while the other (noted RAD50E1035del) leads to the expression of a protein that has lost a single residue in one of the repeated heptad of the coiled-coil domain of RAD50. We show that RAD50E1035del represents a separation-of-functions mutation that impairs the DNA repair, the DNA replication and the resection warranted by the MRN complex whithout affecting its ability to activate ATM. The results, confirmed by the analysis of purified recombinant proteins, suggest that RAD50E1035del directly impacts the nuclease activity of MRE11. The ectopic expression of the wild type form of RAD50 complemented the defects observed in the patient's cells demonstrating the casual link between the phenotype and the RAD50 mutations carried by the patient. The corresponding mutation in Saccharomyces cerevisiae caused severe thermosensitive defects in both DNA repair and Tel1ATM dependent signaling. Collectively, this study emphasizes the importance of the RAD50 coiled-coil to regulate MRE11-dependent DNA end resection.Le complexe MRN (MRE11-RAD50-NBS1) est un des acteurs centraux de la réparation des cassures double brin de l'ADN. Nous avons identifié un patient présentant un retard du développement associé à une insuffisance médullaire et porteur de mutations bialléliques du gène RAD50. La première mutation conduit à un allèle nul tandis que la seconde (notée RAD50E1035del) entraîne l'expression d'une protéine ayant perdue un unique résidu dans une des heptades répétées du domaine en bobine enroulée de RAD50. Une analyse phénotypique exhaustive démontre que RAD50E1035del représente une mutation séparation de fonction qui perturbe les fonctions du complexe MRN garantissant la réparation, la réplication et la résection de l'ADN, sans pour autant affecter sa capacité d'activer ATM. Les résultats obtenus, confirmés par l'utilisation de protéines recombinantes purifiées, suggèrent que c'est l'activité nucléasique de MRE11 qui est affectée. L'expression ectopique de la forme sauvage de la protéine RAD50 dans les cellules du patient restaure les capacités de réparation et de réplication montrant un lien direct entre le phénotype observé et la mutation de RAD50 portée par le patient. La mutation correspondante chez Saccharomyces cerevisiae entraine un défaut de réparation et d'activation de la voie Tel1 (ATM) thermosensible extrêmement sévère. Cette étude démontre l'importance du domaine en bobine enroulée de RAD50 pour garantir la régulation de l'activité de résection de MRE11 au sein du complexe MRN