Genomic diversity of the human pathogen Paracoccidioides across the South American continent

Paracoccidioidomycosis (PCM) is a life-threatening systemic mycosis widely reported in the Gran Chaco ecosystem. The disease is caused by different species from the genus Paracoccidioides, which are all endemic to South and Central America. Here, we sequenced and analyzed 31 isolates of Paracoccidioides across South America, with particular focus on isolates from Argentina and Paraguay. The de novo sequenced isolates were compared with publicly available genomes. Phylogenetics and population genomics revealed that PCM in Argentina and Paraguay is caused by three distinct Paracoccidioides genotypes, P. brasiliensis (S1a and S1b) and P. restrepiensis (PS3). P. brasiliensis S1a isolates from Argentina are frequently associated with chronic forms of the disease. Our results suggest the existence of extensive molecular polymorphism among Paracoccidioides species, and provide a framework to begin to dissect the connection between genotypic differences in the pathogen and the clinical outcomes of the disease.Fil: Teixeira, Marcus de Melo. Universidade do Brasília; BrasilFil: Cattana, Maria Emilia. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; ArgentinaFil: Matute, Daniel R.. University of North Carolina; Estados UnidosFil: Muñoz, José F.. Broad Institute Of Mit And Harvard; Estados UnidosFil: Arechavala, Alicia. Hospital Francisco J Muñiz; ArgentinaFil: Isbell, Kristin. University of North Carolina; Estados UnidosFil: Schipper, Rafael. Universidade do Brasília; BrasilFil: Santiso, Gabriela Maria. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Tracogna, Fernanda. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio Cecilio Perrando.; ArgentinaFil: Sosa, María de los Ángeles. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Cech, Norma. Hospital 4 de Junio; ArgentinaFil: Alvarado, Primavera. Instituto de Biomedicina Dr. Jacinto Convit; VenezuelaFil: Barreto, Laura. Instituto Superior de Formación Docente Salome Ureña; República DominicanaFil: Chacón, Yone. Provincia de Salta. Ministerio de Salud Pública. Hospital del Milagro; ArgentinaFil: Ortellado, Juana. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Lima, Cleoni Mendes de. Universidade Federal de Rondonia; BrasilFil: Chang, Marilene Rodrigues. Universidade Federal do Mato Grosso do Sul; BrasilFil: Niño Vega, Gustavo. Universidad de Guanajuato; MéxicoFil: Yasuda, Maria Aparecida Shikanai. Universidade de Sao Paulo; BrasilFil: Felipe, Maria Sueli Soares. Universidade Catolica de Brasilia; BrasilFil: Negroni, Ricardo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Cuomo, Christina A.. Broad Institute of MIT And Harvard; Estados UnidosFil: Barker, Bridget. Tgen Northern Arizona University; Estados UnidosFil: Giusiano, Gustavo Emilio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentin

Evaluation of the Histoplasma capsulatum 100-kilodalton antigen dot blot for the rapid diagnosis of progressive histoplasmosis in HIV/AIDS patients

Among people living with HIV (PLHIV), progressive disseminated histoplasmosis (PDH) represents an important cause of mortality. Since antigen detection allows a rapid diagnosis and the instauration of a specific treatment this study aimed to evaluate the analytical performance of the Hcp100 dot blot, an in-house assay that detects the Histoplasma capsulatum 100-kilodalton antigen in urine and compare it with 2 commercially available assays the Histoplasma Urine Antigen Lateral Flow Assay (MVD-LFA) (MiraVista® Diagnostics) and the Clarus Histoplasma Galactomannan EIA (Clarus HGM) (IMMY). Urine specimens from 23 PLHIV with PDH, 13 patients with other infectious diseases, and 20 healthy individuals were tested. The Hcp100 dot blot showed higher sensitivity (87.0%), specificity (97.0%) and accuracy (92.9%) than the MVD-LFA (73.9%, 78.8%, and 76.8%, respectively) and the Clarus HGM (78.3%, 90.9%, and 85.7%, respectively). The Hcp100 dot blot had high analytical performance and would be a valuable screening tool for diagnosing PDH among PLHIV.Fil: Rodriguez Laboccetta, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Nanobiotecnología. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Nanobiotecnología; ArgentinaFil: Toscanini, María Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Nanobiotecnología. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Nanobiotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Videla Garrido, Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Posse, Gladys B.. Hospital Nacional Profesor Alejandro Posadas.; ArgentinaFil: Capece, Paula. Hospital Nacional Profesor Alejandro Posadas.; ArgentinaFil: Valdez, Ruth M.. Hospital Señor del Milagro de Salta; ArgentinaFil: Chacón, Yone A.. Hospital Señor del Milagro de Salta; ArgentinaFil: Gonzalez Maglio, Daniel Horacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Estudios de la Inmunidad Humoral Prof. Ricardo A. Margni. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Estudios de la Inmunidad Humoral Prof. Ricardo A. Margni; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; ArgentinaFil: Nusblat, Alejandro David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Nanobiotecnología. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Nanobiotecnología; ArgentinaFil: Cuestas, María Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Esporotricosis en Argentina: análisis clínico y epidemiológico

Introduction: Sporotrichosis is an implantation mycosis caused by Sporothrix spp. It is distributed worldwide in vegetation and soil. The most frequent route of infection is through trauma with elements contaminated with the fungus propagules. Since domestic cats are the most frequently affected animals and can transmit this infection to humans, is considered a zoonosis. Clinical forms include nodular lymphangitic, fixed cutaneous, pulmonary is rare, and disseminated is exceptional. Objectives: To analyze the epidemiology of sporotrichosis in Argentina during 2010 and 2022. To describe the clinical presentation, diagnostic methods, and treatment of cases diagnosed in this period. Know the circulating genotypes and observe the relationship with the geographical place of acquisition of the infection. Materials and methods: Analytical, retrospective, and observational study by analysis of the medical records of patients with sporotrichosis from 12 health institutions in Argentina between 2010 and 2022. Results: Fifty-four cases are presented. The most frequent clinical form was nodular lymphangitic and the treatment of choice was itraconazole. Conventional diagnosis was made in all cases. Culture of clinical materials was more sensitive than direct examination since it allowed the isolation of Sporothrix spp. in all 54 cases. Molecular identification was performed in 22 cases, with Sporothrix schenkii sensu stricto being the most frequently isolated species. Conclusions: This study allowed to know the epidemiology of this mycosis in Argentina, as well as the availability of diagnostic methods and the treatment of choice.Introducción. La esporotricosis es una micosis de implantación causada por Sporothrix spp. Este se encuentra distribuido mundialmente en la vegetación y en el suelo. La ruta más frecuente de adquisición de la enfermedad es por traumatismo con elementos contaminados con propágulos del hongo. Los gatos domésticos son los animales afectados con mayor frecuencia y pueden transmitirla a humanos, por lo que es una zoonosis. Las formas clínicas incluyen la linfangítica nodular, la cutánea fija, la pulmonar es poco habitual y la diseminada es excepcional. Objetivo. Analizar la epidemiología de la esporotricosis en Argentina entre los años 2010 y 2022. Describir la presentación clínica, los métodos de diagnóstico y el tratamiento de los casos diagnosticados en este período. Conocer los genotipos circulantes y observar la relación con el lugar geográfico de adquisición de la infección. Materiales y métodos. Estudio analítico, retrospectivo y observacional por análisis de las historias clínicas de los pacientes con esporotricosis de 12 instituciones de salud de Argentina entre los años 2010 y 2022.  Resultados. Se presentan 54 casos. La forma clínica más frecuente fue la linfangítica nodular y el tratamiento de elección el itraconazol. En todos los casos se realizó diagnóstico convencional, siendo el cultivo de los materiales clínicos más sensible que el examen directo, ya que permitió el desarrollo de Sporothrix spp. en los 54 casos. En 22 casos se realizó la identificación molecular y Sporothrix schenkii sensu stricto fue la especie más frecuentemente aislada. Conclusiones. Este estudio permitió conocer la epidemiología de esta micosis en Argentina, así como la disponibilidad de métodos diagnósticos y el tratamiento de elección

Clinical and Demographic Features of Paracoccidioidomycosis in Argentina: A Multicenter Study Analysis of 466 Cases

Information on paracoccidioidomycosis (PCM) in Argentina is fragmented and has historically been based on estimates, supported only by a series of a few reported cases. Considering the lack of global information, a national multicentric study in order to carry out a more comprehensive analysis was warranted. We present a data analysis including demographic and clinical aspects of a historical series of 466 cases recorded over 10 years (2012–2021). Patients were aged from 1 to 89 years. The general male: female (M:F) ratio was 9.5:1 with significant variation according to the age group. Interestingly, the age range 21–30 shows an M:F ratio of 2:1. Most of the cases (86%) were registered in northeast Argentina (NEA), showing hyperendemic areas in Chaco province with more than 2 cases per 10,000 inhabitants. The chronic clinical form occurred in 85.6% of cases and the acute/subacute form occurred in 14.4% of cases, but most of these juvenile type cases occurred in northwestern Argentina (NWA). In NEA, the incidence of the chronic form was 90.6%; in NWA, the acute/subacute form exceeded 37%. Diagnosis by microscopy showed 96% positivity but antibody detection displays 17% of false negatives. Tuberculosis was the most frequent comorbidity, but a diverse spectrum of bacterial, fungal, viral, parasitic, and other non-infectious comorbidities was recorded. This national multicenter registry was launched in order to better understand the current status of PCM in Argentina and shows the two endemic zones with a highly diverse epidemiology.Fil: Giusiano, Gustavo Emilio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; ArgentinaFil: Tracogna, Maria Fernanda. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio César Perrando; ArgentinaFil: Santiso, Gabriela Maria. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Rojas, Florencia Dinorah. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; ArgentinaFil: Messina, Fernando. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Sosa, Vanesa. Provincia de Misiones. Hospital Escuela de Agudos Dr. Ramon Madariaga; ArgentinaFil: Chacón, Yone. Provincia de Salta. Ministerio de Salud Pública. Hospital del Milagro; ArgentinaFil: Sosa, Maria de los Ángeles. Universidad Nacional del Nordeste; ArgentinaFil: Mussin, Javier Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Cattana, María Emilia. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio César Perrando; ArgentinaFil: Vazquez, Andrea. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Doctor Ramón Carrillo; ArgentinaFil: Formosa, Patricia. Hospital de Alta Complejidad Presidente Juan Domingo Peron ; Gobierno de la Provincia de Formosa;Fil: Fernández, Norma. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Piedrabuena, Milagros. Provincia de Entre Rios. Hospital San Martin; ArgentinaFil: Valdez, Ruth. Provincia de Salta. Ministerio de Salud Pública. Hospital del Milagro; ArgentinaFil: Davalos, Florencia. Gobierno de la Provincia de Salta. Hospital San Bernardo.; ArgentinaFil: Fernández, Mariana. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio César Perrando; ArgentinaFil: Acuña, Alejandra. No especifíca;Fil: Aguilera, Alejandra. Gobierno de la Provincia de Salta. Hospital Publico Materno Infantil.; ArgentinaFil: Guelfand, Liliana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; ArgentinaFil: Afeltra, Javier. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Ramos Mejía"; ArgentinaFil: Garcia Effron, Guillermo. Universidad Nacional del Litoral; ArgentinaFil: Posse, Gladys. Hospital Nacional Profesor Alejandro Posadas; ArgentinaFil: Amigot, Susana. No especifíca;Fil: Serrano, Julian. No especifíca;Fil: Sellares, Otilia. No especifíca;Fil: Álvarez, Christian. No especifíca;Fil: Pineda, Gloria. Universidad Austral; ArgentinaFil: Carnovale, Susana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; ArgentinaFil: Zalazar, Laura. Universidad Nacional del Nordeste; ArgentinaFil: Canteros, Cristina Elena. Dirección Nacional de Instituto de Investigación.Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"; Argentin