A 500-year tale of co-evolution, adaptation, and virulence: Helicobacter pylori in the Americas

Helicobacter pylori is a common component of the human stomach microbiota, possibly dating back to the speciation of Homo sapiens. A history of pathogen evolution in allopatry has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations, associated with different human populations, and more recent admixture among H. pylori subpopulations can provide information about human migrations. However, little is known about the degree to which some H. pylori genes are conserved in the face of admixture, potentially indicating host adaptation, or how virulence genes spread among different populations. We analyzed H. pylori genomes from 14 countries in the Americas, strains from the Iberian Peninsula, and public genomes from Europe, Africa, and Asia, to investigate how admixture varies across different regions and gene families. Whole-genome analyses of 723 H. pylori strains from around the world showed evidence of frequent admixture in the American strains with a complex mosaic of contributions from H. pylori populations originating in the Americas as well as other continents. Despite the complex admixture, distinctive genomic fingerprints were identified for each region, revealing novel American H. pylori subpopulations. A pan-genome Fst analysis showed that variation in virulence genes had the strongest fixation in America, compared with non-American populations, and that much of the variation constituted non-synonymous substitutions in functional domains. Network analyses suggest that these virulence genes have followed unique evolutionary paths in the American populations, spreading into different genetic backgrounds, potentially contributing to the high risk of gastric cancer in the region.Fil: Muñoz Ramirez, Zilia Y.. INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL (IPN);Fil: Pascoe, Ben. University of Bath; Reino UnidoFil: Mendez Tenorio, Alfonso. INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL (IPN);Fil: Mourkas, Evangelos. University of Bath; Reino UnidoFil: Sandoval Motta, Santiago. Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología; MéxicoFil: Perez Perez, Guillermo. New York University Langone Medical Center; Estados UnidosFil: Morgan, Douglas R.. University of Alabama at Birmingahm; Estados UnidosFil: Dominguez, Ricardo Leonel. Western Honduras Gastric Cancer Prevention Initiative Hospital de Occidente Santa Rosa de Copan; HondurasFil: Ortiz Princz, Diana. No especifíca;Fil: Cavazza, Maria Eugenia. No especifíca;Fil: Rocha, Gifone. Universidade Federal de Minas Gerais; BrasilFil: Queiroz, Dulcienne. Universidade Federal de Minas Gerais; BrasilFil: Catalano, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Zerbetto de Palma, Gerardo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; ArgentinaFil: Goldman, Cinthia Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Venegas, Alejandro. Universidad Diego Portales; ChileFil: Alarcon, Teresa. Universidad Autónoma de Madrid; EspañaFil: Oleastro, Monica. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Vale, Filipa F.. Universidade Nova de Lisboa; PortugalFil: Goodman, Karen J.. University of Alberta; CanadáFil: Torres, Roberto C.. Instituto Mexicano del Seguro Social; MéxicoFil: Berthenet, Elvire. Swansea University Medical School; Reino UnidoFil: Hitchings, Matthew D.. Swansea University Medical School; Reino UnidoFil: Blaser, Martin J.. Rutgers University; Estados UnidosFil: Sheppard, Samuel K.. University of Bath; Reino UnidoFil: Thorell, Kaisa. University of Gothenburg; SueciaFil: Torres, Javier. Instituto Mexicano del Seguro Social; Méxic

Reseña de las investigaciones sobre la infección del virus del papiloma humano en el Instituto de Biomedicina “Dr. Jacinto Convit”

A partir de 1997 se empezaron a formar grupos de investigación local y nacional en Venezuela, con el objetivo de evaluar la prevalencia de Virus de Papiloma Humano (VPH) en distintas entidades, la disponibilidad de tecnologías para su detección y la prevalencia de la infección del virus en el país. El Instituto de Biomedicina “Dr. Jacinto Convit” se unió a esos esfuerzos, las investigaciones aún continúan a pesar de la grave crisis que se vive en Venezuela actualmente. El cáncer del cuello uterino representa la segunda causa de muerte oncológica en la población femenina en Venezuela. Metodología: Se realizó una búsqueda sistemática de las publicaciones sobre el VPH en las cuales el Laboratorio de Microbiología Molecular, Instituto de Biomedicina Dr. Jacinto Convit MPPS–UCV ha participado. Resultados: Se empleó el sistema Prisma para la selección definitiva de las publicaciones por medio del cual se ubicaron 23 referencias que cumplieron con los criterios de inclusión. Conclusiones: Este trabajo reúne los resultados más importantes obtenidos por el grupo de investigación en el cual ha participado el Instituto a través del Laboratorio de Microbiología Molecular, señalando los datos más importantes con proyección de mejorar la calidad de los diagnósticos moleculares, diseñar las investigaciones para establecer la prevalencia en la población venezolana sin restringirla a pacientes con lesiones y evaluar la instrumentación a futuro de la introducción de vacunas contra el VPH, contribuyendo así a la disminución significativa del desarrollo de cáncer de cuello y otras patologías asociadas a este virus

La placa dental como reservorio de Helicobacter pylori

La placa dental ha sido propuesta como un reservorio para Helicobacter pylori, sugiriéndose que el microambiente oral pueda ser un nicho permanente para la bacteria. El objetivo de este estudio fue determinar el papel que juega la placa dental como reservorio de esta especie, evaluando la presencia de ADN de H. pylori en la placa dental y biopsias gástricas, mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR por sus siglas en inglés). Fueron evaluados 71 pacientes sintomáticos gastrointestinales referidos para examen endos-cópico, provenientes del Servicio de Gastroenterología del Hospital Universitario de Caracas, Venezuela y 40 sujetos asintomáticos. Las muestras de placa dental fueron analizadas por PCR, basada en la secuencia del gen ure c. Se tomaron biopsias gástricas para análisis histopatológico y PCR.  H. pylori. fue detectado en las biopsias gástricas de 48(68%) de los 71 pacientes, todos con gastritis crónica y en placa dental de 13(18%) de los 71 sujetos. En 8 (17%) de estos 48 pacientes, H. pylori fué también detectado en placa dental. De estos pacientes  4  presentaban  adicionalmente  displasia  y  4  metaplasia.  Tres  pacientes  del  grupo  control  fueron  positivos  por  PCR  para  H. pylori en placa dental. La placa dental puede ser un reservorio para la bacteria, y su presencia podría representar un factor de riesgo para la reinfección gastrointestinal, posterior al tratamiento de erradicación de la bacteria.&nbsp

A 500-year tale of co-evolution, adaptation, and virulence: Helicobacter pylori in the Americas.

Helicobacter pylori is a common component of the human stomach microbiota, possibly dating back to the speciation of Homo sapiens. A history of pathogen evolution in allopatry has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations, associated with different human populations, and more recent admixture among H. pylori subpopulations can provide information about human migrations. However, little is known about the degree to which some H. pylori genes are conserved in the face of admixture, potentially indicating host adaptation, or how virulence genes spread among different populations. We analyzed H. pylori genomes from 14 countries in the Americas, strains from the Iberian Peninsula, and public genomes from Europe, Africa, and Asia, to investigate how admixture varies across different regions and gene families. Whole-genome analyses of 723 H. pylori strains from around the world showed evidence of frequent admixture in the American strains with a complex mosaic of contributions from H. pylori populations originating in the Americas as well as other continents. Despite the complex admixture, distinctive genomic fingerprints were identified for each region, revealing novel American H. pylori subpopulations. A pan-genome Fst analysis showed that variation in virulence genes had the strongest fixation in America, compared with non-American populations, and that much of the variation constituted non-synonymous substitutions in functional domains. Network analyses suggest that these virulence genes have followed unique evolutionary paths in the American populations, spreading into different genetic backgrounds, potentially contributing to the high risk of gastric cancer in the region.This work was supported by “Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología” (CONACYT; no. 576951) grant to ZYM-R, and by Magnus Bergvalls Foundation and Swedish Society for Medical Research (SSMF) to KT. SKS and BP are funded by the Medical Research Council (MR/L015080/1). Supported in part by the US National Cancer Institute National Cancer Institute to DRM (P01 CA028842, R01 CA190612, K07 CA125588, P30 CA068485). We are very grateful to Daniel Falush (Unit of Statistical Genetics of Bacteria, Institut Pasteur of Shanghai) for his critical input during the analysis of the presented data. We acknowledge the Aklavik H. pylori Project Planning Committee (Northwest Territories, Canada) for providing input on our presentation of this analysis.info:eu-repo/semantics/publishedVersio