Molecular epidemiology of sexually transmitted human papillomavirus in a self referred group of women in Ireland

Background: Human papillomavirus (HPV) causes cervical cancer and external genital warts. The purpose of this study is to document the genotype distribution of HPV in females aged between 18 and 34 who self-referred to an STI clinic with visible external genital warts (EGW). Scrapings were taken from visible external genital warts (EGW). These scrapings were analysed by PCR for the presence of HPV DNA. Positive samples were then genotyped by means of a commercially available assay (LiPA). A comparison of genotyping results determined by the LiPA assay and direct amplicon DNA sequencing was also performed. Results: Ninety-two patients out of 105 samples (88%) had detectable levels of HPV DNA. The majority of individuals with EGW (66%) showed the presence of two or more genotypes. The most common HPV genotypes present in the study population were HPV-6, HPV-11, HPV-16, HPV-18, HPV-33 and HPV-53. Potential effects of vaccination on HPV molecular epidemiology indicate that 40% of the patients could have been protected from the high risk genotypes HPV-16 and HPV-18.Conclusion: This is the first report of the molecular epidemiology of external genital warts in women aged between 18 and 34 from Ireland based on results from a LiPA assay. The study shows that most individuals are infected with multiple genotypes including those with high oncogenic potential and that the newly available HPV vaccines could have a significant impact on prevalence of the most common HPV genotypes in this study population

Spatial clustering and risk factors of malaria infections in Ratanakiri Province, Cambodia

Background: Malaria incidence worldwide has steadily declined over the past decades. Consequently, increasingly more countries will proceed from control to elimination. The malaria distribution in low incidence settings appears patchy, and local transmission hotspots are a continuous source of infection. In this study, species-specific clusters and associated risk factors were identified based on malaria prevalence data collected in the north-east of Cambodia. In addition, Plasmodium falciparum genetic diversity, population structure and gene flows were studied.Method: In 2012, blood samples from 5793 randomly selected individuals living in 117 villages were collected from Ratanakiri province, Cambodia. Malariometric data of each participant were simultaneously accumulated using a standard questionnaire. A two-step PCR allowed for species-specific detection of malaria parasites, and SNPgenotyping of P. falciparum was performed. SaTScan was used to determine species-specific areas of elevated risk to infection, and univariate and multivariate risk analyses were carried out.Result: PCR diagnosis found 368 positive individuals (6.4%) for malaria parasites, of which 22% contained mixed species infections. The occurrence of these co-infections was more frequent than expected. Specific areas with elevated risk of infection were detected for all Plasmodium species. The clusters for Falciparum, Vivax and Ovale malaria appeared in the north of the province along the main river, while the cluster for Malariae malaria was situated elsewhere. The relative risk to be a malaria parasite carrier within clusters along the river was twice that outside the area. The main risk factor associated with three out of four malaria species was overnight stay in the plot hut, a human behaviour associated with indigenous farming. Haplotypes did not show clear geographical population structure, but pairwise Fst value comparison indicated higher parasite flow along the river.Discussion: Spatial aggregation of malaria parasite carriers, and the identification of malaria species-specific risk factors provide key insights in malaria epidemiology in low transmission settings, which can guide targeted supplementary interventions. Consequently, future malaria programmes in the province should implement additional specific policies targeting households staying overnight at their farms outside the village, in addition to migrants and forest workers

Bilan 2021 Transmo. Préparation du transfert des activités de surveillance de la santé des mollusques marins

Après avoir assuré la gestion du réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) pendant plus de 25 ans, l’Ifremer a souhaité recentrer ses activités sur le soutien scientifique et technique, la référence, ainsi que le développement et la démonstration en termes de méthodologies, et ne plus intervenir dans les tâches de routine de la surveillance. Ce positionnement inclut un accompagnement vers d’autres acteurs de la santé des mollusques marins, le transfert de certaines tâches jusqu’ alors réalisées par l’Ifremer. A cette fin, l’action Transmo a été proposée dans les conventions DGAL-IFREMER

REPAMO. Bulletin de Surveillance. Janvier-Décembre 2019

Le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est le réseau de surveillance de l’état de santé des coquillages du littoral français mis en œuvre par l’Ifremer pour le compte du ministère chargé de l’agriculture. L’objectif du réseau est de  détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes émergents et/ou exotiques affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. La surveillance de la santé des coquillages, sauvages et d’élevage, est mise en œuvre au travers d’une approche d’épidémiosurveillance événementielle s’appuyant sur la déclaration obligatoire des hausses de mortalité de mollusques par les conchyliculteurs/pêcheurs auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Dès lors que les conditions favorables sont réunies (e.g. précocité de la déclaration, présence de coquillages malades, suspicion de présence d’organismes pathogènes exotiques et/ou émergents…), l’Ifremer intervient en collaboration avec la DDTM pour réaliser des prélèvements de coquillages. Ces prélèvements font l’objet d’analyses diagnostiques par des laboratoires agréés ou par le laboratoire National de Référence pour rechercher la présence d’agents infectieux (cf Instruction technique DGAL/SASPP/2018-400 24/05/2018). Ce bulletin présente l'ensemble des prélèvements et analyses réalisés dans le cadre du réseau REPAMO au cours de l'année 2019

REPAMO. Bulletin de Surveillance. Janvier-Décembre 2020

Le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est le réseau de surveillance de l’état de santé des coquillages du littoral français mis en œuvre par l’Ifremer pour le compte du ministère chargé de l’agriculture. L’objectif du réseau est de  détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes émergents et/ou exotiques affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. La surveillance de la santé des coquillages, sauvages et d’élevage, est mise en œuvre au travers d’une approche d’épidémiosurveillance événementielle s’appuyant sur la déclaration obligatoire des hausses de mortalité de mollusques par les conchyliculteurs/pêcheurs auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Dès lors que les conditions favorables sont réunies (e.g. précocité de la déclaration, présence de coquillages malades, suspicion de présence d’organismes pathogènes exotiques et/ou émergents…), l’Ifremer intervient en collaboration avec la DDTM pour réaliser des prélèvements de coquillages. Ces prélèvements font l’objet d’analyses diagnostiques par des laboratoires agréés ou par le laboratoire National de Référence pour rechercher la présence d’agents infectieux (cf Instruction technique DGAL/SASPP/2018-400 24/05/2018). Ce bulletin présente l'ensemble des prélèvements et analyses réalisés dans le cadre du réseau REPAMO au cours de l'année 2020

Bilan 2020 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO

Le réseau REPAMO est le réseau de surveillance de la santé des mollusques marins sauvages et d’élevage du littoral Français, géré par Ifremer. Ce réseau assure une mission réglementaire. Il est opéré par l’IFREMER pour le compte du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation à travers la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL). La surveillance assurée est une surveillance événementielle basée sur les déclarations obligatoires de hausses de mortalité des coquillages par les éleveurs et pêcheurs à pied auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). En 2020 ont eu lieu 29 activations du réseau dont 26 ont abouti à la réalisation d’un prélèvement. Parmi les prélèvements réalisés,11 ont concerné les huîtres creuses Crassostrea gigas (principalement des adultes), 14 les moules Mytilus sp., et 1 les praires Venus verrucosa. L’agent réglementé Marteilia refringens a été détecté sur un lot de moules de Bretagne (sur 2/20 individus). L’herpès virus OsHV-1 a été détecté sur 4 lots d’huîtres creuses. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée sur 4 lots d’huîtres creuses. Des bactéries appartenant au groupe Splendidus ont été détectées sur 9 lots d’huîtres creuses et sur 10 lots de moules. Des mortalités d’huitres creuses observées dans le bassin d’Arcachon ont été associées à une présence anormalement importante de plathelminthes dont la taxonomie n’a toujours pas été élucidée. En complément des analyses de routine, 8 lots de moules et 8 lots d’huitres creuses ont été sélectionnées pour la réalisation d’analyses MALDI-TOF sur les bactéries isolées de ces animaux à l’aide de la base de données récemment développée par le LNR, dédiée aux bactéries Vibrio potentiellement pathogènes pour les coquillages

Bilan 2018 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO

Le réseau REPAMO est le réseau de surveillance de la santé des mollusques marins sauvages et d’élevage mis en place en 1992 et géré par Ifremer. Ce réseau assure une mission réglementaire (Directive Européenne 2006/88/CE) et une activité de service public déléguée par le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation à travers la Direction Générale à l’Alimentation (DGAL). La surveillance assurée est une surveillance événementielle  basée sur les déclarations obligatoires de hausse de mortalité par les éleveurs et pêcheurs à pied auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). En 2018 ont eu lieu 28 activations du réseau avec 24 prélèvements effectués et 4 prélèvements annulés. Parmi les prélèvements réalisés, 9 ont concerné les huîtres creuses Crassostrea gigas, 9 les moules bleues Mytilus edulis, 4 les grandes nacres Pinna nobilis, 1 les coquilles St Jacques Pecten maximus et 1 les coques Cerastoderma edule. Aucun agent réglementé n’a été détecté sur ces prélèvements ; l’herpesvirus OsHV-1 a été détecté dans 6 lots d’huîtres creuses, 1 lot de moules et 1 lot de coquilles St Jacques ; la bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 2 lots d’huîtres creuses et 1 lot de coques ; des bactéries appartenant au groupe Splendidus ont été détectées dans 5 lots d’huîtres creuses, tous les lots de moules analysés (9), le lot de coques et 2 lots de grandes nacres