Exact distribution of a pattern in a set of random sequences generated by a Markov source: applications to biological data

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In bioinformatics it is common to search for a pattern of interest in a potentially large set of rather short sequences (upstream gene regions, proteins, exons, etc.). Although many methodological approaches allow practitioners to compute the distribution of a pattern count in a random sequence generated by a Markov source, no specific developments have taken into account the counting of occurrences in a set of independent sequences. We aim to address this problem by deriving efficient approaches and algorithms to perform these computations both for low and high complexity patterns in the framework of homogeneous or heterogeneous Markov models.</p> <p>Results</p> <p>The latest advances in the field allowed us to use a technique of optimal Markov chain embedding based on deterministic finite automata to introduce three innovative algorithms. Algorithm 1 is the only one able to deal with heterogeneous models. It also permits to avoid any product of convolution of the pattern distribution in individual sequences. When working with homogeneous models, Algorithm 2 yields a dramatic reduction in the complexity by taking advantage of previous computations to obtain moment generating functions efficiently. In the particular case of low or moderate complexity patterns, Algorithm 3 exploits power computation and binary decomposition to further reduce the time complexity to a logarithmic scale. All these algorithms and their relative interest in comparison with existing ones were then tested and discussed on a toy-example and three biological data sets: structural patterns in protein loop structures, PROSITE signatures in a bacterial proteome, and transcription factors in upstream gene regions. On these data sets, we also compared our exact approaches to the tempting approximation that consists in concatenating the sequences in the data set into a single sequence.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our algorithms prove to be effective and able to handle real data sets with multiple sequences, as well as biological patterns of interest, even when the latter display a high complexity (PROSITE signatures for example). In addition, these exact algorithms allow us to avoid the edge effect observed under the single sequence approximation, which leads to erroneous results, especially when the marginal distribution of the model displays a slow convergence toward the stationary distribution. We end up with a discussion on our method and on its potential improvements.</p

L'herbier de la Faculté de Pharmacie de Toulouse

Cette thèse porte sur l'herbier de la Faculté de Pharmacie de Toulouse, réalisé au 19e siècle. Dans une première partie, sont exposées l'histoire de la Faculté et l'histoire de la Botanique systématique. Ensuite les trois herbiers composant l'herbier de la Faculté sont présentés et étudiés : auteur, époque de réalisation de l'herbier, relations ayant enrichi la collection, participation à des Sociétés d'échange de plantes, stations de cueillette. Puis, est décrite l'utilisation passée et actuelle des herbiers. Le Muséum d'Histoire Naturelle de Toulouse, à qui va revenir l'herbier de la Faculté de Pharmacie est aussi présenté. En dernier lieu, la réalisation des photographies numériques et de la base de données est évoquée.PARIS-Museum-Bib. Botanique (751052309) / SudocSudocFranceF

Victorien Sardou, un siècle plus tard

Dans la deuxième moitié du xixe siècle, Victorien Sardou (1831-1908) fut l'ambassadeur officieux de la culture française à l'étranger, grâce notamment à sa muse Sarah Bernhardt, pour qui il écrivit sept pièces. En quarante ans de carrière, il parvint à déployer des talents variés : tour à tour, ou simultanément, auteur de féeries, de vaudevilles, de comédies de mœurs, de satires sociales, de drames historiques ou psychologiques, il fut aussi metteur en scène, décorateur à ses heures, agent littéraire et promoteur de spectacles. Un homme de théâtre, dans l'acception plurielle que l'expression recouvrait au xixe siècle, et jusqu'à Cocteau. Mais cet éclectisme, et plus encore le suffrage du grand public, valurent à l'auteur de solides inimitiés, et un mépris persistant. Ce n'est pas le moindre intérêt de son œuvre que d'avoir servi de repoussoir aux poètes et dramaturges de l'avant-garde, notamment symboliste. Aujourd'hui que l'on commémore le centenaire de la disparition de l'auteur, il est possible de jeter un regard renouvelé sur son œuvre - sur des spectacles qui marquèrent à maints égards l'apogée du xixe siècle au théâtre, mais qui, peu avant l'arrivée du cinéma, semblaient aussi annoncer le siècle à venir. Comment considérer, à un siècle de distance, la production de Sardou ? Et son travail de mise en scène ? Comment les articuler surtout avec la création théâtrale du xixe siècle finissant ? Et avec celle d'un xxe siècle que Sardou connut à peine ? Telles sont les questions développées par ce livre - le premier à projeter des feux croisés sur celui qui s'était tenu, durant un demi-siècle, au centre de la scène théâtrale européenne

The phenotypic and genetic spectrum of patients with heterozygous mutations in cyclin M2 (CNNM2)

Hypomagnesemia, seizures, and intellectual disability (HSMR) syndrome is a rare disorder caused by mutations in the cyclin M2 (CNNM2) gene. Due to the limited number of cases, extensive phenotype analyses of these patients have not been performed, hindering early recognition of patients. In this study, we established the largest cohort of HSMR to date, aiming to improve recognition and diagnosis of this complex disorder. Eleven novel variants in CNNM2 were identified in nine single sporadic cases and in two families with suspected HSMR syndrome. 25 Mg2+ uptake assays demonstrated loss-of-function in seven out of nine variants in CNNM2. Interestingly, the pathogenic mutations resulted in decreased plasma membrane expression. The phenotype of those affected by pathogenic CNNM2 mutations was compared with five previously reported cases of HSMR. All patients suffered from hypomagnesemia (0.44-0.72 mmol/L), which could not be fully corrected by Mg2+ supplementation. The majority of patients (77%) experienced generalized seizures and exhibited mild to moderate intellectual disability and speech delay. Moreover, severe obesity was present in most patients (89%). Our data establish hypomagnesemia, seizures, intellectual disability, and obesity as hallmarks of HSMR syndrome. The assessment of these major features offers a straightforward tool for the clinical diagnosis of HSMR