Regulation of proteinaceous effector expression in phytopathogenic fungi

Effectors are molecules used by microbial pathogens to facilitate infection via effector-triggered susceptibility or tissue necrosis in their host. Much research has been focussed on the identification and elucidating the function of fungal effectors during plant pathogenesis. By comparison, knowledge of how phytopathogenic fungi regulate the expression of effector genes has been lagging. Several recent studies have illustrated the role of various transcription factors, chromosome-based control, effector epistasis, and mobilisation of endosomes within the fungal hyphae in regulating effector expression and virulence on the host plant. Improved knowledge of effector regulation is likely to assist in improving novel crop protection strategies

A game of hide and seek between avirulence genes <i>AvrLm4-7</i> and <i>AvrLm3</i> in <i>Leptosphaeria maculans</i>

Extending the durability of plant resistance genes towards fungal pathogens is a major challenge. We identified and investigated the relationship between two avirulence genes of Leptosphaeria maculans, AvrLm3 and AvrLm4‐7. When an isolate possesses both genes, the Rlm3‐mediated resistance of oilseed rape (Brassica napus) is not expressed due to the presence of AvrLm4‐7 but virulent isolates toward Rlm7 recover the AvrLm3 phenotype. Combining genetic and genomic approaches (genetic mapping, RNA‐seq, BAC (bacterial artificial chromosome) clone sequencing and de novo assembly) we cloned AvrLm3, a telomeric avirulence gene of L. maculans. AvrLm3 is located in a gap of the L. maculans reference genome assembly, is surrounded by repeated elements, encodes for a small secreted cysteine‐rich protein and is highly expressed at early infection stages. Complementation and silencing assays validated the masking effect of AvrLm4‐7 on AvrLm3 recognition by Rlm3 and we showed that the presence of AvrLm4‐7 does not impede AvrLm3 expression in planta. Y2H assays suggest the absence of physical interaction between the two avirulence proteins. This unusual interaction is the basis for field experiments aiming to evaluate strategies that increase Rlm7 durability

Gd-nanoparticles functionalization with specific peptides for ß-amyloid plaques targeting.

AmylDi

A fungal avirulence factor encoded in a highly plastic genomic region triggers partial resistance to septoria tritici blotch

Cultivar-strain specificity in the wheat-Zymoseptoria tritici pathosystem determines the infection outcome and is controlled by resistance genes on the host side, many of which have been identified. On the pathogen side, however, the molecular determinants of specificity remain largely unknown. We used genetic mapping, targeted gene disruption and allele swapping to characterise the recognition of the new avirulence factor Avr3D1. We then combined population genetic and comparative genomic analyses to characterise the evolutionary trajectory of Avr3D1. Avr3D1 is specifically recognised by wheat cultivars harbouring the Stb7 resistance gene, triggering a strong defence response without preventing pathogen infection and reproduction. Avr3D1 resides in a cluster of putative effector genes located in a genome region populated by independent transposable element insertions. The gene was present in all 132 investigated strains and is highly polymorphic, with 30 different protein variants identified. We demonstrated that specific amino acid substitutions in Avr3D1 led to evasion of recognition. These results demonstrate that quantitative resistance and gene-for-gene interactions are not mutually exclusive. Localising avirulence genes in highly plastic genomic regions probably facilitates accelerated evolution that enables escape from recognition by resistance proteins

Impact d’un amorçage olfactif sur la prise alimentaire auprès de patients Alzheimer

Dans le contexte d’une population vieillissante, la dénutrition chez les personnes âgées est devenue une préoccupation majeure de santé publique, en France comme dans la plupart des pays occidentaux (PNNS, 2011). La dénutrition correspond à un déficit des apports nutritionnels, en termes de calories et/ou de nutriments et micronutriments. Sans prise en charge, elle entraîne une diminution de la mobilité, un risque accru de chutes ou de fractures, une vulnérabilité vis-à-vis des maladies infectieuses et une aggravation des maladies chroniques. En parallèle des stratégies « nutritionnelles » (conseils nutritionnels, utilisation de compléments nutritionnels), l’objectif du programme AUPALESENS était de tester l’efficacité de stratégies « sensorielles » pour prévenir et lutter contre la dénutrition chez les seniors. Spécifiquement, ce programme a permis : -De mesurer l’impact de facteurs sensoriels, psychologiques et sociologiques sur le comportement alimentaire et le statut nutritionnel du senior. Ce travail repose sur une enquête pluridisciplinaire menée auprès de 559 français de plus de 65 ans présentant différents degrés de dépendance (personnes autonomes vivant à domicile ; personnes bénéficiant d’une aide à domicile ; personnes vivant en institution). -D’identifier des leviers permettant d’améliorer l’appétence et le plaisir associés aux repas pour les seniors dépendants. Pour ce travail, nous avons développé et testé des outils et des stratégies permettant d’améliorer 1. la qualité sensorielle des aliments proposés aux seniors (contenu de l’assiette) et 2. le contexte du repas (réappropriation du repas). -D’évaluer l’impact de leviers sensoriels sur la prise alimentaire au cours d’un repas. Pour ce travail, nous avons réalisé près de 100 repas expérimentaux au sein de différentes institutions afin de mesurer les quantités ingérées par les résidents en fonction des améliorations sensorielles proposées. Le 26 novembre 2013 s’est tenu à Dijon le colloque de restitution du programme AUPALESENS. Co-labellisé par les pôles de compétitivité Valorial® et Vitagora®, soutenu par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR), ce programme a été coordonné par le CHU de Dijon en partenariat avec l’Inra de Dijon et l’ESA d’Angers. Aupalesens a permis de montrer que le maintien du plaisir de manger et d’être à table est une bonne stratégie sensorielle pour répondre à la problématique nutritionnelle du sujet âgé et lutter contre la dénutrition. Le vieillissement s’accompagne de changements qui peuvent influer sur le comportement alimentaire et conduire à une dénutrition. Donnée difficile à évaluer, et souvent sous-estimée, on considère que la dénutrition touche environ 15 à 40% des personnes âgées vivant en institution, et de 50% à 70% de celles hospitalisées. En partant de ce constat, et en se distinguant d’une approche exclusivement nutritionnelle, le programme de recherche Aupalesens a testé l’efficacité de stratégies « sensorielles » pour prévenir et lutter contre la dénutrition chez les seniors. Des liens forts ont ainsi été mis en évidence entre dépendance alimentaire, perte d’autonomie, diminution des capacités sensorielles, plaisir alimentaire et dénutrition. Un risque accru de dénutrition lié à la perte d’autonomie alimentaire Les scientifiques ont mesuré l’impact des facteurs sensoriels, psychologiques et sociologiques sur le comportement alimentaire et le statut nutritionnel du senior. Ce travail repose sur une enquête pluridisciplinaire menée auprès de 559 français de plus de 65 ans présentant différents degrés de dépendance (personnes autonomes vivant à domicile, personnes bénéficiant d’une aide à domicile, personnes vivant en institution). La mise en place des aides chez les personnes en perte d’autonomie est incontournable mais pose la question du bénéfice réel apporté sur l’état nutritionnel par la délégation de tout ou partie des activités culinaires. En effet, 46% des personnes âgées bénéficiant d'une aide pour leur alimentation (à domicile ou en institution) sont dénutries ou à risque de dénutrition, contre seulement 4 à 16% des personnes ne bénéficiant pas d'une aide pour leur alimentation. Des leviers pour améliorer l’appétence et le plaisir associés aux repas des seniors dépendants L’acte alimentaire ne se limitant pas à la satisfaction d’un besoin physiologique, mais étant intimement lié à la dimension plaisir, l’équipe du programme Aupalesens a développé et testé des outils et des stratégies permettant d’améliorer à la fois la qualité sensorielle des aliments proposés aux seniors (contenu de l’assiette) et le contexte du repas, en passant notamment par la réappropriation du repas. Près de 100 repas expérimentaux ont été réalisés au sein de différentes institutions afin de mesurer les quantités ingérées par les résidents en fonction des améliorations sensorielles proposées. La mise à disposition de condiments à table s’est révélée être une stratégie efficace pour augmenter le plaisir à manger. La présence de deux légumes plutôt qu’un seul dans l’assiette a permis d’augmenter la consommation de viande des résidents testés d’environ 32%. L’amélioration organoleptique des plats et l’introduction de variété sensorielle dans l’environnement des repas ont chacune entraîné une augmentation significative des quantités consommées et de l’appréciation du repas. En revanche, ces deux leviers n’ont pas d’effet cumulatif. Projet ambitieux et pluridisciplinaire, le programme Aupalesens a permis d’ouvrir une nouvelle aire dans la lutte contre la dénutrition des seniors dépendants, en montrant avant tout qu’une bonne alimentation consiste non seulement à satisfaire leurs besoins nutritionnels, mais aussi à leur proposer des plats qu’ils consomment… avec plaisir. A la suite du colloque AUPALESENS, l’Inra organisait également en partenariat avec Vitagora®, le 27 novembre 2013, un Carrefour de l’Innovation Agronomique à Dijon sur la thématique « L'alimentation des seniors et le bien vieillir », dont la restitution vidéo est accessible sur le site institutionnel (inra.fr). AUPALESENS a été financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Ce programme a rassemblé 7 organismes de recherche publique : le CHU de Dijon Service de Médecine Interne Gériatrie, l’ESA d’Angers, l’unité Sensométrie et Chimiométrie de Nantes (ONIRIS/Inra), l’unité LARGECIA de Nantes (ONIRIS), l’unité Aliss (Inra, Paris), l’UMR CSGA (Inra, CNRS, Université de Bourgogne, Dijon), le Service d’endocrinologie et diabétologie du CHU d’Angers, et le Département de psychologie des âges de la vie de l’Université François Rabelais (Tours). Sept structures privées ont également été impliquées : Les Repas Santé (Beaune), Livrac groupe Terrena (Haute Goulaine), Frutarom (Dijon), Lactalis (Retiers), Cecab D’aucy (Saint Thurien), Entremont Alliance (Malestroit). AUPALESENS est un programme labellisé par Valorial® et Vitagora® deux pôles de compétitivité guidant ses acteurs scientifiques et industriels vers des projets collaboratifs débouchant sur des produits et services innovant visant la conquête de marchés alimentaires en France et à l’export

Synthesis and characterization of multimodal Gd-Nanoparticles vectorized for Amyloidosis diagnosis, and their affinity evaluation using Biacore.

International audienceAmyloidosis is a systemic disorder in which proteins form insoluble aggregates (or fibrils) in extracellular tissues. Depending of the protein nature and its deposition area, this accumulation could lead to different pathologies. In this project, we focus on three kind of amyloidosis forms: i) Amyloid Aβ, ii) Islet Amyloid PolyPeptide IAPP, iii) Transthyretin TTR, which are respectively responsible of Alzheimer Disease, type II diabetes and finely cardiomyopathy and polyneuropathy. We are investigating two different strategies to target the fibrils: i) Camelid heavy chain antibody fragment (or Nanobody)[1], ii) Peptides derived from the protein responsible of the aggregate

Legume pangenome construction using an iterative mapping and assembly approach

A pangenome is a collection of genomic sequences found in the entire species rather than a single individual. It allows for comprehensive, species-wide characterization of genetic variations and mining of variable genes which may play important roles in phenotypes of interest. Recent advances in sequencing technologies have facilitated draft genome sequence construction and have made pangenome constructions feasible. Here, we present a reference genome-based iterative mapping and assembly method to construct a pangenome for a legume species