Overview of Green Sample Preparation Techniques in Food Analysis

Nowadays, the significance of food analysis could be emphasized in consequence of growing world population besides the increased consumer demands for the safe food. The reliability and accuracy of analysis are highly affected by sample preparation, extraction, enrichment, and isolation of the analytes. Traditional sample preparation techniques are not only costly but also time-consuming and generally labor-intensive, and furthermore, these techniques required high solvent content, which generates waste, pollutes sample, and enriches the analyte for the food analysis. In recent years, new extraction techniques have been discovered as an alternative to the conventional sampling procedure. Simple, fast, cost-effective and green (environmentally friendly) techniques can be preferred gradually instead of traditional methodologies in order to the extraction of the sample. The aim of the chapter will be to compile and discuss the advantages, pro and cons, and use of some sample preparation techniques that are relevant to the green chemistry

Vertical transport of water and chemicals as affected by soil layering: a model study

Transport of water and chemicals in soils is controlled by soil properties and processes. Advection, adsorption, diffusion, and dispersion of the chemical are the main processes controlling the extent of transport of a chemical. Soil porosity and pore size distribution are the key factors controlling the water and solute flow by advection and dispersion, soil adsorption phenomena are the main factors controlling the retention of the chemical in soils. All these processes are highly variable by depth due to differences in soil characteristics of different soil horizons. This study was conducted to analyze interactions between soil layering and vertical transport of solutes and water at 2-m wide, 4-m long, and 0.5-m deep lysimeters constructed as field plots. Zero, five, ten, fifteen, and twenty cm thick sand layers (as treatments) were placed over a level alkaline surface, then 30 cm thick nonalkaline soil layers were packed over the sand layers. To represent plant effect, alfalfa was grown at each plot since it has a dense canopy. Changes in pH, EC, and in concentrations of Na, K, HCO3, and B in topsoil were monitored, measuring these variables in water extracts collected by vacuum samplers following rainfall and/or irrigation events. Water content of both repacked topsoil and alkali subsoil were measured in October, 2004 when soil was dry. At the final sampling, a representative profile was open in each research plot and morphological observations were made in these profiles. Soil pH decreased and then increased sharply irrespective to sand layer thickness, and concentrations of HCO3 and B showed a similar behavior. The EC of repacked topsoil decreased continuously probably due to the leaching of salts by application of excess amount of irrigation water, and Na concentration of soil solution increased continuously, which was attributed to sodium transported by capillary rising water from the blow alkali soil. Greater values for water content occurred at final sampling in alkali soil below 5- and 0-cm sand layers, indicating that sand layer with 10 cm thickness obscured percolation of excess water from irrigation and precipitation as observed in layered soil profiles. Roots of alfalfa concentrated in the zone of sand layers, and almost no roots of alfalfa penetrated into the alkali zone in search of water and nutrients. As morphological observations revealed, channels of decayed roots in the alkali soil served as preferential pathways of water and chemical from upper layers

Evaluation of Vitamin D Levels in Patients with Hyperthyroidism and Hypothyroidism

D vitamini sağlıklı kemik gelişimine katkı sağlamasının yanı sıra birçok kanser tipinin, otoimmun, kardiyovasküler ve enfeksiyon hastalıklarının önlenmesinde de gereklidir. Son zamanlarda birçok çalışmada düşük vitamin D düzeylerinin Graves ve Hashimoto tiroidinde etkisi olduğuna değinilmiştir. Ayrıca inflamatuar sitokinlerin tiroid fonksiyonlarını etkilediği gösterilmiştir. Bu çalışmamızda Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi İç hastalıkları Anabilim Dalı Endokrinoloji polikliniğine başvuran subklinik ve klinik hipotiroidi ve hipertiroidi tanılı hastalarda tiroid hormon düzeyleri ile D vitamini düzeylerinin karşılaştırılması ve aralarındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Biz bu çalışmada subklinik ve klinik hipotiroidi ve hipertiroidili hastaların serum D vitamini, parathormon (PTH) ve kalsiyum (Ca) düzeyleri ile malondialdehid (MDA), redükte glutatyon (GSH), tümör nekroz faktör-alfa (TNF-α), interferon gama (IFN-γ), interlökin 6 (IL-6), interlökin 17 (IL-17) düzeylerini ölçtük ve bunlar arasındaki ilişkiyi inceledik. Hastalar serbest T3 (fT3), serbest T4 (fT4) ve TSH düzeylerine göre 15 subklinik hipotiroidi, 15 klinik hipotiroidi, 15 subklinik hipertiroidi ve 16 klinik hipertiroidi hastası olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Çalışmamıza kontrol grubu olarak da alkol, sigara kullanmayan, diyabet, hiperlipidemi, hipertansiyon gibi herhangi bir kronik rahatsızlığı olmayan tiroid ve oksidatif stres metabolizmasını etkileyebilecek herhangi bir ilaç kullanmamış 29 hasta alınmıştır. Subklinik ve klinik hipotiroidili hastaların serum 25(OH) Vitamin D düzeyleri ve ilgili pararametreler PTH ve Ca düzeylerinde kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir değişiklik olmamıştır. GSH düzeylerinde subklinik hipotiroidi ve klinik hipotiroidi grubu kontrol grubu ile karşılaştırılınca (p<0,01; p<0,001; sırasıyla) anlamlı bir azalma görülmüştür. Subklinik hipotiroidili hastaların serum TSH, IL-6, IL-17 ve MDA düzeyleri kontrol grubu ile karşılaştırılınca anlamlı bir artış bulunmuş (p<0,001), IFN-γ değerlerinde ise anlamlı bir azalma tespit edilmiştir (p<0,001). Klinik hipotiroidili hastalarda ise serum TSH, IL-6 ve MDA düzeylerinde anlamlı bir artış saptanırken (p<0,001; p<0,001; p<0,01; sırasıyla), fT3, fT4, IL-17 düzeylerinde ise anlamlı bir azalma görülmüştür (p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Subklinik ve klinik hipertiroidili hastaların serum Vitamin D, PTH ve Ca düzeylerinde kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir değişiklik olmamıştır. Subklinik hipertiroidi grubunda TSH, IFN-γ, IL‐17 ve GSH düzeylerinde azalma tespit edilirken (p<0,001; p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla), T4, IL-6 ve MDA düzeylerinde kontrol grubuna göre anlamlı bir artış saptanmıştır (p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Klinik hipertiroidi grubunda TSH, IL‐17 ve GSH düzeylerinde azalma saptanırken (p<0,001), fT3, fT4, TNF-α, IL-6 ve MDA düzeylerinde artış gözlenmiştir (p<0,001; p<0,001; p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Sonuç olarak, subklinik, klinik hipotiroidizm ve subklinik, klinik hipertiroidizm gruplarının 25-OH Vitamin D, PTH ve Ca düzeyleri arasında anlamlı bir ilişki görülmezken artmış MDA ve azalmış GSH düzeyleri ile oksidatif strese neden olduğunu göstermektedir. İnflamatuar sitokinlerin serum düzeylerinde ise farklı sonuçlar elde edilmesi bu konuda daha ileri çalışmalara ihtiyaç olduğunu göstermektedir.Bu Tez Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından 14.SAĞ.BİL.10. Proje Numarası ile Desteklenmiştir

Detection of Antibiotic Residues in Blossom Honeys from Different Regions in Turkey by LC-MS/MS Method

In the present study, a total of 80 commercial blossom honey samples were obtained from local markets in Ankara, Turkey. These honeys were analyzed for 35 important and risky antibiotics (sulfonamide, tetracycline, macrolide, cephalosporin, aminoglycoside, quinolone, nitrofuran, chloramphenicol, and anthelmintic groups) by the LC-MS/MS multi-antibiotic method. In addition to these analyses, pH measure, moisture, and electrical conductivity were determined in these honey samples. Finally, seven out of 35 antibiotic residues investigated in the honeys were positive. The most frequently detected antibiotics in the analyzed samples were dihydrostreptomycin, streptomycin, erythromycin, sulfadimidine (sulfamethazine), and enrofloxacin as 58.75%, 22.5%, 13.75%, 10%, and 2.5%, respectively. Tetracycline and doxycycline were detected in only one sample. The pH, moisture, and electrical conductivity values of the honey samples were determined as between pH 3.78 and 5.41, 17.48 and 18.03%, and 0.25 and 0.47 mS/cm, respectively. In terms of food safety and human health, it is very important to monitor the residues of these pharmacologically active substances with analytical methods

The Investigation of Mycotoxins and Enterobacteriaceae of Cereal-Based Baby Foods Marketed in Turkey

In this study, a total of 85 cereal-based baby foods with or without milk (four different brands; A, B, C, and D) collected from Ankara local markets, Turkey were analyzed for mycotoxins, total aerobic mesophilic bacteria (TAMB), and Enterobacteriaceae contamination. Baby foods were analyzed for 12 toxicological important mycotoxins such as aflatoxin B1, B2, G1, and G2; fumonisin B1 and B2; ochratoxin A; sterigmatocystin (STE); deoxynivalenol (DON); zearalenone (ZON); and T-2 toxin and HT-2 toxin by LC-MS/MS multi-mycotoxin method. In addition to these mycotoxins, the presence of aflatoxin M1 (AFM1) was investigated in baby foods containing milk. The classical culture method was used for microbiological analysis. Consequently, at least one mycotoxin was detected in 69.41% of the total samples. The most frequently detected mycotoxins were STE (34.12%) and HT-2 (34.12%). However, AFM1 was not detected in any of the baby foods containing milk. Also, TAMB and Enterobacteriaceae were isolated from 30.59% and 10.59% of samples, respectively. As a result, it was determined that the mycotoxin levels in the analyzed samples were in accordance with the mycotoxin levels specified in the Turkish Food Codex

Investıgatıon of keratınocyte mirna ın the ınıtıal stage of the dısease at psorıasıs cell culture model

Bu çalışma, PAÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir (Proje No: 2016SABE007).Psoriasis T hücre aracılı keratinosit hiperproliferasyonuyla ve keskin sınırlı, eritemli plak veya papüller üzerinde yerleşmiş, parlak sedefi-beyaz skuamlarla karakterize kronik, multifaktöryel inflamatuar bir deri hastalığıdır. MikroRNA’lar intron veya ekzonlardan ve protein kodlamayan genlerden transkribe olan; fakat proteine translasyonu gerçekleşmeyen, transkripsiyonel ve posttranskripsiyonel düzeyde negatif gen düzenleyiciler olarak görev alan, ~19-24 nükleotid uzunluğunda, tek zincirli, endojen, kısa RNA dizileridir. Psoriazis patogenezinde miRNA’lar keratinosit farklılaşması, proliferasyonu, inflamasyon, anjiyogenez de görev almalarının yanı sıra regülatör T hücrelerinin regülasyonu ve miRISC kompleksi üzerinden mRNA ve miRNA biyogenezinde görev almaktadır. Çalışmamızda, psoriazis patogenezinde keratinosit hücre hatlarında zamana bağlı miRNA profillendirilmesini yaparak patogenezin başlangıç-tetiklenme aşamasındaki miRNA ekspresyon değişimlerini bulmayı amaçladık. HaCaT keratinosit hücre hattı 1,2,4,8,12,24,48 ve 72 saat 200 ng/ml LPS ile muamele edildi ve ELISA ile IL-1β, IL-17, TNF-α ve LL-37 miktarları tayin edildi. Bu hücrelerden keratinosit spresifik miR-203 ekspresyonu qRT-PCR ile teyit edildi. ELISA sonucu ve miR203 ekspresyon sonucuna göre 1,5 ve 8. saatler seçilerek miRNA’lar ve mRNA’lar arraye gönderildi, profillendirildi, listelendi ve ekspresyonu değişen m/miRNAların psoriazis oluşumundaki rolleri belirlendi. Ekspresyonu değişen miRNA’ların ekstrasellüler matriks reseptör yolağı, Hippo sinyal yolağı, yağ asidi metabolizması, TGF-β sinyal yolağı ve kök hücrelerin pluripotensisini düzenleyen sinyal yolakları ile ilişkili olduğu KEGG yolak analizi ile saptandı. Ayrıca psoriasis patogenezinde immün yanıt, keratinosit proliferasyonu ve farklılaşması, apoptoz inhibisyonu ve ROS oluşumunda görev alan miR-128-3p, miR-597-5p, miR-30c1-3p, miR-769-5p, miR-486-3p, 1226-5p, miR-574-5p, miR-22-3p, miR-941, miR-301a3p, miR-148b-5p, miR-146a-5p, miR-148a-3p, miR-148b-3p, miR-221, miR-181c-5p ve miR-224’ün bu saatlerde ekspresyonlarının anlamlı olarak değiştiği görüldü. Bu bilgiler ışığında psoriasis hastalığını başlangıç aşamasındaki değişikliklerin bir kısmı aydınlatılmış oldu. Başlangıç aşamasının tam olarak ortaya konması için 8. saatten sonraki sürelerde de hücresel ve miRNA analizlerinin devam ettirilmesinin faydalı olacağını düşünmekteyiz.Psoriasis is a chronic, multifactorial inflammatory skin disease characterized by T cellmediated keratinocyte hyperproliferation and shiny, marginal plaques or papules with bright, pearlescent white scales. MicroRNAs, are single-chain, endogenous, ~ 19-24 nucleotides length RNA sequence, transcribed from introns or exons and from genes that do not encode proteins; which serve as negative regulators of transcriptional and posttranscriptional levels. In the pathogenesis of psoriasis, miRNAs are involved in keratinocyte differentiation, proliferation, inflammation, angiogenesis, as well as regulation of regulatory T cells and mRNA and miRNA biogenesis via miRISC complex. In our study, we aimed to find miRNA expression changes in the initiation-triggering stage of pathogenesis by profiling miRNAs in keratinocyte cell lines at time-dependent manner. The HaCaT keratinocyte cell line was treated with 200 ng / ml LPS for 1, 2, 4, 8, 12, 24, 48 and 72 hours and IL-1β, IL-17, TNF-α and LL-37 secretion quantified by ELISA. Expression of keratinocyte-specific miR-203 from these cells was confirmed by qRTPCR. According to the ELISA and miR203 expression results. 1,5th and 8th hours were selected for array. miRNAs and mRNAs isolated from LPS stimulated cell lines and arrayed by private company and array outputs were analysed. The roles of altered expression of the m/miRNAs in the pathogenesis of psoriasis were figured out. Expression-altered miRNAs have been associated with extracellular matrix receptor pathway, Hippo signaling pathway, fatty acid metabolism, TGF-β signaling pathway, and signaling pathways regulating pluripotency of stem cells by KEGG pathway analysis. In addition, the miRNAs whose expression significantly changed at the time points, miR128-3p, miR-597-5p, miR-30c-1-3p, miR-769-5p, miR-486-3p, MiR-148a-3p, miR-148b3p, miR-148b-5p, miR-146a-5p, miR- miR-221, miR-181c-5p and miR-224, are involved in the immune response, keratinocyte proliferation and differentiation, apoptosis inhibition and ROS formation. According to these results, some of the changes in the initiation stage of psoriasis disease have been clarified. We think it would be useful to continue cellular and miRNA analyses after the 8th hour to ensure that the baseline stage is fully established

Evaluation of Vitamin D Levels in Patients with Hyperthyroidism and Hypothyroidism

D vitamini sağlıklı kemik gelişimine katkı sağlamasının yanı sıra birçok kanser tipinin, otoimmun, kardiyovasküler ve enfeksiyon hastalıklarının önlenmesinde de gereklidir. Son zamanlarda birçok çalışmada düşük vitamin D düzeylerinin Graves ve Hashimoto tiroidinde etkisi olduğuna değinilmiştir. Ayrıca inflamatuar sitokinlerin tiroid fonksiyonlarını etkilediği gösterilmiştir. Bu çalışmamızda Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi İç hastalıkları Anabilim Dalı Endokrinoloji polikliniğine başvuran subklinik ve klinik hipotiroidi ve hipertiroidi tanılı hastalarda tiroid hormon düzeyleri ile D vitamini düzeylerinin karşılaştırılması ve aralarındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Biz bu çalışmada subklinik ve klinik hipotiroidi ve hipertiroidili hastaların serum D vitamini, parathormon (PTH) ve kalsiyum (Ca) düzeyleri ile malondialdehid (MDA), redükte glutatyon (GSH), tümör nekroz faktör-alfa (TNF-α), interferon gama (IFN-γ), interlökin 6 (IL-6), interlökin 17 (IL-17) düzeylerini ölçtük ve bunlar arasındaki ilişkiyi inceledik. Hastalar serbest T3 (fT3), serbest T4 (fT4) ve TSH düzeylerine göre 15 subklinik hipotiroidi, 15 klinik hipotiroidi, 15 subklinik hipertiroidi ve 16 klinik hipertiroidi hastası olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Çalışmamıza kontrol grubu olarak da alkol, sigara kullanmayan, diyabet, hiperlipidemi, hipertansiyon gibi herhangi bir kronik rahatsızlığı olmayan tiroid ve oksidatif stres metabolizmasını etkileyebilecek herhangi bir ilaç kullanmamış 29 hasta alınmıştır. Subklinik ve klinik hipotiroidili hastaların serum 25(OH) Vitamin D düzeyleri ve ilgili pararametreler PTH ve Ca düzeylerinde kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir değişiklik olmamıştır. GSH düzeylerinde subklinik hipotiroidi ve klinik hipotiroidi grubu kontrol grubu ile karşılaştırılınca (p<0,01; p<0,001; sırasıyla) anlamlı bir azalma görülmüştür. Subklinik hipotiroidili hastaların serum TSH, IL-6, IL-17 ve MDA düzeyleri kontrol grubu ile karşılaştırılınca anlamlı bir artış bulunmuş (p<0,001), IFN-γ değerlerinde ise anlamlı bir azalma tespit edilmiştir (p<0,001). Klinik hipotiroidili hastalarda ise serum TSH, IL-6 ve MDA düzeylerinde anlamlı bir artış saptanırken (p<0,001; p<0,001; p<0,01; sırasıyla), fT3, fT4, IL-17 düzeylerinde ise anlamlı bir azalma görülmüştür (p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Subklinik ve klinik hipertiroidili hastaların serum Vitamin D, PTH ve Ca düzeylerinde kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı bir değişiklik olmamıştır. Subklinik hipertiroidi grubunda TSH, IFN-γ, IL‐17 ve GSH düzeylerinde azalma tespit edilirken (p<0,001; p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla), T4, IL-6 ve MDA düzeylerinde kontrol grubuna göre anlamlı bir artış saptanmıştır (p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Klinik hipertiroidi grubunda TSH, IL‐17 ve GSH düzeylerinde azalma saptanırken (p<0,001), fT3, fT4, TNF-α, IL-6 ve MDA düzeylerinde artış gözlenmiştir (p<0,001; p<0,001; p<0,01; p<0,001; p<0,001; sırasıyla). Sonuç olarak, subklinik, klinik hipotiroidizm ve subklinik, klinik hipertiroidizm gruplarının 25-OH Vitamin D, PTH ve Ca düzeyleri arasında anlamlı bir ilişki görülmezken artmış MDA ve azalmış GSH düzeyleri ile oksidatif strese neden olduğunu göstermektedir. İnflamatuar sitokinlerin serum düzeylerinde ise farklı sonuçlar elde edilmesi bu konuda daha ileri çalışmalara ihtiyaç olduğunu göstermektedir.Bu Tez Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından 14.SAĞ.BİL.10. Proje Numarası ile Desteklenmiştir.KABUL VE ONAY ÖNSÖZ iii İÇİNDEKİLER v SİMGELER VE KISALTMALAR viii ŞEKİLLER DİZİNİ x TABLOLAR DİZİNİ xii 1. GİRİŞ 1 1.1. Tiroid Hormonlarının Yapısı ve Fonksiyonları 2 1.1.1. Tiroid Hormonlarının Fizyolojisi 2 1.1.2. Tiroid Hormonlarının Etki Mekanizması 5 1.1.3. Tiroid Hormonunun Genel Etkileri 6 1.2. Tiroid Bezinin Fizyopatolojisi 7 1.2.1. Klinik Hipotiroidizm 7 1.2.2. Subklinik Hipotiroidi 8 1.2.3. Klinik Hipertiroidizm 8 1.2.4. Subklinik Hipertiroidizm 8 1.3. D vitamini 9 1.3.1. D vitamini sentezi 9 1.3.2. D Vitamini eksikliği ve intoksikasyonu 11 1.3.3. D Vitamini Eksikliğinin İskelet Sistemi Üzerine Etkileri 13 1.3.4. D Vitamini Eksikliğinin İskelet Sistemi Dışı Etkileri 14 1.4. Tiroid Hastalıkları ve Vitamin D 16 1.5. PTH Hormonu 16 1.6. Kalsiyum (Ca) 18 1.7. Tiroid Hastalıkları ve Oksidatif Stres 20 1.8. Lipid Peroksidasyonu 21 1.9. Sitokinler 22 1.9.1. IL-6 24 1.9.2. IL-17 24 1.9.3. IFN-Gama (IFN-) 25 1.9.4. TNF-Alfa (TNF-) 25 1.10. Glutatyon 26 2. GEREÇ VE YÖNTEMLER 28 2.1. Örneklerin Seçimi 28 2.2. Biyokimyasal Analizler 29 2.2.1. TSH, fT3 ve fT4 analizi 29 2.2.2. 25(OH) Vitamin D analizi 29 2.2.3. PTH ve Kalsiyum analizi 30 2.2.4. Glutatyon analizi 30 2.2.5. MDA analizi 31 2.2.6. IL-6 analizi 31 2.2.7. TNF-α analizi 32 2.2.8. IFN-γ analizi 32 2.2.9. IL-17 analizi 33 2.3. İstatistiksel Analiz 33 3. BULGULAR 34 3.1. Serum TSH Düzeyleri 34 3.2. Serum fT3 Düzeyleri 35 3.3. Serum fT4 Düzeyleri 36 3.4. Serum 25(OH) Vitamin D Düzeyleri 38 3.5. Serum PTH Düzeyleri 39 3.6. Serum Ca Düzeyleri 40 3.7. Serum GSH Düzeyleri 41 3.8. Serum MDA Düzeyleri 42 3.9. Serum IL-6 Düzeyleri 43 3.10. Serum TNF-α Düzeyleri 45 3.11. Serum IFN-γ Düzeyleri 46 3.12. Serum IL-17 Düzeyleri 47 4. TARTIŞMA 49 5. SONUÇ 57 ÖZET..........................................................................................................................58 SUMMARY................................................................................................................60 KAYNAKLAR 6