Intrahost Diversity of Feline Coronavirus: A Consensus between the Circulating Virulent/Avirulent Strains and the Internal Mutation Hypotheses?

To evaluate the most controversial issue concerning current feline coronavirus (FCoV) virology, the coexisting hypotheses of the intrahost and interhost origins of feline infectious peritonitis virus (FIPV) in regard to the pathogenesis of feline infectious peritonitis (FIP), this study aimed to assess the molecular diversity of the membrane gene FCoVs in 190 samples from 10 cats with signs of FIP and in 5 faecal samples from cats without signs of FIP. All samples from the non-FIP cats and 25.26% of the samples from the FIP cats were positive for the FCoV membrane (M) gene. Mutations in this gene consisted of SNP changes randomly scattered among the sequences; few mutations resulted in amino acid changes. No geographic pattern was observed. Of the cats without FIP that harboured FECoV, the amino acid sequence identities for the M gene were 100% among cats (Cats 1–3) from the same cattery, and the overall sequence identity for the M gene was ≥91%. In one cat, two different lineages of FCoV, one enteric and one systemic, were found that segregated apart in the M gene tree. In conclusion, the in vivo mutation transition hypothesis and the circulating high virulent-low virulent FCoV hypothesis have been found to be plausible according to the results obtained from sequencing the M gene

Milling quality and grain translucency of irrigated rice as affected by nitrogen fertilizer

Características dos grãos de arroz, como comprimento e largura, translucidez e rendimento no beneficiamento são importantes na determinação do valor do produto para o mercado. Neste estudo, objetivou-se avaliar a influência de níveis de nitrogênio (0, 45 e 90 kg de N/ha), sobre essas características, em cultivares (IAC-435, De Abril, CICA-4, IR-634, IR-661 e IR-665) de arroz irrigado. O nitrogênio não influenciou significativamente a largura ou o comprimento dos grãos dos genótipos avaliados nem a proporção de grãos inteiros de IAC-435, CICA 4, IR-634 e IR-661. A adubação teve efeito positivo sobre a proporção de grãos translúcidos de IAC-435, De Abril e IR-665 e sobre o rendimento de inteiros de IR-665, mas alterou negativamente esse rendimento em De Abril.Length, width, translucency and milling quality are very important traits in determining the rice value for marketing. Aiming to evaluate the influence of nitrogen fertilization rates (0,45 and 90 kg of N/ha) on these traits, a trial was carried out with the rice cultivars IAC-435, De Abril, CICA 4, IR-634, IR-661 and IR-665. Nitrogen did not significantly influence width nor length of the grains of the genotypes tested nor proportion of full grains of IAC-435, CICA 4, IR-634 and IR-661. Nitrogen had a positive effect on the grain translucency of IAC-435, De Abril and IR-665, and on the head yield of IR-665, but negatively affected this character in the De Abril cultivar

Detecção rápida do Coronavírus Bovino (BCoV) por meio de uma semi-nested RT-PCR

Bovine coronavirus (BCoV) is a member of the group 2 of the Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) and the causative agent of enteritis in both calves and adult bovine, as well as respiratory disease in calves. The present study aimed to develop a semi-nested RT-PCR for the detection of BCoV based on representative up-to-date sequences of the nucleocapsid gene, a conserved region of coronavirus genome. Three primers were designed, the first round with a 463bp and the second (semi-nested) with a 306bp predicted fragment. The analytical sensitivity was determined by 10-fold serial dilutions of the BCoV Kakegawa strain (HA titre: 256) in DEPC treated ultra-pure water, in fetal bovine serum (FBS) and in a BCoV-free fecal suspension, when positive results were found up to the 10-2, 10-3 and 10-7 dilutions, respectively, which suggests that the total amount of RNA in the sample influence the precipitation of pellets by the method of extraction used. When fecal samples was used, a large quantity of total RNA serves as carrier of BCoV RNA, demonstrating a high analytical sensitivity and lack of possible substances inhibiting the PCR. The final semi-nested RT-PCR protocol was applied to 25 fecal samples from adult cows, previously tested by a nested RT-PCR RdRp used as a reference test, resulting in 20 and 17 positives for the first and second tests, respectively, and a substantial agreement was found by kappa statistics (0.694). The high sensitivity and specificity of the new proposed method and the fact that primers were designed based on current BCoV sequences give basis to a more accurate diagnosis of BCoV-caused diseases, as well as to further insights on protocols for the detection of other Coronavirus representatives of both Animal and Public Health importance.O Coronavírus bovino (BCoV) pertence ao grupo 2 do gênero Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) e é agente causador de enterites tanto em bezerros como em bovinos adultos, bem como de doença respiratória em bezerros. O presente estudo teve por objetivo desenvolver uma semi-nested RT-PCR para a detecção do BCoV com base em seqüências representativas e recentes do gene do nucleocapsídeo, região conservada do genoma dos coronavírus. Três primers foram desenhados, a primeira amplificação com um fragmento esperado de 463pb e a segunda (semi-nested) com um fragmento esperado de 306pb. A sensibilidade analítica foi determinada pela diluição do BCoV cepa Kakegawa (título HA: 256) na base de 10 em água ultra-pura tratada com DEPC, em soro fetal bovino (SFB) e em uma suspensão fecal negativa para o BCoV, onde foram encontrados resultados positivos até a diluição de 10-2, 10-3 e 10-7, respectivamente. Este resultado sugere que a quantidade total de RNA na amostra influencia na precipitação dos pellets pelo método de extração utilizado. Quando se utiliza amostra fecal, a grande quantidade de RNA total funciona como carreadora do RNA do BCoV, demonstrando elevada sensibilidade analítica e ausência de possíveis substâncias inibidoras da PCR. O protocolo final da semi-nested RT-PCR foi aplicado a 25 amostras fecais de vacas adultas, previamente avaliadas por uma nested RT-PCR RdRp utilizada como teste de referência, resultando em 20 e 17 amostras positivas para o primeiro e segundo teste, respectivamente. Os resultados dos dois sistema de diagnóstico apresentaram concordância substancial (kappa: 0,694). A elevada sensibilidade e especificidade do novo método proposto e o fato de que os primers foram desenhados baseados em sequências atuais do BCoV, oferecem bases para o diagnóstico mais acurado de infecções causadas pelo BCoV, assim como para novas perspectivas em protocolos de detecção de outros Coronavírus de importância tanto em saninade animal quanto em saúde pública

Diversity of porcine rotavirus genotypes in São Paulo State, Brazil

Rotavírus é uma das causas mais comuns de diarréia tanto em humanos quanto em diferentes espécies animais. Foi conduzido um estudo transversal a partir de 144 amostras fecais diarréicas colhidas de leitões, provenientes de 16 criações comerciais distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, com o objetivo de se detectar a ocorrência de rotavírus e realizar sua caracterização molecular quanto seus genotipos G e P. Um total de 43 amostras (29,86%) foram positivas para rotavírus por Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE) e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. A caracterização mediante reações do tipo nested-multiplex RT-PCR demonstrou que, isoladamente, o genotipo P[6] foi o mais frequente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,63%) e P[7] (9,3%). Infecções concomitantes de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,33%) foram também observadas. Analogamente, o genotipo G[5] foi detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%) e G[5]+G[10] (18,6%). O genotipo G[5]P[6] foi o mais frequente (11,63%), porém outras combinações e amostras não tipificáveis também foram observadas. Considerando-se a diversidade de rotavírus suínos encontrada na população estudada, medidas profiláticas específicas devem levar em conta, para sua efetividade, o grau de proteção cruzada entre os genotipos presentes nas formulações vacinais e aqueles que realmente são circulantes numa região.Rotavirus is one the most common causes of diarrhea both in humans and different animal species. It was carried out a transversal study with 144 diarrheic fecal samples of piglets, from 16 commercial swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, aiming at the detection of rotavirus occurrence and its molecular characterization according to G and P genotypes. A total of 43 samples (29.86%) were positive for rotavirus by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) and ELISA, in a parallel screening scheme. The nested-multiplex RT-PCR characterization revealed that, separately, the P[6] genotype was the most frequent, detected in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.63%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of the genotypes P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.33%) were also found. Similarly, the G[5] genotype was detected on 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%), G[6] (4.65%) and G[5]+G[10] (18.6%). The genotype G[5]P[6] was the most frequent (11.63%), but other combinations and untypeable samples were also observed. Considering the diversity porcine rotavirus found in the surveyed population, specific prophylactic measures should take in charge, for its effectiveness, the cross-protection degree between the genotypes present on vaccine formulations and those that really circulates on a region.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP

Identificação de parvovírus suíno em javalis a partir do sequenciamento parcial do gene VP-2

Este estudo descreve a detecção e a identificação de DNA de parvovírus suíno (PVS) em amostras de órgãos de dois javalis, por PCR e sequenciamento direcionado ao gene VP-2. Pools de órgãos (baço, rins, fígado, linfonodos e tonsila) de três javalis adultos e assintomáticos de Paraguaçu Paulista, SP, criados com propósitos comerciais, foram submetidos à detecção de PVS, resultando em duas amostras positivas após reações de nested-PCR direcionadas aos genes NS-1 e VP-2. Os fragmentos parciais de VP-2 foram sequenciados e comparados a sequências homólogas de cepas NADL-2 e Kresse, demonstrando identidade nucleotídica de 100%. Com relação a 29 cepas de PVS previamente isoladas no Brasil, o grau de identidade nucleotídica variou de 99 a 100% (uma a três substituições de nucleotídeos). Estes resultados demonstram, pela primeira vez, a detecção direta por PCR de parvovírus suíno em javalis, confirmada por análise de sequenciamento genétic

Caracterização Tecnológica e Mineralógica dos Itabiritos Quartzo-Dolomítico e Dolomítico da Mina de Jangada, e Uso da Separação Magnética como Método de Concentração

Existe a necessidade crescente de aproveitamento de minérios de ferro com teores de ferro cada vez mais baixos. Para tal aproveitamento, são indispensáveis estudos de caracterização tecnológica e mineralógica do material. Neste trabalho, foram analisadas duas amostras de itabiritos carbonáticos com baixos teores de Fe para verificar a viabilidade da separação magnética como método de concentração. A amostra de itabirito quartzo-dolomítico apresenta em sua composição 28,68% de Fe, com grande quantidade de CaO (6,15%) e SiO2 (42,29%). A mineralogia é composta basicamente por magnetita, quartzo e dolomita. Os resultados da etapa rougher de separação magnética mostrou um aumento de teor de Fe para 56,43%, com uma recuperação de 88,24%, sendo necessária uma etapa cleaner para purificação do concentrado. A amostra de itabirito dolomítico apresenta em sua composição uma baixa quantidade de SiO2 (0,91%) e teor de Fe de 35,27%, com a presença majoritária de hematita. O resultado da etapa rougher da separação magnética apresentou um aumento do teor de Fe para 65,46%, já caracterizado como produto final. A etapa scavenger recuperou boa parte do Fe (72,63%) perdido na etapa rougher. No geral, a separação magnética se mostrou um método eficiente para a concentração de itabiritos dolomítico e quartzo-dolomítico

Cost-effectiveness of the endovascular repair of Abdominal Aortic Aneurysm in Portugal

AbstractEndovascular Aneurysm Repair (EVAR) for the treatment of aortic abdominal aneurism has been shown to improve short-term survival and quality of life as compared to Open Repair (OR), while reducing the rate of serious complications and allowing for the treatment of more patients.ObjectivesTo examine the cost-effectiveness of EVAR compared to OR in the treatment of aortic abdominal aneurism in the Portuguese context using a model previously developed in the UK.MethodologyWe adapted an international economic evaluation model to the Portuguese situation, assuming that the health benefits of EVAR observed in clinical trials would also apply to Portuguese patients. We carried out an expert panel survey to calculate the resource use associated with the intervention and its short and long-term consequences, valued with Portuguese prices.ResultsThe major cost difference in the primary intervention (difference of 3,064 € in favor of OR) is related to the cost of the endograft/graft. No major differences are observed in the total cost of complications and re-interventions between the two procedures. EVAR represents a cost of 16,709 € over lifetime compared to 12,130 € for OR. Using data from the literature we show that EVAR allows for 0.17 additional undiscounted years of life and 0.091 additional undiscounted quality-adjusted life years. The incremental cost-effectiveness ratio (ICER) of EVAR is of 65,605 €/QALY.ConclusionEndovascular repair of aortic abdominal aneurysm represents an effective alternative and has been used increasingly in Portugal and elsewhere. Our study shows that its cost-effectiveness is currently above the commonly accepted threshold in Portugal, but that the economic value of EVAR would greatly improve if benefits were confirmed in the long run after the intervention. Under these circumstances, EVAR would become an economically valuable intervention that could be adopted on a large scale in Portugal

Co-Infection by Hepatitis C Virus in HIV-Infected Patients in Southern Brazil: Genotype Distribution and Clinical Correlates

BACKGROUND: Prevalence rates of hepatitis C virus (HCV) co-infection, the distribution of HCV genotypes, and the frequency of spontaneous resolution of hepatitis C in patients infected with the Human Immunodeficiency Virus (HIV) have a worldwide disparity. The purpose of this study is to investigate the prevalence of HCV antibodies (anti-HCV) in patients with HIV, the proportion and correlates of infection by different HCV genotypes, and rates of spontaneous resolution of HCV infection. METHODS: A cross-sectional study was conducted among 1143 HIV patients under follow-up in a HIV/AIDS outpatient reference center of the Brazilian public health system. From 357 anti-HCV positive patients, a consecutive sample of 227 individuals HCV treatment-naïve was interviewed and 207 was tested for HCV-RNA and genotypes. RESULTS: Anti-HCV was detected in 357 patients (31.2%). HCV-RNA was undetectable in 16.4% of 207 anti-HCV positive individuals. Genotype 1 was diagnosed in 81.5% of the sample, genotype 2 in 1.7% and genotype 3 in 16.2%. Male gender was the unique characteristic associated with higher prevalence of genotype 1 HCV. CONCLUSIONS: Co-infection by HCV is frequent among patients with HIV in our State, and it is particularly high the infection by HCV genotype 1. Further investigation is necessary to explain the important regional variation in the proportion of infection by the different HCV genotypes and to better understand rates of spontaneous HCV clearance

Phylogenetic relation among bovine rabies cases from Minas Gerais and Sao Paulo States, Brazil: a possible common origin

Acknowledgements: CAPES, FAPESP process number 2011/06236-0Evento realizado em São Paulo, de 14 a 18 de out. 201