Pararenalfat Tissue: Rate of Pararenal Obesity and Relation with Anthropometric Indices of Obesity

Aim. To study a rate of excessive pararenal fat tissue (PRFT) thickness and its relationship with anthropometric obesity indices.Material and methods. 372 patients (152 men and 220 women) were included in the study, the average age was 63.5±13.3 years. There were measured: height, weight, waist circumference (WC), hip circumference (HC), body mass index (BMI), WC/height ratio, sagittal abdominal diameter (SAD), body fat percentage (BFP), body surface area (BSA), body adiposity index (BAI) and visceral obesity index (VAI). All subjects underwent abdominal multispiral computed tomography. PRFT thickness was detected on a single slice at the level of the left renal vein.Results. 27% of the examined group had BMI<25 kg/m2, 28% – excessive body mass, 45% – obesity. The median PRFT thickness was 1.61 (1.03; 2.46) cm. There were correlations between PRFT thickness and glucose (r=0,64, p<0,05) and uric acid (r=0,46, p<0,05) levels. The threshold of referential PRFT thickness was 1,91cm. The rate of pararenal obesity was 9,9% among those with normal body mass, 29,3% in excessive body mass, 66,1% – in 1 class obesity, 67,7% – in 2 class, and 90,1% – in 3 class. The correlation analysis revealed a significant positive correlation between the PRFT thickness and obesity indices with exception of VAI and BAI: with BMI (r=0.43, p<0.05), WC (r=0.57, p<0.05), SAD (r=0.58, p<0.05), BFP (r=0.48, p<0.05), WC/height ratio (r=0.46, p<0.05), and BSA (r=0.58, p<0.05).Conclusion. Excessive PRFT may be detected isolated without any external anthropometric signs of obesity, wherein it is an active component of metabolic disorders typical for obesity. The most significant indices for the detection of pararenal obesity may be WC, SAD, and BSA

Allelic state of prolamin-coding loci in the new oat cultivar ‘Tobolyak’

Background. In order to fully reveal the advantages of a cultivar and use it effectively in production, it is necessary to ensure high sowing and varietal qualities of seeds, which requires improvement in breeding and seed production. Biotechnological methods are increasingly used in initial seed production. High efficiency was shown by the method of electrophoresis of seed storage proteins – prolamins. The aim of this study was to assess the biotype composition and allelic state of the prolamin-coding loci in the new spring oat cultivar ‘Tobolyak’ for its further use in initial seed production.Materials and methods. In 2021, 1519 families of cv. ‘Tobolyak’ were studied using the method of native electrophoresis. Three grains from each family were selected for analyses by random sampling. Electrophoresis was carried out in vertical plates of 13.2% polyacrylamide gel at a constant voltage of 500 V for 4.5–5.0 hours.Results and conclusion. The study of cv. ‘Tobolyak’ families resulted in identifying 13 types of avenin patterns with a frequency of occurrence from 96.36 to 0.07%. A new block of avenin components controlled by the allele of the Avn B locus was described. Number 8 was assigned to this block. It was established that cv. ‘Tobolyak’ had been developed by crossing a minor biotype of cv. ‘Taezhnik’ (Avn 4.4.2) with the first biotype of cv. ‘Orion’ (Avn 2.8.2). The basis of cv. ‘Tobolyak’ was one genotype with the Avn 4.8.2 avenin formula. The remaining biotypes arose as a result of crossing the biotypes of cvs. ‘Taezhnik’ and ‘Orion’ as well as through mechanical contamination. To maintain the genetic stability of cv. ‘Tobolyak’, it is recommended to use only families of the first biotype in the process of original seed production

Associations of genes of DNA repair systems with Parkinson’s disease

Background. Approximately 5–10 % of cases of Parkinson’s disease (PD) are monogenic, in other cases the pathology has a multifactorial etiology. One of recognized pathogenetic pathways of PD is mitochondrial dysfunction, in particular the accumulation of damage in mitochondrial DNA. Hence, the genes of DNA repair proteins are promising candidate genes for multifactorial forms of PD.The aim. To study the involvement of genes of DNA repair proteins in the development of Parkinson’s disease.Materials and methods. The associative analysis was carried out while comparing a group of patients with PD (n = 133) with a Tomsk population sample (n = 344). SNaPshot analysis was used to study 8 SNPs in genes of DNA repair proteins (rs560191 (TP53BP1); rs1805800 and rs709816 (NBN); rs473297 (MRE11A); rs1189037 and rs1801516 (ATM); rs1799977 (MLH1); rs1805321 (PMS2)).Results. Common alleles and homozygous rs1801516 genotypes in the ATM gene predispose the development of PD (odds ratio (OR) – 3.27 (p = 0.000004) and OR = 3.46 (p = 0.00008) for risk alleles and genotype respectively) and rs1799977 in the MLH1 gene (OR = 1.88 (p = 0.0004) and OR = 2.42 (p = 0.00007) respectively); heterozygotes have a protective effect (OR = 0.33 (p = 0.0007) and OR = 0.46 (p = 0.0007) for ATM and MLH1, respectively). The rare rs1805800 allele in the NBN gene (OR = 1.62 (p = 0.019)) and a homozygous genotype for it (OR = 2.28 (p = 0.016)) also predispose to PD. Associations with PD of the ATM, MLH1, NBN genes were revealed for the first time.Conclusion. Mitochondrial dysfunction is one of the key factors in the pathogenesis of PD, while at least two of the three protein products of associated genes are involved in the development of mitochondrial dysfunction. Accordingly, it can be assumed that associated genes are involved in the pathogenesis of PD precisely through mitochondrial dysfunction

Rare coding SNP in DZIP1 gene associated with late-onset sporadic Parkinson's disease

We present the first application of the hypothesis-rich mathematical theory to genome-wide association data. The Hamza et al. late-onset sporadic Parkinson's disease genome-wide association study dataset was analyzed. We found a rare, coding, non-synonymous SNP variant in the gene DZIP1 that confers increased susceptibility to Parkinson's disease. The association of DZIP1 with Parkinson's disease is consistent with a Parkinson's disease stem-cell ageing theory.Comment: 14 page

Предиктивная и прогностическая значимость явления потери гетерозиготности в генах ABC-транспортеров в опухоли молочной железы

ABC-transporter family genes have been well studied and their involvement in the development of drug resistance has been assessed. The presence of aberrant conditions in these genes can affect the treatment and prognosis of the disease. Loss of heterozygosity (LOH) is one of these conditions; it is a common event in cancer development. therefore, The aim of this study was to investigate the relationship between LOH in ABC transporter genes in breast cancer and response to chemotherapy and disease prognosis. Material and methods. a total of 130 breast cancer patients were included in the study. microarray analysis was performed on Affymetrix Cytoscantm HD Array high-density DNA chips to assess LOH status. Chromosome Analysis Suite 4.1 software (Affymetrix, USA) was used to process microarray results. Results. Forty-nine ABC transporter genes were evaluated for LOH. the frequency of LOH ranged from 6.9 % to 90 %. an association analysis identified two genes: ABCG5 and ABCG8, in which the presence of LOH was associated with a lack of objective response to neoadjuvant chemotherapy. the presence of LOH in the ABCA5, ABCA6, ABCA8, ABCA9, ABCA10 and ABCC3 genes was associated with high rates of metastasis-free survival (log-rank test, p<0.04). Conclusion. The presence of loss of heterozygosity in the ABC transporter genes was found to have no significant effect on the response to chemotherapy. However, a high prognostic potential of ABCA family genes was found.Гены семейства ABC-транспортеров хорошо изучены, оценено их влияние на формирование лекарственной устойчивости. Показано, что наличие аберрантных состояний в этих генах может влиять на лечение и прогноз заболевания. Одним из таких состояний является потеря гетерозиготности (LOH), которая часто встречается в опухолевых клетках. Цель исследования ‒ изучение связи потери гетерозиготности в генах ABC-транспортеров в опухоли молочной железы с эффектом химиотерапии и прогнозом заболевания. Материал и методы. В исследование было включено 130 больных раком молочной железы. Для оценки статуса LOH был проведен микрочиповый анализ на ДНК-чипах высокой плотности Affymetrix Cytoscantm HD Array. Для обработки результатов микрочипов использовалось программное обеспечение Chromosome Analysis Suite 4.1 (Affymetrix, USA). Результаты. На предмет потери гетерозиготности было оценено 49 генов ABC-транспортеров. Частота LOH варьировала от 6,9 до 90 %. Ассоциативный анализ выявил два гена ABCG5 и ABCG8, наличие потери гетерозиготности в которых было связано с отсутствием объективного ответа на неоадъювантную химиотерапию. Наличие LOH в генах ABCA5, ABCA6, ABCA8, ABCA9, ABCA10 и ABCC3 было связано с более высокими показателями безметастатической выживаемости (log-rank test, p<0,04). Выводы. Было установлено, что наличие потери гетерозиготности в генах ABC-транспортеров не оказывает значительного влияния на эффективность химиотерапии. Однако был показан высокий прогностический потенциал генов семейства ABCA

Оценка предсказательной значимости рецептора сосудистого эндотелиального фактора роста VEGFR-2 у больных тройным негативным раком молочной железы

The identification of informative biomarkers that are able to predict prognosis and treatment response may be particularly important in triple negative breast cancer.The aim of the study was to investigate the relationship between vascular endothelial growth factor receptor VEGFR-2 expression and KDR gene polymorphisms with the efficacy of neoadjuvant chemotherapy (NAC) in patients with triple negative breast cancer.Methods. The study included 70 patients with triple negative operable breast cancer (T1–3N0–3M0), who had received 2–4 cycles of FAC and CAX regimens. The pathologic complete response (pCR) to treatment was determined by RECIST. VEGFR-2 expression level was evaluated using immunohistochemistry. Genotypes for KDR (rs2071559, rs2305948) were detected by a Real-time PCR.Results. The pCR rate was significantly associated with young age at diagnosis (≤50 years) (p=0.0044), a high level of Ki67 expression (≥20) (p=0.0322) and with CAX regimen (p=0.0246). Additionally, all patients with pCR had the lack of VEGFR-2 expression in tumor tissue after surgery (p=0.0000). The presence of the VEGFR-2 expression (negative or positive) in tumor tissue before NAC was associated with KDR rs2071559 (r=−0.297; p=0.0273). A significant correlation between the KDR rs2071559 and VEGFR-2 expression level (less than 70, 70% or more) in the tumor tissue before NAC was found (r=−0.314; p=0.0297). Multivariate logistic regression analysis showed that the young age of the patients (≤50 years), the lack of VEGFR-2 expression after surgery and CAX regimen were significant predictors of NAC.Conclusion. The VEGFR-2 expression level in tumor tissue and KDR gene polymorphism can be considered as new additional molecular predictive markers of pathologic complete response to NAC in triple negative breast cancer patients.Введение. Поиск информативных молекулярно-генетических маркеров тройного негативного рака молочной железы, обладающих высокой предсказательной значимостью в отношении ответа опухоли на проводимую терапию, является актуальной научной задачей.Целью исследования явилось изучение взаимосвязи экспрессии рецепторов сосудистого эндотелиального фактора роста VEGFR-2 и полиморфных вариантов гена KDR с эффективностью неоадъювантной химиотерапии (НАХТ) у больных тройным негативным раком молочной железы.Методы. В исследование включено 70 больных операбельным тройным негативным раком молочной железы (T1–3N0–3M0), получавших 2–4 курса НАХТ по схемам FAC и CAX. Оценка эффективности НАХТ осуществлялась по шкале RECIST. Уровень экспрессии VEGFR-2 оценивался иммуногистохимическим методом. Изучение полиморфных вариантов гена KDR (rs2071559, rs2305948) проведено с помощью ПЦР в режиме реального времени.Результаты. Показано, что достижение полных морфологических регрессий на фоне проведения НАХТ ассоциировано с возрастом до 50 лет (р=0,0044) и высоким уровнем экспрессии Ki67 (≥20) (р=0,0322). Отмечено, что у пациентов, получавших лечение по схеме CAX, эффективность НАХТ была значимо выше по сравнению с группой больных, получавших FAC режим (р=0,0246). Кроме того, все случаи полной морфологической регрессии были ассоциированы с отсутствием экспрессии VEGFR-2 в опухолевой ткани после оперативного лечения (р=0,0000). Наличие экспрессии VEGFR-2 (негативной или позитивной) в опухолевой ткани до лечения сопряжено с полиморфизмом гена KDR rs2071559 (r=−0,297; p=0,0273). Выявлена значимая корреляционная связь между KDR rs2071559 и уровнем экспрессии VEGFR-2 (менее 70, 70 % и более) в опухолевой ткани до лечения (r=−0,314; p=0,0297). Результаты многофакторного логистического регрессионного анализа свидетельствуют, что молодой возраст пациенток (≤50 лет), отсутствие экспрессии VEGFR-2 после операции и схема CAX являются статистически значимыми предикторами эффективности НАХТ.Заключение. Уровень экспрессии VEGFR-2 в опухолевой ткани и полиморфные варианты гена KDR могут рассматриваться в качестве новых дополнительных предсказательных молекулярных критериев у больных тройным негативным раком молочной железы при проведении НАХТ

Cases of metastatic heart lesion according to autopsies

The aim of the study – to study the literature on metastatic heart disease, to make an overview of the data obtained and a demonstration of clinical cases.Цель исследования – изучить литературу, посвященную метастатическому поражению сердца, составить обзор полученных данных и демонстрация клинических случаев

Молекулярный фенотип клеток крови, ассоциированный с прогрессированием трижды негативного рака молочной железы

Introduction. triple negative breast cancer is an aggressive clinical phenotype characterized by poor prognosis. immune system plays an important role in the development, treatment response, and progression of solid tumor. The search for immune-related markers associated with the prediction of treatment efficacy and disease prognosis, and based on the use of high-resolution molecular techniques, is a promising area of research, the results of which can be translated into clinical practice. Case description. The molecular profile of blood mononuclear cells in a 48-year-old female patient with histologically proven triple negative breast cancer (estrogen Receptor – 0; progesteron Receptor – 0; Her2/neu – 0; gata-3 – 0, androgen Receptor – 0 and Ki67 – 70 %) was described. The patient did not response to neoadjuvant chemotherapy with 4 cycles of paclitaxel + carboplatin followed by 2 cycles of adriamycin + cyclophosphamide. The patient underwent surgery. disease progression (pelvic bone metastases) occurred 2 months after surgery. The features of blood lymphocytes and monocytes associated with a lack of response to neoadjuvant chemotherapy and disease progression were described.Conclusion. This clinical case demonstrates that sequencing of peripheral blood mononuclear cells can be used as a method for identifying predictive markers of therapy efficacy and developing personalized treatments for patients with triple negative breast cancer.Актуальность. Трижды негативный подтип рака молочной железы характеризуется агрессивным течением и неблагоприятным прогнозом. Компоненты иммунной системы как непосредственные участники патогенеза играют роль в развитии, ответе на терапию и прогрессировании этой нозологии. Поиск маркеров иммунных клеток, ассоциированных с предсказанием эффективности лечения и прогнозом заболевания, основанный на применении молекулярных методов высокого разрешения, является перспективным направлением поискового исследования, результаты которого можно транслировать в клиническую практику. Описание клинического случая. Представлен первый опыт описания молекулярного профиля мононуклеарных клеток крови пациентки с трижды негативным раком молочной железы. Опухоль: инвазивная карцинома неспецифического типа с экспрессией: estrogen Receptor – 0; progesteron Receptor – 0; Her2/neu – 0; gata-3 – 0, androgen Receptor – 0, Ki67 – 70 % опухолевых клеток. Отмечено отсутствие ответа на неоадъювантную химиотерапию по схеме: 4 цикла «паклитаксел + + карбоплатин», с последующими 2 курсами АС (адриамицин + циклофосфан). Пациентке проведено оперативное лечение, через 2 мес после которого выявлены метастазы в кости таза. У пациентки описаны особенности лимфоцитов и моноцитов крови, которые могут быть ассоциированы с отсутствием ответа на неоадъювантную химиотерапию и прогрессированием заболевания.Заключение. Представленное клиническое наблюдение показывает, что метод секвенирования мононуклеарных клеток периферической крови можно использовать в качестве поискового для обнаружения предиктивных маркеров эффективности терапии и создания персонифицированной системы лечения пациенток с трижды негативным раком молочной железы

Изменение функционального профиля моноцитов крови при раке молочной железы

The purpose of the study was to identify functional features of circulation monocytes in patients with nonmetastatic breast cancer.Material and Methods. The study cohort consisted of 10 breast cancer patients treated at Tomsk Cancer Research Institute. 7 healthy female volunteers were enrolled as a control group. CD14+16-, CD14+16+ and CD14-16+ monocytes subsets were obtained from blood by sorting. Whole transcriptome profling was provided in monocytes from patients and healthy females. Macrophages were differentiated from the obtained monocytes under in vitro conditions. The ability of conditioned media obtained from macrophages to infuence apoptosis and proliferation of MDA-MB 231 cell line was evaluated.Results. Transcriptomic profling revealed signifcant changes in monocytes of breast cancer patients. CD14+16- subset showed higher expression of transporters ABCA1 and ABCG1; chemokines CCR1, CRRL2, CXCR4; maturation and differentiation factors Mafb and Jun; endocytosis mediating factors CD163 and Siglec1; proteases and tetrasponins ADAM9, CD151, CD82, and growth factor HBEGF in patient group. Macrophages derived from monocytes of breast cancer patients produced factors that supported proliferation of the MDA-MB 231 cell line, which was not observed for monocytes from healthy volunteers.Conclusion. Thus, breast carcinoma has a systemic effect on peripheral blood monocytes, programming them to differentiate into macrophages with tumor supporting capacity. Цель исследования ‒ оценить особенности функционального профиля моноцитов периферической крови у больных неметастатической формой рака молочной железы.Материал и методы. В исследование вошли 10 больных раком молочной железы II–III стадии (T1–3N0–2M0). В качестве контроля была обследована группа из 7 здоровых женщин. Моноциты были получены из периферической крови путем сортировки популяций с фенотипом CD14+16-, CD14+16+ и CD14-16+. Проведено полнотранскриптомное профилирование полученных моноцитов от больных раком молочной железы и здоровых женщин. Из полученных моноцитов in vitro были дифференцированы макрофаги. Проведена оценка способности полученных от макрофагов кондиционных сред влиять на апоптоз и пролиферацию клеток линии MDA-MB 231.Результаты. Показано, что транскриптомный профиль моноцитов больных РЖЖ имеет выраженные отличия по сравнению со здоровыми женщинами. Моноциты пациенток с раком молочной железы отличаются повышенной экспрессией мРНК белков-транспортеров ABCA1, ABCG1; хемокинов CCR1, CRRL2, CXCR4; факторов созревания и дифференцировки моноцитов Mafb и Jun; факторов, опосредующих эндоцитоз CD163, Siglec1; протеаз и тетраспонинов ADAM9, CD151, CD82 и ростового фактора HBEGF. Макрофаги, полученные в результате культивирования моноцитов больных раком молочной железы в условиях in vitro, продуцировали факторы, которые позволили поддерживать пролиферацию клеточной линии опухолевых клеток, чего не наблюдалось для моноцитов здоровых доноров.Заключение. Опухоль молочной железы оказывает системное влияние на моноциты периферической крови, программируя их к дифференцировке в макрофаги с проопухолевой функциональной активностью.