Contraintes à l'origine de la souffrance des internes en médecine (analyse par entretiens semi-dirigés)

Résumé françaisGRENOBLE1-BU Médecine pharm. (385162101) / SudocSudocFranceF

A Flavor Lactone Mimicking AHL Quorum-Sensing Signals Exploits the Broad Affinity of the QsdR Regulator to Stimulate Transcription of the Rhodococcal qsd Operon Involved in Quorum-Quenching and Biocontrol Activities

In many Gram-negative bacteria, virulence, and social behavior are controlled by quorum-sensing (QS) systems based on the synthesis and perception of N-acyl homoserine lactones (AHLs). Quorum-quenching (QQ) is currently used to disrupt bacterial communication, as a biocontrol strategy for plant crop protection. In this context, the Gram-positive bacterium Rhodococcus erythropolis uses a catabolic pathway to control the virulence of soft-rot pathogens by degrading their AHL signals. This QS signal degradation pathway requires the expression of the qsd operon, encoding the key enzyme QsdA, an intracellular lactonase that can hydrolyze a wide range of substrates. QsdR, a TetR-like family regulator, represses the expression of the qsd operon. During AHL degradation, this repression is released by the binding of the γ-butyrolactone ring of the pathogen signaling molecules to QsdR. We show here that a lactone designed to mimic quorum signals, γ-caprolactone, can act as an effector ligand of QsdR, triggering the synthesis of qsd operon-encoded enzymes. Interaction between γ-caprolactone and QsdR was demonstrated indirectly, by quantitative RT-PCR, molecular docking and transcriptional fusion approaches, and directly, in an electrophoretic mobility shift assay. This broad-affinity regulatory system demonstrates that preventive or curative quenching therapies could be triggered artificially and/or managed in a sustainable way by the addition of γ-caprolactone, a compound better known as cheap food additive. The biostimulation of QQ activity could therefore be used to counteract the lack of consistency observed in some large-scale biocontrol assays

Implication of type VI secretion system in motility and bacterial communication, and specific properties of the environmental strain P. fluorescens MFE01

Les travaux menés durant cette thèse portent sur l’étude de propriétés particulières de la souche P. fluorescens MFE01. La première partie porte sur la relation entre le système de sécrétion de type 6 (SST6) et la mobilité. En effet, cette souche environnementale avirulente possède un SST6 très actif qui lui confère un avantage lors de compétition avec d’autres microorganismes, notamment dans un pathosystème végétal. La présence de plusieurs gènes hcp codant pour des protéines de l’aiguille du SST6, situés en dehors du cluster principal, semble permettre la formation de différentes aiguilles du SST6, ayant des fonctions spécifiques. Parmi les protéines Hcp, la protéine Hcp1 est impliquée dans l’inhibition de la mobilité flagellaire des bactéries cibles, et, de façon remarquable, la délétion du gène codant cette protéine, le gène hcp1, inhibe la mobilité de type « swim » de la souche MFE01. Ainsi, les travaux menés ont permis de formuler des hypothèses sur le rôle du SST6 formé de la protéine Hcp1 et la formation de flagelle. Un faisceau d’indices semble indiquer que le SST6 formé d’Hcp1 serait impliqué dans transport d’un ou plusieurs effecteurs agissant sur la formation des flagelles. Une deuxième partie de ces travaux de thèse se focalise sur d’autres propriétés spécifiques de la souche MFE01. D’une part, la souche MFE01 ne semble pas produire de signaux de communication classiques de Quorum Sensing tout en étant capable d’adopter des comportements sociaux. Nous avons donc entrepris de vérifier cette absence de signaux de communication classiques et proposé l’implication du SST6 dans la communication. D’autre part, nous avons collaboré à la mise en évidence d’une action directe de la souche de MFE01 sur le développement d’une plante modèle indépendamment du SST6 et tenté d’en cerner les mécanismes. Enfin, MFE01 produit des molécules volatiles organiques (VOCs) à action anti-Legionella. Ces travaux contribuent à l’étude de la production de ces VOCs par MFE01 et leurs effets sur les bactéries pathogènes du genre Legionella.During this doctoral work, we focused on the specific properties of the environmental strain P. fluorescens MFE01 which is avirulent against all tested eukaryotic cells despite the presence of an extremely active T6SS. This T6SS confers to MFE01 a competitive advantage against other microorganisms. The first part of this work studies interconnections between type six secretion system (T6SS) and motility. In MFE01 genome, all needle protein-encoding hcp genes are detected outside the “core component” cluster and interestingly, MFE01 seems to be able to produce different T6SS needle with specific functions depending on the incorporated Hcp protein. The Hcp1 protein is implicated in flagellar motility inhibition of target bacteria. Remarkably, the deletion of hcp1 gene inhibits MFE01 “swimming” ability. Our work gave some evidences that the T6SS formed by Hcp1 may secrete a least one effector targeting flagella formation. The second part of this work focuses on other specific properties of MFE01. First, MFE01 appears unable to produce classic quorum sensing signal whereas it is able to engage social behavior. We proposed a model in which T6SS may be involved in MFE01 communication. Then, we participated to highlight and understand direct activity of MFE01 on plant development by a mechanism that is independent of T6SS. Lastly, we demonstrated that MFE01 produces volatile organic compound (VOCs), which are active against Legionella. This work shows that this VOCs production is potentially under control of a global regulator and/or is involved in an undescribed regulatory network

Assemblages réversibles dirigés par liaisons hydrogène en solution aqueuse

De nouveaux dérivés amphiphiles, de type bis-urées, ont été synthétisés pour l'étude de leur caractère auto-associatif en solution. En solvant polaire, et en particulier dans l'eau, ces amphiphiles s'organisent en objets unidirectionnels allongés, associés par liaisons hydrogène et interactions hydrophobes, pour former des polymères supramoléculaires dynamiques, ou polymères réversibles. L'auto-association dans l'eau est possible grâce à la protection des liaisons hydrogène à l'intérieur d'un micro-domaine hydrophobe. De faibles modifications de la structure chimique, typiquement un groupement méthyle, donnent des variations importantes de la viscosité, et ce même à faible concentration. De plus, dans l'eau, des solutions gélifiées sont obtenues autour de 60C. La forme de ces assemblages a été déterminée par diffusion de neutrons aux petits angles et cryo-microscopie : il s'agit de rubans de section elliptique dans l'eau. Des structures tubulaires n'ont pas encore été mises en évidence, mais un contrôle fin de la structure supramoléculaire et des propriétés d'auto-association a néanmoins été obtenu. Finalement, des molécules hydrophobes ont été ajoutées à des solutions aqueuses de bis-urées afin d'étudier leur influence sur les propriétés et la structure des assemblagesPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF

The Type VI Secretion System: A Dynamic System for Bacterial Communication?

Numerous studies in Gram-negative bacteria have focused on the Type VISecretion Systems (T6SSs), Quorum Sensing (QS), and social behavior, such as in biofilms. These interconnected mechanisms are important for bacterial survival; T6SSs allow bacteria to battle other cells, QS is devoted to the perception of bacterial cell density, and biofilm formation is essentially controlled by QS. Here, we review data concerning T6SS dynamics and T6SS–QS cross-talk that suggest the existence of inter-bacterial communication via T6SSs

Identification of a new type 6 secretion system effector of Pseudomonas fluorescens MFE01 involved in bacterial motility inhibition

International audienc

Identification of a new type 6 secretion system effector of Pseudomonas fluorescens MFE01 involved in bacterial motility inhibition

International audienc

Etude de la phyllosphère et de sa réponse au biostimulant foliaire

National audienc

Both Water‐ and Organo‐Soluble Supramolecular Polymer Stabilized by Hydrogen‐Bonding and Hydrophobic Interactions

International audienceA new bis-urea based supramolecular polymer is reported and shown by viscosimetry, neutron scattering (SANS) and calorimetry (ITC) to self-assemble in a wide range of solvents, encompassing the polarity scale from water to toluene. The presence of both hydrogen bonding and hydrophobic groups ensures that self-assembly occurs in water, aprotic polar solvents or non-polar solvents. Both the driving force for the assembly and the exact structure of the filaments is solvent dependent, but whatever the solvent, long rigid filaments are formed in dynamic equilibrium with the monome