Specification of a common framework for characterizing alignment

bouquet2004aNo abstract available

D2.2.1 Specification of a common framework for characterizing alignment

Definition of a common semantic framework for characterizing alignment of heterogeneous information

Génomique d'un virus zoonotique à ARN : le cas particulier du virus de l'hépatite E

In France, Hepatitis E virus (HEV) is responsible of sporadic acute hepatitis cases whose origins and ways of transmission remain unclear. However, HEV is the only hepatitis virus to infect animal species other than human. The aim of this thesis was to evaluate the risk of zoonotic transmission from swine HEV to human. A first study of molecular epidemiology showed an active circulation of HEV between the human and swine populations, preferably foodborne. A second study by means of high-throughput sequencing showed the total adaptation of the HEV consensus genome and quasispecies during the inter-species transmission. A third study on three newly sequenced full-length HEV genomes from swine compared to available HEV genomes from humans did not reveal any major host restriction determinants within genotype 3. On the other hand, it revealed the need to reconsider HEV subtype classification in light of the new sequences available. Finally, a reverse genetics system was set up to study the phenotypes of the new human and porcine HEV strains in hepatocyte cell lines. In conclusion, these results showed the zoonotic risk of HEV transmission from swine eaten in France and its full genomic adaptation to its two host species. HEV is a peculiar zoonotic RNA virus whose genetic variability depends on his curious epidemiology, which includes the possibility of foodborne transmissions from a domestic animal reservoir. Finally, this work sets up the perspectives for further phenotypic studies.En France, le virus de l'hépatite E (VHE) est responsable de cas d'hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d'autres espèces animales que l'homme. Les objectifs de cette thèse ont été d'évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l'Homme. Une première étude d'épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l'adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n'a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d'hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l'étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d'un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d'études phénotypiques du VH

L'affaire de l'Erika l'illustration jurisprudentielle d'une complémentarité entre la convention CLC et le droit commun de la responsabilité

Bouquet-Elkaïm Jérôme. L'affaire de l'Erika l'illustration jurisprudentielle d'une complémentarité entre la convention CLC et le droit commun de la responsabilité. In: Revue Européenne de Droit de l'Environnement, n°3, 2008. pp. 267-276

Recherche de qualification de l'entité bédouine dans le contexte israélo-palestinien

Bouquet-Elkaïm Jérôme. Recherche de qualification de l'entité bédouine dans le contexte israélo-palestinien. In: Revue juridique de l'Ouest, 2001-1. pp. 89-116

Génomique d'un virus zoonotique à ARN (le cas particulier du virus de l'hépatite E)

En France, le virus de l hépatite E (VHE) est responsable de cas d hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d autres espèces animales que l homme. Les objectifs de cette thèse ont été d évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l Homme. Une première étude d épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d études phénotypiques du VHEEn France, le virus de l hépatite E (VHE) est responsable de cas d hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d autres espèces animales que l homme. Les objectifs de cette thèse ont été d évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l Homme. Une première étude d épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d études phénotypiques du VHEPARIS-BIUSJ-Biologie recherche (751052107) / SudocSudocFranceF

Strategies Comparison of Test Generation from UML Using SMT Solver

International audienceA principal challenge in Model-Based Testing is to generate tests within a reasonable time and without reducing the test coverage when the size and complexity of the model increases. In the last few years, SMT solvers have become able to solve complex first-order logic formulas with acceptable performance. To meet this requirement, we choose to use Satisfiability Modulo Theory (SMT) solvers. In this paper, we suggest three strategies to generate automatically tests from models written in UML4MBT, a subset of UML. These strategies are evaluated through several experimentations. In particular, we study the influence of the characteristics of the model and the use of multi-threading on the test generation time. All experiments are performed on models representing real life systems

Genetic characterization and codon usage bias of full-length Hepatitis E virus sequences shed new lights on genotypic distribution, host restriction and genome evolution

International audienceHepatitis E virus (HEV) is present in different species and ecological niches. It has been divided into 4 major mammalian genotypes. In this study, 3 new full-length genomes of swine HEV were sequenced and the results did not reveal any particular host determinant in comparison with human isolates belonging to the same genotype. Nucleotide composition and codon usage bias were determined to characterize HEV host restriction and genome evolution. Peculiar nucleotide bias was observed for A and C nucleotides in all HEV genotypes. Apart from the ORF1 hypervariable region and the ORF2/3 overlapping region, no nucleotide bias was observed between the 3 codon positions. CpG dinucleotides were also shown to be under-represented in HEV as in most RNA viruses. The effective number of codon used in HEV genome was high, indicating a lack of codon bias. Correspondence analysis of the relative synonymous codon usage was performed and demonstrated that evolution of HEV is not driven by geographical or host factors, but is representative of HEV phylogeny. These results confirm that HEV genome evolution is mainly based on mutational pressure. Natural selection, for instance involving fine-tuning translation kinetics and escape from the host immune system, may also play a role in shaping the HEV genome, particularly in the ORF1 hypervariable region and the ORF2/3 overlapping region. These regions might be involved in host restriction. Finally this study revealed the need to re-evaluate the possible subtyping classification. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved

Identical Consensus Sequence and Conserved Genomic Polymorphism of Hepatitis E Virus during Controlled Interspecies Transmission

International audienceHigh-throughput sequencing of bile and feces from two pigs experimentally infected with human hepatitis E virus (HEV) of genotype 3f revealed the same full-length consensus sequence as in the human sample. Twenty-nine percent of polymorphic sites found in HEV from the human sample were conserved throughout the infection of the heterologous host. The interspecies transmission of HEV quasispecies is the result of a genomic negative-selection pressure on random mutations which can be deleterious to the viral population. HEV intrahost nucleotide diversity was found to be in the lower range of other human RNA viruses but correlated with values found for zoonotic viruses. HEV transmission between humans and pigs does not seem to be modulated by host-specific mutations, suggesting that adaptation is mainly regulated by ecological drivers