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Análise molecular do vírus da hepatite Delta: desenvolvimento de transcrição reversaPCR em tempo real e nested PCR-RFLP para quantificação e genotipagem viral
Dissertação apresentada ao Programa de Pósgraduação
em Biologia Experimental – PGBIOEXP – do
Núcleo de Saúde da Universidade Federal de Rondônia
para obtenção do título de mestre.O vírus da hepatite Delta (HDV) é um patógeno que causa um infecção grave e
rapidamente progressiva nos pacientes portadores. A determinação da quantidade e do genótipo do
vírus circulante no sangue de pacientes com a infecção pelo HDV é importante para o diagnóstico,
monitoramento do tratamento e para oferecer suporte para estudos de acompanhamento da
replicação viral no curso da doença. Neste estudo desenvolvemos in house um ensaio capaz de
detectar e quantificar o vírus da hepatite Delta através de amostras de soro baseando-se em uma
Transcrição reversa–PCR em tempo real quantitativa (HDV RT-qPCR) e uma nested PCR-RFLP
para a genotipagem do HDV. Para a determinação da carga viral foram produzidos dois calibradores
padrão, um cDNA HDV clonado em plasmídeo e um transcrito de RNA HDV. Para a validação este
ensaio foram utilizadas 140 amostras clínicas de soro, sendo 100 amostras clínicas de pacientes
anti-HDV e antígeno de superfície do vírus da hepatite B (HBsAg) reagentes por ELISA, 30
amostras clínicas de doadores de sangue, 5 amostras clínicas monoinfectadas pelo vírus da
hepatite B (HBV) e 5 amostras monoinfectadas pelo vírus da hepatite C (HCV). Para genotipagem
foi estabelecida uma nested PCR-RFLP, utilizando Xho l e a Sma l para digerir os amplicons, os
resultados corroboraram com as análises por sequenciamento. O desempenho do ensaio HDV RTqPCR
foi melhor quando utilizado o calibrador padrão HDV baseado em cDNA clonado em
plasmídeo linear com uma eficiência de 99,8% e linearidade de R2 0,97 e uma especificidade de
100% nos ensaios in vitro. Este estudo representa o primeiro ensaio HDV RT-qPCR desenvolvido
com amostras clínicas do Brasil e oferece um grande potencial para novos estudos de eficácia
clínica da terapêutica antiviral para utilização em pacientes com hepatite Delta na região ocidental
da Amazônia
Interação medicamentosa de antirretrovirais utilizados no tratamento da infecção por HIV em adultos / Drug interaction of antiretrovirals used in the treatment of HIV infection in adults
A terapêutica contra o vírus da imunodeficiência humana (HIV) é bastante complexa e baseada na utilização, principalmente, dos antirretrovirais. As interações medicamentosas desses antirretrovirais podem diminuir a eficácia do medicamento, aumentar as reações adversas ou provocar toxicidade ao organismo. Portanto, o presente estudo tem como objetivo analisar as interações medicamentosas dos fármacos antirretrovirais utilizados no tratamento da infecção por HIV em adultos. Este artigo é um estudo descritivo baseado na identificação das interações medicamentosas antirretrovirais presentes no Protocolo Clínico e Diretrizes de Tratamento (PCDT) para o manejo da infecção pelo HIV em adultos. Este artigo foi realizado com base nos bancos de dados a seguir: DrugBank, Google Acadêmico, SciELO, PubMed. Ao analisar as interações medicamentosas do tratamento contra HIV, observou-se que muitas classes farmacológicas exibem interações medicamentosas graves quando usadas em combinação com medicamentos antirretrovirais para o tratamento da infecção pelo HIV, por exemplo: analgésicos, antibióticos, anti-inflamatórios, antifúngicos, antirretrovirais, antilipêmicos, anti-hipertensivos, antihistamínicos, antirretrovirais, diuréticos, benzodiazepínicos e barbitúricos. Essas classes terapêuticas, quando associadas a medicamentos para tratamento do HIV, podem interagir e ocasionar reações adversas graves, tais como: risco ou gravidade de nefrotoxicidade, risco ou gravidade de efeitos adversos, aumento da atividade inibitória do SNC, doença do miocárdio, rabdomiólise e mioglobinúria. Através dos resultados foi possível concluir que os antirretrovirais manuseados no tratamento da infecção pelo HIV em adultos interagem com diferentes classes farmacológicas, tais como: analgésicos, antibióticos, anti-inflamatórios, barbitúricos, benzodiazepínicos, opióides, antilipêmicos, antidepressivos e anti-hipertensivos. Neste estudo, observou-se que as interações medicamentosas entre antirretrovirais e analgésicos e anti-inflamatórios causam efeitos adversos moderados a graves. Portanto, os profissionais de saúde que acompanham o tratamento dos pacientes devem compreender e comunicar essas interações medicamentosas aos pacientes para evitar complicações futuras durante o tratamento e garantir a segurança e eficácia do tratamento
Doenças causadas por enterobacteriaceae morganella morganii e a resistência aos fármacos beta lactâmicos. / Diseases caused by enterobacteriaceae morganella morganii and resistance to beta lactamic drugs.
Introdução: Morganella morganii uma bactéria gram-negativa, que se encontra normalmente na flora intestinal normal tanto de humanos quanto em mamíferos. Faz parte da maior família de bactérias gram-negativas de importância clínica as Enterobacteriaceae, ela e conhecida por causar diversas patologias em humanos. Objetivos: A bactéria em discursão tem muita importância clinica pelo fato de causar diversas patologias. Este estudo pretende explorar a resistência aos fármacos beta-lactâmicos, e as diversas doenças que a Morganella morganii causam nos seres humanos. Metodologia: É um estudo básico, que tem como objetivo um estudo exploratório, que tem como finalidade unir informações sobre o tema abordado. Quanto à abordagem trata-se de uma pesquisa qualitativa, no que se refere aos procedimentos técnicos é uma pesquisa bibliográfica que tem como base a pesquisa de materiais já publicados. Conclusão: Com o aumento do número de relatos de doenças a cerca da Morganella morganii e preciso desenvolver um método rápido de detecção e mais estudos a respeito dessa bactéria, pois ela esta se tornando cada vez mais resistente aos antibióticos. Este patógeno deveria ser clinicamente significativo, e os médicos deveriam colocar essa bactéria na lista de possíveis causas das infecções, na hora do atendimento medico ao paciente. Sugerem-se mais estudos a respeito desse microrganismo para ser possivelmente classificada como um patógeno Negligenciado
Jovens adolescentes: Os fatores de Risco das infecções sexualmente transmissíveis e fatores protetivos / Young adoscents: The factors of risk of sexually transmitted and protect factors
Introdução: As Infecções Sexualmente Transmissíveis são doenças causadas por microrganismos, cuja principal via de transmissão é o contato sexual desprotegido, seja ele oral, anal ou vaginal. A incidência dessas infecções está aumentando em todo mundo, conforme descrito em Center for disease control and prevention, onde se estima que os jovens entre 15 e 24 anos respondem por quase metade dos 26 milhões das novas infecções sexualmente transmissíveis que ocorreram nos Estados Unidos em 2018. Objetivos: esta revisão de literatura tem o intuito de trazer informações atualizadas e adicionais sobre as ISTs em jovens adolescentes e os fatores de risco das doenças sexuais transmissíveis, bem como as consequências de começar uma vida sexual com pouca idade e sem as informações adequada dos perigos de contrair doenças que podem ser para a vida toda. Metodologia: na presente revisão buscamos manuscritos nos bancos de dados PUBMED, LILACS, BIREME, NCBI, ELSEVIER, SCIELO, American Journal of Therapeutics entre os anos de 2001 a 2021. Durante a busca, encontramos 90 (noventa) artigos relevantes e, após a leitura, selecionamos 42 (quarenta e dois) manuscritos, os quais foram suficientes para a devida análise. Além disso, buscamos outros artigos a partir das listagens bibliográficas dos manuscritos obtidos nos estudos relevantes. Resultados: normalmente os adolescentes buscam grupos de amigos que tenham os mesmos interesses os mesmos gostos e desejos, a fim de uma identificação menos conflitante e mais amigável. As infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) são uma causa comum de morbidade em adolescentes sexualmente ativos e podem ser causadas por bactérias, vírus, protozoários, parasitas ou fungos. A IST viral mais comum é o papilomavírus humano (HPV) e a IST bacteriana mais comum é a clamídia. Conclusão: pela observação dos aspectos analisados, sobretudo relacionado a educação sexual, faz-se necessário a realização de novos estudos, com todas as etapas integradas num só foco de elucidar, com melhor certeza, os fatores que contribuem para o aumento de casos de ISTs entre adolescentes e melhores abordagens e campanhas de orientação sexual para os mesmos
Evaluation of antiviral treatment for hepatitis B with tenofovir and entecavir at the viral hepatitis outpatient clinic of the tropical medicine research center in Rondônia / Avaliação do tratamento antiviral da hepatite B com tenofovir e entecavir no ambulatório de hepatites virais do centro de pesquisa em medicina tropical de Rondônia
The emergence of treatment-resistant strains has been an obstacle in antiviral treatment of hepatitis B, which is carried out when the disease evolves to the chronic phase. In 2017, the Ministry of Health limited the therapeutic arsenal to the use of Tenofovir and Entecavir, due to their greater effectiveness and genetic barrier. However, there are no comparative studies of the antiviral activity of these two drugs in the state of Rondônia; such studies would improve the treatment of this disease. Thus, the objective of this study is to evaluate the therapeutic response of hepatitis B patients treated with Entecavir and Tenofovir at state of Rondônia. Patient data were analyzed in medical records containing information about the treatment used and the evolution of each patient’s clinical condition. The tests observed are those that detect HBV DNA to assess viral load, HBV serological markers and liver transaminases, to monitor the evolution of the disease. As a result, the samplings and correlations carried out in this study indicated that the efficacy of both Entecavir and Tenofovir was satisfactory in view of the different profiles of chronic HBV patients evaluated, since they reduced the viral load and normalized transaminases. The data obtained may help to understand the profile and therapeutic response of patients infected with the HBV virus who are treated with Tenofovir and Entecavir, as well as to disseminate pharmacoepidemiological data
Prognóstico da Coinfecção com SARS-COV2 em indivíduos que vivem com HIV: Revisão integrativa / Prognosis of Co-infection with SARS-COV2 in individuals living with HIV: Literature review
Em 2020, emergiu no mundo a pandemia da SARS-COV 2, vírus respiratório com repercussões sistêmicas e a coinfecção de pacientes diagnosticados com HIV é uma preocupação emergente na comunidade de saúde. A resposta adaptativa através de anticorpos e linfócitos T específicos é imprescindível à convalescença do paciente com viroses, que por sua vez demanda um arranjo orquestrado pelos linfócitos TCD4 + os quais possuem um déficit secundário à infecção pelo HIV. Até o momento registram-se 4,55 milhões de óbitos no mundo pelo novo coronavírus e as perspectivas de manejo terapêutico galgam-se em vacinas, já em fase de imunização em massa em todo o globo. Com objetivo de revisar evidências de como é o transcorrer e o prognóstico da coinfecção HIV e SARS-COV2, foi realizada revisão integrativa em bancos de dados com os indexadores “HIV”, “co-infection” e “COVID-19”, resultando em 48 produções e destas, 23 elegíveis. A coinfecção prévia com HIV não foi corroborada como fator de pior prognóstico em pacientes infectado com SARS-COV2, antagonicamente, a revisão da literatura sugere que a terapia antirretroviral pode ter sido determinante para o curso clínico brando na população pesquisada. Paralelamente, alguns autores evidenciaram demora na soroconversão em resposta a COVID-19, bem como falsos negativos na detecção de marcadores virais mediante RT-PCR, exame padrão ouro de diagnóstico, mesmo em pacientes sintomáticos. As pesquisas até então tem limitações, por não ter caráter prospectivo de acompanhamento de pacientes, bem como a amostras serem diminutas conferindo a eles o status prematuro de evidências até o momento
Design and Validation of Primers In Silico for Detection of Human Respiratory Syncytial Virus
Submitted by EMERSON LEAL ([email protected]) on 2019-05-06T13:55:00Z
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Desenho e Validação de Primers in Silico para Detecção do Vírus Sincicial Respiratório Humano.pdf: 3390234 bytes, checksum: 3270870f2c455ea094935115340e4e84 (MD5)Approved for entry into archive by EMERSON LEAL ([email protected]) on 2019-05-06T15:33:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2017Faculdades Integradas Aparício Carvalho. Porto Velho, RO, Brasil.Faculdades Integradas Aparício Carvalho. Porto Velho, RO, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Porto Velho, RO, Brasil. / Faculdades Integradas Aparício Carvalho. Porto Velho, RO, Brasil.Faculdades Integradas Aparício Carvalho. Porto Velho, RO, Brasil.Introdução: O desenvolvimento de primers é extremamente importante
para pesquisas moleculares. Objetivos: O presente estudo objetivou
desenhar e validar primers in silico para detecção do vírus sincicial
respiratório humano (RSVH). Materiais e Métodos: Foi construído um
banco de 100 sequências de genoma completo do Vírus Sincicial
Respiratório Humano (RSVH) depositadas no Genbank (NCBI). Realizado
um alinhamento múltiplo global utilizando o algoritimo Clustal W,
mapeadas as regiões conservadas e selecionado os primers.
Posteriormente submetidos à análise dos parâmetros especificidade, pela
ferramenta BLAST, concentração de GC%, TMelting, comprimento,
formação de dímeros e hairpin utilizando o software Oligo Analyser,
validando-os para uso in vitro. Para discussão dos resultados, foram
selecionados 14 primers de estudos realizados, submetidos à metodologia
proposta neste estudo, comparando os dados obtidos. A região alvo
escolhida foi o gene da Glicoproteína G, pela presença de sítios
conservados. Resultados: Os primers amplificam um fragmento de 381pb,
que submetido a uma segunda PCR, resulta em 109 pb correspondente ao
tipo A do vírus e 168 pb para o tipo B, permitindo a detecção viral e a
distinção de genótipos. Os primers possuem tamanho de 21 a 24 pb, com
uma temperatura de melting entre 48,9º C e 55,3º C. A concentração de
GC% varia de 33,3% a 52,4%. O número de bases complementares na
análise de dímeros e hairpin manteve-se abaixo de 5 bases. A Energia
Livre de Gibbs (Delta G) acima de -9 kcal.mole(-1) como desejado.
Conclusão: Os valores obtidos na validação dos primers estão em
concordância com os já utilizados em estudos de referência, validando
assim o seu uso in vitro. Palavras-chave: Desenho de primers.
Bioinformática. Vírus Sincicial Respiratório. Análise In Silico. Dímeros.
Hairpin.Introduction: Developing primers is extremely important to molecular
researches. Objectives: This study aims to drawing and validate in silico
primers for detection of Human Respiratory Syncytial Virus (RSVH).
Materials and Methods: It was built a database of 100 complete genome
sequences of Human Respiratory Syncytial Virus (RSVH) deposited in the
Genbank (NCBI), carried out a global multiple alignment using the
algoritm Clustal W, thus mapping the conserved regions, and selecting
primers, subsequently submitted to analysis of parameters such as
specificity, by the BLAST tool, concentration of GC% TMelting, length, and
formation of dimers and hairpins using the software Oligo Analyser,
validating them to use in vitro. For discussion of the results, we selected
14 primers of studies already carried out and submitted the methodology
proposed in this study, comparing the data obtained. The selected target
region was the gene encoding the Glycoprotein G, by the presence of
conserved sites. Results: The primers selected amplifies a fragment of 381
bp in the 1st PCR, which subjected to a second PCR results in 109 bp
corresponding to the type A of the virus and 168 base pairs for the type
Bwhat allows not only viral detection, as the distinction of the type to
which it belongs. The primers have size from 21 to 24 base pairs, having a
melting temperature (Tmelting) between 48,9º C and 55,3º C and GC%
concentration ranging from 33.3% to 52.4%. The number of
complementary bases in the dimers and hairpins analysis was maintained
below 5 bases, while the Gibbs free energy (Delta G) was kept above
kcal.mole -9(-1) as desired. Conclusion: All values obtained in the
validation of the primers are in agreement with the ones already used in
the reference studies, thereby validating its use in vitro.
Key words: Drawing primers, Bioinformatics, Respiratory Syncytial Virus,
In Silico Analysis, Dimers, Hairpin
Development of cost-effective real-time PCR test: to detect a wide range of HBV DNA concentrations in the western amazon region of Brazil
Submitted by EMERSON LEAL ([email protected]) on 2016-04-04T13:48:06Z
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Previous issue date: 2014Fundação Oswaldo Cruz. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Background: Currently there is a significant risk of infection with hepatitis B virus (HBV) during blood transfusion in high epidemic area. This is due to the pre-seroconversion window period, immunovariant viral strains and the presence of occult HBV infection (OBI). The aim of this study was to develop an in-house real-time PCR-based
method, which was both ultra-sensitive and efficient offering an alternative method for nucleic acid testing (NAT).
Methods: A precore fragment with 109 bp was cloned and serial diluted to standard curve construction. The calibration of the HBV - DNA values was performed against OptiQuant® HBV-DNA Quantification Panel, Acrometrix Europe B.V.). Results: From our in-house plasmid we prepared serial dilutions ranging from 2 × 103 – 2 × 109 copies/ml. The threshold was adjusted automatically during analysis and the data collected were analyzed by linear regression (r2 = 0.99). The limit of detection for the assay with pHBVRO standards was 2000/ml in a total reaction volume of 30 μl. We found a strong correlation between the two methods (r2 = 0.9965 and p < 0.0001). The regression line give us the following equation: Log 10 (IU/mL) = 0.9038Log 10 (copies/mL) − 1.0643, suggesting that 1 IU/mL = 15
copies/mL.
Conclusions: Therefore, we can affirm that the qHBVRO PCR can detect HBV DNA in individuals with hepatitis B at any
stage of the disease showing high capacity for NAT screening in hepatitis b donors. This results of sensitivity could
provide an advance for automation in blood banks and increasing safety of patients who receive blood transfusions
Hepatitis delta: virological and clinical aspects
Abstract There are an estimated 400 million chronic carriers of HBV worldwide; between 15 and 20 million have serological evidence of exposure to HDV. Traditionally, regions with high rates of endemicity are central and northern Africa, the Amazon Basin, eastern Europe and the Mediterranean, the Middle East and parts of Asia. There are two types of HDV/HBV infection which are differentiated by the previous status infection by HBV for the individual. Individuals with acute HBV infection contaminated by HDV is an HDV/HBV co-infection, while individuals with chronic HBV infection contaminated by HDV represent an HDV/HBV super-infection. The appropriate treatment for chronic hepatitis delta is still widely discussed since it does not have an effective drug. Alpha interferon is currently the only licensed therapy for the treatment of chronic hepatitis D. The most widely used drug is pegylated interferon but only approximately 25% of patients maintain a sustained viral response after 1 year of treatment. The best marker of therapeutic success would be the clearance of HBsAg, but this data is rare in clinical practice. Therefore, the best way to predict a sustained virologic response is the maintenance of undetectable HDV RNA levels
Development of a reverse transcription quantitative real-time PCR-based system for rapid detection and quantitation of hepatitis delta virus in the western Amazon region of Brazil
Submitted by EMERSON LEAL ([email protected]) on 2016-06-22T14:49:46Z
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Previous issue date: 2013Made available in DSpace on 2016-07-15T18:40:34Z (GMT). No. of bitstreams: 3
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Previous issue date: 2013Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório Plataforma Técnica. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Departamento de Medicina. Núcleo de Saúde. Programa de Pós-graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório Plataforma Técnica. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Departamento de Medicina. Núcleo de Saúde. Programa de Pós-graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brazil.Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório Plataforma Técnica. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Departamento de Medicina. Núcleo de Saúde. Programa de Pós-graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório Plataforma Técnica. Porto Velho, RO, Brazil / Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil / Universidade Federal de Rondônia. Departamento de Medicina. Núcleo de Saúde. Programa de Pós-graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brazil.The hepatitis delta virus (HDV) is a pathogen that causes a severe and rapidly progressive disease ofhepatocytes. The measurement of viral load in the peripheral blood of patients with HDV infections isimportant for diagnosis, treatment monitoring, and support for follow-up studies of viral replication dur-ing the course of the disease. This study reports the development of an assay capable of detecting andquantifying the abundance of HDV particles in serum samples, based on reverse-transcription quantita-tive PCR (RT-qPCR). Two standards for calibration were produced for determining the viral load of HDV:a cDNA cloned into a linear plasmid and a transcribed RNA. For validating this assay, 140 clinical samplesof sera were used, comprising 100 samples from patients who tested positive for anti-HDV and hepatitisB virus surface antigen (HBsAg) by ELISA; 30 samples from blood donors; 5 samples monoinfected withhepatitis B virus (HBV); and 5 samples monoinfected with hepatitis C virus (HCV). The HDV RT-qPCR assayperformed better when calibrated using the standard based on HDV cDNA cloned into a linear plasmid,yielding an efficiency of 99.8% and a specificity of 100% in the in vitro assays. This study represents thefirst HDV RT-qPCR assay developed with clinical samples from Brazil and offers great potential for newclinical efficacy studies of antiviral therapeutics for use in patients with hepatitis delta in the western Amazon region