Transcriptome analysis of a phenol-producing Pseudomonas putida S12 construct: Genetic and physiological basis for improved production

The unknown genetic basis for improved phenol production by a recombinant Pseudomonas putida S12 derivative bearing the tpl (tyrosine-phenol lyase) gene was investigated via comparative transcriptomics, nucleotide sequence analysis, and targeted gene disruption. We show upregulation of tyrosine biosynthetic genes and possibly decreased biosynthesis of tryptophan caused by a mutation in the trpE gene as the genetic basis for the enhanced phenol production. In addition, several genes in degradation routes connected to the tyrosine biosynthetic pathway were upregulated. This either may be a side effect that negatively affects phenol production or may point to intracellular accumulation of tyrosine or its intermediates. A number of genes identified by the transcriptome analysis were selected for targeted disruption in P. putida S12TPL3. Physiological and biochemical examination of P. putida S12TPL3 and these mutants led to the conclusion that the metabolic flux toward tyrosine in P. putida S12TPL3 was improved to such an extent that the heterologous tyrosine-phenol lyase enzyme had become the rate-limiting step in phenol biosynthesis. Copyright © 2008, American Society for Microbiology. All Rights Reserved

Landbouwverkenning provincie Fryslân tot 2020

In deze toekomstverkenning voor de Friese landbouw, in opdracht van de provincie Fryslân, wordt naast inzicht in de huidige kracht van de agrarische sector, vooral een beeld gegeven van de mogelijke kansen en bedreigingen die relevante beleids- en marktontwikkelingen met zich mee zullen brengen. Op basis van de SWOT wordt een verwacht beeld geschetst van hoe de Friese landbouw zich richting 2020 ontwikkelt. De toekomstverkenning richt zich vooral op de sectoren melkveehouderij, akkerbouw, glastuinbouw en biologische landbouw. De verkenning levert bouwstenen op voor een verdere invulling van het toekomstig provinciaal beleid voor de agrarische secto

De agrarische sector in Nederland naar 2020 : perspectieven en onzekerheden

Dit rapport beantwoordt vooral de vraag: wat zijn de perspectieven van de agrarische sector in Nederland op middellange termijn, tot 2020? Met welke ontwikkelingen en onzekerheden moet rekening worden gehouden en welke aandachtspunten voor het beleid vloeien daar uitvoort? Het rapport is gebaseerd op een combinatie van expertkennis en modelberekeningen. De vraagontwikkeling wordt mede bepaald door de tot 2020 met 1% per jaar doorgaande groei van de wereldbevolking. Deze groei, die lager is dan in het vorige decennium, manifesteert zich vooral buiten de EU, met name in Azië. Voor het aanbod van producten is, naast de beschikbare arbeid, kapitaal en grond, de technologische vernieuwing een belangrijke factor. Het aantal in de agrosector werkzame mensen zal vooral blijven afnemen door de technologische vernieuwing, die een verhoging van de productiviteit mogelijk maakt. Dit kan knelpunten opleveren in arbeidsintensieve deelsectoren, zoals in de tuinbouw. Nieuwe technologische doorbraken, zoals robotisering, kunnen hier een oplossing biede

Gevolgen ontkoppeling slachtpremies voor de vleeskalversector

Dit rapport geeft de mogelijke gevolgen aan van ontkoppeling van de slachtpremie voor de kalfs- en vleessector in Nederland. Of ontkoppeling zal leiden tot een aanzienlijke vermindering van de productie is sterk afhankelijk van de externe omstandigheden, de voorwaarden die zullen worden gesteld en de reactie van de kalverintegratie

Activation of the Nrf2 response by intrinsic hepatotoxic drugs correlates with suppression of NF-κB activation and sensitizes toward TNFα-induced cytotoxicity

Drug-induced liver injury (DILI) is an important problem both in the clinic and in the development of new safer medicines. Two pivotal adaptation and survival responses to adverse drug reactions are oxidative stress and cytokine signaling based on the activation of the transcription factors Nrf2 and NF-κB, respectively. Here, we systematically investigated Nrf2 and NF-κB signaling upon DILI-related drug exposure. Transcriptomics analyses of 90 DILI compounds in primary human hepatocytes revealed that a strong Nrf2 activation is associated with a suppression of endogenous NF-κB activity. These responses were translated into quantitative high-content live-cell imaging of induction of a selective Nrf2 target, GFP-tagged Srxn1, and the altered nuclear translocation dynamics of a subunit of NF-κB, GFP-tagged p65, upon TNFR signaling induced by TNFα using HepG2 cells. Strong activation of GFP-Srxn1 expression by DILI compounds typically correlated with suppression of NF-κB nuclear translocation, yet reversely, activation of NF-κB by TNFα did not affect the Nrf2 response. DILI compounds that provided strong Nrf2 activation, including diclofenac, carbamazepine and ketoconazole, sensitized toward TNFα-mediated cytotoxicity. This was related to an adaptive primary protective response of Nrf2, since loss of Nrf2 enhanced this cytotoxic synergy with TNFα, while KEAP1 downregulation was cytoprotective. These data indicate that both Nrf2 and NF-κB signaling may be pivotal in the regulation of DILI. We propose that the NF-κB-inhibiting effects that coincide with a strong Nrf2 stress response likely sensitize liver cells to pro-apoptotic signaling cascades induced by intrinsic cytotoxic pro-inflammatory cytokines

Leren in een praktijknetwerk : Evaluatie regeling Praktijknetwerken

In het kader van het Gemeenschappelijk Landbouwbeleid (GLB) wordt sinds een aantal jaren ondersteuning gegeven aan Praktijknetwerken. Dit vormt een onderdeel van het Plattelandsontwikkelingsbeleid, de 2e pijler van het GLB. De regeling Praktijknetwerken is een van de maatregelen met als doel het versterken van het concurrentievermogen van de landbouw- en de bosbouwsector, de as 1 van het Plattelandsontwikkelingsbeleid. De regeling Praktijknetwerken valt met de regelingen 'Demonstratienetwerken' en 'Beroepsopleiding en voorlichting' onder maatregelfiche 111 van het 2e Plattelandsontwikkelingsprogramma van Nederland (POP II). Het POP II loopt van 2007 tot en met 2013. Deze evaluatie heeft LEI Wageningen UR op verzoek van het ministerie van EZ opgesteld. De evaluatie richt zich alleen op de kleine praktijknetwerken. Hierbij betreft het de toepassing van deze regeling in de jaren 2008-2010 in de veehouderij. Hierdoor blijven, in overleg met de opdrachtgever, de grote praktijknetwerken en ook de toepassing van de regeling Praktijknetwerken in de plantaardige sectoren buiten beschouwing. Deze laatste regeling is in 2010 van start gegaan

Zetmeelaardappelen en herziening van het EU-beleid

Dit rapport analyseert de gevolgen van een volledige ontkoppeling van de Europese premie voor zetmeelaardappelen en van de afbouw van het EU-zetmeelbeleid voor de betreffende sector in Nederland. Deze gevolgen kunnen, afhankelijk van de omstandigheden en de reacties van de telers, uiteenlopen. Naast voorzetting van de productie in de huidige omvang is een daling met ongeveer 30% mogelijk. Ook een volledige afbouw van de teelt en verwerking kan niet worden uitgesloten. Gezien de gevoeligheid van de sector voor de beleidsveranderingen wordt een fasegewijze introductie met toepassing van flankerende maatregelen aanbevolen

Characterisation of puroindoline genes in wild tetraploid and hexaploid wheats (Triticum araraticum; T. timopheevii and T. zhukovskyi)

Treatment with cisplatin-containing chemotherapy regimens causes hearing loss in 40-60% of cancer patients. It has been suggested that genetic variants in the genes encoding thiopurine S-methyltransferase (TPMT) and catechol O-methyltransferase (COMT) can predict the development of cisplatin-induced ototoxicity and may explain interindividual variability in sensitivity to cisplatin-induced hearing loss. Two recently published studies however, sought to validate these findings and showed inconsistent results. The aim of this study was to evaluate the role of polymorphisms in the TPMT and COMT genes in cisplatin-induced ototoxicity. Therefore we investigated two independent cohorts of 110 Dutch and 38 Spanish patients with osteosarcoma and performed a meta-analysis including all previously published studies resulting in a total population of 664 patients with cancer. With this largest meta-analysis performed to date, we show that the influence of TPMT and COMT on the development of cisplatin-induced hearing loss may be less important than previously suggested