Estudo de genes expressos diferencialmente durante o processo de estrobilização in vitro de Mesocestoides corti

Os cestódeos são agentes etiológicos de doenças parasíticas em humanos e em animais domesticados. Estamos utilizando Mesocestoides corti como um sistema modelo para estudar a biologia do desenvolvimento dos cestódeos, particularmente a transição da fase larval para a fase adulta segmentada. Com o propósito de isolar seqüências diferencialmente expressas durante o processo de segmentação, aplicamos a metodologia de análise das diferenças de representações de cDNA (cDNA RDA) utilizando RNA total extraído de larvas e vermes segmentados em cultivos in vitro de M. corti. Duas bibliotecas de cDNA subtraídas, enriquecidas com seqüências diferencialmente expressas das formas larvais ou segmentadas, foram construídas usando uma razão de driver:tester de 100:1 e 800:1 no 1º e 2º ciclos de subtração, respectivamente. A eficiência de subtração foi avaliada com experimentos de hibridização, utilizando as seqüências subtraídas como sondas contra os produtos de cDNA amplificados por PCR, com análise de macroarranjos e com confirmação individual, em experimentos de Northern virtual, de clones selecionados. Uma estratégia de RT-PCR em tempo real para confirmação dos resultados está sendo otimizada e resultados preliminares são apresentados. Após o seqüenciamento de 1036 clones de cDNA independentes e adoção de uma estratégia de seqüenciamento de alta qualidade, foram identificadas 190 seqüências, preferencialmente expressas em tetratirídeos (49) ou em vermes segmentados (141). Entre os genes identificados, 71 foram funcionalmente anotados, incluindo seqüências relacionadas a reguladores de estrutura de cromatina e controle de transcrição, cujos ortólogos estão implicados em processos de desenvolvimento em Drosophila e em vertebrados

Estudo de genes expressos diferencialmente durante o processo de estrobilização in vitro de Mesocestoides corti

Os cestódeos são agentes etiológicos de doenças parasíticas em humanos e em animais domesticados. Estamos utilizando Mesocestoides corti como um sistema modelo para estudar a biologia do desenvolvimento dos cestódeos, particularmente a transição da fase larval para a fase adulta segmentada. Com o propósito de isolar seqüências diferencialmente expressas durante o processo de segmentação, aplicamos a metodologia de análise das diferenças de representações de cDNA (cDNA RDA) utilizando RNA total extraído de larvas e vermes segmentados em cultivos in vitro de M. corti. Duas bibliotecas de cDNA subtraídas, enriquecidas com seqüências diferencialmente expressas das formas larvais ou segmentadas, foram construídas usando uma razão de driver:tester de 100:1 e 800:1 no 1º e 2º ciclos de subtração, respectivamente. A eficiência de subtração foi avaliada com experimentos de hibridização, utilizando as seqüências subtraídas como sondas contra os produtos de cDNA amplificados por PCR, com análise de macroarranjos e com confirmação individual, em experimentos de Northern virtual, de clones selecionados. Uma estratégia de RT-PCR em tempo real para confirmação dos resultados está sendo otimizada e resultados preliminares são apresentados. Após o seqüenciamento de 1036 clones de cDNA independentes e adoção de uma estratégia de seqüenciamento de alta qualidade, foram identificadas 190 seqüências, preferencialmente expressas em tetratirídeos (49) ou em vermes segmentados (141). Entre os genes identificados, 71 foram funcionalmente anotados, incluindo seqüências relacionadas a reguladores de estrutura de cromatina e controle de transcrição, cujos ortólogos estão implicados em processos de desenvolvimento em Drosophila e em vertebrados

Caracterização de genes de actina em Echinococcus granulosus

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Caracterização de genes de actina em Echinococcus granulosus

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Purine and pyrimidine nucleotide metabolism in Mollicutes

Several mollicute genome projects are underway, offering unique opportunities to study genes and metabolic pathways on a genome-wide scale. Here, we have analyzed the conservation and diversity of purine and pyrimidine metabolism in mycoplasmas. An evaluation of discrepancies between genomic analysis and enzymatic data revealed interesting aspects about these organisms. We found important examples in which enzyme activity was reported without the annotation of a corresponding gene. An interesting example concerns phosphopentomutase. In Mollicutes, we have identified CDSs orthologous to sequences recently identified as new phosphopentomutases in archaeobacteria that are structurally related to phosphomannomutases. It is suggested that these sequences could replace the function of phosphopentomutases in mollicutes lacking the canonical phosphopentomutase gene (deoB). Also, the activity of 5'-nucleotidase was reported in mollicutes that do not possess any CDS related to ushA. Hypothetical proteins exhibiting domains similar to newly characterized 5' nucleotidases in Escherichia coli are proposed as possible CDSs related to this enzymatic activity in Mollicutes. Based on our analysis, the reductive genome evolution of Mollicutes does not appear to result in a minimum set of genes nor a minimum set of metabolic functions shared by all mollicute species

Seqüenciamento e análise in silico de genes expressados diferencialmente em duas fases do ciclo vital do platelminto Mesocestoides corti

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Seqüenciamento e análise in silico de genes expressados diferencialmente em duas fases do ciclo vital do platelminto Mesocestoides corti

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Geração de tetratirídeos de Mesocestoides corti in vitro a partir de indivíduos adultos

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