Monophyly of brachiopods and phoronids: reconciliation of molecular evidence with Linnaean classification (the subphylum Phoroniformea nov.)

Molecular phylogenetic analyses of aligned 18S rDNA gene sequences from articulate and inarticulate brachiopods representing all major extant lineages, an enhanced set of phoronids and several unrelated protostome taxa, confirm previous indications that in such data, brachiopod and phoronids form a well-supported clade that (on previous evidence) is unambiguously affiliated with protostomes rather than deuterostomes. Within the brachiopod-phoronid clade, an association between phoronids and inarticulate brachiopods is moderately well supported, whilst a close relationship between phoronids and craniid inarticulates is weakly indicated. Brachiopod-phoronid monophyly is reconciled with the most recent Linnaean classification of brachiopods by abolition of the phylum Phoronida and rediagnosis of the phylum Brachiopoda to include tubiculous, shell-less forms. Recognition that brachiopods and phoronids are close genealogical allies of protostome phyla such as molluscs and annelids, but are much more distantly related to deuterostome phyla such as echinoderms and chordates, implies either (or both) that the morphology and ontogeny of blastopore, mesoderm and coelom formation have been widely misreported or misinterpreted, or that these characters have been subject to extensive homoplasy. This inference, if true, undermines virtually all morphology-based reconstructions of phylogeny made during the past century or more

Applications of Partially Quenched Chiral Perturbation Theory

Partially quenched theories are theories in which the valence- and sea-quark masses are different. In this paper we calculate the nonanalytic one-loop corrections of some physical quantities: the chiral condensate, weak decay constants, Goldstone boson masses, B_K and the K+ to pi+ pi0 decay amplitude, using partially quenched chiral perturbation theory. Our results for weak decay constants and masses agree with, and generalize, results of previous work by Sharpe. We compare B_K and the K+ decay amplitude with their real-world values in some examples. For the latter quantity, two other systematic effects that plague lattice computations, namely, finite-volume effects and unphysical values of the quark masses and pion external momenta are also considered. We find that typical one-loop corrections can be substantial.Comment: 22 pages, TeX, refs. added, minor other changes, version to appear in Phys. Rev.

On Lattice Computations of K+ --> pi+ pi0 Decay at m_K =2m_pi

We use one-loop chiral perturbation theory to compare potential lattice computations of the K+ --> pi+ pi0 decay amplitude at m_K=2m_pi with the experimental value. We find that the combined one-loop effect due to this unphysical pion to kaon mass ratio and typical finite volume effects is still of order minus 20-30%, and appears to dominate the effects from quenching.Comment: 4 pages, revte

Chiral perturbation theory for K+ to pi+ pi0 decay in the continuum and on the lattice

In this paper we use one-loop chiral perturbation theory in order to compare lattice computations of the K+ to pi+ pi0 decay amplitude with the experimental value. This makes it possible to investigate three systematic effects that plague lattice computations: quenching, finite-volume effects, and the fact that lattice computations have been done at unphysical values of the quark masses and pion external momenta (only this latter effect shows up at tree level). We apply our results to the most recent lattice computation, and find that all three effects are substantial. We conclude that one-loop corrections in chiral perturbation theory help in explaining the discrepancy between lattice results and the real-world value. We also revisit B_K, which is closely related to the K+ to pi+ pi0 decay amplitude by chiral symmetry.Comment: 50 pages, TeX, two eps figures included, minor changes, no changes in results or conclusions, version to appear in Phys.Rev.

Simian immunodeficiency virus (SIV) envelope quasispecies transmission and evolution in infant rhesus macaques after oral challenge with uncloned SIVmac251: increased diversity is associated with neutralizing antibodies and improved survival in previously immunized animals

BACKGROUND: Oral infection of infant macaques with simian immunodeficiency virus (SIV) is a useful animal model to test interventions to reduce postnatal HIV transmission via breast-feeding. We previously demonstrated that immunization of infant rhesus macaques with either modified vaccinia virus Ankara (MVA) expressing SIV Gag, Pol and Env, or live-attenuated SIVmac1A11 resulted in lower viremia and longer survival compared to unimmunized controls after oral challenge with virulent SIVmac251 (Van Rompay et al., J. Virology 77:179–190, 2003). Here we evaluate the impact of these vaccines on oral transmission and evolution of SIV envelope variants. RESULTS: Limiting dilution analysis of SIV RNA followed by heteroduplex mobility assays of the V1–V2 envelope (env) region revealed two major env variants in the uncloned SIVmac251 inoculum. Plasma sampled from all infants 1 week after challenge contained heterogeneous SIV env populations including one or both of the most common env variants in the virus inoculum; no consistent differences in patterns of env variants were found between vaccinated and unvaccinated infants. However, SIV env variant populations diverged in most vaccinated monkeys 3 to 5 months after challenge, in association with the development of neutralizing antibodies. CONCLUSIONS: These patterns of viral envelope diversity, immune responses and disease course in SIV-infected infant macaques are similar to observations in HIV-infected children, and underscore the relevance of this pediatric animal model. The results also support the concept that neonatal immunization with HIV vaccines might modulate disease progression in infants infected with HIV by breast-feeding

Electrostatics in a simple wormhole revisited

The electrostatic potential generated by a point charge at rest in a simple static, spherically symmetric wormhole is given in the form of series of multipoles and in closed form. The general potential which is physically acceptable depends on a parameter due to the fact that the monopole solution is arbitrary. When the wormhole has Z2-symmetry, the potential is completely determined. The calculation of the electrostatic self-energy and of the self-force is performed in all cases considered.Comment: 16 pages, no figure

Apport de l’écho-doppler artériel des membres inférieurs dans la prise en charge du pied diabétique à l’hôpital Saint-Jean de Dieu de Thiès (Sénégal)

Introduction: Le pied diabétique se définit comme l'ensemble des manifestations trophiques du pied survenant chez le diabétique par atteinte nerveuse, artérielle et ou infectieuse. Le pied diabétique est un problème majeur de santé publique à l'échelle mondiale avec un taux d'amputation de membres inférieurs très élevé. L'écho-doppler artériel des membres inférieurs est de nos jours incontournable dans la prise en charge du pied diabétique. Le but de cette étude est de montrer la place prépondérante qu'occupe l'écho-doppler artériel dans le bilan lésionnel du pied diabétique. Méthodes: Nous avons mené une étude rétrospective monocentrique incluant 46 patients sur une période de 24 mois, de mars 2012 à mars 2014 à l'hôpital Saint-Jean de Dieu, un des deux hôpitaux de référence de la région de Thiès, doté depuis juillet 2011 d'un centre moderne de traitement du diabète et des maladies cardio-métaboliques (Diabcarmet). Dans les critères d'inclusion, nous avons sélectionné tous les patients diabétiques adressés pour un écho-doppler artériel des membres inférieurs dans le cadre d'une prise en charge du pied diabétique. Etaient exclus de l'étude, les patients artéritiques non-diabétiques et les patients diabétiques asymptomatiques référés pour un bilan écho-doppler de routine. Résultats: Le sex-ratio était de 1.42 (27 hommes pour 19 femmes). L'âge moyen des patients était de 62,86 ans avec des extrêmes de 23 et 88 ans. 60% des patients (n=28) étaient âgés entre 50 et 70 ans. Le diabète de type 2 était retrouvé chez 95% des patients (n=44) alors que le diabète de type 1 représentait 5% (n=2). La moyenne d'évolution du diabète était estimée à 8 ans, avec des extrêmes de 2 et 20 ans. On notait une atteinte du pied droit chez 24 patients, une atteinte du pied gauche chez 18 patients et une atteinte bilatérale chez 4 patients.La plupart du temps, les lésions du pied diabétique survenaient sur un terrain de diabète déséquilibré (95%). Cliniquement, ces lésions étaient dominées par la gangrène infectieuse du pied (43.47%), l'abolition des pouls tibiaux et pédieux (17.4%), la gangrène infectieuse des orteils (13.07%), la gangrène mixte du pied (4.34%) et le mal perforant plantaire (4.34%).Sur le plan échographique, vingt-six patients ne présentaient aucune anomalie hémodynamique significative, même si sur le plan morphologique la médiacalcose était retrouvée chez tous nos patients (n=46). Les autres lésions morphologiques et hémodynamiques artérielles étaient dominées par la sténose serrée de l'artère fémorale superficielle chez 6 patients soit 13.04%, les sténoses des artères tibiales antérieures et postérieures chez 4 patients (6.52%) et l'association de plusieurs lésions artérielles chez 4 patients (8.7%). Le taux d'amputation, dans notre série, était de 21.7%. Conclusion: Le pied diabétique est une complication potentiellement grave du diabète, en Afrique sub-saharienne du fait d'un fort taux d'amputation de membre. L'écho-doppler artériel des membres inférieurs est un moyen d'imagerie non irradiant et non invasif indispensable dans la prise de décision thérapeutique du pied diabétique.Pan African Medical Journal 2015; 2

Human Tra2 proteins jointly control a CHEK1 splicing switch among alternative and constitutive target exons

Alternative splicing—the production of multiple messenger RNA isoforms from a single gene—is regulated in part by RNA binding proteins. While the RBPs transformer2 alpha (Tra2α) and Tra2β have both been implicated in the regulation of alternative splicing, their relative contributions to this process are not well understood. Here we find simultaneous—but not individual—depletion of Tra2α and Tra2β induces substantial shifts in splicing of endogenous Tra2β target exons, and that both constitutive and alternative target exons are under dual Tra2α–Tra2β control. Target exons are enriched in genes associated with chromosome biology including CHEK1, which encodes a key DNA damage response protein. Dual Tra2 protein depletion reduces expression of full-length CHK1 protein, results in the accumulation of the DNA damage marker γH2AX and decreased cell viability. We conclude Tra2 proteins jointly control constitutive and alternative splicing patterns via paralog compensation to control pathways essential to the maintenance of cell viability

Présentations inhabituelles d’un syndrome de Plummer-Vinson chez l’africain de race noire: à propos de deux observations

Le syndrome de Plummer Vinson (SPV) est une affection rare caractérisée par une dysphagie cervicale  associée à une anémie ferriprive et un anneau sur l’oesophage supérieur. Parfois, son mode de   présentation inhabituelle peut faire errer le diagnostic. Le rétrécissement annulaire peut être de découverte fortuite lors d’une endoscopie digestive haute. Nous rapportons deux observations de  syndrome de Plummer-Vinson chez des sujets de genre masculin et féminin. Celles-ci ont comme point  commun une découverte fortuite lors d’une endoscopie digestive haute. La première observation   concernait un garçon de 14 ans aux antécédents de brûlure caustique de l’oesophage dans l’enfance avec  dysphagie haute passagère ne l’inquiétant pas depuis lors. Il était reçu en urgence pour une endoscopie  digestive haute motivée par une dysphagie de survenue brutale secondaire à une prise d’aliment solide.  L’examen clinique avait objectivé une chéilite angulaire. La biologie montrait un abaissement de la  ferritinémie sans anémie. L’endoscopie avait mis en évidence un anneau circulaire franchi avec ressaut au niveau de la bouche de Killian. Elle avait également permis l’extraction d’un corps étranger à type de noyau de « pain de singe » mais la lumière de l’oesophage était infranchissable à partir du niveau d’arrêt. Le transit oesophagien montrait un ralentissement du produit de contraste au niveau de l’sophage cervical et thoracique sans lésions morphologiques. Dans la deuxième observation, il s’agissait d’une jeune femme de 35 ans adressée à l unité d’endoscopie digestive pour objectiver une gastrite atrophique sur une suspicion de la maladie de Biermer. La fibroscopie mettait alors en évidence, un rétrécissement annulaire infranchissable à 18 centimètres des arcades dentaires. La biologie montrait une anémie avec   augmentation de la ferritinémie. Dans les deux cas, le traitement martial était systématique associé à des séances de dilatation aux bougies de Savary-Gilliar. L’évolution à court terme était favorable avec une amélioration de la dysphagie et une correction des anomalies biologiques. La dysphagie passagère peut  faire errer le diagnostic d’un syndrome de Plummer-Vinson. Son association soit avec une sténose  caustique de l sophage soit avec une maladie de Biermer est possible. Le risque de dégénérescence accru devrait motiver une surveillance rapprochée.Key words: Plummer Vinson, dysphagie, brulure caustique, maladie de Bierme

Development of a multivariable prediction model for severe COVID-19 disease: a population-based study from Hong Kong

Recent studies have reported numerous predictors for adverse outcomes in COVID-19 disease. However, there have been few simple clinical risk scores available for prompt risk stratification. The objective is to develop a simple risk score for predicting severe COVID-19 disease using territory-wide data based on simple clinical and laboratory variables. Consecutive patients admitted to Hong Kong’s public hospitals between 1 January and 22 August 2020 and diagnosed with COVID-19, as confirmed by RT-PCR, were included. The primary outcome was composite intensive care unit admission, need for intubation or death with follow-up until 8 September 2020. An external independent cohort from Wuhan was used for model validation. COVID-19 testing was performed in 237,493 patients and 4442 patients (median age 44.8 years old, 95% confidence interval (CI): [28.9, 60.8]); 50% males) were tested positive. Of these, 209 patients (4.8%) met the primary outcome. A risk score including the following components was derived from Cox regression: gender, age, diabetes mellitus, hypertension, atrial fibrillation, heart failure, ischemic heart disease, peripheral vascular disease, stroke, dementia, liver diseases, gastrointestinal bleeding, cancer, increases in neutrophil count, potassium, urea, creatinine, aspartate transaminase, alanine transaminase, bilirubin, D-dimer, high sensitive troponin-I, lactate dehydrogenase, activated partial thromboplastin time, prothrombin time, and C-reactive protein, as well as decreases in lymphocyte count, platelet, hematocrit, albumin, sodium, low-density lipoprotein, high-density lipoprotein, cholesterol, glucose, and base excess. The model based on test results taken on the day of admission demonstrated an excellent predictive value. Incorporation of test results on successive time points did not further improve risk prediction. The derived score system was evaluated with out-of-sample five-cross-validation (AUC: 0.86, 95% CI: 0.82–0.91) and external validation (N = 202, AUC: 0.89, 95% CI: 0.85–0.93). A simple clinical score accurately predicted severe COVID-19 disease, even without including symptoms, blood pressure or oxygen status on presentation, or chest radiograph results