Fast Ligation-Mediated PCR, a Fast and Reliable Method for IS6110-Based Typing of Mycobacterium tuberculosis Complex

IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis is the most widely applied method for strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis complex. We have previously described mixed-linker PCR, an IS6110-based PCR method that favorably compared with other typing methods for M. tuberculosis complex according to reproducibility and ability to differentiate between strains. Here we report the further development of this method, called fast ligation-mediated PCR (FLiP), which allows analysis of strains within one working day and starting from less than 1 ng of mycobacterial DNA or a crude cell lysate. Blinded analysis of a standard set of 131 M. tuberculosis complex and nontuberculous isolates showed the ability to differentiate 81 types among 90 M. tuberculosis complex isolates with 84 different IS6110 RFLP fingerprint patterns and detected 97% of the 31 duplicate samples. We suggest that FLiP can serve to rapidly detect chains of transmission prior to starting high-throughput analysis or standard IS6110 RFLP. It may as well serve as a secondary typing technique for other, non-IS6110-based methods

Evidence of the Presence of IS1245 and IS1311 or Closely Related Insertion Elements in Nontuberculous Mycobacteria outside of the Mycobacterium avium Complex

A PCR assay based on the simultaneous detection of IS1245 and IS1311 was developed and used to determine the host range of these insertion elements. Specific PCR products were observed in Mycobacterium malmoense, Mycobacterium scrofulaceum, and Mycobacterium nonchromogenicum, indicating that IS1245 and IS1311 are not limited to the Mycobacterium avium complex

Validert oversettelse av NIHSS med kulturell tilpasning

Bakgrunn: National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) er et anerkjent amerikansk skåringsverktøy som benyttes av helsepersonell for å kartlegge nevrologiske utfall ved mistanke om hjerneslag. Testen har vært anvendt av sykepleiere og leger på slagenheter i Norge siden 1990-tallet. Den norske versjonen av NIHSS som brukes i dag, er ikke validert. Hensikt: Å redegjøre for validert oversettelse og kulturell tilpasning av NIHSS. Metode: En prosjektgruppe bestående av sykepleiere og leger fra slagenheter i Vestre Viken HF gjennomførte, i samarbeid med Universitetet i Sørøst-Norge og en profesjonell translatør, en validert oversettelse av NIHSS med kulturell tilpasning. Oversettelsesprosessen fulgte trinnene i ReKS' modifiserte oversettelsesmetode. Vi gjennomførte en pilottest der flere slagenheter deltok. Resultat: Den validerte NIHSS-versjonen samsvarte i stor grad med den ikke-validerte når det gjaldt begrepsbruken. Beskrivelsen IT (ikke testbar) i validert NIHSS samsvarer med den originale NIHSS-versjonen. Bilder og tekstark fra original NIHSS ble inkludert i den validerte NIHSS-versjonen med noen justeringer. Totalskår og tidsbruk ved skåring var sammenliknbare med den ikke-validerte NIHSS-versjonen. Konklusjon: Validering av NIHSS var påkrevd for å sikre kulturell tilpasning og språk fra den amerikanske originalversjonen. Viktige faktorer i valideringsprosessen var å involvere slagenheter, prøve ut et pilotprosjekt og sette sammen prosjektgruppen med erfarne leger og sykepleiere. Resultatet er en norsk validert versjon av NIHSS med veileder som er tro mot den originale amerikanske versjonen og samtidig harmonisert i henhold til den ikkevaliderte eksisterende versjonen

Mechanism of escape from nonsense-mediated mRNA decay of human β-globin transcripts with nonsense mutations in the first exon

The degradation of nonsense-mutated β-globin mRNA by nonsense-mediated mRNA decay (NMD) limits the synthesis of C-terminally truncated dominant negative β-globin chains and thus protects the majority of heterozygotes from symptomatic β-thalassemia. β-globin mRNAs with nonsense mutations in the first exon are known to bypass NMD, although current mechanistic models predict that such mutations should activate NMD. A systematic analysis of this enigma reveals that (1) β-globin exon 1 is bisected by a sharp border that separates NMD-activating from NMD-bypassing nonsense mutations and (2) the ability to bypass NMD depends on the ability to reinitiate translation at a downstream start codon. The data presented here thus reconcile the current mechanistic understanding of NMD with the observed failure of a class of nonsense mutations to activate this important mRNA quality-control pathway. Furthermore, our data uncover a reason why the position of a nonsense mutation alone does not suffice to predict the fate of the affected mRNA and its effect on protein expression