Predicting haplogroups using a versatile machine learning program (PredYMaLe) on a new mutationally balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex): Unlocking the full potential of the human STR mutation rate spectrum to estimate forensic parameters

We developed a new mutationally well-balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex) together with a machine learning (ML) program PredYMaLe to assess the impact of STR mutability on haplogourp prediction, while respecting forensic community criteria (high DC/HD). We designed CombYplex around two sub-panels M1 and M2 characterized by average and high-mutation STR panels. Using these two sub-panels, we tested how our program PredYmale reacts to mutability when considering basal branches and, moving down, terminal branches. We tested first the discrimination capacity of CombYplex on 996 human samples using various forensic and statistical parameters and showed that its resolution is sufficient to separate haplogroup classes. In parallel, PredYMaLe was designed and used to test whether a ML approach can predict haplogroup classes from Y-STR profiles. Applied to our kit, SVM and Random Forest classifiers perform very well (average 97 %), better than Neural Network (average 91 %) and Bayesian methods (< 90 %)

Application d'un modèle de circulation littoral quasi-tridimensionnel à la dynamique des plages du Languedoc-Roussillon

Le modèle numérique de circulation quasi-tridimensionnel SHORECIRC, initialement prévu pour fonctionner sur des bathymétries simples, a été modifié afin de pouvoir prendre en compte les caractéristiques complexes des bathymétries réalistes de la zone littorale: trait de côte irrégulier et présence d'objets émergés. Les modifications apportées ont été validées par comparaison avec des résultats d'autres modèles numériques et avec des données mesurées sur plusieurs configurations. Enfin, le modèle modifié a été appliqué à l'étude de la dynamique de la circulation sur une plage sableuse à barres en festons (Plage de Leucate, Languedoc-Roussillon, FR)Quasi-3D model SHORECIRC simulates circulation on simple nearshore domains. It is modified in order to handle realistic bathymetries: beaches with complex shoreline and/or emerged structures. Added improvements are validated against other models and measurements on various configurations. New SHORECIRC version is then applied to the study of the circulation dynamics of Leucate, a sandy beach of Languedoc-Roussillon (France) with crescentic barsMONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

Impact des antirétroviraux sur les mitochondries des spermatozoïdes chez des hommes infectés par le VIH-1

En assistance médicale à la procréation, plusieurs études ont mis en évidence une diminution de la mobilité des spermatozoïdes chez les patients infectés par le VIH et traités par antirétroviraux. Sachant les effets néfastes de certains antirétroviraux sur les mitochondries somatiques, l'hypothèse d'une toxicité sur les mitochondries spermatiques est avancée. Nous avons comparé 32 patients traités à 31 témoins séronégatifs en recherchant les délétions de l'ADN mitochondrial (ADNmt) des spermatozoïdes et en quantifiant le ratio R correspondant au nombre d'ADNmt par spermatozoïde. Nous constatons, chez les patients VIH traités, une augmentation du ratio R dans le sperme total probablement en rapport avec une altération de la spermatogenèse. Aucune délétion de l'ADNmt n'a été retrouvée et nous n'observons pas d'effet de la durée ou du type de traitement sur la variation du ratio R. D'autres investigations sont donc en cours pour explorer les liens entre antirétroviraux, mitochondries et spermatozoïdes.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Effets de la ribavirine sur les paramètres spermatiques (à propos d'un cas cliniques et revue de la littérature)

La ribavirine constitue en association avec l'interféron, le traitement actuel de l'infection par le virus de l'hépatite C. Chez l'homme, la conception d'un enfant pendant le traitement par ribavirine et sept mois après l'arrêt est contre indiquée. Cette recommandation repose principalement sur des données d'études animales. Afin d'améliorer le conseil et la prise en charge des patients, nous avons analysé les données fournies par la bibliographie et étudié chez un patient infecté par le virus de l'hépatite C traité par l'association ribavirine-interféron pégylé a2b, les caractéristiques spermatiques, la compaction de la chromatine et la fragmentation de l'ADN du spermatozoïde, avant, pendant et après ce traitement. Chez ce patient, nous avons observé une altération de la compaction chromatinienne du spermatozoïde persistant huit mois après l'arrêt. Notre observation souligne l'intérêt d'une étude prospective portant sur le génome du spermatozoïde lors d'une exposition à la ribavirine.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Aide médicale à la procréation chez les couples sérodifférents dont l'homme est infecté par le VIH (biologie de la reproduction, prise en charge de 84 couples en inséminations intra-utérines au CHU de Toulouse)

TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocTOULOUSE3-BU Santé-Allées (315552109) / SudocSudocFranceF

Evolution des paramètres spermatiques après traitement anti cancéreux (étude à partir de la spermothèque du CECOS de Midi-Pyrénées)

Les cancers testiculaires et la maladie d'Hodgkin sont parmi les cancers les plus fréquents de l'homme jeune, et les progrès des traitements en terme de survie soulèvent le problème de la gonadotoxicité de ceux-ci. Outre l'autoconservation conseillée avant toute thérapeutique, il est recommandé un suivi post traitement pour apprécier la récupération de la spermatogenèse. Dans ce contexte, avec le consentement des patients (don recherche), les recueils des spermogrammes de contrôle ont été conservés et ont permis de constituer une spermothèque ainsi qu'un registre recensant les données cliniques et spermatiques relatives aux patients. Le but de ce travail est de donner un aperçu de la collection de la spermothèque du CECOS de Midi-Pyrénées, et d'étudier les conséquences du traitement sur les paramètres spermatiques des recueils conservés dans notre banque. Nos résultats qui vont dans le sens d'une récupération de la spermatogenèse dans un délai de 1 à 2 ans quelque soit le type de cancer, sont l'étape préalable à l'étude des conséquences sur le matériel nucléaire des thérapeutiques antinéoplasiques sur ce type de population. Ce travail s'intègre dans la démarche pour la constitution de centres de ressources biologiques.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Tunel Assay et Sperm Chromatin Structure Assay (mise au point de deux tests permettant l'étude de la qualité nucléaire du spermatozoïde au CECOS de Toulouse)

Depuis de nombreuses années, l'étude de la fertilité masculine est fondée sur les paramètres du spermogramme. Cependant au delà de la fécondation, le spermatozoîde contribue au développement du zygote et de l'embryon. Ainsi, l'obtention de fausses couches d'origine paternelle a démontré la responsabilité du spermatozoîde dans la mise en place et le développement embryonnaire. Récemment, depuis l'avènement de techniques de FIV et d' ICSI il est apparu de manière plus aiguë que la qualité du noyau des spermatozoïdes (maturation, compaction, fragmentation éventuelle) est un paramètre clé de la ferilité masculine, pouvant conduire en cas d'altération du gamète, à la transmission d'une anomalie génétique, chromosomique ou d'ordre épigénétique à l'embryon et éventuelle à le descendance des hommes pris en charge. Dans ce contexte, nous nous sommes attachés à appliquer, dans le laboratoire du CECOS Midi-Pyrénées (Centre d'Etude et de Conservation des Oeufs et du Sperme humain), deux des techniques les plus couramment utilisées pour la détection d'anomalies nucléaires des spermatozoïdes. Il s'agit du TUNEL, pour TdT-mediated dUTP nick end labelling et du SCSA (Sperm Chromatin Structure Assay), deux méthodes de marquage in situ de la chromatine utilisables en cytofluorométrie en flux, augmentant ainsi la reproductibilité, la fiabilité et la puissance statistique des résultatq obtenus. La mise en place du SCSA a nécessité la conception de deux méthodes alternatives de traitement des données recueillies sur le cytomètre. Ces 2 approches sont fortement corrélées. Nos résultats complétés par quelques applications concrètes, retrouvent le lien rapporté dans la littérature entre TUNEL et SCSA. Ils confirment en outre l'idée de leur complémentarité. A l'issue de cette étude, nous sommes sur le point de valider ces deux techniques qui vont permettre l'étude du noyau du spermatozoïde dans de nombreuses indications et conduire à la mise en place de programmes de recherche.BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocSudocFranceF

Exploration du génome du spermatozoïde avant, pendant et après chimiothérapie chez le patient atteint d'une pathologie cancéreuse (revue de la littérature)

BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocSudocFranceF

Microdélétions du chromosome Y et infertilité masculine (mise au point de la technique de détection consensuelle et revue de la littérature)

LIMOGES-BU Médecine pharmacie (870852108) / SudocLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF