Bioinformatics of the sugarcane EST project

The Sugarcane EST project (SUCEST) produced 291,904 expressed sequence tags (ESTs) in a consortium that involved 74 sequencing and data mining laboratories. We created a web site for this project that served as a ?meeting point? for receiving, processing, analyzing, and providing services to help explore the sequence data. In this paper we describe the information pathway that we implemented to support this project and a brief explanation of the clustering procedure, which resulted in 43,141 clusters.O projeto SUCEST (Sugarcane EST Project) produziu 291.904 ESTs de cana-de-açúcar. Nesse projeto, o Laboratório de Bioinformática criou o web site que foi o ponto de encontro dos 74 laboratórios de sequenciamento e data mining que fizeram parte do consórcio para o projeto. O Laboratório de Bioinformática (LBI) recebeu, processou, analisou e disponibilizou ferramentas para a exploração dos dados. Neste artigo os dados, serviços e programas implementados pelo LBI para o projeto são descritos, incluindo o procedimento de clustering que gerou 43.141 clusters.915Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

The Impact of Sugar Cane–Burning Emissions on the Respiratory System of Children and the Elderly

We analyzed the influence of emissions from burning sugar cane on the respiratory system during almost 1 year in the city of Piracicaba in southeast Brazil. From April 1997 through March 1998, samples of inhalable particles were collected, separated into fine and coarse particulate mode, and analyzed for black carbon and tracer elements. At the same time, we examined daily records of children ( 64 years of age) admitted to the hospital because of respiratory diseases. Generalized linear models were adopted with natural cubic splines to control for season and linear terms to control for weather. Analyses were carried out for the entire period, as well as for burning and nonburning periods. Additional models were built using three factors obtained from factor analysis instead of particles or tracer elements. Increases of 10.2 μg/m3 in particles ≥ 2.5 μm/m3 aerodynamic diameter (PM2.5) and 42.9 μg/m3 in PM10 were associated with increases of 21.4% [95% confidence interval (CI), 4.3–38.5] and 31.03% (95% CI, 1.25–60.21) in child and elderly respiratory hospital admissions, respectively. When we compared periods, the effects during the burning period were much higher than the effects during nonburning period. Elements generated from sugar cane burning (factor 1) were those most associated with both child and elderly respiratory admissions. Our results show the adverse impact of sugar cane burning emissions on the health of the population, reinforcing the need for public efforts to reduce and eventually eliminate this source of air pollution

Twist Deformations of the Supersymmetric Quantum Mechanics

The N-extended Supersymmetric Quantum Mechanics is deformed via an abelian twist which preserves the super-Hopf algebra structure of its Universal Enveloping Superalgebra. Two constructions are possible. For even N one can identify the 1D N-extended superalgebra with the fermionic Heisenberg algebra. Alternatively, supersymmetry generators can be realized as operators belonging to the Universal Enveloping Superalgebra of one bosonic and several fermionic oscillators. The deformed system is described in terms of twisted operators satisfying twist-deformed (anti)commutators. The main differences between an abelian twist defined in terms of fermionic operators and an abelian twist defined in terms of bosonic operators are discussed.Comment: 18 pages; two references adde

Balanço do nitrogênio e fósforo em solo com cultivo orgânico de hortaliças após a incorporação de biomassa de guandu.

Os objetivos deste trabalho foram avaliar os efeitos de faixas de guandu (Cajanus cajan) e da incorporação da biomassa proveniente de sua poda na fertilidade do solo e na produtividade de três hortaliças sob cultivo orgânico. O delineamento usado foi de blocos casualizados completos em esquema de parcelas subsubdivididas com três repetições. As produtividades de beterraba, cenoura e feijão-de-vagem não foram afetadas pelos tratamentos. Nas parcelas onde não houve incorporação da biomassa de guandu, o balanço de nitrogênio no sistema foi negativo, ao passo que com a incorporação, esse balanço foi positivo. Embora tenha ocorrido balanço positivo para o fósforo nas parcelas sem a incorporação de biomassa de guandu, houve um aumento significativo na absorção desse elemento pelas hortaliças quando o material foi incorporado. O sistema de cultivo em aléias de guandu pode representar uma prática vantajosa para os produtores orgânicos, por contribuir na manutenção da fertilidade do solo

Reproductive biology of Cattleya eldorado, a species of Orchidaceae from the Amazonian white sand campinas

The orchid plants are highly prized for their lush exotic flowers. It is the largest plant family with more than 24000 species, which indicates a high diversity of forms and adaptations to different environments, including the capacity to attract, deceive and manipulate visitors involved in cross-pollination. Cattleya eldorado occurs in areas of white sand campinas, a typical vegetation type of the Amazon region, which is under strong anthropogenic pressure. This work's main objectives to know the biological processes of C. eldorado providing subsidies to maintain and manage it in its natural habitat. This study was conducted from 2000 to 2006 in the Campina Biological Reserve, during its flowering period. C. eldorado is an epiphytic orchid species that has the melittophyly syndrome and is adapted to its pollinator, the bee Eulaema mocsaryi recognizing their flowers by smell and by visual stimuli, through their color and reflection of ultraviolet light. C. eldorado is self-compatible, even if it requires a pollinating agent for the transfer of the pollinarium until its deposition in the stigmatic cavity of the flower.", 'enAs Orchidaceae são muito apreciadas por suas flores exóticas e exuberantes. É a maior família de plantas apresentando mais de 24000 espécies, o que denota uma alta diversidade de formas e adaptações a diferentes ambientes, como também para atração, engano e manipulação de visitantes na realização da polinização cruzada. Cattleya eldorado ocorre em áreas de campinas, que são formações vegetais típicas da região amazônica, que se encontram sob forte ação antrópica. Este trabalho tem como um de seus principais objetivos conhecer parte dos processos biológicos de C. eldorado fornecendo subsídios para conservá-la e manejá-la em seu habitat natural. Este estudo foi desenvolvido na Reserva Biológica de Campina, de 2000 a 2006, durante a sua floração. C. eldorado é uma espécie epifítica que apresenta a síndrome de melitofilia, estando adaptada ao seu polinizador, a abelha Eulaema mocsaryi, que reconhece suas flores pelo odor e pelo estímulo visual através de sua coloração e reflexão de luz ultravioleta. C. eldorado é uma espécie autocompatível, embora necessite de um agente polinizador para a transferência do polinário até sua deposição na cavidade estigmática da flor