MoccaDB - an integrative database for functional, comparative and diversity studies in the Rubiaceae family

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In the past few years, functional genomics information has been rapidly accumulating on Rubiaceae species and especially on those belonging to the <it>Coffea </it>genus (coffee trees). An increasing number of expressed sequence tag (EST) data and EST- or genomic-derived microsatellite markers have been generated, together with Conserved Ortholog Set (COS) markers. This considerably facilitates comparative genomics or map-based genetic studies through the common use of orthologous loci across different species. Similar genomic information is available for e.g. tomato or potato, members of the Solanaceae family. Since both Rubiaceae and Solanaceae belong to the Euasterids I (lamiids) integration of information on genetic markers would be possible and lead to more efficient analyses and discovery of key loci involved in important traits such as fruit development, quality, and maturation, or adaptation. Our goal was to develop a comprehensive web data source for integrated information on validated orthologous markers in Rubiaceae.</p> <p>Description</p> <p>MoccaDB is an online MySQL-PHP driven relational database that houses annotated and/or mapped microsatellite markers in Rubiaceae. In its current release, the database stores 638 markers that have been defined on 259 ESTs and 379 genomic sequences. Marker information was retrieved from 11 published works, and completed with original data on 132 microsatellite markers validated in our laboratory. DNA sequences were derived from three <it>Coffea </it>species/hybrids. Microsatellite markers were checked for similarity, <it>in vitro </it>tested for cross-amplification and diversity/polymorphism status in up to 38 Rubiaceae species belonging to the Cinchonoideae and Rubioideae subfamilies. Functional annotation was provided and some markers associated with described metabolic pathways were also integrated. Users can search the database for marker, sequence, map or diversity information through multi-option query forms. The retrieved data can be browsed and downloaded, along with protocols used, using a standard web browser. MoccaDB also integrates bioinformatics tools (CMap viewer and local BLAST) and hyperlinks to related external data sources (NCBI GenBank and PubMed, SOL Genomic Network database).</p> <p>Conclusion</p> <p>We believe that MoccaDB will be extremely useful for all researchers working in the areas of comparative and functional genomics and molecular evolution, in general, and population analysis and association mapping of Rubiaceae and Solanaceae species, in particular.</p

Quel type d’espèce trouve-t-on dans la région ? Une base de données de traits bientôt disponible

Projet CoForChange: Prédire les effets des changements globaux sur la biodiversité dans les forêts du Bassin du Cong

Climate change would lead to a sharp acceleration of Central African forests dynamics by the end of the century

Impacts of climate change on the future dynamics of Central African forests are still largely unknown, despite the acuteness of the expected climate changes and the extent of these forests. The high diversity of species and the potentially equivalent diversity of responses to climate modifications are major difficulties encountered when using predictive models to evaluate these impacts. In this study, we applied a mixture of inhomogeneous matrix models to a long-term experimental site located in M'Baiki forests, in the Central African Republic. This model allows the clustering of tree species into processes-based groups while simultaneously selecting explanatory climate and stand variables at the group-level. Using downscaled outputs of 10. general circulation models (GCM), we projected the future forest dynamics up to the end of the century, under constant climate and Representative Concentration Pathways. 4.5 and. 8.5. Through comparative analyses across GCM versions, we identified tree species meta-groups, which are more adapted than ecological guilds to describe the diversity of tree species dynamics and their responses to climate change. Projections under constant climate were consistent with a forest ageing phenomenon, with a slowdown in tree growth and a reduction of the relative abundance of short-lived pioneers. Projections under climate change showed a general increase in growth, mortality and recruitment. This acceleration in forest dynamics led to a strong natural thinning effect, with different magnitudes across species. These differences caused a compositional shift in favour of long-lived pioneers, at the detriment of shade-bearers. Consistent with other field studies and projections, our results show the importance of elucidating the diversity of tree species responses when considering the general sensitivity of Central African forests dynamics to climate change

Uso e ocupação do solo em Áreas de Preservação Permanente na microbacia Ribeirão Gustavo, município de Massaranduba, SC

The human action has led to a sharp and accelerated environmental degradation of areas of permanent preservation (APP). In this context, the objective of this study was to identify and map the possible use conflicts in APPs of the Ribeirão Gustavo watershed, city of Massaranduba, SC. The analysis of the current use required QuickBird high-resolution satellite imagery with orthorectification from the year 2008, with confirmation of the use classes and field occupancy. The following mapping classes were identified: reforestation, flooded rice, banana, fields, annual crops, subsistence household complex, agroforestry system, in addition to categories based on the CONAMA Resolution number 10 (Brazil, 1993): primary forest and secondary forest at initial, intermediate and advanced stages of regeneration. PPAs were mapped using SIG ArcGIS 9.3, considering the limits set by law (Law 4.771/65 and CONAMA Resolution 303/02). Among the possible categories of APPs foreseen by legislation, the following were identified and mapped in the watershed at the banks of watercourses, buffer of 30 m: springs, buffer of 50 m: hilltops, through the delimitation of the upper third. The predominant land use of the watershed is forest, which represents 66.38% of the study area. APPs represent 660.35 ha, which corresponds to approximately 22.72% of the total area of the Ribeirão Gustavo watershed. Of this total, 80.32% of APPs are covered by primary and secondary forests, showing the high conservation level of the area. In the riparian forest, flooded rice is the culture causing the highest environmental degradation in the watershed.Pages: 6317-632

Quels botanistes pour le 21 e siècle ?

International audienceLes forêts d’Afrique centrale vont subir de profondes modifications liées au changement climatique ces prochaines décennies. Pour que les sociétés humaines puissent anticiper ou s’adapter à ces changements, il est nécessaire de bien comprendre les mécanismes de fonctionnement de ces forêts et d’être à même de spatialiser leur variabilité. A partir d’une série temporelle de quatorze années d’images satellites MODIS à 250m de résolution par pixel, nous présentons ici une nouvelle carte des forêts d’Afrique centrale. La production de cette carte, basée sur le comportement phénologique de la canopée, reflète l’activité de la végétation en fonction des saison

De l’arbre au satellite : comment cartographier la diversité des forêts tropicales d’Afrique Centrale ?

National audienceLes forêts d'Afrique centrale vont subir de profondes modifications liées au changement climatique ces prochaines décennies. Pour que les sociétés humaines puissent anticiper ou s'adapter à ces changements, il est nécessaire de bien comprendre les mécanismes de fonctionnement de ces forêts et d'être à même de spatialiser leur variabilité. A partir d'une série temporelle de quatorze années d'images satellites MODIS à 250 m de résolution par pixel, nous présentons ici une nouvelle carte des forêts d'Afrique centrale. La production de cette carte, basée sur le comportement phénologique de la canopée, reflète l'activité de la végétation en fonction des saisons

Mise en place du système d'information pour la gestion des données des dispositifs expérimentaux de l’infrastructure nationale IN-SYLVA France (adaptation des forêts et l’innovation sylvicole).

L’infrastructure nationale de recherche IN-SYLVA France rassemble les acteurs français publics et privés de la recherche forestière en génétique, sylviculture et des cycles biogéochimiques (https://www6.inrae.fr/in-sylva-france/). Elle fédère i) les réseaux d'expérimentations in situ tempérés et tropicaux gérés (5000 essais expérimentaux sur 4000 ha), ii) les laboratoires analytiques (écologie fonctionnelle, propriétés du bois et génomique) ainsi que iii) les ressources numériques pour la gestion des données et la modélisation. Un des enjeux majeur de cette infrastructure est fédérer les Systèmes d'Information (SI) des différentes composantes d’IN-SYLVA France pour le porter à connaissance des ressources et services offerts par l’infrastructure, la structuration de ces services, leur accessibilité et leur interopérabilité. Le projet a permis de construire le cahier des charges du Système d’Information de IN-SYLVA France, d’évaluer les solutions techniques développées pour des projets de même nature, d’initier le développement du portail IN-SYLVA France et de son alimentation, d’élaborer les standards pour les métadonnées et les référentiels, et enfin de soutenir le développement des SI des partenaires pour l'alimentation du portail et l'accès aux données. Au-delà, le travail conduit pour le développement du SI a significativement contribué à renforcer les échanges entre partenaires sur les problématiques de gestion des données/métadonnées pour leur partage et réutilisation et à acculturer la communauté IN-SYLVA France à des pratiques de gestion des données vertueuses pour le développement d’une science plus ouverte. L’infrastructure IN-SYLVA France et le travail réalisé sur la gestion des connaissances ont été présentés au congrès forestier mondial de 2019. Les codes développés sont hébergés sur la forge ‘forgemia’ de INRAE. le Cahier des charges du SI IN-SYLVA France, ainsi que les référentiels partagés pour l’expérimentation forestière sylvicole et de génétique sont disponibles sur le site https://data.inrae.fr/dataverse/

Mise en place du système d'information pour la gestion des données des dispositifs expérimentaux de l’infrastructure nationale IN-SYLVA France (adaptation des forêts et l’innovation sylvicole).

L’infrastructure nationale de recherche IN-SYLVA France rassemble les acteurs français publics et privés de la recherche forestière en génétique, sylviculture et des cycles biogéochimiques (https://www6.inrae.fr/in-sylva-france/). Elle fédère i) les réseaux d'expérimentations in situ tempérés et tropicaux gérés (5000 essais expérimentaux sur 4000 ha), ii) les laboratoires analytiques (écologie fonctionnelle, propriétés du bois et génomique) ainsi que iii) les ressources numériques pour la gestion des données et la modélisation. Un des enjeux majeur de cette infrastructure est fédérer les Systèmes d'Information (SI) des différentes composantes d’IN-SYLVA France pour le porter à connaissance des ressources et services offerts par l’infrastructure, la structuration de ces services, leur accessibilité et leur interopérabilité. Le projet a permis de construire le cahier des charges du Système d’Information de IN-SYLVA France, d’évaluer les solutions techniques développées pour des projets de même nature, d’initier le développement du portail IN-SYLVA France et de son alimentation, d’élaborer les standards pour les métadonnées et les référentiels, et enfin de soutenir le développement des SI des partenaires pour l'alimentation du portail et l'accès aux données. Au-delà, le travail conduit pour le développement du SI a significativement contribué à renforcer les échanges entre partenaires sur les problématiques de gestion des données/métadonnées pour leur partage et réutilisation et à acculturer la communauté IN-SYLVA France à des pratiques de gestion des données vertueuses pour le développement d’une science plus ouverte. L’infrastructure IN-SYLVA France et le travail réalisé sur la gestion des connaissances ont été présentés au congrès forestier mondial de 2019. Les codes développés sont hébergés sur la forge ‘forgemia’ de INRAE. le Cahier des charges du SI IN-SYLVA France, ainsi que les référentiels partagés pour l’expérimentation forestière sylvicole et de génétique sont disponibles sur le site https://data.inrae.fr/dataverse/

Improve the characterization of tropical forests to improve management: policy brief

CoForChange has shown that management plans based on timber stock recovery are not enough to ensure the sustainability of these production forests. The variability of forest characteristics and their different responses to disturbance should be considered in management decisions.CoForChang

Documentation Système d'Information IN-SYLVA France

Ensemble des documents élaborés dans le cadre du développement du Système d'Information (SI) IN-SYLVA France. Cette publication comporte plusieurs document élaboré au cours du projet. (i) in-sylva_cahier_des_charges: cahier des charges pour le développement du SI (format pdf). (ii) in-sylva_standard:description des champs utilisé pour le standard de métadonnées IN-SYLVA (format pdf). (iii) in-sylva_referentiel_interne: référentiel des termes mobilisés par la communauté IN-SYLVA (format SKOS/RDF). (iv)in-sylva_referentiel_externe: référentiel des termes mobilisés au sein du projet IN-SYLVA mais provenant de sources extérieures (format SKOS/RDF)