ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

Mastite bovina em rebanhos leiteiros no município de Parauapebas, mesorregião sudeste do estado do Pará

The mastite in its subclinica form is the responsible one for the biggest losses of milk production representing raised economic damages. With the objective to study the etiology of the bovine subclinica mastite in the city of Parauapebas-Pará, they had been submitted to California Mastitis test. - CMT 174 (8.4%) cows in its majority crossbred, pparently healthful of 15 located milk properties in the related city, situated in the Southeastern Mesorregião of the state of Pará. ++ were observed that 84 (48.33%) animal ones had presented resulted of +, +++ to the CMT. The milk of each ceiling that had reacted to the CMT in a total of 178 samples was analyzed bacteriologically aiming at the isolation and the identification of the microorganisms, had been analyzed the macrocospic, microscopical characteristics and biochemists of the isolated cultures. Of the total of samples 208 had been isolated cepas of microbianos agents in pure cultures or in associations being all proceeding ones from mamitico milk, of which 141 (67.79%) cepas was positive coconuts Gram S.aureus (29%) and S.epidermidis (19.14%) and 67 (32.21%) were enterobactérias. Among the enterobacterias they had been distinguished Pseudomonas sp.com 12 (17.91%) cepas esisoladas, Citrobacter sp. with 12 (17.95%) cepas and Shigella sp. with 10 (14.92%), Others 15 cepas of enterobacterias that had not been identified. The isolation of the agents presented significant variation, therefore the comments had been considered how much to the handling of it milks of the studied animals, the sanitary hygienical conditions of the attainment of milk through the application of a questionnaire aiming at the comment of the following 0 variable: creation system, handling adopted in the property, hygiene and level of exposition, infecciosidade of the isolated agents what it reaffirms the complexity of the infection in the area of study and its multifactorial aspect, needing the investment on the part the agencies fiscalizadores of better you practise of hygiene and attainment in the activity of milk exploration.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoA mastite em sua forma subclinica é a responsável pelas maiores perdas de produção leiteira representando elevados prejuízos econômicos. Com o objetivo de estudar a etiologia da mastite subclinica bovina no município de Parauapebas-Pa, foram submetidas ao California Mastitis test. - CMT 174 (8,4%) vacas em sua maioria mestiças, aparentemente saudáveis de 15 propriedades leiteiras localizadas no referido município, situado na Mesorregião Sudeste do estado do Pará. Observou-se que 84 (48,33%) animais apresentaram resultados de +,++,+++ ao CMT. O leite de cada teto que reagiram ao CMT num total de 178 amostras foi analisado bacteriologicamente visando o isolamento e a identificação dos microorganismos, foram analisadas as características macroscópicas, microscópicas e bioquímicas das culturas isoladas. Do total de amostras foram isoladas 208 cepas de agentes microbianos em culturas puras ou em associações sendo todos provenientes de leite mamitico, das quais 141(67,79%) cepas eram cocos Gram positivos- S.aureus (29%) e S.epidermidis (19,14%) e 67 (32,21%) eram enterobactérias. Entre as enterobacterias destacaram-se Pseudomonas sp.com 12 (17,91%) cepas esisoladas, Citrobacter sp. com 12( 17,95%) cepas e Shigella sp. com 10(14,92%), Outras 15 cepas de enterobacterias que não foram identificadas. O isolamento dos agentes apresentou variação significativa, pois se consideraram as observações quanto ao manejo de ordenha dos animais estudados, as condições higiênicas sanitárias da obtenção do leite através da aplicação de um questionário visando a observação das seguintes variáveis: sistema de criação, manejo adotado na propriedade, higiene e nível de exposição, infecciosidade dos agentes isolados o que reafirma a complexidade da infecção na área de estudo e seu aspecto multifatorial, necessitando o investimento por parte dos órgãos fiscalizadores de melhores praticas de higiene e obtenção na atividade de exploração de leite

Caracterização genética viral em espécimes fecais provenientes de animais silvestres e domésticos em áreas de alterações antrópicas no bioma amazônico no período de 2015 a 2016

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Dentre as populações de animais acometidas por vírus gastroentericos, destacam-se os animais domésticos e silvestres como pequenos roedores e quirópteros. Diversos enteropatógenos são descritos como agentes de gastroenterite entre estas espécies animais, com destaque para os Rotavírus (RVA), que são membros da família Reoviridae. São endêmicos nas populações animais em todo o mundo, podendo favorecer eventos de transmissão zoonótica com a participação de outras estirpes virais como Kobuvirus, Alphacoronavirus, Astrovirus e Morbilivirus. Neste estudo, objetivou-se realizar a pesquisa de vírus entéricos em uma população de animais domésticos e silvestres pertencentes a um fragmento florestal localizado em três municípios no estado do Pará, utilizando metodologias moleculares. Foram selecionadas para este estudo um total de 1354 amostras fecais, sendo 451 (33,30%) provenientes de Santa Bárbara, 267 (19,72%) de Peixe-Boi e 636 (46,98 %) de Viseu coletadas no período de setembro de 2015 à maio de 2016 através da estimulação da ampola retal dos animais. A partir das amostras foram preparadas as suspensões fecais em tampão Tris Ca++, seguida da extração do genoma viral de forma automatizada, associando-se à RT-PCR, Nested-PCR para amplificação dos genes VP7 e VP4 de RVA e para uma melhor caracterização procedeu-se o NGS pela plataforma Illumina, utilizando-se pools fecais dos animais, de acordo com a espécie animal e a área de coleta, em tampão PBS (pH 7,4), sendo a extração do genoma realizada pelo kit de tecido Maxwell (Promega), precedido da montagem da biblioteca de cDNA. A mesma foi preparada e sequenciada na plataforma Illumina MiniSeq utilizando a metodologia descrita no kit de preparação da biblioteca Nextera XT DNA. Utilizou- se na montagem dos genomas uma metodologia híbrida pelo de novo assembly and reference mapping nos programas Minia e Geneious versão 8.1.9, respectivamente. Foram identificados os genótipos P[4] e P[6] de RVA, uma nova espécie de Kobuvirus canino e de Alphacoronavirus em felino com identidades de nucleotídeos de 92,3% e 91,5%, respectivamente em comparação a sequências já depositadas no NCBI. O estudo evidencia o primeiro genoma completo destes vírus em animais domésticos não diarreicos, o que destaca a necessidade de estudos adicionais para melhor determinar a origem e evolução destes agentes na região

Determinação espectrofotométrica de arsênio em amostras de solo usando 2-(5-bromo-2-piridilazo)-5-di-etilaminofenol (Br-PADAP)

In this paper, a new, simple and sensitive method for arsenic determination in soil is proposed. This is based on the reduction of silver (I) and iron (III) ions by arsine followed by a complexation reaction of iron (II) with the spectrophotometric reagent Br-PADAP 2-(5-bromo-2-pyridylazo)-5-di-ethylaminophenol. Arsenic determination with a Sandell's sensitivity of 3.1 10-4 cm-2, linear range from 0.1 µg ml-1 to 2.0 µg ml-1 (r560 = 0.9995), molar absorptivity of 2.45 105 l mol-1 cm-1 and a concentration detection limit of 1.4 ng ml-1 (3s) were obtained using a 10 ml sample volume. Selectivity was increased with the use of EDTA as a masking agent. The proposed method was applied for arsenic determination in the presence of several ions amounts in digested soil samples. The results revealed that antimony (III), mercury (II), germanium (IV), platinum (IV) interferes at all analyzed proportions. The interferences can be easily removed by the use of EDTA. Precision and accuracy obtained were satisfactory with a R.S.D. < 5 %. Recovery of arsenic in soil samples varied from 95.55 to 102.70 % with a mean of 99.63 %. These results demonstrated that the proposed method is applicable for arsenic analysis in different soil samples.Um novo método, simples e sensível para a determinação de arsênio em solo é proposto neste trabalho. Este método é baseado na redução de prata (I) e ferro (III) pela arsina seguida da reação de complexação do ferro (II) com o reagente espectrofotométrico 2-(5-bromo-2-piridilazo)-5-di-etilaminofenol (Br-PADAP). A determinação de arsênio apresentou uma sensitividade de Sandell de 3.1x10-4 cm-2, foi linear na faixa de 0.1 µg ml-1 to 2.0 µg ml-1 (r560 = 0.9995), apresentou uma absortividade molar de 2.45x105 l mol-1 cm-1 e um limite de detecção de 1.4 ng ml-1 (3s) estes dados foram obtidos para 10 ml de amostra. A seletividade foi melhorada com o uso de EDTA com agente mascarante. O método proposto foi aplicado na determinação do arsênio na presença de outros íons e em amostras de solo. Os resultados revelaram que antimônio (III), mercúrio (II), germânio (IV), platina (IV) interferem na análise em todas as proporções analisadas. As interferências podem ser facilmente removidas pelo uso do EDTA. A precisão e a exatidão deram resultados satisfatórios, com desvio padrão relativo abaixo de 5%. As recuperações de arsênio em solo variaram de 95,55 a 102,70% com uma média de 99,63%. Estes resultados demonstraram que o método proposto é aplicável para a análise do arsênio em diferentes amostras de solo

The presence of Mycobacterium leprae in wild rodents

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Tropical Medicine Center. Belém, PA, Brazil.College School of the Amazon. Faculty of Veterinary Medicine. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Leprosy is a chronic infection caused by Mycobacterium leprae. There is a lack of data regarding environmental reservoirs, which may represent a serious public health problem in Brazil, especially in the state of Pará, which occupies the fourth position in incidence of cases in the country. Previous studies report evidence of infection occurring among armadillos, mangabei monkeys, and chimpanzees. In the present study, wild animals were captured and tested for the presence of antiPGL-1 antibodies and M. leprae DNA. Fieldwork was carried out from October to November of 2016 in the cities of Curionópolis and Canaã dos Carajás, southeast of Pará state. Small and medium-sized wild animals were captured using appropriate traps. A total of 15 animals were captured. Sera and viscera fragments were collected and tested by ELISA and PCR methods. The presence of M. leprae DNA was confirmed by sequencing of specific gyrase gene in three animals of two different species, including one Necromys lasiurus (liver sample) and two Proechimys roberti (kidney and liver samples). This unprecedented finding suggests that species other than those previously reported are responsible for maintaining M. leprae in nature

First complete genome sequence of a feline alphacoronavirus 1 strain from Brazil

This research was financially supported by the Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) (grant 2303800717/2013-52), the Brazilian Institutes National Council for Scientific and Technological Development (CNPq), and the Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.We identified a strain of Alphacoronavirus 1, FCoV-SB22, from a pool of fecal samples from domestic cats from a rural settlement in the municipality of Santa Bárbara, Pará, Brazil. The nucleotide identity with feline coronavirus was 91.5%. The present study reports the first complete genome sequence of a feline coronavirus from Brazil

Serological evidence of Eastern equine encephalitis circulation in equids in Pará state, Brazil

Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado Pará (FAPESPA) and Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), Evandro Chagas Institute/SVS/Ministério da Saúde, grants Pro-Amazonia Nº 3286/2013Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Geoprocessamento. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Estadual do Pará. Curso de Graduação em Biomedicina. Marabá, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto Ciências da Saúde. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Serum samples from 89 equids were analyzed (75 horses, 9 donkeys, and 5 mules) from the municipality of Viseu, Pará state, Brazil. Samples were collected in November 2014 and August 2015. The antibody prevalence against the following alphaviruses was estimated: Eastern equine encephalitis virus, Western equine encephalitis virus, Mucambo virus, and Mayaro virus. Seroprevalence was determined by the hemagglutination inhibition (HI) technique. Sera that exhibited HI antibodies with heterotypic reactions for the analyzed viruses were subjected to the 90% plaque reduction neutralization test (PRNT90). The HI prevalence of monotypic reactions to EEEV was 7.9%, and that of WEEV was 1.1%, as confirmed by PRNT90. Viral isolation attempts were negative for all tested blood samples. Our results suggest the circulation of equine encephalitis complex viruses. Future studies should evaluate the possible involvement of arthropod hosts and residents in the viral transmission in the study are

Proposed new strain of canine kobuvirus from fecal samples of Brazilian domestic dogs

This research was financially supported by the Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) (grant 2303800717/2013-52), the Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq), and the Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.A proposed new strain of canine Kobuvirus was identified in fecal samples of domestic dogs from a rural community located in the municipality of PeixeBoi, Pará, Brazil. The nucleotide identity was 92.3% similar to other representatives of the family Picornaviridae, genus Kobuvirus, and species Aichivirus A, which suggests that this is possibly a new strain within this species

Correction: Rotavirus A in wild and domestic animals from areas with environmental degradation in the Brazilian Amazon.

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pone.0209005.]