Building Green

Building Green explores the experience of environmental architects in Mumbai, one of the world’s most populous and population-dense urban areas and a city iconic for its massive informal settlements, extreme wealth asymmetries, and ecological stresses. Under these conditions, what does it mean to learn, and try to practice, so-called green design? By tracing the training and professional experiences of environmental architects in India’s first graduate degree program in Environmental Architecture, Rademacher shows how environmental architects forged sustainability concepts and practices and sought to make them meaningful through engaged architectural practice. The book’s focus on practitioners offers insights into the many roles that converge to produce this emergent, critically important form of urban expertise. At once activists, scientists, and designers, the environmental architects profiled in Building Green act as key agents of urban change whose efforts in practice are shaped by a complex urban development economy, layered political power relations, and a calculus of when, and how, their expert skills might be operationalized in service of a global urban future

Building Green

Building Green explores the experience of environmental architects in Mumbai, one of the world’s most populous and population-dense urban areas and a city iconic for its massive informal settlements, extreme wealth asymmetries, and ecological stresses. Under these conditions, what does it mean to learn, and try to practice, so-called green design? By tracing the training and professional experiences of environmental architects in India’s first graduate degree program in Environmental Architecture, Rademacher shows how environmental architects forged sustainability concepts and practices and sought to make them meaningful through engaged architectural practice. The book’s focus on practitioners offers insights into the many roles that converge to produce this emergent, critically important form of urban expertise. At once activists, scientists, and designers, the environmental architects profiled in Building Green act as key agents of urban change whose efforts in practice are shaped by a complex urban development economy, layered political power relations, and a calculus of when, and how, their expert skills might be operationalized in service of a global urban future

Silencing and activating heterochromatin

Repetitive, gene-poor regions termed heterochromatin are typically transcriptionally silent and mostly located at specific chromosomal loci such as (peri)centromeres and telomeres, but are also found interspersed throughout the rest of the genome. Heterochromatin silencing is associated with epigenetic features such as DNA methylation and posttranslational modification of histone tails, e. g. trimethylation of histone 3 lysine 9 (H3K9me3), which is set by the histone methyltransferases SUV39H1 and SUV39H2 among others. However, the mechanisms underlying establishment and stability of repressive histone marks as well as their contribution to transcriptional silencing remain unclear. Here, I show that the SUV39H histone lysine methyltransferases recognize heterochromatin downstream of the methyl-DNA binding protein MECP2 and remain chromatin-bound throughout the cell cycle, linking these enzymes to the specificity and memory of heterochromatin. In addition, SUV39H isoforms displayed distinct non-redundant functions. SUV39H2 contributed more to establishing H3K9me3 than SUV39H1 in mouse embryonic fibroblasts and loss of SUV39H-dependent H3K9me3 was not sufficient for transcriptional derepression. Since tools to resolve the kinetics of transcriptional activation with high spatial and temporal resolution are currently scarce, I devised the Blue Light-Induced Chromatin Recruitment (BLInCR) tool to dissect the activation of the repressed heterochromatin state. I used BLInCR to rapidly and reversibly target the viral transactivator VP16 to an integrated reporter in the U2OS 2-6-3 cell line and to measure the activation kinetics of an initially repressed reporter gene locus. First transcripts were detectable within minutes after triggering the relocalization of VP16 and activation progressed in two phases. Thus, even a strong activator was not able to activate silenced gene clusters in one step. The BLInCR tool introduced here enables the use of complex activation patterns, which will also be valuable to assess the effect of repeated activation and, more generally, to probe the stability of chromatin states to understand the regulation of epigenetic memory. Taken together, these results indicate that only some genes are susceptible to SUV39H- and H3K9me3-mediated repression and that the heterochromatin state can be overwritten by strong, targeted activators. The insights gained within this study on the mechanisms of silencing and activating heterochromatin can help understand heterochromatic deregulation. The latter is frequently observed in disease, e. g. in cancer, and thus, the heterochromatin network might harbor promising targets for epigenetic drug development

RA-PCR, a method for the generation of randomized promoter libraries

The purpose of this RFC is to provide instructions for the synthesis of promoters in mammalian cells that are active at a desired cellular condition (where a cellular condition is specified by the activity of a set of transcription factors of interest). The method generates a library of promoters putatively active under the desired condition. This RFC also provides instructions on how to screen the libraries generated by this method in order to obtain functional promoters. Description of promoters generated by this method can be found at http://2009.igem.org/Team:Heidelberg/Project_Synthetic_promoters

Gefäßversuch zur Wirkung von Biokohle-Substraten mit unterschiedlichen Kohlegehalten auf Eigenschaften ertragsschwacher Acker- und Kippböden der Lausitz

Mit dem vorliegenden Beitrag sollen die pflanzenbaulichen Effekte insbesondere die Düngewirkung der Biokohle-Substrate (BKS) auf ertragsschwache Böden aus der Lausitz aufgezeigt werden. In einem Versuch mit Mitscherlich-Gefäßen wurden einem Ackerboden (Z) (Bodenart Su3) und einem Kipprohboden (W) (Bodenart Sl2) stufenweise 30 bis 240 t TS ha-1 BKS mit einem Biokohle-Anteil von 15 (BKS15) bzw. 30 Vol.-% (BKS30) appliziert. Als Testkultur diente Knaulgras (Dactylis glomerata L.). Nach einer Versuchsdauer von einem Jahr wurden Bodenproben entnommen und auf ihre chemischen und physikalischen Eigenschaften untersucht. Der Einsatz der BKS führte teilweise zu einer Verbesserung des Wasser- und Nähr-stoffhaushaltes in Abhängigkeit von den Ausgangsbedingungen der verwendeten Böden

Auswirkungen von Biokohlesubstrat-Gaben zu ertragsschwachen Ackerböden auf das Sickerwasser und die Nährstofffrachten in einem vierjährigen Lysimeterversuch

Um die Effekte von Biokohle-Substraten (BKS) auf Menge und Qualität der Sickerwässer ertragsschwacher Ackerböden zu untersuchen, wurden Lysimeterversuche mit einem Kipprohboden und einer Podsol-Braunerde angelegt. Bei der Podsol-Braunerde aus Sand kam es nach Gabe von 90 t BKS ha-1 im Vergleich mit reiner Mineraldüngung zu einem Nährstoffüberangebot und verstärkter N- und K-Auswaschung. In dem humus- und nährstoffarmen Kippboden führte die BKS-Gabe zu verbessertem Pflanzenwachstum und geringerer Sickerwasserbildung ab dem zweiten Jahr. Die N- und K-Austräge wurden reduziert. Für die Rekultivierung von Kippböden stellt der Einsatz von BKS somit eine vielversprechende Option dar

Untersuchungen zur Veränderung des Gefüges in aggregierten Böden während des Verdichtungsprozesses bei unterschiedlicher Ausgangsstruktur

Mit der vorliegenden Untersuchung soll an Bodenbearbeitungsvarianten (Pflug und konservierend) zweier unterschiedlich texturierter Böden (Warin: Bodenart Sl3; Görzig: Bodenart Ut4) geklärt werden, wie sich die Dichte im Gesamtboden und in den einzelnen Aggregaten während des Verdichtungsprozesses verändert sowie in welcher Größenordnung die Vorbelastungen von Gesamtboden und Aggregaten liegen. Dazu wurden Stechzylinderproben (220 cm³) aus dem Ap-Horizont (Bodenschicht 15....20 cm) entnommen und auf einen Wassergehalt bei einer Wasser-spannung von -6 kPa eingestellt. Auf die einzelnen Stechzylinderproben wurde im Ödometer nur jeweils eine Druckstufe aufgebracht (Druckstufen 5-550 kPa). Im Anschluss an den einzelnen Kompressionsvorgang wurden die Bodenproben zerlegt und an Aggregaten der Größe 8-10 mm die Aggregatdichte ermittelt. Aus der Aggregatdichte und der Trockenrohdichte kann das ARD/TRD-Verhältnis für jede Druckstufe berechnet werden.Die Druck-Trockenrohdichtefunktionen des Gesamtbodens folgen an beiden Standorten und in den jeweiligen Bearbeitungsvarianten dem typischen Verlauf überkonsolidierter Böden. Die Vorbelastungswerte des Gesamtbodens sind insgesamt niedrig. Dabei besitzen die konservierend bearbeiteten Varianten eine etwas höhere Vorbelastung als die Pflugvarianten. Ein anderes Bild zeigen die Druck-Aggregatdichtefunktionen. Am Standort Warin folgen sie einem fast linearen Verlauf. Dabei nimmt die Aggregatdichte von der kleinsten zur höchsten Laststufe nur gering zu. Die mechanische Vorbelastung ist nicht bestimmbar. Am Versuchsstandort Görzig weist zumindest die Aggregatdichte der höchsten Druckstufe eine deutliche Zunahme gegenüber den Werten bei niedriger Belastung auf. Auch hier ist eine sichere Ableitung der Vorbelastung nicht möglich. Es lässt sich aber vermuten, dass die Vorbelastung einen Wert über 160 kPa annimmt und damit deutlich über der Vorbelastung des Gesamtbodens liegt. Allen untersuchten Varianten ist gemeinsam, dass sich Aggregatdichte und Trockenrohdichte in den höchsten Laststufen angleichen. Die ARD/TRD-Verhältnisse nehmen als Maß für die Dichteheterogenität bis zur Vorbelastung des Gesamtbodens nur gering ab und verengen sich darüber hinaus sehr deutlich bis sie auf den höchsten Druckstufen einen Wert von etwa 1,0 (völlig geschlossener Aggregatverband) erreichen

Druggable Allosteric Sites in β-Propeller Lectins

Carbohydrate-binding proteins (lectins) are auspicious targets in drug discovery to combat antimicrobial resistance; however, their non-carbohydrate drug-like inhibitors are still unavailable. Here, we present a druggable pocket in a β-propeller lectin BambL from Burkholderia ambifaria as a potential target for allosteric inhibitors. This site was identified employing 19F NMR fragment screening and a computational pocket prediction algorithm SiteMap. The structure–activity relationship study revealed the most promising fragment with a dissociation constant of 0.3±0.1 mM and a ligand efficiency of 0.3 kcal mol−1 HA−1 that affected the orthosteric site. This effect was substantiated by site-directed mutagenesis in the orthosteric and secondary pockets. Future drug-discovery campaigns that aim to develop small molecule inhibitors can benefit from allosteric sites in lectins as a new therapeutic approach against antibiotic-resistant pathogens