Linear models for breeding values prediction in haplotype-assisted selection - an analysis of QTL-MAS Workshop 2011 Data

BACKGROUND: The aim of this study was to estimate haplotype effects and then to predict breeding values using linear models. The haplotype based analysis enables avoidance of loosing information due to linkage disequilibrium between single markers. There are also less explanatory variables in the linear model which makes the estimation more reliable. METHODS: Different methods and criteria for marker and haplotype selection were considered. First, markers with MAF lower than 5% where excluded from the data set. Then, SNPs in complete linkage disequilibrium where selected. Next step was to construct haplotypes and to estimate their frequencies basing on selected SNPs. The haplotypes with a frequency lower than 1% were not considered in further analysis. Chosen haplotypes were used as the explanatory variables in the linear models for breeding values prediction. Linear models with fixed and random haplotype effects as well as animal model were tested. RESULTS: The number of markers was limited to 1206, 1189, 1249, 1288 and 1167 for chromosome 1, 2, 3, 4 and 5, respectively due to MAF criterion. In total 409 subsets of SNPs with r(2)=1 were found. 1476 haplotypes with different lengths were inferred. The frequencies of 817 haplotypes were higher than 1% - 184 for the first chromosome, 172 for the second, 131 for the third, 146 for the forth and 184 haplotypes for the fifth chromosome. The haplotype effects estimated using random models were comparable and more precise in prediction for individuals with unknown phenotypes. A few haplotypes with large effects were found when their effects were defined as fixed in the linear model . The correlations of the predicted breeding values with true breeding values were not that high. This could be brought about by selection criteria imposed on the genotype data which led to substantial reduction of number of markers. CONCLUSIONS: Although not many markers were considered in the study, the results obtained show that the implemented approach can be considered as quite promising. The haplotype approach let to avoid high dimensional models as compared with single SNPs models

Solution of heat transfer inverse problem in thin film irradiated by laser

[EN] The presented article deals with inverse problems in nanoscale heat transfer identification problems [1]. Heat flow in solids can be modelled using various models. When dealing with objects of small dimensions, of the order of nanometres, and with fast heating processes, comparable to relaxation times, then it is reasonable to use molecular dynamics or the Boltzmann transport equation (BTE) [2]. The presented coupled system of Boltzmann transport equations has the advantage over molecular dynamics that it has a less complicated mathematical apparatus and calculations proceed faster. A thin film irradiated by ultrashort laser pulse is modeled using BTE. Heat transfer parameters of the model are identified using evolutionary algorithm – an optimization algorithm inspired on biological evolution of species. Multicriterial identification is characterized as an optimization problem where the difference between obtained and expected results is minimized.The research is funded from the projects Silesian University of Technology, Faculty of Mechanical Engineering, 2021.Korczak, A.; Mucha, W. (2022). Solution of heat transfer inverse problem in thin film irradiated by laser. En Proceedings of the YIC 2021 - VI ECCOMAS Young Investigators Conference. Editorial Universitat Politècnica de València. 200-204. https://doi.org/10.4995/YIC2021.2021.12580OCS20020

Comparison of analyses of the QTLMAS XIV common dataset. I: genomic selection

Background - For the XIV QTLMAS workshop, a dataset for traits with complex genetic architecture has been simulated and released for analyses by participants. One of the tasks was to estimate direct genomic values for individuals without phenotypes. The aim of this paper was to compare results of different approaches used by the participants to calculate direct genomic values for quantitative trait (QT) and binary trait (BT). Results - Participants applied 26 approaches for QT and 15 approaches for BT. Accuracy for QT was between 0.26 and 0.89 for males and between 0.31 and 0.89 for females, and for BT ranged from 0.27 to 0.85. For QT, percentage of lost response to selection varied from 8% to 83%, whereas for BT the loss was between 15% and 71%. Conclusions - Bayesian model averaging methods predicted breeding values slightly better than GBLUP in a simulated data set. The methods utilizing genomic information performed better than traditional pedigree based BLUP analyses. Bivariate analyses was slightly advantageous over single trait for the same method. None of the methods estimated the non-additivity of QTL affecting the QT, which may be one of the constrains in accuracy observed in real data. -------------------------------------------------------------------------------

Religiousness and acceptance of the disease in patients after myocardial infarction

Wstęp. Choroby układu krążenia, w tym zawał serca, niezmiennie od wielu lat znajdują się w czołówce przyczyn zgonów wśród Polaków. Współczesne techniki rozpoznawania i leczenia zawałów serca pozwalają na dalsze przeżycie, jednakże zazwyczaj konieczna jest modyfikacja dotychczasowego stylu życia i akceptacja zmian, które z niego wynikają. W zaakceptowaniu choroby może pomóc nie tylko wsparcie bliskich, ale także realizowanie potrzeb religijnych. Poznanie tych czynników może okazać się znaczące dla pracowników ochrony zdrowia w opiece nad pacjentem. Cel. Celem niniejszej pracy było zbadanie religijności i akceptacji choroby oraz związków między nimi u pacjentów po zawale mięśnia sercowego. Materiał i metody. Badania prowadzano od lutego do kwietnia 2018 roku wśród pacjentów, którzy przebywali w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie. W badaniu uczestniczyły 92 osoby. W pracy wykorzystano autorski kwestionariusz ankiety oraz Skalę Indywidualnej Religijności i Skalę Akceptacji Choroby. Wszyscy badani zadeklarowali, iż są osobami wierzącymi, wyznającymi religię rzymsko-katolicką. Do analizy uzyskanych wyników wykorzystano parametryczne i nieparametryczne testy. Wyniki. Grupa ankietowanych pacjentów charakteryzowała się wysokim poziomem religijności i wysokim poziomem akceptacji choroby. Kobiety oraz osoby starsze cechowały się wyższym poziomem religijności, co z kolei nie miało znamiennego wpływu na akceptację choroby. Wnioski. Realizacja potrzeb religijnych może przyczyniać się do lepszego funkcjonowania pacjenta po przebytych poważnych incydentach sercowych i sprzyjać zaakceptowaniu nowej sytuacji zdrowotnej.Introduction. Cardiovascular diseases including myocardial infarction have been among the leading causes of death among Poles for many years. Modern techniques of diagnosing and treating heart attacks allow for further survival. However, it is usually necessary to modify the existing lifestyle and accept the changes that result from it. Not only support from relatives, but also the implementation of religious needs can be helpful in accepting the disease. Understanding these factors can turn out to be significant for healthcare professionals in caring for the patient. Aim. The aim of this research was to study the religiosity and acceptance of the disease and the relationships between them in patients after myocardial infarction. Material and methods. The studies were conducted from February to April 2018 among patients of the University Hospital in Krakow. A group of 92 people participated in the study The author’s original quesionnaires, the Individual Religiousness Scale and the Disease Acceptance Scale were used in the study. All respondents declared themselves as believers, professing Roman Catholic faith. During the data analysis parametric and nonparametric tests were used. Results. The group of patients was characterized by a high level of religiousness and disease acceptance. Women and the elderly were characterized by a higher level of religiousness, which in turn had no signifi cant effect on the acceptance of the disease. Conclusions. The implementation of religious needs may contribute to a better functioning of the patient after serious cardiac events and help to accept a new health situation

Methods and results of locoregional treatment of brain metastases in patients with non-small cell lung cancer

This article presents methods and results of surgery and radiotherapy of brain metastases from non-small cell lung cancer (BMF-NSCLC). Patients with single BMF-NSCLC, with Karnofsky score ≥ 70 and controlled extracranial disease are the best candidates for surgery. Stereotactic radiosurgery (SRS) is recommended in patients with 1-3 BMF-NSCLC below 3–3.5 cm, with minor neurological symptoms, located in parts of the brain not accessible to surgery, with controlled extracranial disease. Whole brain radiotherapy (WBRT) following SRS reduces the risk of local relapse; in selected patients median survival reaches more than 10 months. Whole brain radiotherapy alone is a treatment in patients with multiple metastases, poor performance status, uncontrolled extracranial disease, disqualified from surgery or SRS with median survival 3 to 6 months. There is no doubt that there are patients with BMF-NSCLC who should receive only the best supportive care. There is a debate in the literature on how to select these patients

Radiation-induced anaplastic astrocytoma following treatment of medulloblastoma

We hereby report a case of a 10-year-old girl in whom neurosurgery was performed for cerebellar vermis medulloblastoma in April 2000. After resection the patient underwent chemotherapy followed by radiotherapy, receiving 53.07 Gy to posterior fossa and 35.07 Gy to the rest of the craniospinal axis. In 2012, she was diagnosed with anaplastic astrocytoma, which was located within the high-dose region. Surgical resection of the tumour was performed. Postoperatively, the patient received radiation therapy (50.4 Gy) with concurrent temozolomide, followed by 6 cycles of adjuvant temozolomide. Five years after the diagnosis of anaplastic astrocytoma, the patient remains asymptomatic

Znaczenie jakości komunikacji dla satysfakcji seksualnej kobiet i mężczyzn w bliskich związkach o różnym stażu

INTRODUCTION: The main objective of the research results presented in the article is to demonstrate the significance of the quality of intimate relationships for sexual satisfaction. We have strived to determine to what extent the length of close relationship differentiates the level of sexual satisfaction among men and women and also what is the link between the quality of communication in a close relationship and the sexual satisfaction of women and men with the consideration of the duration of their relationship. MATERIAL AND METHODS: We have examined 467 people aged 20–70. In the study we have employed The Marital and Partnership Communication Questionnaire by Kaźmierczak and Plopy, as well as The Sexual Satisfaction Questionnaire by Nomejko and Dolińska-Zygmunt. RESULTS: The research has indicated that the sexual satisfaction of the study group was higher, the shorter was the duration of their relationship. The relationship between variables was not strong. Additionally, it has been evidenced that sexual satisfaction has a significant correlation with the quality of communication in a close relationship and its dimensions. The importance of this variable for the satisfaction with sexual life has increased with the length of a relationship, especially in terms of depreciation and commitment. We have also observed substantial gender differences. CONCLUSIONS: The quality of a close relationship including the quality of communication between partners is essential for the satisfaction with sexual life, especially among women. High communication skills of both partners may compensate for negative phenomena influencing their sexual life which occur in lengthening relationships, thereby they allow to maintain a high level of sexual satisfaction in long-term relationships.WSTĘP: Głównym celem przedstawionych w artykule badań było wykazanie znaczenia jakości bliskiego związku dla satysfakcji seksualnej. Poszukiwano odpowiedzi na pytanie o to, w jakim zakresie staż bliskiego związku różnicuje poziom satysfakcji seksualnej kobiet i mężczyzn, a także jaki jest związek jakości komunikacji w bliskim związku z satysfakcją seksualną kobiet i mężczyzn przy uwzględnieniu stażu ich relacji. MATERIAŁ I METODY: Przebadano 467 osób w wieku 20–70 lat. W pomiarze wykorzystano Kwestionariusz Komunikacji Małżeńskiej i Partnerskiej Kaźmierczak i Plopy oraz Kwestionariusz Satysfakcji Seksualnej Nomejko i Dolińskiej-Zygmunt. WYNIKI: Satysfakcja seksualna osób badanych była tym wyższa, im krótszy był czas trwania ich relacji. Związek zmiennych nie był jednak silny. Ponadto satysfakcja seksualna pozostawała w istotnej zależności z jakością komunikacji w bliskim związku i jej wymiarami. Znaczenie tej zmiennej dla zadowolenia z życia seksualnego rosło wraz ze stażem relacji osób badanych ― szczególnie w wymiarze deprecjacji i zaangażowania. W wynikach zaobserwowano istotne różnice płciowe. WNIOSKI: Jakość bliskiego związku, w tym jakość komunikacji między partnerami, jest bardzo istotna dla zadowolenia z życia seksualnego ― zwłaszcza kobiet. Wysokie umiejętności komunikacyjne własne i partnera mogą kompensować negatywne dla życia seksualnego zjawiska, występujące wraz z wydłużającym się stażem relacji, tym samym pozwalając na utrzymanie wysokiego poziomu satysfakcji seksualnej w dłuższych związkach.

Radiochirurgia stereotaktyczna w praktyce klinicznej

W pracy omówiono podstawowe warunki fizyczne i techniczne radiochirurgii stereotaktycznej (RCHS). Głównymiwskazaniami do RCHS są: malformacje tętniczo-żylne, nieoperacyjne przerzuty do mózgu, nerwiaki nerwu VIII,oponiaki i mikrogruczolaki przysadki. Jedynym bezdyskusyjnym czynnikiem predykcyjnym tych zmian w RCHSjest wielkość leczonego ogniska. Najlepsze wyniki dotyczą zmian o średnicy nieprzekraczającej 3 cm — kontrolamiejscowa w tych przypadkach sięga 90–95% przy odsetku powikłań nieprzekraczającym 7%. Radiochirurgiastereotaktyczna znajduje również zastosowanie w paliatywnej radioterapii chorych na raka trzustki i z przerzutaminowotworowymi do płuc. Do innych wskazań należy uporczywa neuralgia nerwu trójdzielnego

Uneindeutigkeiten aushalten – mit künstlerischen Hochschulprojekten zur Diversitätssensibilisierung

Der Beitrag stellt die Potentiale kultureller Bildung in Form von künstlerisch-ästhetischen Methoden und Kulturformaten für die Ausbildung einer diversitätssensiblen Haltung von Studierenden im Hochschulkontext vor. Diese werden im Projekt RUB arts & culture international (inSTUDIESplus) an der Ruhr-Universität Bochum über einen vierjährigen Zeitraum initiiert, konzeptioniert und erprobt. Über projektbasierte Seminararbeit, die erfahrungsbasierte Bildungsräume eröffnet, werden Diversität, Ambiguitätstoleranz sowie transkulturelle Kompetenz verhandelt und ein Nährboden für Diversitätssensibilisierung geschaffen