Proteomics to Identify New Blood Biomarkers for Diagnosing Patients With Acute Stroke

Funding Information: UCIBIO-UID/Multi/04378/2019 also supported by FCT (CEEC Funding Information: This work was financed by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) with PTDC/MEC-NEU/28750/2017 grant, LA/P/0140/2020 funding,iNOVA4Health—UIDB/04462/2020, and UCIBIO-UID/Multi/04378/2019 units. A.S.C. is supported by FCT. R.M. is also supported by FCT (CEEC position, 2019–2025 investigator). Funding Information: This work was financed by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) with PTDC/MEC-NEU/28750/2017 grant, LA/P/0140/2020 funding, Publisher Copyright: © 2023 The Authors.BACKGROUND: Blood biomarkers are a potential tool for early stroke diagnosis. We aimed to perform a pilot and exploratory study on untargeted blood biomarkers in patients with suspected stroke by using mass spectrometry analysis. METHODS AND RESULTS: This was a prospective observational study of consecutive patients with suspected stroke admitted within 6 hours of last being seen well. Blood samples were collected at admission. Patients were divided into 3 groups: ischemic stroke (IS), intracerebral hemorrhage (ICH), and stroke mimics. Quantitative analysis from mass spectrometry data was performed using a supervised approach. Biomarker-based prediction models were developed to differentiate IS from ICH and ICH+stroke mimics. Models were built aiming to minimize misidentification of patients with ICH as having IS. We included 90 patients, one-third within each subgroup. The median age was 71 years (interquartile range, 57–81 years), and 49 participants (54.4%) were women. In quantitative analysis, C3 (complement component 3), ICAM-2 (intercellular adhesion molecule 2), PLGLA (plasminogen like A), STXBP5 (syntaxin-binding protein 5), and IGHV3-64 (immunoglobulin heavy variable 3-64) were the 5 most significantly dysregulated proteins for both comparisons. Biomarker-based models showed 88% sensitivity and 89% negative predictive value for differentiating IS from ICH, and 75% sensitivity and 95% negative predictive value for differentiating IS from ICH+stroke mimics. ICAM-2, STXBP5, PLGLA, C3, and IGHV3-64 displayed the highest importance score in our models, being the most informative for identifying patients with stroke. CONCLUSIONS: In this proof-of-concept and exploratory study, our biomarker-based prediction models, including ICAM-2, STXBP5, PLGLA, C3, and IGHV3-64, showed 75% to 88% sensitivity for identifying patients with IS, while aiming to minimize misclassification of ICH. Although our methodology provided an internal validation, these results still need validation in other cohorts and with different measurement techniques.publishersversionpublishe

Polyphasic analysis of Acidovorax citrulli strains from northeastern Brazil

ABSTRACT Bacterial fruit blotch (BFB) of cucurbit plants is caused by Acidovorax citrulli and represents a serious concern to melon (Cucumis melo L.) growers worldwide, including those in Brazil. Thirty-four A. citrulli strains from different melon production areas of northeastern Brazil were characterized for their virulence on melon fruits and their substrate utilization and molecular profiles. Based on the analysis of BFB severity on melon fruits, the A. citrulli strains were divided into three groups, classified as mildly, moderately or highly virulent. Although host-related groups were not observed, the watermelon and ‘melão-pepino’ strains exhibited only low or moderate virulence on melon fruit. Substrate utilization profiles revealed that 94 % of the 95 tested compounds were used by A. citrulli strains as a carbon source. Overall, based on substrate utilization, low variability was observed with no relationship to host of origin. The formation of one group of A. citrulli strains based on Repetitive Sequence-based PCR (rep-PCR) analysis confirmed the low variability observed in the substrate utilization analyses. Bayesian inference based on the analysis of 23S rDNA partial sequence data resulted in one well-supported clade and clustered the strains with the A. citrulli-type species with high posterior probability support. Based on the markers used, the Brazilian A. citrulli strains belong to a single group, which corresponds to the previously described Group I for this bacterium in the United States

Fatores de risco associados à infecção por Cryptosporidium spp. e Giardia duodenalis em bovinos leiteiros na fase de cria e recria na mesorregião do Campo das Vertentes de Minas Gerais

Este estudo observacional do tipo transversal foi realizado com o objetivo avaliar os fatores de risco associados à infecção por Cryptosporidium spp. e Giardia duodenalis em bezerras provenientes de 20 propriedades leiteiras, localizadas na mesorregião do Campo das Vertentes de Minas Gerais. As propriedades foram divididas igualmente em dois grupos de acordo com o tipo de leite produzido: Grupo I = Leite B e Grupo II = Leite cru refrigerado. Amostras fecais de 356 bezerras foram coletadas no período de setembro de 2008 a agosto de 2009 e analisadas utilizando-se os métodos de Ziehl-Neelsen e flutuação em sulfato zinco a 33% para detecção, respectivamente, dos oocistos de Cryptosporidium spp. e cistos de G. duodenalis. Dados sobre práticas de manejo e condições sanitárias de criação dos bovinos foram obtidos por meio de entrevistas durante a visita a cada propriedade, no momento em que foi coletada uma única amostra de fezes de bezerras de 1 dia a 12 meses de idade. A frequência média global de bezerras infectadas por Cryptosporidium spp. foi de 21,62%, sendo a faixa etária de 7- 21 dias de idade a que apresentou o maior número de animais eliminando oocistos. Para G. duodenalis, a frequência média global foi de 25,56% e a faixa etária de 60-90 dias de idade foi a com maior número de animais com cistos nas fezes. Os resultados deste estudo indicam que infecções por Cryptosporidium spp. e G. duodenalis estão amplamente distribuídas entre fêmeas bovinas na fase de cria e recria provenientes de rebanhos leiteiros na mesorregião do Campo das Vertentes de Minas Gerais. Dentre os fatores associados a um maior risco de infecção por Cryptosporidium spp. e G. duodenalis em bezerras, discutidos neste estudo, se destacam os seguintes: a permanência no piquete maternidade por mais de 12h após o nascimento; o fornecimento de colostro a partir de 7h de vida; o primeiro fornecimento de água e concentrado entre 1 e 7 dias de idade; e a manutenção em instalação coletiva e/ou localizada próxima ao curral

Estirpes de Bradyrhizobium em simbiose com guandu-anão em casa de vegetação e no campo

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência simbiótica de estirpes de bactérias fixadoras de nitrogênio do gênero Bradyrhizobium com guandu-anão. Os experimentos foram conduzidos em vasos de Leonard, em vasos com solo e em campo. Foram testadas 11 estirpes em vasos de Leonard, e as que apresentaram maior eficiência em promover o crescimento do guandu-anão foram avaliadas em vasos com solo (Latossolo Vermelho-Amarelo e Cambissolo) e em campo (Latossolo Vermelho-Amarelo). Em todos os experimentos, os tratamentos foram comparados a dois controles positivos (estirpes aprovadas como inoculantes para as cultivares de guandu-anão BR 2003 e BR 2801) e a duas testemunhas sem inoculação, uma com alta concentração de N mineral, e a outra, a depender do experimento, sem N mineral (solo) ou com baixa concentração de N (vasos de Leonard). Algumas estirpes proporcionaram crescimento vegetal semelhante ou superior às estirpes-referência e às testemunhas em vaso de Leonard. Em vasos com solo, o tipo de solo influenciou os tratamentos. No campo, não houve diferença entre os tratamentos, e as estirpes nativas promoveram bom crescimento. O guandu-anão é capaz de estabelecer associação simbiótica com bactérias fixadoras de N2, e a estirpe UFLA 03-320 apresenta potencial para ser recomendada para a cultura junto com a estirpe BR 2801