Proteomes Are of Proteoforms: Embracing the Complexity

Proteomes are complex—much more so than genomes or transcriptomes. Thus, simplifying their analysis does not simplify the issue. Proteomes are of proteoforms, not canonical proteins. While having a catalogue of amino acid sequences provides invaluable information, this is the Proteome-lite. To dissect biological mechanisms and identify critical biomarkers/drug targets, we must assess the myriad of proteoforms that arise at any point before, after, and between translation and transcription (e.g., isoforms, splice variants, and post-translational modifications [PTM]), as well as newly defined species. There are numerous analytical methods currently used to address proteome depth and here we critically evaluate these in terms of the current ‘state-of-the-field’. We thus discuss both pros and cons of available approaches and where improvements or refinements are needed to quantitatively characterize proteomes. To enable a next-generation approach, we suggest that advances lie in transdisciplinarity via integration of current proteomic methods to yield a unified discipline that capitalizes on the strongest qualities of each. Such a necessary (if not revolutionary) shift cannot be accomplished by a continued primary focus on proteo-genomics/-transcriptomics. We must embrace the complexity. Yes, these are the hard questions, and this will not be easy…but where is the fun in easy?Natural Sciences and Engineering Research Council of Canad

Skills and competation of students on the University of Medical Science

Uvod: Pored teoretskoh I prakticnog znanja koi stecu student iz Fakulteta za medicnskih nauka postoje I nekolko drugih vestina (kompetencija) koi su vazni za njihovu profesionalnu karieru. Cilj rada: Da utvrdimo kakve vestine (kompetencije) smo dobili na Fakultetu I koje su nasi pririteti za u budicnst. Materijal I metodi: Pomocu ankete dobili smo rezultate za 11 ponugenih vestina, koi stecu student u toku obrazovnog procesa, rangirajuci nihove odgovore od 1-5 (1- krajno nezadovoljitelno, 5 – odlicno). U anketu su ucestvovali 533 redovnih studenata. Zakljucak: Pomoci ankete I samoevaluacije dobili smo jasnu predstavu koje vestine su neophodne I koje vestine su jaca strana Fakulteta. Ovo je baza podataka koja je jako bitna I koja pruza realna slika o tome sta se trenutno radi, dali je to dovoljno ili ima toga mnogo sto da se radi. Imajuci u vidu da je ovaj Fakultet relativno mlad ove rezultate su vise nego dobre

Заштитен ефект на витамин Е и комбинација од витамин Е и С при акутно оштетување на хепар со CCl4

Јаглерод тетрахлоридот (CCL4) нашироко се употребува како супстанца-модел за појаснување на механизмите на дејство на хепатотоксичните ефекти. Неговото хепатотоксично дејство се остварува преку неговата активација и оксидација до високореактивни радикали кои имаат повеќе различни ефекти меѓу кои можеби најважен е иницијацијата на липидната пероксидација. Ваквото токсично дејство може да се превенира со употребата на антиоксиданси кои ги редуцираат настанатите радикали, при што витаминот Е се јавува како „прва линија на одбрана“. За да се одржува константно ниво на редуциран витамин Е кој би ги штител клеточните мембрани од оштетување, потребна е цела мрежа на други антиоксиданти кои директно или индиректно ќе ја редуцираат радикалната форма на витаминот Е до неговата нативна форма. Витаминот Ц е антиоксидант кој може директно да го редуцира витаминот Е. Целта на ова истражување е испитување на CCL4-индуцираната хепатотоксичност и можниот протективен ефект на витамините Е и Ц. Лабораториските животни (стаорци од сојот Wistar) беа третирани со предтретмани од витамин Е или комбинација од витамините Е и Ц и со хепатотоксичниот агенс-CCL4. Хепатичното оштетување беше проценето преку мерење на нивото на аланин аминотрансферазата и аспартат аминотрансферазата во циркулацијата

Влијанието експозицијата на хроничната хиперемија врз концентрацијата на триглицериди кај вистар стаореци

Триглицеридите се распоредени во сите ткива и имаат значајна улога во креирањето на зивите клетки