Multiple Centroid Methodology to analyze genotype adaptability

This study was carried out to propose a modification of the centroid method. The method is modified in thechoice of the ideotype, to be defined according to the researcher's interest, using the bi-segmented regression model, ratherthan based on experimental data, which limit the comparison of genotypes. To illustrate the method, one trait was simulatedin 25 genotypes in 8 environments. For the simulations and statistical analyses the software package GENES was used. Themultiple centroid is more flexible than the original centroid method, since it can be used according to the researcher's objectiveand the desired recommendation strategy. It is also readily interpretable for recommendation and unambiguous. Besides, thenumber of genotypes of interest can be compared, making a detailed study possible, by separating the genotypes intorecommendation classes

Qualidade geral da educação municipal e as influências dos gastos públicos

The purpose of this study was to quantify and evaluate the quality standard of education of Brazilian municipalities, by means of an indicator of the quality of municipal basic education, and to verify the relation between headings of the public educational budget and this quality of education. Through the Principal Components Analysis, the General Quality Index of Municipal Education (IQGEM) was created, which included micro and macrostructural aspects, between 2009 and 2013. Subsequently, an Inflation Beta Regression model was used to verify the relationships between the disaggregated educational budget and social factors and the IQGEM. Ranging from 0 (minimum) to 1 (maximum), the index showed an average quality of 0.61 points, being the highest values of municipalities in the South and Southeast. In addition, the factors that were positively related to the IQGEM were investments in school infrastructure and social aspects. On the other hand, expenses with personnel and consumables influenced it negatively. In general, these results indicate that investments in school infrastructure and social promotion policies are relevant to the quality of education in the municipalities of the country. On the other hand, although they have been negatively related to the IQGEM in the short term, it is possible that in the medium- and long-term investments in personnel and consumables can have positive influences.El objetivo de este estudio fue cuantificar y evaluar el nivel de calidad de la educación de los municipios brasileños, mediante un indicador de la calidad de la educación básica municipal, y verificar la relación entre los títulos del presupuesto público educativo y esta calidad de la educación. Por el análisis por componentes principales, se creó el Índice de Calidad General de la Educación Municipal (IQGEM), que incluyó aspectos micro y macroestructurales, entre 2009 y 2013. Posteriormente, se utilizó un modelo de Regresión Beta Inflacionada, para verificar las relaciones entre el presupuesto educativo desagregado y de factores sociales y el IQGEM. La variación entre 0 (mínimo) y 1 (máximo), el índice apuntó calidad media de 0,61 puntos, siendo los mayores valores de municipios del Sur y Sudeste. Adicionalmente, los factores que se relacionaron positivamente con el IQGEM fueron las inversiones en infraestructura escolar y los aspectos sociales. Por otro lado, los gastos de personal y materiales de consumo lo influenciaron negativamente. De manera general, estos resultados señalaron como conclusiones que las inversiones en infraestructura escolar y en políticas de promoción social son relevantes para la calidad educativa en los municipios del país. Por otro lado, a pesar de haber sido negativamente relacionados con el IQG a corto plazo, es posible que a medio y largo plazo, inversiones en gastos de personal y materiales de consumo puedan tener influencias positivas. Este estudo teve por objetivo quantificar e avaliar o padrão da qualidade da educação dos municípios brasileiros, por meio de um indicador da qualidade da educação básica municipal, e verificar a relação entre rubricas do orçamento público educacional e esta qualidade do ensino. Pela Análise por Componentes Principais, criou-se o Índice de Qualidade Geral da Educação Municipal (IQGEM), que incluiu aspectos micro e macroestruturais, entre 2009 e 2013. Posteriormente, utilizou-se um modelo de Regressão Beta Inflacionada, para verificar as relações entre o orçamento educacional desagregado e de fatores sociais e o IQGEM. Variando entre 0 (mínimo) e 1 (máximo), o índice apontou qualidade média de 0,61 pontos, sendo os maiores valores de municípios do Sul e Sudeste. Adicionalmente, os fatores que se relacionaram positivamente com o IQGEM foram os investimentos em infraestrutura escolar e os aspectos sociais. Por outro lado, as despesas com pessoal e materiais de consumo o influenciaram negativamente. De maneira geral, estes resultados sinalizaram como conclusões que os investimentos em infraestrutura escolar e em políticas de promoção social são relevantes para a qualidade educacional nos municípios do país. Por outro lado, apesar de terem sido negativamente relacionados com o IQGEM no curto prazo, é possível que a médio e longo prazo, investimentos em despesas com pessoal e materiais de consumo possam surtir influências positivas.

Determinantes de guerra de preços e conluio no transporte aéreo brasileiro

Este artigo tem como objetivo identificar possíveis padrões de guerras de preço e formação de conluio pelas companhias aéreas que operam no trecho Rio de Janeiro – São Paulo (GOL e TAM) e estimar as condições que facilitaram os dois fenômenos no período de 2002 a 2010. Para tanto, utilizaram-se a teoria dos jogos, a teoria econômica dos cartéis e os modelos logit como instrumentos de análise. Os resultados obtidos mostram que os fatores determinantes desses dois fenômenos são diferentes para cada companhia aérea: a TAM apresentou maior probabilidade de formação de conluio que a GOL no período analisado, enquanto esta última teve maior probabilidade de entrar em uma guerra de preços do que em um conluio. Além disso, as variáveis utilizadas neste estudo não conseguiram explicar a probabilidade da TAM praticar guerra de preços

Predição genômica com o modelo aditivo-dominante por métodos de redução de dimensionalidade

The objective of this work was to evaluate the application of different dimensionality reduction methods in the additive-dominant model and to compare them with the genomic best linear unbiased prediction (G-BLUP) method. The dimensionality reduction methods evaluated were: principal components regression (PCR), partial least squares (PLS), and independent components regression (ICR). A simulated data set composed of 1,000 individuals and 2,000 single-nucleotide polymorphisms was used, being analyzed in four scenarios: two heritability levels x two genetic architectures. To help choose the number of components, the results were evaluated as to additive, dominant, and total genomic information. In general, PCR showed higher accuracy values than the other methods. However, none of the methodologies are able to recover true genomic heritabilities and all of them present biased estimates, under- or overestimating the genomic genetic values. For the simultaneous estimation of the additive and dominance marker effects, the best alternative is to choose the number of components that leads the dominance genomic value to a higher accuracy.O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de diferentes métodos de redução de dimensionalidade no modelo aditivo-dominante e compará-los ao método genômico da melhor predição linear não viesada (G-BLUP). Os métodos de redução avaliados foram: regressão via componentes principais (PCR), quadrados mínimos parciais (PLS) e regressão via componentes independentes (ICR). Utilizou-se um conjunto de dados simulados composto por 1.000 indivíduos e 2.000 polimorfismos de nucleotídeo único, analisados em quatro cenários: dois níveis de herdabilidade x duas heranças genéticas. Para auxiliar na escolha do número de componentes, os resultados foram avaliados quanto às informações genômicas aditiva, dominante e total. De modo geral, a PCR apresentou maiores valores de acurácia em comparação aos demais métodos. No entanto, nenhuma das metodologias consegue capturar as herdabilidades genômicas reais e todas apresentam estimativas viesadas, tendo subestimado ou superestimado os valores genéticos genômicos. Para a estimação simultânea dos efeitos de marcadores aditivos e devidos à dominância, a melhor alternativa é a escolha do número de componentes que conduz o valor genômico devido à dominância à maior acurácia

Informative prior distribution applied to linseed for the estimation of genetic parameters using a small sample size

O objetivo deste trabalho foi avaliar um procedimento para elicitação de distribuição a priori informativa, comparada à distribuição a priori não informativa, em tamanho amostral reduzido, com uso de 14 caracteres de três genótipos de linhaça (Linum usitatissimum), em sete épocas de semeadura. Os valores dos hiperparâmetros regulam a informatividade da distribuição a priori; portanto, para cada época, foram calculados os hiperparâmetros a serem utilizados na próxima época. As duas distribuições a priori, não informativa e informativa, foram comparadas pelo comprimento dos intervalos de credibilidade e pela variância da distribuição a posteriori. Em geral, quando a distribuição a priori informativa é adotada, os parâmetros genéticos apresentam menor comprimento do intervalo de credibilidade e estimativas mais precisas. O mecanismo de elicitação a priori informativa com uso de informações prévias de programas de melhoramento é eficiente para estimativa de parâmetros genéticos, incluindo herdabilidade e variância genética, mesmo quando o tamanho da amostra é pequeno. Na avaliação genética, o uso da distribuição a priori informativa é melhor do que o da distribuição não informativa para tamanho amostral pequeno. Em geral, os resultados das distribuições a priori informativas indicam que os valores genéticos da primeira época de semeadura são maiores para os seguintes caracteres: comprimento do ciclo, altura da planta, e número de cápsulas não granuladas e de ramos produtivos.The objective of this work was to evaluate a procedure for the elicitation of informative prior distribution, compared with non-informative prior distribution, in a small sample size, using 14 traits of three linseed (Linum usitatissimum) genotypes in seven sowing seasons. The values of the hyperparameters regulate the informativeness of the prior distribution; therefore, for each season, the hyperparameters to be used in the next season were calculated. The two prior distributions, non-informative and informative, were compared by the length of the credible interval and variance of the posterior distribution. In general, when the informative prior distribution is adopted, the genetic parameters present a shorter length of the credible interval and more precise estimates. The mechanism for informative prior elicitation using previous information from breeding programs is efficient for the estimation of genetic parameters, including heritability and genetic variance, even when the sample size is small. In genetic evaluation, the use of informative prior distribution is better than that of non-informative distribution for a small sample size. In general, the results of the informative prior distributions are indicative that the genetic values of the first sowing season are greater for the following traits: cycle length, plant height, and number of non-grained capsules and of productive branches

Alteração no método centroide de avaliação da adaptabilidade genotípica

The objective of this work was to modify the centroid method of evaluation of phenotypic adaptability and the phenotype stability of genotypes in order for the method to make greater biological sense and improve its quantitative and qualitative performance. The method was modified by means of the inclusion of three additional ideotypes defined in accordance with the genotypes' average yield in the environments tested. The alfalfa (Medicago sativa L.) forage yield of 92 genotypes was used. The trial had a randomized block design, with two replicates, and the data were used to test the method. The genotypes underwent 20 cuts, from November 2004 to June 2006. Each cut was considered an environment. The inclusion of ideotypes of greater biological average production in the environments produced an arrow-shaped graphical dispersion directed to the right in which the most productive genotypes were placed near the tip of the arrow. With the alteration only five genotypes were classified into the former classes of the original centroid method. The arrow-shaped figure allowed a direct comparison of genotypes throughout the productivity gradient. The alteration performed in the method preserved the easy interpretation of results for genotype recommendations of the original method, and does leaves no room for ambiguity in interpretation of the results.O objetivo deste trabalho foi alterar o método centroide de avaliação da adaptabilidade e estabilidade fenotípica de genótipos, para deixá-lo com maior sentido biológico e melhorar aspectos quantitativos e qualitativos de sua análise. A alteração se deu pela adição de mais três ideótipos, definidos de acordo com valores médios dos genótipos nos ambientes. Foram utilizados dados provenientes de um experimento sobre produção de matéria seca de 92 genótipos de alfafa (Medicago sativa) realizado em blocos ao acaso, com duas repetições. Os genótipos foram submetidos a 20 cortes, no período de novembro de 2004 a junho de 2006. Cada corte foi considerado um ambiente. A inclusão dos ideótipos de maior sentido biológico (valores médios nos ambientes) resultou em uma dispersão gráfica em forma de uma seta voltada para a direita, na qual os genótipos mais produtivos ficaram próximos à ponta da seta. Com a alteração, apenas cinco genótipos foram classificados nas mesmas classes do método centroide original. A figura em forma de seta proporciona uma comparação direta dos genótipos, por meio da formação de um gradiente de produtividade. A alteração no método mantém a facilidade de interpretação dos resultados para a recomendação dos genótipos presente no método original e não permite duplicidade de interpretação dos resultados

Uso da regressão quantílica regularizada para predição de mérito genético em suínos quanto a características assimétricas de carcaça

The objective of this work was to evaluate the use of regularized quantile regression (RQR) to predict the genetic merit of pigs for asymmetric carcass traits, compared with the Bayesian lasso (Blasso) method. The genetic data of the traits carcass yield, bacon thickness, and backfat thickness from a F2 population composed of 345 individuals, generated by crossing animals from the Piau breed with those of a commercial breed, were used. RQR was evaluated considering different quantiles (τ = 0.05 to 0.95). The RQR model used to estimate the genetic merit showed accuracies higher than or equal to those obtained by Blasso, for all studies traits. There was an increase of 6.7 and 20.0% in accuracy when the quantiles 0.15 and 0.45 were considered in the evaluation of carcass yield and bacon thickness, respectively. The obtained results are indicative that the regularized quantile regression presents higher accuracy than the Bayesian lasso method for the prediction of the genetic merit of pigs for asymmetric carcass variables.O objetivo deste trabalho foi avaliar o uso da regressão quantílica regularizada (RQR) para predição do mérito genético em suínos quanto a características assimétricas de carcaça, em comparação ao método do lasso bayesiano (Blasso). Foram utilizados dados genéticos das características rendimento de carcaça, espessura de bacon e espessura de toucinho de uma população F2 composta por 345 indivíduos, obtida pelo cruzamento de animais da raça Piau com os de raça comercial. A RQR foi avaliada tendo-se considerado diferentes quantis (τ = 0,05 a 0,95). O modelo de RQR utilizado para estimar o mérito genético apresentou acurácias maiores ou iguais àquelas obtidas pelo Blasso, para todas as características estudadas. Houve incremento de 6,7 e 20,0% na acurácia, quando se consideraram os quantis 0,15 e 0,45 na avaliação do rendimento de carcaça e da espessura de bacon, respectivamente. Os resultados obtidos são indicativos de que a regressão quantílica regularizada apresenta maior acurácia que o método lasso Bayesiano para predição do mérito genético de variáveis assimétricas de carcaça