Etude épidémiologique des mortalités de naissain d'huîtres creuses observées en 2008 en France - Etude épidémiologique analytique. Rapport final

A la suite des mortalités massives d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) observées en France dans tous les bassins de production ostréicoles, une étude épidémiologique a été engagée. Débutée en octobre 2008, son objectif est d'aider à l'identification de la (ou les) causees) de ces mortalités. Elle comprend deux parties. Une première phase, descriptive, a consisté à décrire la distribution des mortalités dans le temps et l'espace, ainsi que la population touchée, puis à formuler des hypothèses concernant l'implication d'un ou de plusieurs facteurs de risque dans le phénomène observé. La seconde partie est une étude analytique dont l'objectif est de tester les hypothèses formulées lors de l'enquête épidémiologique descriptive, en étudiant l'association entre les facteurs de risque et la mortalité

Modélisation biophysique pour la prévision du recrutement (Couplage stochastique d'un modèle individu-centré de croissance larvaire avec un modèle hydrodynamique 3D pour développer un indice de recrutement de l'anchois dans le golfe de Gascogne)

Les populations exploitées par la pêche sont dépendantes du recrutement (nombre de jeunes poissons constituant la nouvelle classe d'âge annuelle) pour assurer leur renouvellement. Le recrutement requiert des outils d'océanographie halieutique plus fiables que les analyses de corrélation à grande échelle entre abondance des stocks et paramètres climatiques. Le recrutement dans la population est le résultat de l'intégration, sur une saison et sur de vastes zones océaniques, des survies aux stades larvaires sous la dépendance de mécanismes à petite échelle. Les modèles hydrodynamiques constituent un outil pour réaliser cette intégration. L'approche définie consiste à explorer puis modéliser les mécanismes d'interaction physique-biologie pour fournir une prévision de recrutement utilisable de manière opérationnelle en gestion des pêches. Cette thèse s'inscrit dans une problématique scientifique générale en écologie, l'analyse de la variabilité et l'intégration des échelles spatio-temporelles. Son application concerne l'anchois (Engraulis encrasicolus) dans le golfe de Gascogne, ressource importante pour l'Espagne et la France sur le plan économique et social. Le recrutement annuel constitue, en raison de la courte durée de vie de l'espèce, l'essentiel de la population exploitée par la pêche.AIX-MARSEILLE2-Stat.Mar. Endoume (130552206) / SudocRENNES-Agrocampus-CRD (352382323) / SudocRENNES-Agrocampus-Bibl. Linné (352382308) / SudocSudocFranceF

Environmental and stock effects on the recruitment of anchovy in the Bay of Biscay : a multivariate analysis

Variability in anchovy recruitment in Biscay is temptatively explained using variables from the stock and from the environment during the ichtyoplankton phase. Anchovy recruitment depends on many different processes : weight of adults and proportion of multiple spawners (age 2), river discharges, upwelling events at the coast and at the shelf break. Meteorological variables (wind, rain, tempe rature ) are forcing effects on the sea but they are not the effective processes that govern the production in the sea. So they do not relate directly to the survival of larvae and to recruitment. In Biscay, many different physical processes are active and used by anchovy which spawns in different physical systems (river plumes, open ocean enrichment systems). Therefore we use a hydrodynamical physical model to construct environmental variables that relate directly to the physical pro cesses that occur in the sea. Such environmental variables are thought to have a more powerfull explanatory power than general meteorological variables alone. Stock effects are  parametrised by the importance in the population of year class 2 and by individual average weight. Environmental effects are physical indices derived from the physical model: vertical turbulence, stratification,  upwelling, river plumes.  As we have a small amount of years and a lot of variables, a step by step regression analysis (Linear Model) is used to analyse hierarchy in the explanatory power of the factors. Upwelling is the first explanatory variable with a very strong positive effect on recruitment, then cornes breakdown of stratification events with a negative effect. All other variables have a smaller explanatory power on recruitment and the stock effect is found to be not significant. A model with 2 physical variables explains 80% of the recruitment variability observed in the 1987-1996

Etude de la fécondité de l’huître creuse dans le bassin d’Arcachon en 2013 en lien avec la qualité de l’eau. Compte-rendu final du programme FeLiBA

De 2009 à 2011, le captage à Arcachon fut particulièrement mauvais. Des pontes tardives associées à de faibles quantités de larves “petites” indiquaient un problème probablement au niveau de la maturation ou de la ponte. Le programme FéLiBA consiste en un zoom, pour l’année 2013, sur la Fécondité des huîtres creuses en Lien avec la qualité de l’eau du Bassin d’Arcachon. Ce programme s’est traduit par différentes actions de terrain. Tout d’abord, la maturation des huîtres issues du captage d’Arcachon ou de Marennes-Oléron a été suivie à Arcachon (site du Tès) et comparée avec celle de la Rade de Brest (pointe du Château) au cours de l’année 2013. Puis, un bilan de la maturation des huîtres sauvages d’Arcachon a été établi fin juin 2013. La ponte a également été surveillée dans le bassin d’Arcachon à l’aide d’un observatoire participatif impliquant les professionnels. Enfin, des simulations de dispersion larvaire ont été réalisées de manière à évaluer les contributions potentielles des différents bancs au captage, en fonction de leur localisation géographique. Les comparaisons de différents lots de captage montrent que le captage du bassin d’Arcachon réagit de la même manière que celui de Marennes-Oléron, c’est à dire qu’il présente une croissance et une maturation faible à Arcachon mais forte en Rade de Brest. Ce contraste important met en avant les différences de disponibilité, voire de qualité, de la nourriture entre les deux sites mais réfute l’hypothèse d’une incapacité des huîtres originaires d’Arcachon à présenter de bonnes performances de croissance. L’étude spatiale de la maturation des huîtres sauvages en 2013 permet d’établir que les huîtres sauvages ont maturé normalement et ne présentent pas d’infections visibles par des parasites. Les données de 2011, obtenues plus précocement dans l’année, présentent des taux élevés d’huîtres non fécondes mais ne permettent pas de conclure sur la maturation au terme de l’été. Un gradient zones internes - zones océaniques apparaît également sur les réserves, l’infestation par le Polydora et l’indice de condition. Ce gradient suit une ligne sud-est nord-ouest lorsque l’indice de condition est corrigé de l’altitude et du temps de renouvellement local. Un gradient similaire est retrouvé dans la taille maximale des huîtres. La ponte 2013 reste tardive, avec, comme en 2012, une première ponte partielle fin juillet et une ponte totale à la mi-août. Certaines huîtres n’avaient toutefois pas pondu début septembre dans le sud-est du bassin d’Arcachon lors de ces deux années. Les résultats des simulations de la dispersion larvaire pointent l’importance des zones internes du Bassin et particulièrement de la zone du sud-est pour leur contribution au captage. L’année 2013 s’est révélée une bonne année pour le captage à Arcachon. Les expérimentations entreprises cette année permettent donc difficilement de statuer sur l’origine des années de mauvais captage. Il apparaît cependant que les observations de retard de ponte, de mauvaise croissance et de faibles indices de condition convergent vers la zone du sud-est du Bassin. Ces éléments pourrait être expliqués facilement par un contaminant ou, plus difficilement, par une modification de la ressource trophique. Le phénomène semble cependant marquer le pas pour l’année 2013, qui retrouve de fortes concentrations de larves petites et un captage plus important à l’est. Une surveillance minimale de la zone du sud-est du bassin d’Arcachon est suggérée pour avoir des informations au cas où le phénomène de mauvais captage se renouvellerait en 2014

Spatial patterns in the condition index of the wild Pacific oyster Crassostrea gigas in a macrotidal coastal ecosystem: Influence of tidal processes and beyond

In macrotidal coastal ecosystems, spatial heterogeneity of the water column properties is induced by both oceanic and continental influences. Hydrodynamic processes generate a land-sea gradient of environmental conditions, affecting the biological performances of sedentary organisms. The aim of the present study is to establish an extensive spatial assessment in the reproductive investment of the wild Pacific oyster Crassostrea gigas in Arcachon Bay. This is done by looking for a relationship between the Lawrence and Scott condition index (LSCI) and two tidal processes: the immersion level (IL) and the local oceanic flushing time (LoFt). The LSCI of C. gigas was assessed, just before gamete release, at 68 sampling stations in Arcachon Bay. Oyster performance was overall low and spatially variable. Significant differences in the LSCI were detected between the outer and inner bay. Oyster reefs located toward the mouth of the bay exhibited high LSCI (between 9 and 11), while oyster reefs located in inner bay, especially in south-eastern part around the Eyre River, had low LSCI (below 6). Linear modelling allowed to highlight significant effects of both tidal processes IL and LoFt on the obtained LSCI gradient. IL, LoFt explained 33% of the spatial variability observed on LSCI (IL = 3%; LoFt = 17%; LoFt + IL: 13%), 6% were attributed to the intra-station variation (ISv). Thus, high IL and rapid LoFt favor a better development of somatic-gonadal volume, probably because of longer feeding time and higher supply of food from the ocean by tide flows. Disentangling the effects of IL and LoFt on LSCI allowed to describe the spatial pattern in 61% of variability not explained by both tidal factors. A residual gradient directed southeast-northwest highlighted that others factors, independent from IL and LoFt seems to hamper inner bay oyster reproductive performance. Consequently, investigating on the ecological functioning (Eyre influences), trophic potential and anthropogenic pressures of this zone seem crucial on the understanding of C. gigas reproductive pattern in Arcachon Bay

Revue systématique de la littérature relative aux facteurs de risque de mortalité des moules exploitées en France - Rapport du Conseil scientifique et technique du programme de recherche en santé des coquillages : étude éco-épidémiologique

La recherche bibliographique maximalisée réalisée dans le cadre de cette revue systématique de la littérature a permis de décrire le paysage de la connaissance existante sur les facteurs de risque de mortalité des espèces de moules M. edulis et M. galloprovincialis. Ces travaux ont abouti à la formalisation d’une méthodologie rigoureuse, transparente et reproductible pour la réalisation de revue systématique relative aux facteurs de risque de mortalité chez les coquillages marins.Cette revue a décrit la diversité des définitions de la mortalité des moules et ses facteurs de risque. Elle a également permis d’apprécier la quantité et la qualité des preuves recensées. Cette revue systématique a recensé 125 facteurs étudiés pour leur relation avec la mortalité des moules par 151 études issues de 116 documents. Mais, au regard de la grande hétérogénéité des études, peu de facteurs de risque ont été finalement identifiés.Chez les deux espèces de moules exploitées en France, une variation géographique du risque de mortalité a été mise en évidence de façon globale, sans que des caractéristiques particulières du site expliquant ces variations aient été identifiées. Seule la présence de prédateurs présente une responsabilité évidente en termes de mortalités mytilicoles. De même, une variation saisonnière du risque de mortalité a été mise en évidence, sans que des conditions climatiques particulières aient été identifiées à l’exception de vagues de chaleur. L’augmentation de la température de l’eau de mer (supérieure à 24°C pour M. galloprovincialis et supérieure à 20°C pour M. edulis) était le seul facteur d’exposition commun aux deux espèces de moules et identifié de façon consensuelle comme associé à un risque de mortalité des moules accru. Chez M. galloprovincialis, les facteurs d’exposition suivants ont été identifiés de façon consensuelle comme associés à une augmentation du risque de mortalité :-l’accumulation de sable ou de sédiment sur un gisement ;-la présence de fer dans l’eau de mer ;-la présence de plomb dans l’eau de mer ;-la présence de bactéries du genre Vibrio, de l’espèce aestuarianus ou du groupe Splendidus, associée à une température de l’eau de mer élevée et en conditions d’hypoxie.Chez M. edulis, les moules issues de parents ayant naturellement survécu à un épisode de mortalité, i.e. ayant un génotype intraspécifique « sélectionné », présentaient un risque de mortalité diminué. Les facteurs suivants ont été identifiés de façon consensuelle comme associés à une augmentation du risque de mortalité :-la présence, dans la population, d’une fréquence élevée de moules présentant plus de 10 % d’anomalies cytogénétiques dans leurs cellules hémocytaires (i.e. nombre anormal de chromosomes dans les hémocytes) ;-l’augmentation de la durée d’enfouissement des animaux sur un gisement ; -une augmentation de particules sédimentaires fines et la présence de vase ;-la présence d’un agent infectieux transmissible, non identifié.Si cette revue systématique a identifié plusieurs facteurs de risque de mortalité chez les moules exploitées en France, elle n’a pas permis de hiérarchiser ces facteurs de risque, ni leurs combinaisons. Par conséquent, ce bilan des connaissances existantes n’a pas permis de répondre à la question des commanditaires relative à l’identification et à la hiérarchisation des facteurs de risque de mortalité des moules exploitées en France. Toutefois, cette synthèse pourra orienter utilement la construction d’éventuelles futures études à mener sur le terrain pour compléter la connaissance des facteurs de risque de mortalité de moules. En particulier, elle a souligné la nécessité de prise en compte et d’exploration de l’action conjointe des nombreux facteurs d’exposition intervenant de manière simultanée dans le milieu naturel.Le CST a formulé des recommandations et des propositions pour les recherches à venir, visant à identifier des facteurs de risque de mortalité de moules

Mortality of marine mussels Mytilus edulis and M. galloprovincialis: systematic literature review of risk factors and recommendations for future research

The aim of this study was to summarise the literature reporting the risk factors for mortality in the mussel species Mytilus edulis and Mytilus galloprovincialis in order to identify potential science‐based solutions to prevent or mitigate mussel mortality outbreaks. We followed the PRISMA methodology: Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta‐Analyses. The studied corpus of 91 publications (114 studies) was highly heterogeneous with respect to the methodological approaches used to define or estimate mussel mortality and the related putative risk factors. Results showed that the mortality risk of both mussel species M. edulis and M. galloprovincialis varied across the seasons, increased with an elevated seawater temperature above a thermal threshold of 20 and 24°C, respectively, decreased by protecting mussels from predation, and was associated with the presence of pathogens in M. edulis. For M. galloprovincialis, using mussel spat from the same area where the farming is carried out and farming them together with another mussel species appears to reduce the mortality risk. However, for M. edulis, this could be achieved by using pure crosses and in particular mussel spat having a selected genotype. For wild bed conservation, sand accumulation and anthropogenic sedimentation should be minimised. Our analysis showed that current approaches to this research topic are limited and are unlikely to yield actionable evidence to identify mussel mortality prevention or mitigation strategies. Therefore, recommendations are offered to increase the ability of future eco‐epidemiological research to identify multiple exposures associated with mussel mortality, underpinned by standardised efforts and cooperative initiatives