Antibiotic resistance and extended spectrum beta-lactamase production in fecal Escherichia coli strains isolated from human and cattle

Son bir ay içinde antibiyotik kullanmamış insanların dışkılarından izole edilen herbiri farklı bireye ait 140 Escherichia coli susu ile sığırların rektum mukozasından izole edilen 114 E.coli susunun 10 antibiyotiğe duyarlılığı disk difüzyon yöntemi ile, bu suşlarda genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimi fenotipik doğrulama testi ile belirlenmiştir. İnsan suşlannda ampisilin, ampisilin-sulbaktam, amoksisilin-klavulanik asit, piperasilin-tazobaktam, sefotaksim, siprofloksasin, trimetoprim-sulfametoksazol direnci sığır suşlarındakinden, sığır suşlannda amikasin direnci insan suşlanndakinden anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur. Seftazidim ve gentamisin direnci insan suşlannda daha yüksek bulunmuşsa da fark anlamlı değildir. İki grup susta da en yüksek direnç ampisilin için bulunmuştur. İnsan suşlannda direnç cinsiyete göre fark göstermemiş, ancak 13 yaş ve altındaki çocuklara ait suşlarda büyüklerden izole edilenlere göre ampisilin, ampisilin-sulbaktam, seftazidim, gentamisin ve trimetoprim-sulfametoksazol direnci anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. İnsan suşlannda GSBL üretimi % 3 olarak saptanmış, sığır suşlannda GSBL üretimine rastlanmamıştır.A hundred forty E.coli strains isolated from stools of humans who did not use antibiotics in the last one month and 114 E.coli strains isolated from cattle's rectal mucosa were enrolled in this study. Each strain was from different individuals. Susceptibility of these strains to ten antibiotics were determined by disk diffusion test and extended spectrum beta-lactamase (ESBL) production by phenotypic confirmation test. The resistance to ampicillin, ampicillin-sulbactam, amoxicilin-clavulanic asid, piperacillin-tazobactam, sefotaxime, ciprofloxacin and trimethoprim-sulfamethoxazole in human E. coli strains were found significantly higher than the resistance of cattle E. coli strains and the resistance to amikacin in cattle E. coli strains was found significantly higher than the resistance of human E. coli strains. Although the resistance to ceftazidime and gentamicin in human E.coli strains were found higher, the differences was not statistically significant. The highest resistance was for ampicillin in both cattle and human strains. The differences in antibiotic resistance of human strains were insignificant in two genders. But the antibiotic resistance were significantly higher in the strains from children under 13 age than the strains from adults for ampicillin, ampicillin-sulbactam, trimetoprim-sulfamethoxazole, gentamisin and ceftazidime. While ESBL production from human strains was 3 %, there was no production in cattle strains

Corneal biomechanical properties in thyroid eye disease

AbstractThe purpose of this study is to investigate the effect of thyroid eye disease (TED) on the measurement of corneal biomechanical properties and the relationship between these parameters and disease manifestations. A total of 54 eyes of 27 individuals with TED and 52 eyes of 30 healthy control participants were enrolled. Thyroid ophthalmopathy activity was defined using the VISA (vision, inflammation, strabismus, and appearance/exposure) classification for TED. The intraocular pressure (IOP) measurement with Goldmann applanation tonometer (GAT), axial length (AL), keratometry, and central corneal thickness (CCT) measurements were taken from each patient. Corneal biomechanical properties, including corneal hysteresis (CH) and corneal resistance factor (CRF) and noncontact IOP measurements, Goldmann-correlated IOP (IOPg) and corneal-compensated IOP (IOPcc) were measured with the Ocular Response Analyzer (ORA) using the standard technique. Parameters such as best corrected visual acuity, axial length, central corneal thickness, and corneal curvature were not statistically significant between the two groups (p > 0.05). IOP measured with GAT was higher in participants with TED (p < 0.001). The CH of TED patients was significantly lower than that of the control group. There was no significant difference in the corneal resistance factor between groups. However, IOPg and IOPcc were significantly higher in TED patients. CH and VISA grading of TED patients showed a negative correlation (p = 0.007). In conclusion, TED affects the corneal biomechanical properties by decreasing CH. IOP with GAT and IOPg is found to be increased in these patients. As the severity of TED increases, CH decreases in these patients

Impact of laboratory test use strategies in a Turkish hospital

Objectives: Eliminating unnecessary laboratory tests is a good way to reduce costs while maintain patient safety. The aim of this study was to define and process strategies to rationalize laboratory use in Ankara Numune Training and Research Hospital (ANH) and calculate potential savings in costs. Methods: A collaborative plan was defined by hospital managers; joint meetings with ANHTA and laboratory professors were set; the joint committee invited relevant staff for input, and a laboratory efficiency committee was created. Literature was reviewed systematically to identify strategies used to improve laboratory efficiency. Strategies that would be applicable in local settings were identified for implementation, processed, and the impact on clinical use and costs assessed for 12 months. Results: Laboratory use in ANH differed enormously among clinics. Major use was identified in internal medicine. The mean number of tests per patient was 15.8. Unnecessary testing for chloride, folic acid, free prostate specific antigen, hepatitis and HIV testing were observed. Test panel use was pinpointed as the main cause of overuse of the laboratory and the Hospital Information System test ordering page was reorganized. A significant decrease (between 12.6-85.0%) was observed for the tests that were taken to an alternative page on the computer screen. The one year study saving was equivalent to 371,183 US dollars. Conclusion: Hospital-based committees including laboratory professionals and clinicians can define hospital based problems and led to a standardized approach to test use that can help clinicians reduce laboratory costs through appropriate use of laboratory test

Microbiological evaluation of the burn wound infections

Yanık yaralarında enfeksiyon en önemli komplikasyon enfeksiyondur ve ölüm vakalarının %75'inin yanık yarası sonrası enfeksiyonlarına bağlı olduğu tahmin edilmektedir. Yaralarda kolontasyon sıklıkla birden fazla mikroorganizma ile olmaktadır. Derinin ilk görevi deri yüzeyinde yaşayan mikroorganizma gruplarını kontrol etmek ve patojen mikroorganizmaların deri altındaki dokuyu istila edip orada kolonize olmalarını önlemektir. Deride meydana gelen yanıklarda genellikle aerob ve anaerob mikroorganizmalar hakimdir. Yara iyileşmesinde mikroorganizmaların rolü ve önemi yıllardır tartışılmaktadır. Laboratuarda birden fazla mikroorganizma iiremiş kültürlerin uygun olup olmadığını ve bir veya birden fazla mikroorganizmanın identifikasyonunun anlamlı olup olmadığım iyi değerlendirmek gereklidir. Bu makalede yanık enfeksiyonlarının başarılı tedavisi için yanık yaralarının mikrobiyolojik açıdan değerlendirilmesindeki görüşler ortaya konmak istenmiştir. Ayrıca yanık yarası tedavisinde mikrobiyologun ve mikrobiyoloji laboratuarının önemli rolü bulunmaktadır.Infection is a major complication in burn wounds, and it is estimated that up to 75% of deaths following burn injury are related to infection. The wound colonization is most frequently polymicrobial. The skin's primary function is to control microbial populations that live on the skin surface and to prevent underlying tissue from becoming colonized and invaded by potential pathogens. In skins burn wound: generally aerobic and çnaerobic microorganisms found dominant. The role and significance of microorganisms in wound healing has been debated for many years. In the laboratory, consideration must be given to the relevance of culturing polymicrobial specimens, the value in identifying one or more microorganisms. This review has attempted to evaluate aspects in microbiological management in burn wounds for successful treatment of microorganisms. The role of the microbiologist and the microbiology laboratory in burn wound management is very important

Optimal lined channel design

The optimum values of the section variables (side slope, bottom width, flow depth, and radius) for triangular, rectangular, trapezoidal, and circular channels are computed by minimizing the cost of the channel section. Manning's uniform flow formula is treated as the constraint of the optimization model. The cost function is arranged to include the cost of lining, the cost of earthwork, and the increment in the cost of earthwork with depth below the ground surface. The optimum values of section variables are expressed as explicit functions of unit cost terms. Unique values of optimum section variables are obtained for the case of minimum area or minimum wetted perimeter problems. Key words: open channel design, optimization, minimum cost, best hydraulic section

The investigation of resistance to oral antibiotics in Escherichia coli isolates obtained from urine

Amaç: Üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) toplumda en sık rastlanan bakteri enfeksiyonlarındandır. Son yıllarda antibiyotiklere karşı direncin giderek artması nedeniyle ÜSE'lerin ampirik tedavisinde sorunlar başlamıştır. Bu çalışmada üropatojen Escherichia coll izolatlarımn tedavi de kullanılan oral antibiyotiklere karşı dirençleri araştırılmıştır. Yöntem: Orta akım idrar örneklerinden koloni morfolojisi, Gram yöntemiyle boyanma özelliği ve biyokimyasal test sonuçlarıyla E.coli olarak izole edilen, 107ml ve üzeri CFU oluşturan izolatlar değerlendirmeye alınmıştır. İzolatlann duyarlılıkları NCCLS kriterlerine uygun olarak disk difüzyon yöntemi ile değerlendirilmiş ve kontrol susu olarak E.coü ATCC 25922 kullanılmıştır. İstatistiksel değerlendirmede ki kare testi kullanılmıştır. Bulgular: İzolatlarda en düşük direnç oranı nitrofurantoin, fosfomisin trometamol ve sefiksime, en yüksek direnç oranı da ampisilin ve amoksisiline karşı saptanmıştır. Sonuç: Bölgemizde üriner sistem enfeksiyonları ampirik tedavisinde ampisilin, amoksisüin, ampisilin/sulbaktam, amoksisilin/klavulonik asit ve trimetoprim/ sulfometaksazol kullanımı başarısızlığa neden olabilir. Kinolonlann yaygın tüketimini ve direnç gelişimini azaltmak için bu grup ilaçların yerine ikinci veya üçüncü kuşak oral sefalosporinlerin kullanılması düşünülebilir. Komplike olmayan ÜSE'lerin tedavisinde nitrofurantoin ve fosfomisin uygun bir seçenek olarak görülmektedir.Objective: Urinary tract infection is one of the most common bacterial diseases. As a result of the increasing resistance to antibiotics in recent years, some problems have been encountered in empiric treatment of urinary tract infection. The aim of the present study is to assess the resistance of uropathogen Escherichia coli isolates to oral antibiotics. Method: Samples were taken from middle urine and were counted for F. coli. Isolates were then prepared from the ones with an F. coli count of 107ml or more. The isolates were analysed by using colonial morphology, gram staining and biochemical test results. The susceptibility of the isolates was evaluated by disc diffusion method in compliance with NCCLS susceptibility testing guidelines. F. coli ATCC 25922 was used as the control strain. Results were evaluated by Chi-square test. Results: The F. coli of the isolates were found to have low resistance rates to nitrofurantoin, fosfomisin, trometamol and cefixime; and high resistance rates to ampicillin and amoxicillin. Conclusion: Based on the results, ampicillin, amoxicillin, ampicillin/sulbaktam, amoxicillin /clavulonic acid and trimetoprim /sulfometaksazol may prove to be ineffective in the empiric treatment of urinary tract infection in our region. In order to reduce the resistance development and the common use of quinolones, second and third generation oral cefalosporins can be used in place of these medicines. NIT and FMT are thought to be suitable alternatives in the treatment of uncomplicated urinary tract infection

Candida türlerinin tanımlanmasında "API ID 32C" ve "Rapid Yeast Plus" sistemlerinin karşılaştırılması

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 Candida suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında Rapid Yeast Plus (RYP) (Remel Inc., Lenexa, KS, ABD) sisteminin sonuçları ile standart yöntem olarak API ID 32C (bioMerieux, Fransa) sisteminin sonuçları karşılaştırılmıştır. API ID 32C sistemi ve RYP sistemi ile 92 suş aynı tür olarak tanımlanırken, altı suş farklı isimlendirilmiş, iki suş RYP sistemi ile tanımlanamamıştır. API ID 32C sistemine göre RYP sistemi ile farklı isimlendirilen ve isimlendirilemeyen suşların infeksiyon etkeni olarak nadiren saptanan izolatlar olduğu görülmüştür. Sonuç olarak infeksiyon etkeni olarak sık izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında, dört saat gibi kısa sürede sonuca ulaşılabileceği için RYP sisteminin kullanılmasının uygun olduğu söylenebilir. Bu sistemle güvenilir sonuca ulaşabilmek için üretici firmanın önerileri doğrultusunda uygun bulanıklıkta inokulum hazırlanması ve inkübasyon sonrası oluşan renk değişikliklerinin değerlendirilmesinde dikkatli olunması gerektiği vurgulanmalıdır. Bunlara rağmen tanımlanamayan suşlarda ise ek bir sistemin kullanılması uygun olabilir

Retrospective evaluation on Brucella antibody seroprevalence of the patients who have applied for any reason in the last four year at the policlinics of Kırıkkale University Faculty of Medicine

Bu çalışmanın amacı, Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Polikliniklerine herhangi bir sebeple başvuran kişilerde Brucella antikor seroprevalansını retrospektif olarak tespit etmektir. Araştırmaya, Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Polikliniklerine baş vuran 1-80 yaş arasında toplam 938 kişi dahil edilmiştir. Araştırma, Haziran 1998 -Şubat 2002 tarihleri arasında gerçekleştirilmiştir. Brusella antikorlarının tespiti için başvuran kişilerden alınan kan örneklerine Rose-Bengal Plate Testi (RBPT) ve Standart Tüp Aglütinasyon Testi (SAT) uygulanmıştır. RBPT ile %4.37 (41 kişi) ve SAT ile % 4.26 (40 kişi) oranında pozitiflik saptanmıştır. RBPT pozitifliği erkeklerde % 1.92 ve kadınlarda % 2.45, SAT pozitifliği ise erkeklerde % 1.81 ve kadınlarda % 2.45 olarak bulunmuştur. Her iki yöntemle elde edilen sonuçlar arasında istatistiksel açıdan bir fark bulunamamıştır. RBPT ve SAT yöntemi kolay uygulanabilmesi nedeniyle hastaların takibi açısından kullanışlı testlerdir.The aim of our study is to determine the Brucella antibody seroprevalence of the patients retrospectively who have applied.forany reason, the policlinics of Kırıkkale University Medical Faculty. The research includes totally 938 people who are between the age of l and 80 who have applied to Kırıkkale University Medical Faculty. This research was car-ried out between June 1998 and February 2002. Blood samples, which were obtained from the applicants, were deter-mined by using Rose Bengal Plate agglutination (RBPT) and Serum agglutination (SAT) method. The results show that of the person who is suspected as brucellosis the seroprevalence has been found with RBPT and SAT test is 4.37% (in 41 person) and 4.26% (in 40 person) respectively. Statistical Analysis showed that there are no differences between in (RBPT) and Serum agglutination (SA T) method. The seroprevalence is found with RBPT method in men and women %1.92 and %2.45 and with SAT method 1.81% and 2.45% respectively. in this study the rates gives accordance to the other epidemiological researches which obtained from Turkey

Helicobacter pylori: Precipitating factors and seroprevalence in children

Helicobacter pylori ve cagA prevalansını belirlemek ve buna etki eden faktörleri saptamak amacıyla toplam 235 çocukta yapılan bu çalışmada özgül IgG'ler ve cagA seroprevalansının saptanmasında ELISA kullanılmıştır. Çocuklarda H. pylori seropozitifliği %34.9 (82/235) ve H. pylori IgG'si pozitif olanlarda saptanan cagA seropozitifliği %20.7 (17/82)'dir. Helicobacter pylori ve cagA seroprevalansının yaş grupları ve cinsiyete göre istatistiksel olarak farklılık göstermediği görülmüştür. Kabakulak ve solunum sinsityal virus seropozitiflik oranları %43.4 ve %86'dır. Solunum sinsityal virus ve H. pylori serolojisi arasında anlamlı derecede farklılık (p0.001) olmasına rağmen kabakulakla H. pylori serolojisi arasında fark görülmemiştir (p0.059). Solunum yoluyla bulaşmasına rağmen daha yakın temas gerektiren kabakulak virusunda olduğu gibi H. pyloriY\in de bulaşabilmesi için yakın temasın gerekli olduğu düşünülebilir. Sonuç olarak, çocuklarda H. pylori infeksiyonu prevalansı yüksek olmasına rağmen cagA fenotipine sahip olan suşların oranının düşük olması bir avantaj olarak görülebilir.This study was performed to investigate the prevalence of Helicobacter pylori infection and cagA as well as factors affecting this prevalence in 235 children. ELISA was used for determining the seroprevalence of special IgG and cagA. Seropositiveness of H. pylori infection was 34.9% in children. Seropositiveness of cagA was 20.7% in children in whom H. pylori IgG was positive. It was found that there was no statistical difference in the seroprevalence of H. pylori and cagA when gender and age groups were compared. The ratios of seropositivity of mumps and respiratory syncytial virus infection were 43.4% and 86%, respectively. Although there was a significant difference between the serology of the respiratory sinsitial virus and H. pylori (p<0,001), no difference was detected between the serology of the mumps and H. pylori (p0.059). Like mumps which spreads via the respiratory tract with close contact, the spread of H. pylori infection could be also reqire close contact. As a result although seroprevalence of H. pylori in children was high, the low rate of H. pylori strains which had fenotype of cagA might be considered as an advantage

Detection of extended spectrum beta-lactamase production in Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca strains isolated from nosocomial infections

Çeşitli klinik örneklerden hastane infeksiyon etkeni olarak izole edilen Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ve Klebsiella oxytoca türlerinde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığı araştırılmıştır. GSBL üretimini saptamak için çift disk sinerji (ÇDS), disk difüzyon tarama vefenotipik doğrulama testleri kullanılmıştır. Fenotipik doğrulama testine göre diğer iki testin duyarlılık, özgüllük ve teşhis doğrulukları değerlendirilmiştir. incelenen bakterilerde % 66 oranında GSBL üretimi saptanmıştır. E.coli ve K.oxytoca'ya göre K.pneumoniae izolatlarında daha yüksek oranda GSBL üretimi bulunmuştur. ÇDS testinin duyarlılık, özgüllük ve teşhis doğrulukları sırasıyla % 82, % 85 ve % 83 oranında tespit edilmiştir. 1997'de yayınlanan NCCLS disk difüzyon değerlendirme kriterlerinin 1997'den önce yayınlanan kriterlere göre GSBL üretimini göstermede daha duyarlı olduğu saptanmıştır. En duyarlı indikatör antibiyotiğin seftazidim olduğu gösterilmiştir. Bununla birlikte disk difüzyon tarama testinde en az iki geniş spektrumlu beta-laktam kullanılmasıyla yanlış negatiflik oranlarının azalacağı sonucuna varılmıştır.The presence of extended spectrum beta-laktamase (ESBL) in the nosocomial isolates of Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ve Klebsiella oxytoca was investigated. To detect ESBL production, double-disk synergy (DDS), disk diffusion screening and phenotypical confirmation tests were used. The sensitivity, specificity and diagnostic reliability of the other two tests were evaluated according to phenotypical confirmation test results. There was 66 % ESBL production in the bacteria studied. In K.pneumoniae isolates, there was a higher rate of ESBL production than in E. coli and K. oxytoca isolates. The sensitivity, specificity and diagnostic reliability of DDS test were 82 %, 85 % and 83 %, respectively. NCCLS disk diffusion criteria published in 1997 were found to be more sensitive in revealing ESBL production than those published before 1997. Ceftazidime was shown to be the most sensitive indicator antibiotic. In addition, it was concluded that by the use of at least two wide-spectrum beta-lactams in disk diffusion screening test, the rate of false negativity could be decreased