Sequence Variability, Gene Structure, and Expression of Full-Length Human Endogenous Retrovirus H

Recently, we identified and classified 926 human endogenous retrovirus H (HERV-H)-like proviruses in the human genome. In this paper, we used the information to, in silico, reconstruct a putative ancestral HERV-H. A calculated consensus sequence was nearly open in all genes. A few manual adjustments resulted in a putative 9-kb HERV-H provirus with open reading frames (ORFs) in gag, pro, pol, and env. Long terminal repeats (LTRs) differed by 1.1%, indicating proximity to an integration event. The gag ORF was extended upstream of the normal myristylation start site. There was a long leader (including a “pre-gag” ORF) region positioned like the N terminus of murine leukemia virus (MLV) “glyco-Gag,” potentially encoding a proline- and serine-rich domain remotely similar to MLV pp12. Another ORF, starting inside the 5′ LTR, had no obvious similarity to known protein domains. Unlike other hitherto described gammaretroviruses, the reconstructed Gag had two zinc finger motifs. Alternative splicing of sequences related to the HERV-H consensus was confirmed using dbEST data. env transcripts were most prevalent in colon tumors, but also in normal testis. We found no evidence for full length env transcripts in the dbEST. HERV-H had a markedly skewed nucleotide composition, disfavoring guanine and favoring cytidine. We conclude that the HERV-H consensus shared a gene arrangement common to gammaretroviruses with gag separated by stop codon from pro-pol in the same reading frame, while env resides in another reading frame. There was also alternative splicing. HERV-H consensus yielded new insights in gammaretroviral evolution and will be useful as a model in studies on expression and function

Communication in children and adolescents after acquired brain injury: An exploratory study

Objective: The usability of the Communicative Effectiveness Index (CETI) in adolescents with acquired brain injury was investigated and compared with linguistic, cognitive and brain injury data. Design: A prospective, longitudinal, between-group design. Subjects: Thirty participants were divided into 2 subgroups: CETI+ and CETI− groups. Methods: Parental CETI ratings of daily communication were compared with linguistic data and IQ test results. Lesion site and aetiology were also studied. Results: The CETI+ group (n = 16) had a mean score greater than 75 out of 100, while the mean score of the CETI− group (n = 14) was below 75. Complex daily communication was impaired in both groups, but the CETI− group scored significantly lower on verbal IQ and grammar comprehension tests and had more naming difficulties. A majority of subjects in the CETI− group had a left hemisphere injury. Traumatic vs non-traumatic acquired brain injury did not differentiate the results.  Conclusion: Specific complex CETI items provided unique information that is not easily measured by linguistics and cognitive tests for use with the acquired brain injury group. Parental evaluations of communication skills were well reflected in language and verbal IQ test results. Left hemisphere injury was associated with poorer communication outcome

Homophilic and Heterophilic Interactions of Type II Cadherins Identify Specificity Groups Underlying Cell-Adhesive Behavior

Summary: Type II cadherins are cell-cell adhesion proteins critical for tissue patterning and neuronal targeting but whose molecular binding code remains poorly understood. Here, we delineate binding preferences for type II cadherin cell-adhesive regions, revealing extensive heterophilic interactions between specific pairs, in addition to homophilic interactions. Three distinct specificity groups emerge from our analysis with members that share highly similar heterophilic binding patterns and favor binding to one another. Structures of adhesive fragments from each specificity group confirm near-identical dimer topology conserved throughout the family, allowing interface residues whose conservation corresponds to specificity preferences to be identified. We show that targeted mutation of these residues converts binding preferences between specificity groups in biophysical and co-culture assays. Our results provide a detailed understanding of the type II cadherin interaction map and a basis for defining their role in tissue patterning and for the emerging importance of their heterophilic interactions in neural connectivity. : Type II cadherins are a family of vertebrate cell adhesion proteins expressed primarily in the CNS. Brasch et al. measure binding between adhesive fragments, revealing homophilic and extensive selective heterophilic binding with specificities that define groups of similar cadherins. Structures reveal common adhesive dimers, with residues governing cell-adhesive specificity. Keywords: cell adhesion, crystal structure, hemophilic specificity, heterophilic specificity, neural patterning, synaptic targeting, cadheri

Visby Innerstad : En användningsplan

Sedan lång tid föreligger i stort sett enighet om att bevara innerstadens bebyggelse och att anpassa eventuella nytillskott till det redan bestående. Med den inställningen har förändringsprocessen både dämpats och mildrats men ändå inte bragts att avstanna. Förändringar sker ständigt om det också huvudsakligen i smått: de många synbart så anspråkslösa byggnadsåtgärderna adderar efterhand ihop sig till något större och mer genomgripande. Långsamt, nästan omärkligt, ändrar innerstaden sitt ansikte.Ändå är det inte själva husen som förändrats mest utan användningen av dem. Ur funktionell synpunkt har 1950 - och 60-talen har varit något av en omstörtning i innerstadens historia: den har förlorat nästan hälften av de boende, en stor del av detaljhandeln och praktiskt taget helt sin gamla roll som skolcentrum. I gengäld har ytterstaden vuxit ut till ett sammanhängande kilometerbrett bälte. Till stor del av denna funktionella förändring en följd av beslutet att bevara innerstadens bebyggelse. Vad som inte fått plats inom den gamla ramen har etablerats utandör den.Föreliggande arbete vill ge en översiktlig bild av förändringsförloppen, sedda i ett långt tidsperspektiv men med tonvikt på dagsläget. Bebyggelsen tas upp till utförlig granskning men också användningen av den. Det är just samspelet mellan husen och de funtkioner, de fyller, som kan sägas utgöra bokens huvudtema. I de flesta fall är detta sammanhang hus-användning alldeles konfliktfritt och föranleder därför inte heller någon diskussion. Vad som behandlas är de relativt få problematiska fallen, hus som borde rustas upp för att fylla sin uppgift, hus som är olämpligt nyttjade eller inte använda alls. En serie sådana fall tas upp till systematisk genomgång; samtidigt berörs också de trafik - och miljömässiga konsekvenserna. Bokens syfte är alltså klart: den ger ett underlag av fakta för arbetet med att jämka samman byggnader och användningsformer. I den meningen kan skriften kallas en anvädningsplan för Visby innanför murarna.Arkitekturskolanas arbete har bedrivitis parallellt med den kommunala Innerstadskommitténs verksamhet. Något organiserat samarbete har inte förekommit med de informella kontakterna har varit både täta och goda. Att likheterna mellan Innerstadskommittén och Arkitekturskolans slutsatser blivit så pass stora, kan tillskrivas en gemensam helhetssyn.En av Arkitekturskolans elever, arkitekt Lars-Ingvar Larsson, har tidigare självständigt genomfört en undersökning av förändringar i innerstaden 1945-70- Denna studie publicerats separat och bör uppfattas som ett komplement till den hör föreliggande.Förutom de i innehållsförteckningen nämnda har ytterligare några aktivt medverkat i arbetet. Studiet av trafikfrågorna i innerstaden, i hamnen och öster om ringmuren leddes av Åke Claesson, I fältstudier och diskussioner medverkande Göran Månsson.Arkitekturskolan har fått god hjälp av ett antal initierade personer i Visby. Särskild tacksamhet är vi skyldiga byggnadsnämnden ordförande Henning Jacobson, kommunalrådet C B Stenström, stadsarkitekten Måns Hagbergm f. länsbostadsdorektören Åke Malmberg och landsantikvarien Gunnar Svahnström. I boken publiceringskostnaderna har ekonomiskt bidrag lämnats av Gotlands kommun och Riksantikvarieämbetet.Boken har redigerats av Sture Balgård och Ann Mari Westerlind med hjälp av Henrik O Andersson, Bo Ek, Göran Lindahl, Fredrik von Platen, John Sjöström Gunnar Westerlind och Hans Wetterfors.Skeppsholmen, Stockholm, sommaren 1973.Arkitekturskolans lärare och elever.Konsthögskolans arkitekturskola i Stockholm har under läsåret 1972/73 studerat bevarande - och förnyelseproblem i Visby. Staden innanför murarna har naturligt nog utgjort tyngdpunkten i arbetet - den här inte bara historiskt och estetiskt fängslande utan erbjuder också ovanliga möjligheter att tränga in i frågor, som annars sällan har en så klar och renodlad karaktär. </p