Estructura y variabilidad genética del bisonte americano (Bison bison) en México

Controlling for genetic variables to managing conservation populations. Single nucleotide polymorphism (SNP) genetic markers were used to analyze genetic structure and variability in an American bison population in the state of Chihuahua, Mexico. A total of 174 individuals were sampled and analysis done of 42,366 SNP distributed in 29 chromosomes. Estimates were done of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, polymorphic information content (PIC), the fixation index (FST), the Shannon index (SI), linkage disequilibrium (LD), kinship relationships (Rij; %), and effective population size (Ne). A genetic structure analysis was run to infer how many lines or genomes (k) define the studied population. A panel with 2,135 polymorphic SNPs was identified and selected, with an average of 74 SNP per chromosome. In the exclusion process, 84.5 % were monomorphic, 8.5 % had a usable percentage less than 90 %, 6.3 % had a minor allele frequency less than 0.01 and 0.70 % exhibited Hardy-Weinberg disequilibrium (P<0.05). Estimated values were 0.30 for the SI, 0.187 for Ho, 0.182 for He, -0.029 for the FST, and 0.152 for PIC. Of the 15,051 Rij estimates generated, the average value was 7.6 %, and 45.1 % were equal to zero. The Ne was 12.5, indicating a possible increase of 4 % in consanguinity per generation. Three genetic lines were identified (proportions = 0.730, 0.157 and 0.113), and, given the study population’s origin, are probably associated with natural selection or genetic drift. Genetic variability, as well as Rij levels, must be considered in conservation schemes.Los objetivos fueron analizar la estructura y variabilidad genética del bisonte americano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestrearon 174 bisontes y se analizaron 42,366 SNP distribuidos en los 29 cromosomas. Se estimó la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), índice de fijación (FIS), índice de Shannon (IS), desequilibrio de ligamiento y relación de parentesco (Rij; %), así como el tamaño efectivo de población (Ne). Se realizó un análisis de estructura genética para inferir cuántas líneas o genomas (k) definen la población. Se identificó y seleccionó un panel con 2,135 SNP polimórficos, con un promedio de 74 SNP por cromosoma. En el proceso de exclusión,  84.5 % fueron monomórficos,  8.5 % con porcentaje de usables menor a 90 %, 6.3 % con frecuencia del alelo menor inferior a 0.01 y 0.70 % por desequilibrio Hardy-Weinberg (P<0.05). Las estimaciones de IS, Ho, He, FIS y CIP fueron de 0.30, 0.187, 0.182, -0.029 y 0.152, respectivamente. Se generaron 15,051 estimaciones de Rij, el valor promedio de éstas fue 7.6 %, y el 45.1 % de ellas fue igual a cero. El Ne fue de 12.5, señalando un posible incremento de consanguinidad por generación de 4 %. Se identificaron tres líneas genéticas, con proporciones de 0.730, 0.157 y 0.113; dado el origen de la población, se asocian a selección natural o deriva genética. La variabilidad genética, así como los niveles de la Rij, se deben de considerar en esquemas de conservación

Diversidad genética en burros criollos de México

The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of the Mexican criollo donkey with SNP-type genetic markers. Sixteen individuals (eight males and eight females) were randomly sampled and genotyped using the GGP Equine 70K chip (71 947 loci). Within chromosome the polymorphic SNPs were identified, determining the expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, polymorphic information content (PIC), the fixation index (FIS) and the Hardy-Weinberg equilibrium (HW). Linkage disequilibrium was assessed based on the correlation (r2) between frequencies across loci. An analysis of molecular variance (AMOVA) and a cluster study were performed to infer the number of clusters (k). It was found that 3579 loci (4.9%) presented genetic variability, but 24.9% presented HW disequilibrium (p&lt;0.05). Across chromosomes, the number of polymorphic loci ranged from 50 to 269 with a mean of 115. The (within chromosome) means for PIC and FIS ranged from 0.222 to 0.267 and -0.392 to -0.208, respectively. In all chromosomes Ho was superior to He. For r2, the mean values within chromosome were greater than 0.10; the optimal k corresponded to 2. In the AMOVA, the genetic variability within individuals explained 67%. The SNPs identified as polymorphic make up a first panel of genetic markers for the Mexican creole burro, and the estimated genetic variability can be used in development and conservation schemes.El estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética del burro criollo mexicano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestreó aleatoriamente a 16 individuos (ocho machos y ocho hembras) y el genotipado se hizo con el chip GGP Equine 70K (71 947 loci). Dentro de cromosoma se identificaron los SNP polimórficos, determinándose la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), el índice de fijación (FIS) y el equilibrio (HW) Hardy-Weinberg. El desequilibrio de ligamiento se evaluó con base en la correlación (r2) entre frecuencias a través de locus. Se realizó un análisis de varianza molecular (AMOVA) y un estudio de agrupamiento para inferir el número de cluster (k). Se encontró que 3579 loci (4.9%) presentaron variabilidad genética, pero el 24.9% presentó desequilibrio HW (p&lt;0.05). A través de cromosomas, el número de loci polimórficos osciló de 50 a 269 con un promedio de 115. Los promedios (dentro de cromosoma) para PIC y FIS fluctuaron de 0.222 a 0.267 y de -0.392 a -0.208, respectivamente. En todos los cromosomas Ho fue superior a He. Para r2, los valores promedio dentro de cromosoma fueron superior a 0.10; el k óptimo correspondió a 2. En el AMOVA, la variabilidad genética dentro de individuos explicó el 67%. Los SNP identificados como polimórficos, conforman un primer panel de marcadores genéticos para el burro criollo mexicano, y la variabilidad genética estimada puede ser utilizada en esquemas de desarrollo y conservación

Nonlinear model adjustment for the characterization of growth in hereford and salers cattle

Los criadores de bovinos Hereford (HER) y Salers (SAL) en México, realizan el destete y pesaje de becerros a edades diferentes; información que puede ser utilizada para analizar el crecimiento con modelos no lineales (MNL); siendo este el objetivo del presente estudio. En HER se analizaron 4.549 observaciones de 1.910 individuos nacidos de 2002 a 2011 en nueve hatos; en SAL se analizaron 14.468 observaciones de 6.219 individuos nacidos de 2000 a 2011 de doce hatos. Los MNL evaluados fueron: Brody (BRO), Logístico (LOG), Bertalanffy (BER) y Gompertz (GOM). Posteriormente se calculó: el peso adulto asintótico (PAD; kg); la tasa de crecimiento relativa (PCU; kg/kg/t); las correlaciones ( PP) entre PAD y PCU; edad y peso al punto de inflexión (EPI, meses; PPI, kg), y el porcentaje de madurez a 205 (M205) y 365 (M365) días. Los análisis se realizaron con el procedimiento NLIN de SAS. La selección de modelos se realizó con base en: error de predicción promedio, varianza del error de predicción, coeficiente de determinación, estadístico Durbin- Watson y criterio de información Akaike. Todos los modelos ajustados explicaron alrededor del 96% de la variación de los datos. El modelo con mejor ajuste fue diferente a través de razas, pero coincidió en ambos sexos dentro de raza; para HER fue BER y para SAL fue BRO. Las PP fueron negativas y altas en todos los modelos. Para HER, las estimaciones de EPI y PPI fueron de 3,5 con 118,3 para hembras y 4,1 con 138,4 para machos. Las predicciones del PAD fueron de 343,9 y de 537,2 para SAL, y de 399,1 y 467,2 para HER, en hembras y machos, respectivamente. En HER, la M205 y M365 fue 50,1 y 73,6 en hembras, y de 44,8 y 68,2 en machos. En SAL, la M205 y M365 en hembras fue de 57,9 y 76,4 y en machos de 38,8 y 55,6.436 - [email protected] Mexico, weaning and yearling weights in herd of Hereford (HER) and Salers (SAL) breeds are measured at different ages. This information can be used to analyze growth by using nonlinear models (MNL); which is the objective of this study. In HER, 4,549 observations were analyzed of 1,910 animals born from 2002 to 2011 in nine herds; in SAL, 14,468 observations were analyzed of 1,910 animals born from 2000 to 2011 in twelve herds. The MNL assessed were: Brody (BRO), Logistic (LOG), Bertalanffy (BER) and Gompertz (GOM). Thereafter, the following parameters were estimated: asymptotic mature weight (PAD; kg); relative growth rate (PCU; kg/kg/t); the correlation ( PP) between PAD and PCU; age and weight of the inflection point (EPI, months; PPI, kg); and, the percentage of maturity up to 205 (GM205) and 365 (GM365) days. Analyses were performed by using NLIN SAS procedure. Model selection was done based on: average prediction error, variance of the prediction error, determination coefficient, Durbin-Watson statistic, and Akaike information criterion. All models fitted accounted for approximately 96% of data variation. The best fitting model was different across breeds but coincided in both sexes within breed; for HER was BER and to SAL was BRO. The PP were negative and high in all models. For HER, the estimates of EPI y PPI were 3.5 with 118.3 for females and 4.1 with 138.4 for males. The predictions of PAD were 343.9 and 537.2 for SAL, and 399.1 and 467.2 for HER, in females and males, respectively. In HER, the GM205 y GM365 were 50.1 y 73.6 in females, and 44.8 and 68.2 in males. In SAL, the GM205 and GM365 in females were 57.9 and 76.4, and for males were 38.8 and 55.6

Building of a selection index for behavioral traits in fighting bulls

En la ganadería de lidia, la selección está en función del desempeño del toro durante la lidia. Posición de la cabeza (PC) y de las manos (PM), recorrido del toro (RE) y modo de finalizar (FI) la embestida define el desempeño del toro, y pueden ser considerados como criterios de selección. El objetivo fue estimar heredabilidades (h2) y correlaciones genéticas (rg) para PC, PM, FI y RE; y construir dos índices de selección: IS1 con valores relativos de un análisis factorial, IS2 con valores relativos a partir de la desviación estándar de cada rasgo. Se calculó la respuesta a la selección (RS) y exactitud (EX) de cada IS. El número de observaciones (valor promedio ± desviación estándar) para PC, PM, RE y FI fue 984 (5.46 ± 1.4), 978 (2.93 ± 1.1), 981 (3.15 ± 0.7) y 785 (2.88 ± 1.1), respectivamente; con escalas de uno a siete para PC, y de uno a cinco para el resto de las variables. Para h2 y rg se realizó un análisis multivariado con el software MTDFREML. La h2 fue de 0.20 ± 0.06, 0.15 ± 0.05, 0.13 ± 0.03 y 0.17 ± 0.05 para PC, RE, PM y FI, respectivamente; todas las rg fueron positivas, de 0.57 a 0.94, con valor promedio de 0.753. IS1 = 0.068*PC + 0.048*RE - 0.012*PM + 0.088*FI; con EX de 0.46 y RS de 0.325. IS2 = 0.231*PC + 0.249*RE - 0.038*PM + 0.298*FI; con EX de 0.45 y RS de 1.15.In Lidia cattle breed, the selection is based on the performance of the bull during the fighting. Head position (HP) and hands (PH), course of the bull (CB) and finish of the onslaught (FO), define the performance of the bull, and can be implemented as selection criteria. The objective was to estimate heritability (h2) and genetic correlation (rg) for HP, PH, CB and FO; and building two selection indexes: IS1 with relative values of factorial analysis, IS2 by relative values from the standard deviation of each trait. The response to selection (RS) and accuracy (AC) were calculated. The number of observations (average ± standard deviation) value for HP, PH, CB and FO were 984 (5.46 ± 1.4), 978 (2.93 ± 1.1), 981 (3.15 ± 0.7) and 785 (2.88 ± 1.1), respectively; with scales of one to seven for HP, and one to five for the rest of the variables. For h2 and rg a multivariate analysis was performed with MTDFREML software. The h2 was of 0.20 ± 0.06, 0.15 ± 0.05, 0.13 ± 0.03 y 0.17 ± 0.05 for HP, CB, PH y FO, respectively. All rg were positive, from 0.57 to 0.94, with average value of 0.753. IS1 = 0.068*HP + 0.048*CB - 0.012*PH + 0.088*FO; with AC of 0.46 and RS of 0.325. IS2 = 0.231*HP + 0.249*CB - 0.038*PH + 0.298*FO; with AC of 0.45 and RS of 1.15

Niveles de contaminación del agua potable en la cabecera municipal de Ascención, Chihuahua, México

Introducción: El agua es una sustancia indispensable para la vida por lo que se considera como el recurso natural más apreciado en el planeta. En el norte de México existe el “Programa ambiental México-Estados Unidos: Frontera 2020”; en el cual participan instituciones mexicanas como la Junta Municipal de Aguas y Saneamiento (JMAS) mientras que por parte de los Estados Unidos de Norteamérica participan el Taskforce U.S., la Agencia Ambiental (USEPA) y la Universidad Estatal de Nuevo Mexico, entre otras (PAMEUF, 2013). En dicho programa ambiental el municipio de Ascensión está contemplado dentro de los planes de acción, por ser una región fronteriza, en especial en lo relacionado a la meta 2, la cual especifica el suministro de agua limpia y segura. Es importante mencionar que, a la fecha, no se conoce información que permita evaluar el nivel de calidad que aportan los cinco pozos que surten de agua a la cabecera municipal de Ascención, Chihuahua. El objetivo fue evaluar la calidad del agua potable que utiliza la comunidad de Ascensión, Chihuahua, mediante análisis físico-químico-metales y microbiológicos. Método: Las muestras de agua se obtuvieron de cinco pozos y de cinco hogares seleccionados al azar en cuatro temporadas. Se realizaron cuatro muestreos; julio de 2011, septiembre de 2011, diciembre de 2011 y mayo de 2012. Por lo tanto, se analizaron un total de 40 muestras a las que se les cuantificó el potencial de hidrógeno (pH), conductividad eléctrica (CE), temperatura (T), oxígeno disuelto (OD), turbidez (Tur), sólidos totales (SDT), coliformes totales (CT), coliformes fecales (CF) y los siguientes metales; Al, As, B, Cd, Ca, Cu, Cr, Fe, Mg, Mn, Ni, Ag, Pb, K, Na, Se, Si y Zn. Se aplicó un ANOVA para buscar diferencias por estación (Factor A), por fuente (Factor B) y su interacción (AxB). Para la variable de coliformes se aplicó la prueba noparamétrica de Kruskal-Wallis. En todos los casos se consideró un nivel de significancia de 0.05 (α=0.05). Resultados: Alrededor del 80% de las muestras de agua dieron positivo para CT y CF y se encontraron diferencias por estación (P<0.05). El pH y T fueron diferentes por estación (P<0.05), por fuente (P<0.05) y en la interacción (P<0.05). El pH supera los valores establecidos en la norma mexicana NOM-127-SSA1-1994 (NOM, 1994) e internacional (EPA, 2013). La variable OD fue diferente por estación (P<0.05) y no se encontraron diferencias para SDT y CE. La variable Tur y los metales Be, Cd y Co no fueron detectados y no se encontraron diferencias para ningún factor o su interacción para los elementos As, Cr, Cu, Fe, Li, Ni, Pb, Sb, Se y Zn; sin embargo, algunas concentraciones de As, Cr, Fe, Ni, Se, y Zn superan lo establecido en alguna norma nacional (NOM, 1996) o internacional (EPA, 2013; OMS, 2014). Los metales Ca, Mg, Mn y Sr fueron estadísticamente diferentes para un factor o su interacción. Discusión o Conclusión: Se concluye que el agua potable de la comunidad de Ascensión está contaminada desde el punto de vista microbiológico (NOM, 1987), toda vez que se encontró la presencia de coliformes totales y fecales en todos los muestreos realizados. Además, la concentración de algunos metales como As, Cr, Fe, Ni, Se y Zn fueron detectados en diversos muestreos por encima de lo permitido en normas nacionales e internacionales

Processing Smoked Pork Loin Using Ultrasound-Assisted Curing

The objective of this study was to evaluate the impact of high intensity ultrasound (HIU)-assisted brining on the physicochemical characteristics and consumer preference of smoked pork loin (Longissimus dorsi, LD). LD cuts (5 × 8 × 2.5 cm, length × width × height) were randomly distributed in a 2 × 2 design of two concentration of brine (5 or 10% NaCl) and two methods of brining (static, TC; or HIU for 30 min). After brining, the samples were smoked, cooled, vacuum packed and stored for 7 d at 4 °C. Weight, pH, percentage of NaCl, water-holding capacity (WHC), shear force and colour characteristics were evaluated in post-brining and smoked samples. Sensory analysis was performed to evaluate preference in appearance, taste, and texture characteristics. Weight and NaCl increased in samples post-brining. However, smoked pork samples were not significantly different among treatments. The smoked samples became more yellow and less red. Consumers preferred TC smoked pork based on this appearance characteristic. HIU improved NaCl concentrations in cured pork meat. Under these conditions, it is necessary to consider the posterior treatment that the ultrasonicated-cured meat will undergo, since part of the weight gain was lost during the smoking process

Characterisation of the lactation curve of Gyr and Sardo Negro cattle

The objectives were to characterize the lactation curves (LC) of tropical Gyr and Sardo Negro (SN) cattle from Mexico for the design of breeding and management programs for these breeds. A total of 3561 records of 504 lactations and 3927 records of 449 lactations were used for Gyr and SN, respectively. Three lactation lengths (LL) were evaluated, namely 240 (240d), 270 (270d), and 300 (300d) days, with five non-linear models (NLM): Wood, Wiltmink, Cobby, Brody, and Sikka. Milk production was obtained at the beginning (PI; kg), daily average (PMD; kg), maximum at peak (PMX; kg), days to reach maximum production (DP), and accumulated total (PT; kg). The selection of models was made based in the Akaike and Bayesian information criteria. The NLM explained at least 88% of the variability in the data. Brody model provided the best fit for 240d and 270d, and Sikka for 300d in SN; for Gyr, Wood model showed the best fit for 240d and 270d, while Wiltmink had the best fit for 300d. The means for PMD were 5.3 kg in SN and 10.2 kg in Gyr; for PMX the averages were 6.9 kg and 12.7 kg, respectively. The average of PT, within LL (240d, 270d, and 300d), was 1297 kg, 1418 kg, and 1552 kg for SN, and 2653 kg, 2930 kg, and 3202 kg for Gyr, respectively. The first third of the LC presented the highest contribution (%), with average values of 37.4 in Gyr and 39.5 in SN; the second and third periods, contributed (%) 33.5 and 29.1 in Gyr, and 33.0 and 27.5 in SN, respectively. The 240d LL, are the proposals for the design of management, feeding, and genetic improvement programs, they presented the best statistical adjustment in both breeds

Efecto del aceite esencial de orégano en el rendimiento y las propiedades fisicoquímicas y microbiológicas de la carne de pollo

An evaluation was made of the effect on intestinal microbiology, physicochemical characteristics and carcass yield and meat, of the inclusion during 42 days of oregano essential oil (OEO) in the drinking water fed to 440 one day old unsexed broilers (weight 42.59 ± 1.63 g). The birds were randomly assigned to one of 4 treatments (0, 100, 200 and 400 ppm of OEO diluted in the drinking water) and every treatment had 11 replicates with 10 birds each. The data was subjected to an analysis of variance (ANOVA) and a multivariate analysis (MANDEVA). No significant differences (P>0.05) were found in the microbiological, physicochemical and carcass yield variables. It was concluded that the OEO in the concentrations used, did not significantly reduce the counts of Salmonella spp. and Campylobacter spp. It did not affect the physicochemical properties of the meat, nor the carcass yield.Resumen Se evaluó el efecto de la inclusión de aceite esencial de orégano (AEO) en el agua de bebida sobre la microbiología intestinal, características fisicoquímicas y rendimiento en canal y carne de 440 pollos de engorda de 1 d de edad no sexados (42.59 ± 1.63 g de peso) y alimentados durante 42 d. Las aves fueron asignadas al azar en cuatro tratamientos con 11 repeticiones de 10 aves con 0, 100, 200 y 400 p.p.m. de AEO en el agua de bebida. Se aplicó a los datos un análisis de varianza (ANDEVA) y un análisis multivariado (MANDEVA). No se encontraron diferencias significativas (P>0.05) en las variables microbiológicas, fisicoquímicas ni rendimiento en canal. Se concluye que el AEO en las concentraciones utilizadas no redujo significativamente los conteos de Salmonella spp. y Campylobacter spp. en ciego, no afectó las propiedades fisicoquímicas de la carne ni de rendimiento de canal