Impact of the MDM2 SNP309 and p53 Arg72Pro polymorphism on age of tumour onset in Li-Fraumeni syndrome.

International audienceLi-Fraumeni syndrome, resulting from p53 (TP53) germline mutations, represents one of the most devastating genetic predispositions to cancer. Recently, the MDM2 SNP309 (T-->G variation) was shown to be associated with accelerated tumour formation in p53 mutation carriers. The impact of the common p53 codon 72 polymorphism on cancer risk remains controversial. We therefore investigated the effect of these two polymorphisms in 61 French carriers of the p53 germline mutation. The mean age of tumour onset in MDMD2 SNP309 G allele carriers (19.6 years) was significantly different from that observed in patients homozygous for the T allele (29.9 years, p<0.05). For the p53 codon 72 polymorphism, the mean age of tumour onset in Arg allele carriers (21.8 years) was also different from that of Pro/Pro patients (34.4 years, p<0.05). We observed a cumulative effect of both polymorphisms because the mean ages of tumour onset in carriers of the MDM2G and p53Arg alleles (16.9 years) and those with the MDM2T/T and p53Pro/Pro genotypes (43 years) were clearly different (p<0.02). Therefore, our results confirm the impact of the MDM2 SNP309 G allele on the age of tumour onset in germline p53 mutation carriers, and suggest that this effect may be amplified by the p53 72Arg allele. Polymorphisms affecting p53 degradation therefore represent one of the rare examples of modifier genetic factors identified to date in mendelian predispositions to cancer

A Single Genetic Origin for the G101W CDKN2A Mutation in 20 Melanoma-Prone Families

Germline mutations within the coding region of CDKN2A have been observed in affected members of melanoma-prone families. G101W is the most common CDKN2A missense mutation identified to date. It has been reported in several families from around the world, with a particularly high occurrence in France and Italy. Given the frequency of this mutation, we were interested in determining whether the mutation resulted from a single origin or represented a mutational hotspot in the CDKN2A gene. In addition, given the geographical distribution of the mutation, we examined the date of origination of the mutation and its migratory spread. We examined 10 families from Italy, 4 families from the United States, and 6 families from France with the G101W mutation. The following eight markers were employed for the haplotype analysis: IFNA, D9S736, D9S1749, D9S942, D9S1748, D9S1604, D9S171, and D9S126. Our findings showed no significant evidence for mutational heterogeneity, suggesting that all studied families derived from a single ancestral haplotype on which the mutation arose. Using maximum-likelihood methods, we estimated the mutation to have arisen 97 generations ago (1-LOD-unit support interval 70–133 generations) providing some explanation for the wide geographical spread of this common mutation, particularly in southwestern Europe. The presence of a founder mutation in a defined geographic area can facilitate carrier detection and genetic counseling and can provide an opportunity to study disease penetrance and the effect of environmental factors on the background of a common genetic susceptibility

Estimation du risque de cancer du sein et de l'ovaire dans une cohorte prospective de femmes porteuses d'une mutation sur les gènes BRCA : étude nationale GENEPSO

AbstractNational audienc

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Genesis : identification et caractérisation de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein à partir de l'étude de paires de soeurs atteintes et de témoins apparentées et non apparentées

AbstractNational audienceContexte et Objectifs Le cancer du sein (CS) est une pathologie qui concerne environ 10 % des femmes dont l’espérance de vie est de plus de 80 ans. Les études de ségrégation ont montré que 5 % des cas sont liés à un facteur génétique transmis selon un mode dominant. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, ont été identifiés ; leurs mutations sont impliquées dans environ 5 % des CS et 20 % des cas familiaux testés (Miki et al., 1994, Wooster et al., 1995). Une partie des 80 % restant pourrait être expliquée par des prédispositions encore non identifiées mais dont le mode de transmission serait plus vraisemblablement récessif ou oligogénique. L’étude GENESIS a pour objectif d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition et d’évaluer leur rôle dans l’apparition d’un CS ainsi que celui de facteurs non génétiques qui pourraient modifier leur effet. Données et Méthode GENESIS combine une étude de liaison génétique non paramétrique chez des paires de soeurs atteintes de CS et non porteuses d’unemutation des gènes BRCA et une étude d’association avec deux groupes témoins : soeurs indemnes et proches non apparentées (amies, collègues). Les analyses de liaison génétique exploreront l’ensemble du génome (GW). Les études d’association seront plus particulièrement centrées sur les régions d’intérêt désignées par les études de liaison et par les résultats publiés des études d’association GW. Les études d’association permettront, outre d’identifier de nouveaux facteurs génétiques, d’estimer les risques de CS associés et d’évaluer les éventuelles interactions gènes-environnement/style de vie. Le recueil de caractéristiques phénotypiques des cas (densité mammaire, caractéristiques tumorales examinées en tissu-array...) permettra de définir des endophénotypes et ainsi de diminuer l’hétérogénéité génétique attendue au sein de la population d’étude. L’effectif attendu est 6 000 personnes (1 000 paires de soeurs et 4 000 témoins et apparentés). Protocole du recueil des données et des prélèvements biologiques Les diverses étapes du protocole se font par courrier et sont coordonnées par le Centre Coordonnateur* et le Centre de Ressources Biologiques#. Les femmes index sont invitées à participer par les consultants en génétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) de la Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer. Les soeurs atteintes et indemnes, les frères et les parents ainsi qu’une proche non apparentée sont invités par les index. Les données épidémiologiques concernent les antécédents gynécologiques et obstétriques, les traitements hormonaux, les habitudes tabagiques actives et passives, la consommation d’alcool, l’activité physique,les expositions aux radiations,... Les échantillons sanguins (sang total, lymphocytes, plasma, sérum) et tumoraux sont collectés. Les mammographies des index, soeurs atteintes et de leurs témoins sont numérisées pour la mesure de la densité mammaire. État d’avancement Une étude pilote aété réalisée sur 48 cas index invités en novembre 2006. La participation a été de 81 %. L’étude nationale a commencé en avril 2007. Le protocole et l’avancement de GENESIS seront présentés en détail et la population incluse en janvier 2008 sera décrite. Retombées : L’identification de nouveauxgènes de prédisposition au CS aura un impact sur la prise en charge des femmes à risque. La connaissance de ces gènes permettra également de mieux comprendre l’origine d’un certain nombre de cas de CS a priori non familiaux et permettra d’optimiser la prise en charge de leurs apparentées.Enfin, la connaissance des fonctions biologiques de ces gènes, de leurs interactions avec des facteurs environnementaux permettra de proposer des actions de prévention. Remerciements : GENESIS est soutenue par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 200

Significant Contribution of Germline BRCA2 Rearrangements in Male Breast Cancer Families

International audienceAlthough screening for large deletions or duplications of the BRCA1 gene is becoming a routine component of the molecular diagnosis of familial breast cancer, little is known about the occurrence of such rearrangements in the BRCA2 gene. Because of the high frequency of BRCA2 mutations in breast cancer families with at least one case of male breast cancer, we selected a cohort of 39 such families, tested negative for mutations in the coding regions of BRCA1 and BRCA2, and developed an assay for BRCA2 rearrangements, based on quantitative multiplex PCR of short fluorescent fragments (QMPSF). We found three rearrangements: (1) a deletion of exons 12 and 13; (2) a duplication of exons 1 and 2; and (3) a complete deletion of BRCA2. We determined the boundaries of the deletion of exons 12 and 13, showing that it resulted from an unequal recombination between Alu sequences. We mapped the complete BRCA2 deletion, which extends over at least 298 kb and showed that it does not affect APRIN/AS3, previously characterized as a tumor suppressor gene, but it comprises several loci corresponding to proven or putative transcripts of unknown functional significance. These data suggest that screening for BRCA2 rearrangements should be done, especially in male breast cancer families tested negative for BRCA1 and BRCA2 mutations