Detección de variantes alélicas de la kappa-caseína en bovinos Hartón del Valle

Se utilizó ADN de 2 machos y 34 hembras de la raza de ganado criollo Hartón del Valle para detectar polimorfismos en el gen que codifica para la kappa-caseína (κ-CN) mediante PCR-RFLP (reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción) y PCR-SSCP (reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismo en la conformacion de ADN de cadena única). Se identificaron 17 individuos homocigotos AA, 15 heterocigotos AB y 4 homocigotos BB. La identificación de machos jóvenes portadores del genotipo de interés en menos de ocho horas mediante SSCP representa una ventaja para los propietarios de hatos abriendo la posibilidad de aumentar la frecuencia del alelo B, una de las vías para mejorar la eficiencia lechera para la manufactura de queso. Palabras claves: Bos taurus, Kappa-caseína, PCR-SSCP, PCR-RFLP.DNA from 2 males and 34 females of Hartón del Valle bovine breed, to detect polymorphisms by PCR-RFLP (polymerase chain reaction – restriction fragments length polymorphism) and PCR-SSCP (polymerase chain reaction– single strand conformation polymorphism) in kappa-casein gene was used 17 homozygote AA, 15 heterozygote AB and 4 homozygote BB individuals were identified. The quick and easy identification of young male genotypic carriers in less than eight hours is an advantage to milk farmers, given to there the possibility to increase the B allelic frequency, one of the ways to improve the milk efficiency for cheese producction. Key words: Bos Taurus, Kappa-casein, PCR-SSCP, PCR-RFLP

Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Fil: Hernandez Herrera, Darwin Yovanny. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Posso Terranova, Andrés Mauricio. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Benavides, Javier Antonio. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Muñoz Flórez, Jaime Eduardo. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Álvarez Franco, Luz Ángela. Universidad Nacional de Colombia; Colombi

Diversidad genética de accesiones de nacedero trichanthera gigantea (humb. and amp; bonpl.) nees, mediante ram’s (random amplified microsatellites)

Con el objeto de estudiar la diversidad genética del árbol forrajero nacedero Trichanthera gigantea (Humb. Bonpl.) Nees, existente en la colección nacional de la Fundación Centro para la Investigación en Sistemas Sostenibles de Producción Agropecuaria (CIPAV) se utilizaron cinco cebadores RAMs en 38 accesiones procedentes de once departamentos de Colombia y dos estados de Venezuela. Se obtuvieron 71 bandas usadas para estimar los parámetros de diversidad genética. Se adaptó un protocolo de extracción de ADN para la especie y se estableció un banco de ADN de las accesiones en la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira, para la realización de trabajos futuros. Los resultados indicaron que la colección nacional de nacedero presenta heterogeneidad en sus accesiones, alta diversidad genética y no se encontró relación entre los grupos genéticos formados mediante el análisis molecular y las zonas geográficas de origen.To study the genetic diversity of the national collection of Trichanthera gigantea (Humb. and amp; Bonpl.) Nees from the Foundation Center for Research in Sustainable Systems for Agricultural Production (CIPAV), five primers RAMs were used on 38 accessions from 11 departments of Colombia and two states of Venezuela. A pattern of 71 bands was obtained and used to estimate genetic diversity parameters. A specific protocol for DNA isolation was adapted and a DNA bank was established at the National University of Colombia, Palmira campus for further investigations. The results showed heterogeneity and high genetic diversity in these accessions. No relationship was found among molecular group analysis and the geographical origin zones

Caracterización molecular de 15 aislamientos de beauveria bassiana asociados con cosmopolites y metamasius en plátano y banano en tres regiones de colombia

Se colectaron picudos de Cosmopolites y Metamasius en municipios del Valle del Cauca, Caldas y Quindío. Se obtuvieron cultivos monospóricos con diluciones de 10-10 y 10-11. Los aislamientos fueron almacenados a -80°C con glicerol al 10% y el ADN a -20°C. Los marcadores moleculares RAM generaron 82 fragmentos de los cuales 67% fueron polimórficos con una heterocigocidad de 0.24, que indica diversidad media a alta. A un índice de similitud 0.84 se formaron 5 grupos: uno con 11 aislamientos y 4 con un solo aislamiento. En el gran grupo se detectó un duplicado y se encontró diversidad del hongo en los sitios muestreados. No se encontró relación entre aislamientos sobre Cosmopolites y Metamasius o zona geográfica en la formación de grupos genéticos

Asociación del gen bola-drb3.2 con el virus de la leucosis bovina (vlb) en ganado criollo hartón del valle

En cien muestras de ganado criollo hartón del Valle (HV) del Banco de ADN del Laboratorio de genética animal de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira se determinó la presencia del VLB siguiendo la metodología PCR anidado descrita por Beier et al. (2001) y se genotipificaron los animales para el gen DRB3.2* utilizando la metodología de PCR-SBT (Sequence Based Typings) descrita por Takeshima et al. (2009). Se encontró el porcentaje de presencia del virus. Para el gen BoLA-DRB3.2* se determinaron las frecuencias alélicas, la heterocigocidad esperada (He) y observada (Ho) con uso del programa Arlequín, versión 3.5 (Excoffier, 2010). La asociación entre el VLB y los alelos del gen BoLA-DRB3.2* se halló con el Odds Ratio (OR) y se realizó un test exacto de Fische con el software SAS versión 9,1 para determinar la significancia estadística del valor de OR

Establecimiento de una colección de trabajo de uchuva del suroccidente colombiano

Physalis peruviana L. es una especie frutícola promisoria para la zona andina colombiana; sin embargo, no ha sido un recurso genético prioritario de conservación. En el estudio se estableció una colección de trabajo registrada en una base de datos computarizada de 222 accesiones recolectadas en los departamentos de Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío y Cundinamarca que representan la variabilidad existente de cultivariedades nativas y espontáneas. Las semillas del material recolectado se encuentran en el cuarto frío del Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. Esta colección contribuye a la conservación y al estudio de la diversidad de esta especie y a la disponibilidad de una base genética para futuros programas de selección y mejoramiento genético.Palabras claves: Physalis peruviana; Solanaceae; diversidad genética; Banco de germoplasma.Physalis peruviana L. is a promissory fruit specie for the Andean Colombian zone, however, it has not been a priority genetic resource for conservation. In this study a working collection of 222 accessions collected in the states of Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío and Cundinamarca of Colombia was established and registered in a computational data base. It represent the variability present of native and spontaneous varieties. Seeds of the collected materials are available in cold room in the Experimental Centre of The National University of Colombia campus Palmira. This collection contributes to the conservation and genetic diversity studies in this specie, besides for implementing selection and breeding programs..Key words: Physalis peruviana ; Solanaceae; genetic diversity; germplasm bank

Caracterización morfológica de 24 accesiones de uchuva del banco de germoplasma de la universidad nacional de colombia sede palmira

Se caracterizaron 24 accesiones de uchuva Physalis peruviana L. de la colección de trabajo de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira, mediante 27 descriptores morfológicos (10 cualitativos y 17 cuantitativos). Se analizó la correspondencia múltiple (ACM) y clasificación jerárquica ascendente para variables cualitativas y de componentes principales (ACP) para variables cuantitativas. En el ACM tres ejes explicaron el 65.64% de la variabilidad; el primero con 38.53% reunió las variables color de máculas, color de anteras, color de la baya madura y color de semilla y la clasificación jerárquica generó tres grupos. Los dos primeros ejes del ACP explicaron 32.04% y 17.02% de la variación. El mayor aporte a la variabilidad fue dado por peso del fruto, tamaño transversal y longitudinal del fruto, peso de semilla húmeda y seca, número de semillas y contenido de sólidos solubles. La clasificación jerárquica determinó la conformación de cinco grupos. Se identificaron 5 materiales con potencialidades para el procesamiento, mercado y programas de mejoramiento por poseer alto peso del fruto, bajo número de semillas y valor alto de grados Brix.Palabras claves: Descriptores cualitativos y cuantitativos; Análisis de Correspondencia Múltiple (ACM); Análisis de Componentes Principales (ACP).24 accessions of Cape gooseberry Physalis peruviana L. from The National University of Colombia campus Palmira's work collection were characterized using 27 morphologic descriptors (10 qualitative and 17 quantitative). Two different analyses were made, the multiple correspondence analyses (ACM) and the ascendant hierarchy classification for qualitative variables and the principal component analysis (ACP) for quantitative variables. The results showed that 65.64% of variability was explained with three axes in the ACM. The first axe with 38.53% contained the variables colour of petals, anthers, berry ripped and seeds. The hierarchy classification generated three groups. The two first axes in ACP analysis explained 32.04% and 17.02% of the variation. Besides, the highest variability was supported by different characteristics such as fruit weight, transversal and longitudinal size of fruit, dry and wet seed weight, seeds number and soluble solids content and also the hierarchy classification showed five groups. Furthermore, it was possible to establish five materials with potential to be processed, traded and improved because of the high weight fruit, low number of seeds and high Brix grades.Key words: Qualitative and quantitative descriptors; Multiple Correspondence Analysis (ACM); Principal Components Analysis (ACP)

Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Instituto de Genética Veterinari

Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Instituto de Genética Veterinari

Diversidad genética y estructura poblacional de Guadua angustifolia Kunth en el eje cafetero colombiano

La Guadua angustifolia es un bambú leñoso perteneciente a la familia Poaceae, es endémica de América y se considera como nativa de Colombia, Venezuela y Ecuador. El área de guaduales naturales y plantados durante los últimos 25 años en Colombia es de 51,000 ha, de las cuales 46,000 ha son naturales y 5,000 ha son cultivadas. Se ha registrado una diversidad de 100 especies de bambúes en 19 géneros, de las cuales 24 son endémicas. Es considerada como uno de los bambúes de América más apropiados para la fabricación de papel, para la construcción de muebles, objetos decorativos, instrumentos y edificaciones en bahareque. La guadua como recurso genético de la biodiversidad del trópico no ha sido suficientemente estudiada, la tala indiscriminada y la destrucción de guaduales sin plantear estrategias de resiembra y recuperación, inciden directamente en la pérdida de este recurso. El objetivo principal de este trabajo fue estudiar la diversidad genética de Guadua angustifolia y la estructura poblacional de guaduales en el eje cafetero colombiano usando marcadores moleculares microsatélites.//Abstrac: The American giant bamboo Guadua angustifolia is a woody bamboo; it belongs to Poaceae family, is endemic from South America and is considered as a native resource from Colombia, Venezuela and Ecuador. The total area of plantations and natural forests in Colombia is about 51000 ha, from which 46000 ha are natural forests and 5000 as commercial crops. Colombia has a biodiversity in bamboos of 100 species in 19 genus, 24 as endemic species. The Giant bamboo is considered as excellent material for paper fabrication, furniture elaboration, decorative elements and ideal for home construction. As a genetic resource from Colombian tropical biodiversity, it has not been sufficiently studied; the uncontrolled use and destruction of natural forests without planning of recuperation strategies have lead to the lost of this resource. The main objective of this research was to study the genetic diversity and population structure of Guadua angustifolia in the Colombian coffee region using microsatélites molecular markers.Maestrí