Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease

Valorizzazione di specie spontanee perenni tipiche degli ambienti semi-aridi del Mediterraneo per l’inerbimento e la difesa del suolo.

Il presente lavoro riporta i primi risultati di uno studio condotto su specie spontanee, tipiche delle zone più aride del bacino mediterraneo e delle aree calanchive della Basilicata, allo scopo di reperire, moltiplicare e salvaguardare risorse genetiche autoctone, valutando la loro attitudine e capacità di propagazione e attecchimento, crescita e grado di copertura del terreno al fine del mantenimento di specie vegetali endemiche, entrambe interessanti dal punto di vista della polifunzionalità e valenza ecologica. Lo studio ha riguardato popolazioni appartenenti a due specie perenni (Lygeum spartum L. e Atriplex halimus L.), scelte in funzione della loro attitudine all’inerbimento e difesa del suolo, presenti allo stato spontaneo sui calanchi anche notevolmente erosi o percorsi da incendi. La sperimentazione, iniziata nel giugno 2003 e tuttora in corso, ha previsto: l’individuazione del sito (Stigliano – MT, Italy) e la raccolta manuale del seme di Lygeum e delle talee di Atriplex, la riproduzione e valutazione del materiale raccolto, il trapianto sui calanchi delle piantine ottenute, la valutazione della capacità di inerbimento. La moltiplicazione e valutazione del materiale raccolto è stata effettuata in serra fredda; il sito prescelto per il trapianto è stata la scarpata di un laghetto collinare ubicato nello stesso ambiente di raccolta del seme e delle talee. All’inizio della ricerca sono stati rilevati per i semi di Lygeum spartum la germinabilità (%) ed il tempo medio di germinazione in capsule Petri mentre per l’Atriplex le talee radicate (%) e la durata della radicazione. In seguito, per entrambe le specie, sono state rilevate le piantine vitali dopo il rinvaso (%) ed a tre e otto mesi dal trapianto (%). I risultati ottenuti su Atriplex e Lygeum evidenziano una notevole facilità di moltiplicazione di queste specie in condizioni artificiali, nonostante la peculiarità di alcuni parametri ecologici che caratterizzano gli ambienti in cui vivono. Queste piante risultano idonee alla costituzione di inerbimenti caratterizzati da elevata persistenza e grado di copertura del terreno, al contenimento dei processi erosivi, all’alimentazione del bestiame al pascolo e resistenti al pascolamento

I consumi idrici per evapotraspirazione del sorgo zuccherino (Sorghum vulgare L. var. Saccharatum) in ambienti dell'Italia meridionale

Si riportano i risultati di un biennio di prove condotte a Gaudiano e Villa D'Agri su sorgo zuccherino (cv. Foralco) allo scopo di valutare i fabbisogni idrici ed i coefficienti colturali (Kc) durante il ciclo biologico. I fabbisogni idrici totali (evapotraspirazione massima -ETc-) valutati con lisimetri a pesata di precisione come media dei due anni sono stati pari a 660 mm a Gaudiano e di 491 mm a Villa D'Agri; le produzioni areiche di biomassa totale sono state di 69 e 71 t ha-1, rispettivamente. Sono riportati, inoltre, i coefficienti colturali (Kc) che permettono la conversione dell'evaporazione da evaporimetro di «Classe A)) e dell'evapotraspirazione di riferimento (ETo) in evapotraspirazione massima della coltura, durante il ciclo biologico del sorgo zuccherino

DINAMICA DELL'ACCRESCIMENTO IPOGEO E DELL'ASSORBIMENTO IDRICO DI GENOTIPI DI ORZO (HORDEUM SPP) A DIVERSO HABITUS VEGETATIVO NELL'APPENNINO LUCANO-

Vengono riportati i risultati di una sperimentazione biennale condotta in ambiente di alta collina su quattro genotipi di orzo caratterizzati da differente habitus vegetativo al fine di delinearne le dinamiche della crescita, sia ipogea che epigea, dell'assorbimento idrico e dell'utilizzazione dell'acqua. I genotipi primaverili hanno mostrato una potenzialità produttiva epigea superiore a quelli autunnali nonostante una maggiore suscettibilità ai freddi tardivi, quest'ultima evidenziatasi soprattutto a livello radicale. La piovosità e la lunghezza del ciclo colturale si sono dimostrati i fattori in grado di condizionare maggiormente l'assorbimento e l'utilizzazione dell'acqua da parte della coltura che, comunque, ha sempre evidenziato produttività superiori a quelle del frumento duro

Yield response of sweet sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) under different water and fertilizer regimes in environments of Basilicata

The results of two-years trials (1991-92) carried out in two environments of Basilicata (Policoro and Irsina) on 4 cultivars of sweet sorghum (Foralco, Keller, Sofra and Vespa) in order to evaluate their yield potential under different irrigation and fertilization regimes are reported. The total biomass and green stalk production generally showed higher values at Policoro than at Irsina and far the crop receiving 100% maximum evapotranspiration (ETc). Among cultivars, Keller always gave higher yields and reached, at Policoro, peak values of 72 t ha-l of total biomass and 63 t ha-l of green stalks in the most irrigated treatment, against values respectively equal to 64 and 56 t ha-1, 58 and 49 t ha-l, 48 and 37 t ha-l for Foralco, Sofra and Vespa. The refractometric index of the stalk cell-juices was influenced only by the growing environment, the highest values being recorded at Policoro with respect to Irsina (on an average 18.9% versus 15%). At Irsina, the total biomass and green stalk yields of the four cultivars were about 25% lower