Whole-genome shotgun sequence assembly enables rapid gene characterization in the tropical fish barramundi, Lates calcarifer

[Extract] Source description: Barramundi, Lates calcarifer, is a commercially important fish farmed throughout Australia and South-East Asia. Despite an increasing availability of genetic resources for the species (e.g. microsatellite and SNP markers, linkage and BAC-based maps and transcriptomic assemblies), the complete characterization of genes is still reliant on laborious molecular methods (e.g. genome walking/RACE PCR cloning/Sanger sequencing)

A Study of Single- and Double-Averaged Second-Order Models to Evaluate Third-Body Perturbation Considering Elliptic Orbits for the Perturbing Body

The equations for the variations of the Keplerian elements of the orbit of a spacecraft perturbed by a third body are developed using a single average over the motion of the spacecraft, considering an elliptic orbit for the disturbing body. A comparison is made between this approach and the more used double averaged technique, as well as with the full elliptic restricted three-body problem. the disturbing function is expanded in Legendre polynomials up to the second order in both cases. the equations of motion are obtained from the planetary equations, and several numerical simulations are made to show the evolution of the orbit of the spacecraft. Some characteristics known from the circular perturbing body are studied: circular, elliptic equatorial, and frozen orbits. Different initial eccentricities for the perturbed body are considered, since the effect of this variable is one of the goals of the present study. the results show the impact of this parameter as well as the differences between both models compared to the full elliptic restricted three-body problem. Regions below, near, and above the critical angle of the third-body perturbation are considered, as well as different altitudes for the orbit of the spacecraft.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Inst Nacl Pesquisas Espaciais, BR-12227010 Sao Jose Dos Campos, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo UNIFESP, BR-12231280 Sao Jose Dos Campos, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo UNIFESP, BR-12231280 Sao Jose Dos Campos, SP, BrazilCNPq: 150195/2012-5CNPq: 304700/2009-6FAPESP: 2011/09310-7FAPESP: 2011/08171-3Web of Scienc

Estimating mass of harvested Asian seabass Lates calcarifer from images

Total of 1072 Asian seabass or barramundi (Lates calcarifer) were harvested at two different locations in Queensland, Australia. Each fish was digitally photographed and weighed. A subsample of 200 images (100 from each location) were manually segmented to extract the fish-body area (S in cm2), excluding all fins. After scaling the segmented images to 1mm per pixel, the fish mass values (M in grams) were fitted by a single-factor model ( M=aS1.5 , a=0.1695 ) achieving the coefficient of determination (R2) and the Mean Absolute Relative Error (MARE) of R2=0.9819 and MARE=5.1% , respectively. A segmentation Convolutional Neural Network (CNN) was trained on the 200 hand-segmented images, and then applied to the rest of the available images. The CNN predicted fish-body areas were used to fit the mass-area estimation models: the single-factor model, M=aS1.5 , a=0.170 , R2=0.9819 , MARE=5.1% ; and the two-factor model, M=aSb , a=0.124 , b=0.155 , R2=0.9834 , MARE=4.5

ANTS2 package: simulation and experimental data processing for Anger camera type detectors

ANTS2 is a simulation and data processing package developed for position sensitive detectors with Anger camera type readout. The simulation module of ANTS2 is based on ROOT package from CERN, which is used to store the detector geometry and to perform 3D navigation. The module is capable of simulating particle sources, performing particle tracking, generating photons of primary and secondary scintillation, tracing optical photons and generating photosensor signals. The reconstruction module features several position reconstruction methods based on the statistical reconstruction algorithms (including GPU-based implementations), artificial neural networks and k-NN searches. The module can process simulated as well as imported experimental data containing photosensor signals. A custom library for B-spline parameterization of spatial response of photosensors is implemented which can be used to calculate and parameterize the spatial response of a detector. The package includes a graphical user interface with an extensive set of configuration, visualization and analysis tools. ANTS2 is being developed with the focus on the iterative (adaptive) reconstruction of the detector response using flood field irradiation data. The package is implemented in C++ programming language and it is a multiplatform, open source project.Peer Reviewe

Consórcio sorgo-feijão: efeito de arranjos de fileiras no rendimento de grãos.

Com o objetivo de estudar os efeitos de arranjos de fileiras no consorcio sorgo-feijao, instalou-se um experimento (marco de 1992) no CNPMS/EMBRAPA, Sete Lagoas, MG, Brasil. usaram-se duas linhagens de sorgo granifero (BR 007B e CMSXS 210B) em monocultura e em tres arranjos de fileiras (plantio na mesma fileira, plantio em fileiras alternadas e duas fileiras de feijao nas entrelinhas do sorgo), mais um tratamento adicional (feijao em monocultura), no esquema fatorial (2 x 4) + 1 e delineamento de blocos inteiramente casualizados, com quatro repeticoes. Foi utilizado cultivar de feijao Ouro, de habito de crescimento indeterminado (tipo II). Os rendimentos individuais das culturas foram maiores no arranjo em fileiras alternadas, mas suas medias nao diferiram das obtidas nos seus respectivos monocultivos. Independentemente da linhagem, os maiores rendimentos totais foram obtidos nos arranjos de fileiras alternadas e de duas fileiras de feijao nas entrelinhas do sorgo. Quando o consorcio foi feito usando a CMSXS 210B no arranjo de duas fileiras de feijao nas entrelinhas do sorgo, houve reducao do rendimento de feijao e dos indices de equivalencia de area (IEAs), devido a reducao do numero de vagens por planta. Concluiu-se que os arranjos em fileira alternadas e de duas fileiras de feijao nas entrelinhas do sorgo podem ser usados no consorcio sorgo-feijao, todavia este ultimo arranjo seria adequado apenas com cultivares de sorgo menos competitivos

Influência da suplementação de ácido fólico ao nível da díade mãe/filho: uma revisão integrativa

As evidências apontam para a importância de uma nutrição adequada na prevenção de desequilíbrios nutricionais antes e durante a gravidez, nomeadamente, ao nível da suplementação de ácido fólico. A sua ausência, deficiência ou até mesmo excesso pode desencadear alterações/malformações ao nível fetal e materno. Objetivo: Analisar a influência da suplementação de ácido fólico ao nível materno e no desenvolvimento do embrião/feto. Metodologia: Recorreu-se a uma Revisão Integrativa da Literatura, nas bases de dados National Library of Medicine - Pubmed, CINAHL Complete, Medline Complete e Nursing & Allied Health Collection: Comprehensive Edition (EBSCOHost web), utilizando como auxiliar de construção a metodologia PICO. Resultados: Da literatura analisada pôde aferir-se o efeito preventivo que o ácido fólico exerce na mulher, desde a fase pré concecional até ao nascimento do filho, na redução do risco de pré-eclâmpsia e hipertensão gestacional, mas também de patologias associadas ao desenvolvimento físico e neuropsicológico da criança, como defeitos ao nível do tubo neural, transtornos do espectro do autismo, entre outros. Conclusão: A suplementação com ácido fólico numa fase precoce, assim como a prática de uma correta nutrição, potenciam o desenvolvimento de uma gestação de sucesso, levando à redução da morbilidade e mortalidade materno-fetal. A aposta na otimização da atuação dos profissionais de saúde, numa perspetiva preventiva/interventiva na área pré-concecional/saúde materna poderão trazer inúmeros benefícios para a díade