The Fibers and Range of Reduction Graphs in Ciliates

The biological process of gene assembly has been modeled based on three types of string rewriting rules, called string pointer rules, defined on so-called legal strings. It has been shown that reduction graphs, graphs that are based on the notion of breakpoint graph in the theory of sorting by reversal, for legal strings provide valuable insights into the gene assembly process. We characterize which legal strings obtain the same reduction graph (up to isomorphism), and moreover we characterize which graphs are (isomorphic to) reduction graphs.Comment: 24 pages, 13 figure

A methodology for determining amino-acid substitution matrices from set covers

We introduce a new methodology for the determination of amino-acid substitution matrices for use in the alignment of proteins. The new methodology is based on a pre-existing set cover on the set of residues and on the undirected graph that describes residue exchangeability given the set cover. For fixed functional forms indicating how to obtain edge weights from the set cover and, after that, substitution-matrix elements from weighted distances on the graph, the resulting substitution matrix can be checked for performance against some known set of reference alignments and for given gap costs. Finding the appropriate functional forms and gap costs can then be formulated as an optimization problem that seeks to maximize the performance of the substitution matrix on the reference alignment set. We give computational results on the BAliBASE suite using a genetic algorithm for optimization. Our results indicate that it is possible to obtain substitution matrices whose performance is either comparable to or surpasses that of several others, depending on the particular scenario under consideration

Rendimento de espigas verde de milho em relação ao espaçamento entre fileiras e a densidade de plantas.

Este experimento foi conduzido, no período de setembro a novembro de 2009, no município de Teresina, PI, sob regime irrigado, com o objetivo de avaliar o comportamento produtivo do milho, HTMV1, em diferentes espaçamentos entre fileiras (0,60 m e 0,80 m) e densidades de plantas (5,50 e 6,25 plantas m-2). O delineamento experimental foi o de blocos casualizados com quatro repetições. A interação espaçamento x densidade de planta não foi significativa para os rendimentos de espigas verdes com e sem palha, havendo efeitos isolados para espaçamento entre fileiras e para densidades de plantas. A redução do espaçamento entre fileiras de 0,80 m para 0,60 m proporciona aumento no rendimento de espiga verde com e sem palha. Dentro de um mesmo espaçamento o acréscimo da densidade de plantas de 5,50 plantas m-2 para 6,25 plantas m-2 proporciona aumento no rendimento de espigas verdes com e sem palha. Os rendimentos máximos de espigas verdes com palha (22.487 kg ha-1) e sem palha (14.608 kg ha-1) foram obtidos na maior densidade (6,25 plantas m-2) e no menor espaçamento (0,60 m) entre fileiras.Suplemento. Edição dos Anais do 50º Congresso Brasileiro de Olericultura, Guarapari, jul. 2010

Metagenómica en la identificación de microorganismos que producen biodeterioro: patrimonio edificado con arquitectura en tierra, Vale Histórico Paulista (São Paulo, Brasil)

El objetivo de este trabajo es presentar resultados obtenidos mediante análisis por metagenómica como herramienta novedosa para la identificación taxonómica de hongos y bacterias a partir de biofilms en paredes de arquitectura en tierra (“pau-a-pique”, “taipa de pilão” y adobe), de edificaciones históricas del Vale Histórico Paulista, representativas del período colonial brasileño, Se extrajo el DNA total de los biofilms, que fue amplificado mediante primers específicos para regiones variables de los genes 16S y 18S ribosomal, y luego secuenciado obteniéndose bibliotecas del amplificado. El programa QIIME reveló la diversidad taxonómica en los distintos sustratos. Los géneros más abundantes de bacterias fueron: Aciditerrimonas, Blastococcus, Geodermatophilus, Arthrobacter, Micromonospora, Nocardioides, Propionibacterium, Pseudonocardia, Rubrobacter, Solirubrobacter, Thermoleophilum, Sphingobacterium, Sphaerobacter, Streptococcus, Gemmatimonas, Methylobacterium, Microvirga, Sphingomonas, Massilia, Klebsiella, Acinetobacter, Los géneros más abundantes de hongos: Passalora, Lacazia, Anisomeridium, Poliblastia, Hypocrea, Verrucaria, Caloplaca, Chaetomella, Meyerozima, Humicola, Oxyporus, Coriolopsis, Rhodotorula, Sporidiobolus, Trichosporon, Mucor, Syncephalastrum. Este trabajo es el primer reporte de comunidades microbianas a partir de paredes hechas con técnicas de arquitectura en tierra con el uso de metagenómica

Florescimento do quiabeiro cv "Amarelinho" em resposta a diferentes densidades de plantas.

O quiabeiro, cv. Amarelinho, apresenta uma baixa taxa de florescimento possivelmente, em decorrência da combinação de sua arquitetura com o espaçamento inadequado. Com base nesta particularidade, o presente trabalho teve por objetivo avaliar o florescimento da planta em resposta a diferentes densidades de plantio.Edição dos Resumos do 45º Congresso Brasileiro de Olericultura; 15º Congresso Brasileiro de Floricultura e Plantas Ornamentais; 2º Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, Fortaleza, 07 a 12 Agosto de 2005

Identification and analysis of seven effector protein families with different adaptive and evolutionary histories in plant-associated members of the Xanthomonadaceae.

The Xanthomonadaceae family consists of species of non-pathogenic and pathogenic γ-proteobacteria that infect different hosts, including humans and plants. In this study, we performed a comparative analysis using 69 fully sequenced genomes belonging to this family, with a focus on identifying proteins enriched in phytopathogens that could explain the lifestyle and the ability to infect plants. Using a computational approach, we identified seven phytopathogen-enriched protein families putatively secreted by type II secretory system: PheA (CM-sec), LipA/LesA, VirK, and four families involved in N-glycan degradation, NixE, NixF, NixL, and FucA1. In silico and phylogenetic analyses of these protein families revealed they all have orthologs in other phytopathogenic or symbiotic bacteria, and are involved in the modulation and evasion of the immune system. As a proof of concept, we performed a biochemical characterization of LipA from Xac306 and verified that the mutant strain lost most of its lipase and esterase activities and displayed reduced virulence in citrus. Since this study includes closely related organisms with distinct lifestyles and highlights proteins directly related to adaptation inside plant tissues, novel approaches might use these proteins as biotechnological targets for disease control, and contribute to our understanding of the coevolution of plant-associated bacteria

Avaliação dos aspectos fenológicos na emissão de ramos produtivos do quiabeiro cv. 'Amarelinho' em resposta a variação da densidade de plantio.

A planta do quiabeiro embora apresente algumas diversidades no seu aspecto morfológico, podem sofrer variações de comportamento em função do habitat a que estão submetidas e do sistema de plantio. Neste contexto, o trabalho teve por objetivo avaliar os efeitos do espaçamento na emissão de ramos produtivos e improdutivos do quiabeiro, cv. Amarelinho.Edição dos Resumos do 45º Congresso Brasileiro de Olericultura; 15º Congresso Brasileiro de Floricultura e Plantas Ornamentais; 2º Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, Fortaleza, 07 a 12 Agosto de 2005

Stem cell transplantation in 40 pts with Fanconi anemia (FA): Excellent survival and low toxicity for pts with a related HLA identical donor

Univ Fed Parana, BR-80060000 Curitiba, Parana, BrazilEPM, Inst Oncol Pediat, São Paulo, BrazilEPM, Inst Oncol Pediat, São Paulo, BrazilWeb of Scienc

Produção de sementes de quiabeiro cv. Amarelinho: efeito da densidade de plantio e localização na planta.

O presente trabalho teve por objetivou estudar a produção de sementes quiabeiro em função de diferentes populações de planta. Foi utilizado a cv. Amarelinho no ensaio conduzido em condições de campo na Fazenda Experimental São Manuel/UNESP/SP sendo submetida a nove combinações de espaçamentos entrelinhas (1,00m; 1,25m e 1,50m) e entre plantas (0,30m; 0,45m e 0,60m). O delineamento utilizado foi em blocos casualizados com seis repetições no esquema fatorial 3x3, adotando a comparação de médias pelo teste Tukey ao nível de 5% de probabilidade. Os parâmetros avaliados foram a produção de sementes por planta, por haste principal e ramos. Para os espaçamentos menores, maior foi a produção de sementes devido ao maior número de plantas por área. Porém, os maiores espaçamentos justificaram uma maior produção por planta devido ao maior número de hastes produtivas.Edição dos Anais do 47° Congresso Brasileiro de Olericultura; 4º Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007. 1 CD-ROM