Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing

Preservation of cancer biopsies by FFPE introduces DNA fragmentation, hindering analysis of rearrangements. Here the authors introduce FFPE Targeted Locus Capture for identification of translocations in preserved samples.In routine diagnostic pathology, cancer biopsies are preserved by formalin-fixed, paraffin-embedding (FFPE) procedures for examination of (intra-) cellular morphology. Such procedures inadvertently induce DNA fragmentation, which compromises sequencing-based analyses of chromosomal rearrangements. Yet, rearrangements drive many types of hematolymphoid malignancies and solid tumors, and their manifestation is instructive for diagnosis, prognosis, and treatment. Here, we present FFPE-targeted locus capture (FFPE-TLC) for targeted sequencing of proximity-ligation products formed in FFPE tissue blocks, and PLIER, a computational framework that allows automated identification and characterization of rearrangements involving selected, clinically relevant, loci. FFPE-TLC, blindly applied to 149 lymphoma and control FFPE samples, identifies the known and previously uncharacterized rearrangement partners. It outperforms fluorescence in situ hybridization (FISH) in sensitivity and specificity, and shows clear advantages over standard capture-NGS methods, finding rearrangements involving repetitive sequences which they typically miss. FFPE-TLC is therefore a powerful clinical diagnostics tool for accurate targeted rearrangement detection in FFPE specimens.Immunobiology of allogeneic stem cell transplantation and immunotherapy of hematological disease

One drop at a time: toward droplet microfluidics as a versatile tool for single-cell analysis

Item does not contain fulltextMiniaturization has been the key driver for many remarkable technological developments in recent decades. Miniaturization has now also extended into biology, thereby setting the stage for high-throughput single-cell analysis. This advancement is important because, despite detailed molecular information on individual cell subtypes, virtually no information is available on the functional capacities of individual cells. Typical in vivo animal models, as well as in vitro laboratory test tube experiments, only yield a global outcome of interactions of often millions of cells rather than providing insight into the functional contribution of individual cells. Reaction volumes of biological experiments have generally been reduced from milliliters to microliters. Tools and methods that study single-cell behavior have become increasingly important, but often do not allow for high-throughput manipulation. Recent advances in (droplet-based) microfluidics enable systematic high-throughput analyses of individual cells in a highly controlled manner. The implementation of microfluidic technologies in single-cell analysis is one of the most promising approaches that not only offers new information and high-throughput screening but also enables the creation of innovative conditions that are impractical or impossible by conventional methods. In this review, we provide a comprehensive overview of recent developments in droplet-based microfluidics for single-cell studies

Utvärdering av projektet Testmiljö Norrköping Etapp 1. 2013-2014

Föreliggande utvärdering har avsett att värdera de resultat som framkommit under första året för Testmiljö Norrköping. En viktig del av utvärderingen har utgjorts av att förstå och reflektera kring nyckelaktörers och deltagares resonemang kring sitt deltagande, sina upplevelser av och syn på projektet. I utvärderingens syfte ingick även att lyfta vilka mervärden och bieffekter som kommit fram under projektets första år. Vid genomförande av föreliggande utvärdering har sammanlagt 14 kvalitativa intervjuer genomförts. Nio av dessa intervjuer har varit med personer som är nyckelaktörer inom projektet. Fem intervjuer har utförts med personer som deltagit i surfplatteutbildningen. Utöver de kvalitativa intervjuerna har en enkät delats ut till samtliga personer som deltagit i surfplatteutbildningen. Enkätens svarsfrekvens var hög, då 45 av 54 tillfrågade besvarade enkäten. Utifrån utvärderingens resultat- och analysdel är vår bedömning att man inom projektet Testmiljö Norrköping uppnått det övergripande målet att under projektets första år etablera stadsdelarna Såpkullen och Vilbergen som testmiljöer för digitala tjänster och lösningar riktade till personer över 75 år. Denna bedömning motiveras av att man etablerat kontakter med intresserade företag som vill genomföra olika tester inom ramen för projektet samt att man arrangerat surfplatteutbildningar där sammanlagt 64 personer deltog. Genom att man lyckats nå ut till denna grupp av personer och koppla dem till testmiljön har man lagt en viktig grund för testmiljöns framtid. Vår bedömning är även att bredden i styrgruppen och det stora externa intresset för testmiljön innebär potentialer till att länka till andra aktiviteter, yrkesområden, organisationer och projekt. Vad gäller deltagarnas uppfattningar av och syn på utbildningen var de överlag nöjda med utbildningens uppläggning och innehåll. Övergången från att gå en surfplatteutbildning till att faktiskt använda en surfplatta i vardagen har visat sig vara komplex och varierande mellan informanterna. Utbildningen har bidragit till att deltagarna vågat pröva sig fram på surfplattan på egen hand. Att man genom utbildningen upplever sig vara delaktig i samhället och att man tack vare utbildningen upplever att man följer med i samhällsutveck-lingen, var något majoriteten av deltagarna tog upp i intervjuerna samt i enkätsvaren. Beträffande nyckelaktörernas perspektiv på projektets första år framgick att styrgruppens sammansättning uppfattades som relevant. Alla i styrgruppen upplevde projektets innehåll och mål som betydelsefulla utifrån den verksamhet man representerade. Under projektets första år har flera oväntade resultat och ändringar i inriktning uppkommit. Att kalkylera och ge utrymme för oväntade resultat är svårt då man på förhand inte kan veta vilka oväntade resultat och händelser som kan inträffa. Att synliggöra dessa förändringar kan bidra till en förståelse för hur komplex framväxten av projektet varit. Det kan även bidra till att identifiera oväntade hinder som kan vara tidskrävande att överkomma, men även till att belysa vilka positiva resultat och mervärden som kan komma ur det oväntade. Utvärderingen är författad av Axel Ågren, Catharina Nord och Elisabet Cedersund (alla verksamma vid NISAL, Linköpings universitet) på uppdrag av vård- och omsorgskontoret och PUFF-enheten, Norrköpings kommun. PUFF-enheten är en forsknings- och utvecklingsverksamhet inom välfärdsområdet. Inom PUFF-enheten ingår Norrköpings, Söderköpings, Finspångs och Valdemarsviks kommun i samverkan

Combined quantification of intracellular (phospho-)proteins and transcriptomics from fixed single cells

Environmental stimuli often lead to heterogeneous cellular responses and transcriptional output. We developed single-cell RNA and Immunodetection (RAID) to allow combined analysis of the transcriptome and intracellular (phospho-)proteins from fixed single cells. RAID successfully recapitulated differentiation-state changes at the protein and mRNA level in human keratinocytes. Furthermore, we show that differentiated keratinocytes that retain high phosphorylated FAK levels, a feature associated with stem cells, also express a selection of stem cell associated transcripts. Our data demonstrates that RAID allows investigation of heterogeneous cellular responses to environmental signals at the mRNA and phospho-proteome level