双层结构检验方法的比较研究

在海量数据的假设检验中,传统的假设检验方法和错误控制率会导致重要的信号被遗漏掉。文章提出利用数据结构进行分层检验,并结合较为宽松的错误发现率(FDR)进行控制;重点讨论了双层结构检验中检验阈值的选择,对比单层和双层结构检验方法,分析它们的优点并利用Monte Carlo数值模拟它们在错误控制率和检验灵敏度上的表现。国家自然科学基金青年项目(71402155);;\n中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(20720161087

湖北地区汉滩病毒与普马拉病毒及多布拉伐病毒的血清学交叉反应研究

目的研究湖北地区汉滩病毒(hantaan virus,HTNV)与普马拉病毒(Puumala virus,PUUV)、多布拉伐病毒(Dobrava virus,DOBV)血清学交叉反应。方法以酵母菌表达的PUUV、DOBV、HTNV重组核衣壳蛋白(recombinant nucleocapsid protein,rNP)为包被抗原,ELISA法定性、定量分析湖北地区HTN型急性/恢复期血清中IgA、IgG、IgM抗体,比较疾病早晚期血清学交叉反应变化。结果DOB-rNP与HTN型血清中IgA、IgG、IgM抗体交叉反应性较高,PUU-rNp对HTN型血清交叉反应很低;IgA、IgG抗体交叉反应在恢复期血清中均增高,且IgA抗体交叉反应更多更强。结论湖北地区HTN型血清与DOBV存在广泛交叉反应,与PUUV交叉反应少。各交叉反应在恢复期增高对汉滩病毒血清学研究具重要意义

四种大黄多糖体外抗轮状病毒的实验研究

目的研究4种大黄多糖(A、B、C、D)以及其配伍体外抗轮状病毒(RV)作用。方法在体外用MTT法检测药物的毒性作用,从抗吸附、直接杀伤和抑制病毒增殖3方面检测4种大黄多糖抗RV的效果;并依中效原理,对大黄多糖A、C进行配伍,研究其体外抗病毒的作用,并探讨最适配伍比例。结果4种大黄多糖体外有预防RV感染和抑制病毒增殖作用。A、C以1∶1配伍后,对病毒的直接杀伤的合用效应与合用指数关系:当fa为≤0.68时,CI≤1,两药作用相加或协同。对病毒的增殖抑制的合用效应与合用指数关系:当fa为≤0.57时,CI≤1,两药作用相加或协同。结论4种大黄多糖体外具有较好地抗RV病毒作用,且大黄多糖A、C合用效果对病毒的直接杀伤作用和抑制病毒增殖作用优于其单独使用

Community of benthic macrofauna on sandy intertidal zone in Chinese Horseshoe Crab Reserve in Pingtan island,China

2015年7月底,在平潭岛中国鲎(Tachypleus; tridentatus)保护区沙质潮间带进行了大型底栖动物调查。结果表明,在山岐澳和坛南湾沙质潮间带未发现鲎的幼体和成体,证实中国鲎在山岐澳和坛; 南湾已经面临濒危的境况。山岐澳潮间带的大型底栖动物物种数、物种多样性指数(H')、均匀度指数(J)和丰度指数(d)均高于坛南湾潮间带的大型底栖动; 物物种数、物种多样性指数、均匀度指数和丰度指数,而山岐澳潮间带的大型底栖动物栖息密度和生物量低于坛南湾潮间带的大型底栖动物栖息密度和生物量。两个; 海湾大型底栖动物群落的差异与肋(虫昌)螺(Umbonium; costatum)分布有关,坛南湾潮间带栖息着高密度的肋虫昌螺,而在山岐澳潮间带肋(虫昌)螺很少。AZTI's海洋生物指数(AMBI)和多变量海; 洋底栖生物指数(M-AMBI)值证实山歧澳和坛南湾沙质潮间带生态环境均属于受轻度扰动状态。山岐澳主要受海水养殖的影响,吊养的生物和浮筒减缓了水动; 力,导致山岐澳潮间带低洼区表层为泥质沉积物。坛南湾是旅游区,潮间带受人为踩踏较多。At the end of July 2015 , the benthic macrofauna were investigated in; sandy intertidal zone in Chinese Horseshoe Crab Reserve in Pingtan; island. The results showed that both the larvae and adult of Chinese; horseshoe crab were not found in sandy intertidal zone in Shanqi bay and; Tannan bay. It was confirmed that Tachypleus tridentatus stayed in an; endangered situation in the two bays. The species number, species; diversity index (H'),evenness index (J) and a-bundance index (d) of; benthic macrofauna in Shanqi bay were all higher than those in Tannan; bay,while the density and biomass of benthic macrofauna in the; intertidal zone of Shanqi bay were lower than those in Tannan bay. The; difference of benthic macrofaunal community between Shanqi bay and; Tannan bay was related to the distribution of Umbonium costatum . The; density of Umbonium costatum was high in Tannan bay,but it was few in; Shanqi bay. The values of AZTI' s Marine Biotic Index ( AMBI) and; Multivariate Marine Benthic Index (M-AMBI) showed that the ecological; and environmental status both in Shanqi bay and Tannan bay were slightly; disturbed. The mariculture was the key factor in Shanqi bay,because the; suspending aquatic organisms and floats retarded hydrodynamic force led; to muddy sediment in lower intertidal zone in Shanqi bay. Tannan bay is; a tourism region, where has more artificial tread than Shanqi bay.海洋公益项目; 国家自然科学基金面上项目; 厦门大学2015年大创资助项

Detection of Hantavirus Genome by New Pairs of Hantavirus Universal Primers in HFRS Patients Serum

目的:提高汉坦病毒(HV)的检出率。方法:设计了两对新的汉坦病毒(HV)通用引物,建立新的RT-PCR方法,对流行于湖北省不同地区的肾综合征出血热(HFRS)患者血清进行了检测。结果:在对166份血清中HV RNA的检测显示HTN型阳性率为80.1%(133/166),SEO型为19.9%(33/166);对不同浓度的HV RNA检测结果显示,本法最低可检测出血清中72 pg病毒基因组。结论:说明本法用于检测HFRS患者血清中HV RNA的特异性和敏感性均很高,且我国中部地区HFRS流行以HTN为优势型,这一结果不仅为HFRS的诊断提供了新的手段,也为HFRS的防治提供了新的依据。 【英文摘要】 Objective: To improve the detection rate of Hantavirus.Methods: Two new pairs of Hantavirus universal primers was designed to detect the Hantavirus genome RNA in hemorrhagic fever with renal syndrome(HFRS) patient s serum in Hubei Province by RT-PCR.Results: In the 166 serum,80.1%(133/166) were detected to be HTN and 19.9%(33/166) were SEO in serology typing.At the same time,even a low level of Hantavirus genome RNA(≥72 pg) could be detected by this method.Conclusion: It is an excellent method to detect Han...国家“863”计划(编号:2007AA02Z465);; 国家自然科学基金资助项目(编号:30770096

PTBP1介导长链非编码RNA RP11-879F14.2发挥抑制心肌纤维化的作用

目的研究长链非编码RNA（lncRNA）RP11-879F14.2调控心肌成纤维细胞纤维化表型的作用及机制。方法对心衰患者及健康对照者心肌组织进行Masson染色检测心肌胶原水平。lncRNA表达谱芯片检测心衰患者及健康对照者心肌中lncRNAs的表达变化，实时定量荧光PCR（RT-qPCR）验证RP11-879F14.2在心衰患者心肌中的表达。利用重组RP11-879F14.2腺病毒（rAd-RP11-879F14.2）感染人心房肌成纤维细胞（HAFs），检测纤维化相关基因Col1a1，Col3a1和Acta2表达。RT-qPCR检测HAFs的核/质组分中RP11-879F14.2的水平。基于生物信息学预测和双荧光素酶报告基因实验鉴定RP11-879F14.2与多聚嘧啶区结合蛋白（PTBP1）的结合作用。检测敲低HAFs中PTBP1表达对RP11-879F14.2调控心肌纤维化相关基因表达的影响。结果Masson染色结果显示，心衰病人心肌组织发生明显纤维化。RT-qPCR结果证实RP11-879F14.2在心衰患者心肌组织中表达增加（P<0.01）。过表达RP11-879F14.2可在RNA及蛋白水平显著抑制心肌纤维化相关基因表达。核质分离及RT-qPCR检测结果证实RP11-879F14.2 主要分布于细胞核中。RP11-879F14.2可与PTBP1结合，并促进HAFs中PTBP1表达，而敲低PTBP1可逆转RP11-879F14.2抑制HAFs中纤维化相关基因表达的作用。结论PTBP1可介导RP11-879F14.2发挥抑制心肌纤维化的作用

Molecular Dynamics Simulations of Force Regulated Focal Adhesion Kinase Structure and Function

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;黏着斑激酶（FAK，Focaladhesionkinase）是细胞内重要的力学敏感多结构 域蛋白，其通过结构域间的相互协同发挥激酶和支架双重功能，在细胞的增殖、 迁移等过程中发挥重要作用。FAK从N-末端到C-末端依次含有FERM、Kinase 与FAT等三个主要结构域，并分别在FERM与Kinase之间，以及Kinase与FAT 之间含有linker1 与linker2 无序区。目前对FAK结构-功能关系的研究主要集中 在其FERM和Kinase两结构域之间自抑制机理的调控，强调了细胞内膜磷脂分 子PIP2以及FAK自身寡聚在其激活中的作用。但是，作为桥接细胞内膜与细胞 骨架的桥梁分子，细胞骨架重组或者细胞变形势必产生外力进而作用在FAK分 子上，此力如何调控FAK的生物学功能尚不清楚。另外，FAK的C端FAT结构 域一方面通过其与paxillin等骨架相关蛋白的相互作用行使支架功能，另一方面 其磷酸化位点Y925的磷酸化将启动胞内MAPK/ERK信号通路。而外力如何调 控FAT的结构-功能关系也不清楚。基于此，本论文利用多尺度分子动力学模拟 方法结合理论建模系统探究了外力作用下全分子FAK及其FAT结构域的结构响 应，及对其功能的调控。具体工作如下： &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1) 全分子FAK结构在外力下的结构响应。首先本文基于AlphaFold2预测 的人源全分子FAK结构进行平衡分子动力学模拟，结合聚类以及构象自由能形 貌分析确定FAK代表性结构。接着基于FAK代表性结构进行力致去折叠模拟， 通过FAK各结构域端到端距离以及骨架粒子的RMSD变化，表征外力作用下全 分子FAK各结构域的去折叠时序和构象动力学。结果显示：外力作用下，FAT 结构域最不稳定，最先发生去折叠。而且FAT的去折叠过程呈现明显的中间态 特征。 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2) 力致FAT结构域去折叠动力学及其功能。全分子FAK力致去折叠过程 中FAT呈现去折叠中间态。进一步基于FAT单体以及FAT-paxillin复合物进行 FAT的力致去折叠模拟，得到三个典型去折叠中间态I，II，III。而FAT的不同去 折叠中间态将产生两方面功能：一是通过分子对接及结合自由能计算，发现FAT 的去折叠I态会增强其与paxillin的相互作用，该相互作用的增强源于FATN端 的N916-D918，以及paxillin 中 LD2和LD4的E4；二是FAT的去折叠I态到II 态的转换会显著增加其磷酸化位点Y925周围的水分子数，增强其暴露程度，更 容易发生磷酸化。 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3) 调控FAT去折叠动力学及其生物学功能的最优力值区间预测。上述模拟 结果显示：力致FAT去折叠在I态可以增强与paxillin的相互作用，而II态和 III 态可以暴露Y925增强其磷酸化。而外力大小则会通过调控FAT去折叠动力 学进而调控其功能。那么是否存在最优的力值作用区间来有序调控这两方面的 功能呢？基于此，本论文进一步利用分子动力学模拟数据，结合态转移方程和受 体-配体相互作用动力学，在去折叠I态维持的时间尽可能长，从I态到II态的转换时间尽可能短的假设下，预测出FAT在外力作用下实现功能的最优力值区 间是1.5-41.3 pN。 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;综上，本论文通过多尺度分子动力学模拟与理论建模相结合的策略，系统考察了黏着斑激酶FAK及其FAT结构域在外力作用下的动态构象变化与功能调控 机制。这些发现深化了对FAK力学敏感特性的认识，为进一步理解FAK分子的 结构-功能关系提供基础数据。</p