Evolution of Y chromosome

Sve vrste nose u stanicama karakterističan broj kromosoma. Čovjek ima diploidni set autosoma i par spolnih kromosoma. Evolucijski predak spolnih kromosoma par je jednakih autosoma koji prolaze kroz različite evolucijske sile, koje ih postepeno oblikuju i čine genetski i strukturno različitima. Već u prvom koraku jedan od autosoma veže u svoju strukturu glavni gen determinacije spola, SRY gen. Taj kromosom postaje proto-Y, koji kroz vrijeme i dalje podlježe evolucijskim silama. Najvažniji mehanizam razvoja današnjeg Y kromosoma degeneracija je gena koji su se na njemu prvotno nalazili. Uspoređujući genski sadržaj prvobitnog Y-a s onim kakvog danas poznajemo vidljiva je činjenica kako je velika većina gena izgubljena. Time je Y ostavljen s vrlo malo funkcionalnih i aktivnih gena. Osim SRY-a kao jednog od tih gena, ostali geni su odgovorni za biološki važne funkcije poput plodnosti i spermatogeneze. Kako bi se očuvao integritet kromosoma, druga važna evolucijska sila inhibicija je rekombinacije. Rekombinacija je potisnuta na mali dio pseudoautosomalnih regija koje su komplementarne na X i Y kromosomu. Ipak pogreškom koja može nastati nepravilnom rekombinacijom nastaju anomalije u razvoju spola na jedinkama, što se očituje razlikom u genotipu i fenotipu organizma. Kako bi se neke od nastalih grešaka popravile ukoliko je to moguće razvija se mehanizam rekombinacije unutar samog Y kromosoma tzv. konverzija gena ili intrakromosomska rekombinacija. Obzirom da se na njemu nalaze specifično muški funkcionalni geni, bitan je prijenos isključivo muškom generacijom, uvijek s oca na sina. Iz svih provedenih analiza može se zaključiti kako je Y kromosom od autosoma do današnjeg oblika prošao kompleksni put evolucije, kroz koju je stekao svoju posebnost od ostatka genoma

Identification of the kinase responsible for phosphorylation of NIX mitochondrial protein

Dosadašnja istraživanja ukazuju kako fosforilacija uvelike pospješuje vezanje mitohondrijskog proteina NIX za autofagosomalne receptore mitofagije LC3A i LC3B neophodnih prilikom inicijacije autofagije i regrutiranja autofagosoma. Cilj ovog istraživanja je identificirati kinazu odgovornu za fosforilaciju proteina NIX što bi moglo dodatno razjasniti mehanizam regulacije mitofagije. In silico analizom odabrane su kinaze IKKβ i GSK3β koje su testirane metodom Pull-down i imunoprecipitacijom na interakciju s fuzijskim proteinom EGFP-NIX i njegovim mutantama. Metodom Western blot provjerena je proteinska interakcija mitohondrijskog proteina NIX i dviju odabranih potencijalnih kinaza. Dobiveni rezultati pokazuju interakciju proteina NIX s kinazom GSK3β, dok interakcija s kinazom IKKβ izostaje te se iz rezultata zaključuje kako je mitohondrijski protein NIX u interakciji s kinazom GSK3β. S obzirom na ustanovljenu interakciju s kinazom GSK3β, ciljanom mutagenezom in vitro napravljene su dvije mutante, jedna s konstitutivno aktivnom kinazom GSK3β te druga čija je kinazna domena inaktivna. Buduća istraživanja s navedenim konstruktima trebala bi pokazati fiziološku važnost ove interakcije.Previous research suggest that phosphorylation greatly enhances the binding of NIX mitochondrial protein to autophagosomal LC3A and LC3B mitophagy receptors necessary for autophagy initiation and cargo degradation. The aim of this study was to identify kinase responsible for phosphorylation of NIX protein, which could further clarify the mechanism of mitophagy regulation. Using In silico analysis, IKKβ and GSK3β kinases were selected and had been tested by Pull-down and immunoprecipitation for interaction with the fusion protein EGFP-NIX and its appropriate mutant variants. Western blot immunodetection was used to detect protein interaction of NIX and two selected potential kinases. The results show the interaction of NIX protein with kinase GSK3β, whereas interaction with kinase IKKβ was not confirmed. Taken together it can be concluded that of two tested kinases, NIX interacts in vitro with GSK3β. Given the established interaction with kinase GSK3β, two mutants, one with the constitutively active kinase domain and the other with inactive kinase domain, were generated by site-directed mutagenesis. Future studies using these mutants should provide the physiological importance of this interaction

Evolution of Y chromosome

Sve vrste nose u stanicama karakterističan broj kromosoma. Čovjek ima diploidni set autosoma i par spolnih kromosoma. Evolucijski predak spolnih kromosoma par je jednakih autosoma koji prolaze kroz različite evolucijske sile, koje ih postepeno oblikuju i čine genetski i strukturno različitima. Već u prvom koraku jedan od autosoma veže u svoju strukturu glavni gen determinacije spola, SRY gen. Taj kromosom postaje proto-Y, koji kroz vrijeme i dalje podlježe evolucijskim silama. Najvažniji mehanizam razvoja današnjeg Y kromosoma degeneracija je gena koji su se na njemu prvotno nalazili. Uspoređujući genski sadržaj prvobitnog Y-a s onim kakvog danas poznajemo vidljiva je činjenica kako je velika većina gena izgubljena. Time je Y ostavljen s vrlo malo funkcionalnih i aktivnih gena. Osim SRY-a kao jednog od tih gena, ostali geni su odgovorni za biološki važne funkcije poput plodnosti i spermatogeneze. Kako bi se očuvao integritet kromosoma, druga važna evolucijska sila inhibicija je rekombinacije. Rekombinacija je potisnuta na mali dio pseudoautosomalnih regija koje su komplementarne na X i Y kromosomu. Ipak pogreškom koja može nastati nepravilnom rekombinacijom nastaju anomalije u razvoju spola na jedinkama, što se očituje razlikom u genotipu i fenotipu organizma. Kako bi se neke od nastalih grešaka popravile ukoliko je to moguće razvija se mehanizam rekombinacije unutar samog Y kromosoma tzv. konverzija gena ili intrakromosomska rekombinacija. Obzirom da se na njemu nalaze specifično muški funkcionalni geni, bitan je prijenos isključivo muškom generacijom, uvijek s oca na sina. Iz svih provedenih analiza može se zaključiti kako je Y kromosom od autosoma do današnjeg oblika prošao kompleksni put evolucije, kroz koju je stekao svoju posebnost od ostatka genoma

Evolution of Y chromosome

Sve vrste nose u stanicama karakterističan broj kromosoma. Čovjek ima diploidni set autosoma i par spolnih kromosoma. Evolucijski predak spolnih kromosoma par je jednakih autosoma koji prolaze kroz različite evolucijske sile, koje ih postepeno oblikuju i čine genetski i strukturno različitima. Već u prvom koraku jedan od autosoma veže u svoju strukturu glavni gen determinacije spola, SRY gen. Taj kromosom postaje proto-Y, koji kroz vrijeme i dalje podlježe evolucijskim silama. Najvažniji mehanizam razvoja današnjeg Y kromosoma degeneracija je gena koji su se na njemu prvotno nalazili. Uspoređujući genski sadržaj prvobitnog Y-a s onim kakvog danas poznajemo vidljiva je činjenica kako je velika većina gena izgubljena. Time je Y ostavljen s vrlo malo funkcionalnih i aktivnih gena. Osim SRY-a kao jednog od tih gena, ostali geni su odgovorni za biološki važne funkcije poput plodnosti i spermatogeneze. Kako bi se očuvao integritet kromosoma, druga važna evolucijska sila inhibicija je rekombinacije. Rekombinacija je potisnuta na mali dio pseudoautosomalnih regija koje su komplementarne na X i Y kromosomu. Ipak pogreškom koja može nastati nepravilnom rekombinacijom nastaju anomalije u razvoju spola na jedinkama, što se očituje razlikom u genotipu i fenotipu organizma. Kako bi se neke od nastalih grešaka popravile ukoliko je to moguće razvija se mehanizam rekombinacije unutar samog Y kromosoma tzv. konverzija gena ili intrakromosomska rekombinacija. Obzirom da se na njemu nalaze specifično muški funkcionalni geni, bitan je prijenos isključivo muškom generacijom, uvijek s oca na sina. Iz svih provedenih analiza može se zaključiti kako je Y kromosom od autosoma do današnjeg oblika prošao kompleksni put evolucije, kroz koju je stekao svoju posebnost od ostatka genoma

Identification of the kinase responsible for phosphorylation of NIX mitochondrial protein

Dosadašnja istraživanja ukazuju kako fosforilacija uvelike pospješuje vezanje mitohondrijskog proteina NIX za autofagosomalne receptore mitofagije LC3A i LC3B neophodnih prilikom inicijacije autofagije i regrutiranja autofagosoma. Cilj ovog istraživanja je identificirati kinazu odgovornu za fosforilaciju proteina NIX što bi moglo dodatno razjasniti mehanizam regulacije mitofagije. In silico analizom odabrane su kinaze IKKβ i GSK3β koje su testirane metodom Pull-down i imunoprecipitacijom na interakciju s fuzijskim proteinom EGFP-NIX i njegovim mutantama. Metodom Western blot provjerena je proteinska interakcija mitohondrijskog proteina NIX i dviju odabranih potencijalnih kinaza. Dobiveni rezultati pokazuju interakciju proteina NIX s kinazom GSK3β, dok interakcija s kinazom IKKβ izostaje te se iz rezultata zaključuje kako je mitohondrijski protein NIX u interakciji s kinazom GSK3β. S obzirom na ustanovljenu interakciju s kinazom GSK3β, ciljanom mutagenezom in vitro napravljene su dvije mutante, jedna s konstitutivno aktivnom kinazom GSK3β te druga čija je kinazna domena inaktivna. Buduća istraživanja s navedenim konstruktima trebala bi pokazati fiziološku važnost ove interakcije.Previous research suggest that phosphorylation greatly enhances the binding of NIX mitochondrial protein to autophagosomal LC3A and LC3B mitophagy receptors necessary for autophagy initiation and cargo degradation. The aim of this study was to identify kinase responsible for phosphorylation of NIX protein, which could further clarify the mechanism of mitophagy regulation. Using In silico analysis, IKKβ and GSK3β kinases were selected and had been tested by Pull-down and immunoprecipitation for interaction with the fusion protein EGFP-NIX and its appropriate mutant variants. Western blot immunodetection was used to detect protein interaction of NIX and two selected potential kinases. The results show the interaction of NIX protein with kinase GSK3β, whereas interaction with kinase IKKβ was not confirmed. Taken together it can be concluded that of two tested kinases, NIX interacts in vitro with GSK3β. Given the established interaction with kinase GSK3β, two mutants, one with the constitutively active kinase domain and the other with inactive kinase domain, were generated by site-directed mutagenesis. Future studies using these mutants should provide the physiological importance of this interaction

Nonalcoholic Fatty Liver Disease—A Novel Risk Factor for Recurrent Clostridioides difficile Infection

Recurrent Clostridioides difficile infections (rCDI) have a substantial impact on healthcare systems, with limited and often expensive therapeutic options. Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) affects about 25% of the adult population and is associated with metabolic syndrome, changes in gut microbiome and bile acids biosynthesis, all possibly related with rCDI. The aim of this study was to determine whether NAFLD is a risk factor associated with rCDI. A retrospective cohort study included patients ≥ 60 years hospitalized with CDI. The cohort was divided into two groups: those who were and were not readmitted with CDI within 3 months of discharge. Of the 329 patients included, 107 patients (32.5%) experienced rCDI. Patients with rCDI were older, had higher Charlson Age–Comorbidity Index (CACI) and were more frequently hospitalized within 3 months. Except for chronic kidney disease and NAFLD, which were more frequent in the rCDI group, there were no differences in other comorbidities, antibiotic classes used and duration of antimicrobial therapy. Multivariable Cox regression analysis showed that age >75 years, NAFLD, CACI >6, chronic kidney disease, statins and immobility were associated with rCDI. In conclusion, our study identified NAFLD as a possible new host-related risk factor associated with rCDI

Do Semaphorins Play a Role in Development of Fibrosis in Patients with Nonalcoholic Fatty Liver Disease?

Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is associated with systemic changes in immune response linked with chronic low-grade inflammation and disease progression. Semaphorins, a large family of biological response modifiers, were recently recognized as one of the key regulators of immune responses, possibly also associated with chronic liver diseases. The aim of this study was to identify semaphorins associated with NAFLD and their relationship with steatosis and fibrosis stages. In this prospective, case-control study, serum semaphorin concentrations (SEMA3A, -3C, -4A, -4D, -5A and -7A) were measured in 95 NAFLD patients and 35 healthy controls. Significantly higher concentrations of SEMA3A, -3C and -4D and lower concentrations of SEAMA5A and -7A were found in NAFLD. While there was no difference according to steatosis grades, SEMA3C and SEMA4D significantly increased and SEMA3A significantly decreased with fibrosis stages and had better accuracy in predicting fibrosis compared to the FIB-4 score. Immunohistochemistry confirmed higher expression of SEMA4D in hepatocytes, endothelial cells and lymphocytes in NAFLD livers. The SEMA5A rs1319222 TT genotype was more frequent in the NAFLD group and was associated with higher liver stiffness measurements. In conclusion, we provide the first evidence of the association of semaphorins with fibrosis in patients with NAFLD

Distinct Cytokine Profiles in Severe COVID-19 and Non-Alcoholic Fatty Liver Disease

Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is identified as a risk factor for developing severe COVID-19. While NAFLD is associated with chronic low-grade inflammation, mechanisms leading to immune system hyperactivation remain unclear. The aim of this prospective observational study is to analyze cytokine profiles in patients with severe COVID-19 and NAFLD. A total of 94 patients with severe COVID-19 were included. Upon admission, clinical and laboratory data were collected, a liver ultrasound was performed to determine the presence of steatosis, and subsequently, 51 were diagnosed with NAFLD according to the current guidelines. There were no differences in age, sex, comorbidities, and baseline disease severity between the groups. Serum cytokine concentrations were analyzed using a multiplex bead-based assay by flow cytometry. Upon admission, the NAFLD group had higher C-reactive protein, procalcitonin, alanine aminotransferase, lactate dehydrogenase, and fibrinogen. Interleukins-6, -8, and -10 and CXCL10 were significantly higher, while IFN-γ was lower in NAFLD patients. Patients with NAFLD who progressed to critical illness had higher concentrations of IL-6, -8, -10, and IFN-β, and IL-8 and IL-10 appear to be effective prognostic biomarkers associated with time to recovery. In conclusion, NAFLD is associated with distinct cytokine profiles in COVID-19, possibly associated with disease severity and adverse outcomes