Sık Görülen Değişken İmmün Yetmezlik Tanısı Olan Hastalarda Hla Sınıf I ve Hla Sınıf Iı Allellerinin Sıklığının Araştırılması

Common variable immunodeficiency (CVID) is a heterogeneous primary immunodeficiency disease characterized by poor response to vaccination and recurrent infections with B cell differentiation and antibody production defects. Although the etiological factors of this disease are not fully known, the common phenotype-genotype correlations in families with consanguineous marriages and variability of its prevalence among societies indicate specific gene loci susceptible to disease. Until now, monogenic genetic deficiencies have been identified in only 10% of CVID patients; therefore, the association of this disease with HLA alleles, a genetic factor, is important in terms of elucidating the immunological and genetic mechanisms of the disease. In this study; HLA class I and class II alleles were studied in CVID patients, disease-related gene regions were investigated and alleles that could cause disease susceptibility were determined by comparing with 300 healthy controls. Sixty-five patients who were diagnosed with CVID in Department of Immunology of Department of Pediatrics of Faculty of Medicine of Hacettepe University were included in the study. The patient group was divided into 2 groups: patients with gastrointestinal involvement(31 patients) and patients without gastrointestinal involvement(34 patients) and compared with the control group. DQ2 and DQ8 haplotypes, which are additional genetic factors to aid in the diagnosis of celiac disease, have been evaluated in patients with gastrointestinal involvement. HLA Class I (A, B and C) and Class II (DRB1, DQB1 and DQA1) alleles were studied in the Luminex device by DNA-based Sequence Specific Oligonucleotide method. In this study, 13 alleles that may be associated with CVID are defined. Four of these alleles have previously been reported in the literature. Six alleles thought to be protective alleles have also been reported. When compared with healthy controls, HLA B*16, HLA B*27, HLA B*35 and HLA C*04 alleles were significantly different at p <0.05 significance level. In addition, the more common observation of HLA C*12 allele in healthy controls than the patient group indicates the presence of a protective allele. HLA DRB1*04 showed a high frequency in the patient group in accordance with the literature. HLA DRB1*13 and HLA DRB1*15 alleles are commonly observed in the control group, indicating the presence of protective alleles. The frequencies of DQB1*0101, DQB1*0254, DQB1*0305, DQB1*0501, DQB1*0502, DQA1*0106, DQA1*0302 ve DQA1*0501 alleles were significantly higher than the healthy control group(p <0,05, %95 GA). In addition, the more frequent occurrence of DQB1 * 0604, DQA1 * 0102 and DQA1 * 0505 alleles in healthy controls compared to the patient group indicates the protection of these alleles. No significant results were obtained for DQ2 and DQ8 haplotypes in 31 patients with gastrointestinal findings. However, 4 of these 31 patients are celiac patients. DQ8 was positive in 3 of these 4 patients. In 64 patients with CVID, 16 patients had autoimmune findings. In these patients, B * 27, DRB1 * 13, DQB1 * 0254, DQB1 * 0302 and DQA1 * 0201 alleles showed a higher frequency than healthy controls. It is thought that the HLA alleles, which are different from the literature, originate from the diversity in the gene pool between the populations. The obtained data provide diagnostic clues as well as expanding the genotyping criteria for diagnosis of the disease.Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi (TYL-2018-17118).ONAY YAYIMLANMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI ETİK BEYAN TEŞEKKÜR ÖZET ABSTRACT İÇİNDEKİLER SİMGELER ve KISALTMALAR ŞEKİLLER TABLOLAR 1. GİRİŞ 2. GENEL BİLGİLER 2.1. PRİMER İMMÜN YETMEZLİKLER 2.2. SIK GÖRÜLEN DEĞİŞKEN İMMÜN YETMEZLİK 2.2.1. SGDİY SINIFLANDIRMASI 2.2.2. SGDİY HASTALARINDA KLİNİK 2.2.3. SGDİY GENETİK 2.2.4. SGDİY TANI VE TEDAVİ 2.3. MAJOR DOKU UYGUNLUK KOMPLEKSİ (MHC) 2.4. İNSAN LÖKOSİT ANTİJENİ (HLA) 2.4.1. SINIFLANDIRMA 2.4.2. ANTİJEN İŞLENMESİ VE SUNUMU 2.4.3. HLA NOMENKLATÜRÜ 2.4.4. MHC HASTALIK İLİŞKİSİ 3. BİREYLER VE YÖNTEMLER 3.1. BİREYLER 3.2. YÖNTEM 3.2.1. DNA İZOLASYONU 3.2.2. HLA SINIF I VE SINIF II TİPLENDİRMESİ 3.2.3. İSTATİSTİKSEL ANALİZLER 4. BULGULAR 4.1. KLİNİK DEĞERLENDİRME 4.2. HLA SINIF I VE SINIF II ALLEL SIKLIKLARI 5. TARTIŞMA 6. SONUÇLAR VE ÖNERİLER 7. KAYNAKLAR 8. EKLER EK-1: Tez Çalışması ile İlgili Etik Kurul İzinleri 9. ÖZGEÇMİŞ. Sık görülen değişken immün yetmezlik (SGDİY/CVID), B hücre farklılaşması ve antikor yapımında bozukluk ile seyreden, aşılara zayıf yanıt oluşması ve yinelenen enfeksiyonlar ile karakterize heterojen bir primer immün yetmezlik hastalığıdır. Bu hastalığın etiyolojik faktörleri tam olarak bilinmemekle beraber, toplumlar arasındaki prevalansın değişkenliği ve akraba evliliği olan ailelerde ortak fenotip-genotip korelasyonlarının görülmesi, hastalığa duyarlı belirli gen lokuslarına işaret etmektedir. Bugüne kadar CVID hastalarının ancak %10’nunda monogenik genetik eksiklikler tanımlanabilmiştir. Dolayısıyla, bu hastalığın, genetik bir faktör olan HLA allelleri ile olan ilişkisi, hastalığın immünolojik ve genetik mekanizmalarının aydınlatılması açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, CVID hastalarında HLA Sınıf I ve Sınıf II allelleri çalışılarak hastalık ile ilişkili gen bölgeleri araştırılmış ve 300 sağlıklı kontrol ile karşılaştırma yapılarak hastalık yatkınlığına neden olabilecek alleller tespit edilmiştir. Çalışmaya Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı İmmünoloji Bölümü’nde CVID tanısı alan 65 hasta dahil edilmiştir. Hasta grubu gastrointestinal tutulumu olan (31 hasta) ve olmayan (34 hasta) olmak üzere 2 gruba ayrılarak kontrol grubu ile karşılaştırılmıştır. Çölyak hastalarında tanıya yardımcı ek bir genetik faktör olan DQ2 ve DQ8 haplotipleri gastrointestinal tutulum olan hastalarda değerlendirilmiştir. HLA Sınıf I (A,B ve C) ve Sınıf II (DRB1, DQB1 ve DQA1) allelleri, DNA tabanlı-SSO yöntemiyle Luminex cihazında çalışılmıştır. Bu çalışmada CVID ile ilişkili olabilecek 13 allel tanımlanmıştır. Bunların 4 tanesi daha önce literatürde bildirilmiştir. Ayrıca koruyucu allel olarak düşünülen 6 allel bildirilmiştir. Sağlıklı kontroller ile karşılaştırıldığında, HLA Sınıf I grubundan B*16, B*27, B*35 ve C*04 allelleri için p <0,05 anlamlılık düzeyinde fark bulunmuştur. Bunun yanı sıra sağlıklı kontrollerde C*12 allelinin hasta grubuna göre daha yaygın gözlenmesi, koruyucu allel varlığına işaret etmektedir. HLA Sınıf II grubundan DRB1*04 alleli literatür ile uyumlu olarak hasta grubunda yüksek bir sıklık gösterirken; DRB1*13 ve DRB1* 15 allelleri kontrol grubunda yaygın gözlenerek koruyucu allel varlığını düşündürmektedir. DQB1*0101, DQB1*0254, DQB1*0305, DQB1*0501, DQB1*0502, DQA1*0106, DQA1*0302 ve DQA1*0501 allellerinin sıklıkları, sağlıklı kontrol grubuna göre anlamlı bir yükseklik göstermiştir (p <0,05, %95 GA). Aynı zamanda DQB1*0604, DQA1*0102 ve DQA1*0505 allellerinin hasta grubuna göre sağlıklı kontrollerde daha sık görülmesi bu allellerin koruyuculuğunu düşündürmektedir. Gastrointestinal bulgulara sahip 31 hastada DQ2 ve DQ8 haplotipleri için anlamlı sonuçlar elde edilememiştir. Ancak bu 31 hastadan 4’ü çölyak hastalığı ile takip edilmektedir. Bu 4 hastanın 3’ünde DQ8 pozitif saptanmıştır. CVID tanılı 64 hastalık serimizde, 16 hastada otoimmün bulgular saptanmıştır. Bu hastalarda B*27, DRB1*13, DQB1*0254, DQB1*0302 ve DQA1*0201 allelleri sağlıklı kontrollere göre yüksek bir sıklık göstermiştir. Literatürden farklı olarak elde edilen HLA allellerinin, popülasyonlar arasındaki gen havuzunda bulunan çeşitlilikten kaynaklandığı düşünülmektedir. Elde edilen veriler, hastalığın tanısına yönelik genotiplendirme kriterlerini genişletmek ile beraber tanıya yönelik ipuçları vermektedir

Expression of HLA class I and class II genes in patients with multiple skin warts

Human leukocyte antigens (HLAs), which are genetic markers that have critical roles in the immune response against pathogens, vary greatly among individuals. The aim of the study is to investigate the frequency of HLA class I (HLA-A, HLA-B and HLAC) and class II (HLA-DRB1, HLA-DQB1 and HLA-DQA1) genes in patients with multiple skin warts and to elucidate the role of these genes in the genetic susceptibility to skin warts. Peripheral venous blood samples were collected from 100 patients with multiple skin warts and 300 healthy individuals (controls). HLA typing was performed after DNA isolation from the blood samples. The HLA-A*02 (odds ratio [OR]: 0.12; p = 0.0019), HLA-DQA1*03:01 (OR: 0.45; p = 0.0017) and DQA1*05:01 (OR: 0.17; p < 0.0001) genes were significantly more prevalent in the patients than in the healthy individuals and were thus identified as risk genes. The HLA-DQA1*01:01 (OR: 0.17; p < 0.0001), HLA-DQA1*01:02 (OR: 0.17; p < 0.0001), HLA-DQA1*01:03 (OR: 0.11; p < 0.0001), HLA-DQA1*02:01 (OR:027; p<0.0001) and HLA-DQA1*05:05 (OR:0.16; p<0.0001) genes were classified as protective genes because of their low frequencies in the patients. The limitation of the study is that Human papillomavirus typing could not be performed while investigating the relationship between skin warts and HLA class I and class II genes. Our data suggest the role of HLA genes in the development of skin warts. However, other components of the major histocompatibility complex system and acquired factors of the immune system could also be involved and should be further investigated