Multiple sclerosis prevalence study the comparison of 3 coastal cities, located in the black sea and mediterranean regions of Turkey

The prevalence of multiple sclerosis (MS) has significantly increased all over the world. Recent studies have shown that Turkey has quite a high prevalence. The aim of this study is to estimate prevalence in the Mediterranean and Black Sea regions of Turkey and to compare the results. This study was designed as a door to door survey in 3 cities. One is located in the Mediterranean region (South), 2 are located in the Black Sea region (North). A previous validated form was used for screening in the field. The patients were examined first in the field, then in the regional health facility. McDonald criteria were used for the diagnosis. In total, 26 patients were diagnosed with MS. The prevalence was found to be 18.6/100,000 in Artvin (Black Sea region), 55.5/100,000 in Ordu, (Black Sea region), 52.00/100,000 in Gazipasa (Mediterranean region). The female/male ratio was 2.25. This study is the first prevalence study which was conducted in the Mediterranean City (South) of Turkey. The prevalence rate was found to be higher than expected in the Mediterranean city of Gazipasa. The results showed that the prevalence varies from region to region. Latitude difference was not observed

Kütle Spektrometrisi İle Proteinlerin Ubikitinasyon Bölgelerinin Düşük Derişimlerde Belirlenmesi

Post-translational modifications of proteins, such as phosphorylation, glycosylation, acetylation, ubiquitination and the other various post-translational modifications allow the regulation of many cellular functions and intracellular signaling events. Ubiquitination is a very common post-translational modification that plays a key role in the regulation and degradation of many protein groups. Analysis of ubiquitination and polyubiquitination is one of the most active study area in the field of proteomics. Ubiquitination is actively involved in the onset and progression of diseases such as cancer, metabolic syndromes, neurodegenerative diseases (Alzheimer, Parkinson, Huntington), inflammatory disorders, autoimmunity (the formation of antibodies against their own antigens in tissues), infection and muscular dystrophy. Identification of ubiquitination sites and enlightenment of the binding mechanisms for understanding the functions of ubiquitinated proteins are crucial in the development of diagnostic and therapeutic methods for diseases. Since the level of posttranslationally modified ubiquitinated proteins are very low in cells compared to their native forms, the detection of ubiquitination and ubiquitination sites is quite difficult. Analyzes needed for high sensitivity for the determination of ubiquitination sites are performed by using mass spectrometric techniques, where the most accurate and reliable results can be obtained in analyzes following a suitable enrichment method iv prior to the mass spectrometric analyses. In the scope of this thesis, based on the Histon 2B peptide and ubiquitinated Histon 2B peptide, basic analysis of the study was performed by optimizing various sample preparation and instrumental analysis parameters using Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF-MS). As a result of the analyses, it was determined that it is possible to observe the ubiquitination as a post-translational modification mass spectrometrically by interpreting the peptide signals in the spectra of the reference biomolecules. In the further studies, an E3 ubiquitin protein ligase UHRF1 (Ubiquitinlike, containing PHD and RING finger domains, 1) was selected as an ubiquitinating enzyme to elucidate the role of ubiquitination in cancer cell death. The downregulation of UHRF1 in UHRF1_siRNA transfected cells proved that UHRF1_ siRNAs are specific to UHRF1 according to data analysis results of simultaneous proteomics studies on UHRF1_siRNA transfected RKO cells and control RKO cells. A significant increase in the number of detected ubiquitinated proteins was observed after the enrichment studies performed with the immunoaffinity precipitation. Therefore, it was decided that an efficient enrichment method for ubiquitination detection assay is required for the trypsin digested peptides. In the last part of the thesis, the poly-L-Lysine immobilized sol-gel, poly-L-arginine immobilized sol-gel, poly-L-ornithine immobilized sol-gel, titanium, zirconium based sol-gels, sulfonyl group containing surface, silk and finally, the cotton materials were incubated with the digestion products of the monoubiquitinated Histone 2B peptide. As a result of this enrichment experiments, it was found that the material with the best signal of ubiquitination region was sulfonyl group containing anionic surface material and could be used for the enrichment of ubiquitinated peptides in advanced studies.ÖZET ............................................................................................................................ i ABSTRACT ................................................................................................................ iii TEŞEKKÜR ................................................................................................................. v İÇİNDEKİLER ............................................................................................................. vi ŞEKİLLER .................................................................................................................. ix SİMGELER VE KISALTMALAR ................................................................................. xii 1. GİRİŞ ................................................................................................................... 1 2. GENEL BİLGİLER ............................................................................................... 4 2.1. Ubikitin ve Ubikitinasyon .................................................................................. 4 2.2. Ubikitinasyon Bölgesi Tayini ............................................................................ 7 2.3. Tek Bir Protein İçin Ubikitinasyon Bölgesinin Belirlemesi ................................. 8 2.4. Ubikitinasyon Bölgelerinin Tanımlanmasında Kütle Spektrometrisi Temelli Proteomik Yaklaşımlar ............................................................................................ 9 2.4.1. Ubikitinasyon Bölgelerinin Kütle Spektrometresi İle Tanımlanmasının İlkeleri .................................................................................................................. 9 2.4.2. Ubikitinasyon Bölgelerinin MALDI-TOF-MS İle Tanımlanması ................ 12 2.4.3. LC-MS/MS İle Hedef Proteinin Ubikitinasyon Bölgelerinin Belirlenmesi .. 14 2.5. Proteom Düzeyinde Ubikitinasyon Bölgelerinin Tanımlanması ...................... 15 2.5.1. Hücrelerde Ubikitinasyona Uğramış Proteinlerin İzolasyonunda Ubikitin Etiketlenmesi ..................................................................................................... 15 2.5.2. Ubikitinasyona Uğramış Proteinlerin İzole Edilmesinde Anti-Ubikitin Antikorlarının Kullanımı ..................................................................................... 19 2.5.3. Ubikitin Bağlanma Bölgeleri Üzerinden Poliubikitinasyona Uğramış Proteinlerin Tanımlanması ................................................................................. 21 2.6. Proteom Düzeyinde Ubikitinasyon Bölgelerinin Tanımlanması İçin Ubikitin Kalıntılarının Profillenmesi .................................................................................... 23 2.6.1. Anti-Diglisin Lizin Antikorlarının Geliştirilmesi .......................................... 23 2.6.2. Diglisin Modifiye Lizinleri Hedefleyen Monoklonal Antikorların Üretim Stratejileri .......................................................................................................... 24 2.6.3. Anti-Diglisin Lizin Antikorlarının Karakterizasyonu ................................... 24 2.7.1. Ubikitın Kalıntısı İçeren Peptidlerin Anti-Diglisin Lizin Antikorları ile İmmünoçöktürülmesi ......................................................................................... 26 2.7.2. Ubikitinasyon Bölgelerınin Yanlış Keşif (False-Posıtıve) Tanımlanmasını Azaltmak İçin Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometrelerinin Kullanılması ..... 28 2.7.3. İzobarik Modifikasyonu Azaltmak İçin Kütle Spektrometresi Veritabanı Araması ve Örnek Hazırlamanın İyileştirilmesi .................................................. 28 2.8. C-Terminalinden Diglisin İle Modifiye Edilmiş Lizin İle Peptitlerin Tanımlanması .............................................................................................................................. 29 2.9. Ubikitinasyon Bölgelerinin Tanımlanmasının İyileştirilmesi İçin Proteomik Teknikler ............................................................................................................... 30 2.10. Ubikitin Kalıntısı Profilleme Yaklaşımının Kısıtlaması .................................. 30 2.11. Ubikitin Kalıntısı Profilleme Tekniğinin Uygulamaları ................................... 31 2.12. Protein Ubikitinasyonunun Farklı Düzenleyici Fonksiyonlarının Keşfi .......... 31 2.13. Özgün E3 Ligazları Tarafından Düzenlenmiş Ubikitinasyon İşlemlerini Profilleme .............................................................................................................. 32 2.14. Ubikitin Kalıntısı Görüntüleme Yaklaşımının Gelecekteki Uygulamaları ...... 33 2.14.1. Belirli Ubikitin Zinciri Bağlantısıyla Ubikitinasyon İşlemlerinin Belirlenmesi .......................................................................................................................... 33 2.14.2. Hücre Sinyal Yollarıyla Oluşan Ubikitinasyon İşlemlerinin Tayini .......... 33 2.14.3. Ubikitin Proteazom Sistemindeki Etkileşim Ağının Aydınlatılması ......... 33 3. DENEYSEL ÇALIŞMALAR ................................................................................... 35 3.1. Bölüm 1: Protein Ubikitinasyonunun Referans Biyomoleküller Üzerinde Kütle Spektrometrik Olarak İncelenmesi ........................................................................ 35 3.1.1. Referans Peptit Üzerinde Sıcaklığın Özgün Olmayan Ubikitinasyon Oluşumuna Etkisinin İncelenmesi ...................................................................... 38 3.2. Bölüm 2: Kütle Spektrometrik Yöntemlerle Kanser Hücrelerinde Ubikitin Protein Ligazlarının Rollerinin Aydınlatılması ........................................................ 41 3.2.1. Ubikitinasyon Veri Analizi ........................................................................ 41 3.2.2. Ubikitinasyon Üzerine Kurulan Hipotez ................................................... 42 3.2.3. UHRF1 siRNA Transfeksiyonu Yapılmış Rko Hücrelerinde Hücre Canlılığı Tayini ................................................................................................................. 43 3.2.4. UHRF1 siRNA Transfeksiyonu Yapılmış Ve İlaç Verilmiş RKO Hücrelerinde Hücre Canlılığı Tayini ................................................................... 44 3.2.5. UHRF1 siRNA Transfeksiyonu Yapılmış RKO Hücreleri Üzerinde Etiketsiz Proteomiks Çalışması ........................................................................................ 44 3.2.6. Ubikitin Kalıntı Motifi (K-E-GG) İmmünoafinite Küreleri’ Ni Kullanılarak Hücre Lizatlarından Ubikitinasyona Uğramış Peptitlerin Zenginleştirilmesi İçin UHRF1 siRNA Transefksiyonu Yapılmış RKO Hücreleri Ve Kontrol RKO Hücreleri Üzerinde Gerçekleştirilen Proteomiks Çalışmaları ............................. 46 3.2.7. Ubikitinasyona Uğramış Proteinleri Ve Peptitleri Belirlemek Amacıyla HCT116, RKO AND A375 Hücreleri Üzerinde Gerçekleştirilen Proteomiks Çalışmalarının Veri Analizleri ............................................................................ 48 3.2.8. UHRF1 siRNA Transfeksiyonu Yapılmış Hücrelerde Hücre Canlılığı Testi Sonuçları ........................................................................................................... 48 3.2.9. UHRF1 siRNA ve İlaç Transfeksiyonu Yapılmış Hücrelerde Hücre Canlılığı Testi Sonuçları .................................................................................................. 49 3.2.10. UHRF1 siRNA Transfeksiyonu Yapılmış RKO Hücreleri Üzerinde Etiketsiz Proteomiks Çalışması Sonuçları ......................................................... 54 3.2.11. Ubikitin Kalıntı Motifi (K-E-GG) İmmünoafinite Küreleri’ Ni Kullanılarak Hücre Lizatlarından Ubikitinasyona Uğramış Peptitlerin Zenginleştirilmesi İçin UHRF1 SİRNA Transefksiyonu Yapılmış RKO Hücreleri Ve Kontrol RKO Hücreleri Üzerinde Gerçekleştirilen Proteomiks Çalışmaları Sonuçları ............. 55 3.3. Bölüm 3: Ubikitinasyona Uğramış Peptidlerin Zenginleştirmesi İçin Kullanılabilecek Yüzeylerin Belirlenmesi ............................................................... 60 3.3.1. Kullanılan Yüzeyler .................................................................................. 61 3.3.2. Sülfonik Asit Fonksiyonel Grubu İçeren Adsorban Üzerinde Zenginleştirme .......................................................................................................................... 61 3.3.3. Metal İçeren Sol-Jel Yüzeylerde Zenginleştirme...................................... 63 3.3.4. PAMUK ve İPEK ÜZERİNDE ZENGİNLEŞTİRME .................................. 66 3.3.5 Poli-L-Lizin, Poli-L-Arjinin, Poli-L-Ornitin İçeren Sol-Jel Malzemeleri İle Zenginleştirme ................................................................................................... 68 4. SONUÇLAR .......................................................................................................... 73 4.1. Bölüm 1 İçin Sonuçlar .................................................................................... 73 4.2. Bölüm 2 İçin Sonuçlar .................................................................................... 74 4.3. Bölüm 3 İçin Sonuçlar .................................................................................... 76 5. KAYNAKLAR ........................................................................................................ 77 EKLER ...................................................................................................................... 88 ÖZGEÇMİŞ .............................................................................................................. 96Proteinlerin; fosforilasyon, glikozilasyon, asetilasyon, ubikitinasyon ve diğer posttranslasyonel modifikasyonları birçok hücresel işlevin ve hücre içi sinyal olaylarının düzenlemesine olanak sağlamaktadır. Ubikitinasyon; birçok protein grubunun düzenlenmesi ve bozunmasında anahtar rol oynayan, çok fazla rastlanan bir posttranslasyonel modifikasyon türüdür. Proteomiks alanında ubikitinasyon ve poliubikitinasyon analizleri, en aktif çalışma alanlarından biri olarak öne çıkmaktadır. Kanser, metabolik sendromlar, nörodejeneratif hastalıklar (Alzheimer, Parkinson, Huntington), inflamatuar bozukluklar, otoimmünite (kendi dokularındaki antijenlere karşı antikor oluşması), enfeksiyon ve kas erimesi gibi hastalıkların başlangıç ve ilerlemelerinde ubikitinasyon aktif olarak rol almaktadır. Ubikitinasyona uğramış protein fonksiyonlarının anlaşılması için ubikitinasyon bölgelerinin tespit edilmesi ve bağlanma mekanizmalarının aydınlatılması, hastalıkların teşhis ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde son derece önemlidir. Hücrelerde, ubikitinasyon posttranslasyonel modifikasyonuna uğramış protein düzeyi onların original haldeki derişimlerine göre oldukça düşük olduğundan, ubikitinasyon tayini ve ubikitinasyon bölgelerinin tespiti oldukça zordur. Ubikitinasyon bölgelerinin yüksek hassasiyet ile tayin edilmeleri, uygun bir zenginleştirme metodunu takiben gerçekleştirilen analizlerde en hassas ve güvenilir sonuçların elde edilebileceği kütle spektrometrik teknikler kullanılarak yüksek hassasiyette yapılmaktadır. Tez kapsamında, öncelikle ii Histon 2B peptidi ve ubikitinasyona uğramış Histon 2B peptidi model olarak alınmış ve araştırma laboratuvarımızda bulunan matriks yardımlı lazer desorpsiyon iyonlaşmalı uçuş zamanlı kütle spektrometresi (MALDI-TOF-MS) kullanılarak çeşitli örnek hazırlama ve cihaz analiz parametreleri optimize edilerek çalışmayla ilgili temel analizler gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizler sonucunda referans biyomoleküllere ait spektrumlardaki peptit sinyallerinin yorumlanması ile ubikitinasyon post-translasyonel modifikasyonun kütle spektrometrik olarak izlenmesinin mümkün olduğu tespit edilmiştir. İleri çalışmalarda ise, ubikitinasyon enzimi olarak kanser hücresi ölümünde ubikitinasyonun rolünü aydınlatmak için bir E3 ubikitin protein ligazı olan UHRF1 (Ubiquitin-like, containing PHD and RING finger domains, 1) seçilmiştir. UHRF1_siRNA’ ları verilmiş RKO hücreleri ve kontrol RKO hücreleri üzerine yürütülen eş zamanlı proteomiks çalışmalarında yapılan veri analizlerinin sonuçlarına göre, siRNA eklenen hücrelerde UHRF1 down-regülasyonu gözlenmesi, UHRF1_siRNA'larının UHRF1'e özgü olduğunu kanıtlamıştır. İmmünoafinite çöktürme ile gerçekleştirilen zenginleştirme çalışmalarından sonra tespit edilen ubikitinasyona uğramış proteinlerin sayısında büyük bir artış gözlenmiştir. Dolayısıyla tripsin parçalaması sonucu elde edilen peptitler üzerinde ubikitinasyon tayinine özgü etkin bir zenginleştirme işleminin gerçekleştirilmesinin şart olduğu sonucuna varılmıştır. Tezin son kısmında, amin fonksiyonel grupları içeren sol jel, poli-L-Lizin immobilize sol-jel, poli-L-arjinin immobilize sol-jel, poli-L-ornitin immobilize sol-jel, titanyum, zirkonyum ve tantalyum temelli sol-jeller, sülfonil grubu içeren anyonik yüzey, ipek ve son olarak pamuk malzemeleri monoubikitinasyona uğramış Histon 2B peptidinin parçalanma ürünleri ile inkübe edilmiştir. Bu zenginleştirme amaçlı gerçekleşetirilen deneyler sonucunda, ubikitinasyon bölgesine ait sinyalin en iyi gözlendiği malzemenin sülfonil grubu içeren anyonik yüzey malzemesi olduğu ve ileri çalışmalarda ubikitinasyona uğramış peptidlerin zenginleştirilme işleminde kullanılabileceği tespit edilmiştir

A research about building comfort on attached single family houses

İnsanların yaşadıkları mekanlarda sağlıklı ve üretken olmaları, fiziksel ve psikolojik olarak kişileri oldukça etkilemektedir. Bu nedenden ötürü; tüm yapılarda gereken konfor koşulları sağlanmalıdır. Bu konfor koşulları; “yapısal konfor koşulları” olarak nitelendirilmektedir. Yapıda; görsel, iklimsel, işitsel konfor koşulları bulunmaktadır ve yapının planlama ve uygulama aşamalarında göz önünde bulundurulmalıdır. Bu çalışma seçilen yerleşme alanında; bitişik nizamlı villa tipi konutlardaki yapısal konfor özelliklerini tespit etmek amacıyla yapılmıştır. Kullanıcıların konfor koşulları hakkındaki görüşlerini almak üzere bir anket çalışması yapılmış ve bu anket çalışmasında, ısıl konfor, görsel konfor, işitsel konfor vb. konular üzerinde sorular yöneltilmiştir.When people are healthy and productive at places where they live, their physical and psychological situations are effected positively. Because of this; comfort conditions must be got in all buildings. This comfort conditions are “building comfort conditions”. There are visiual, thermal, auditory comfort conditions in buildings and we must be careful in building design and applying ranks. This work is about determinig building comfort features in attached single family houses. For getting ideas from users about comfort conditions, we made inquiry and asked about thermal comfort, visiual comfort and auditory comfort

A chromatographic study of carbon monoxide adsorption on a clinoptilolite-containing natural zeolitic material

In this study, the equilibrium and kinetic parameters for CO adsorption on clinoptilolite-rich natural zeolitic material were determined by the concentration pulse chromatography technique. Experiments were carried out at different column temperatures (60-120°C) and interstitial carrier gas velocities (3.1-16.3 cm/s) using a clinoptilolite-rich natural zeolitic material packed column. The equilibrium and kinetic parameters were determined by matching the moments of the experimentally obtained response curves to the parameters in the mathematical model. The Henry's Law constants were found to decrease from 700 to 49 with increasing temperature. The heat of adsorption at low coverage was found to be 50.73 kJ/molK. The contributions from external film, macropore, and micropore diffusion resistances to mass transfer were determined, and the micropore diffusion resistance was found to be the major contributor. The micropore diffusivity as a function of crystal radius (Dc/rc 2) was determined and found to change between 5.72 × 10-4 and 1.34 × 10-2 s-1 in the temperature range studied.Turkish Republic State Planning Organizatio

Preparation and characterization of antibacterial cobalt-exchanged natural zeolite/poly(vinyl alcohol) hydrogels

In the present study, potential application of the local clinoptilolite-rich natural zeolite in formulation of antibacterial hydrogels was investigated. The zeolite powder exchanged with cobalt(II) ions was used in preparation of the zeolite/poly(vinyl alcohol) hydrogel films in different amounts. The films were physically crosslinked by the freezing-thawing method and characterized for their crystallinity, surface and cross sectional morphology, chemical composition, thermal behaviour, mechanical properties, swelling and dissolution behaviours, and antibacterial activities against a Gram-negative bacteria. The films with 0.48 wt% and higher cobalt-exchanged zeolite contents showed antibacterial activity. Addition of the zeolite powder in the formulations did not cause significant changes in the other properties of the films. © 2013 Springer Science+Business Media New York.DPT-2006 K120690Acknowledgments This study was financially supported by Turkish Republic Prime Ministry State Planning Organization (DPT-2006 K120690, Determination of Effects of Zeolite on Health on Cellular and Molecular Level). The reference clinoptilolite mineral with [95 wt% clinoptilolite content (27031, Castle Creek, Idaho) from Mineral Research, Clarkson, New York was kindly supplied by F. Mumpton. We would thank to Prof. Devrim Balköse for her valuable comments. We would also thank to Özen Özyurtsel and Selim Sel-imog?lu for their help in the experimental work

Antibacterial and bactericidal activity of nitric oxide-releasing natural zeolite

The zeolitic tuff from Gördes (Western Anatolia) was used as adsorbent for nitric oxide (NO) storage and release purposes. The NO loading of the zeolite was performed under 20mLmin -1 NO flow at 30°C and then the zeolite was purged with inert gas in order to remove the species that were reversibly adsorbed and in the gas phase (desorption). The total and reversible adsorption capacities of the zeolite were determined from the adsorption and desorption breakthrough curves, respectively. The NO-loaded zeolite exhibited antibacterial and bactericidal activities against Gram-negative (Escherichia coli) and Gram-positive bacteria (Bacillus subtilis) under physiological conditions. From the NO release kinetics, the diffusion coefficient of NO in the zeolite particle was determined. © 2010 Elsevier B.V.Turkish Republic Prime Ministry, State Planning Organization (DPT-2006K120690

Preparation and characterization of antibacterial cobalt-exchanged natural zeolite/poly(vinyl alcohol) hydrogels

In the present study, potential application of the local clinoptilolite-rich natural zeolite in formulation of antibacterial hydrogels was investigated. The zeolite powder exchanged with cobalt(II) ions was used in preparation of the zeolite/poly(vinyl alcohol) hydrogel films in different amounts. The films were physically crosslinked by the freezing-thawing method and characterized for their crystallinity, surface and cross sectional morphology, chemical composition, thermal behaviour, mechanical properties, swelling and dissolution behaviours, and antibacterial activities against a Gram-negative bacteria. The films with 0.48 wt% and higher cobalt-exchanged zeolite contents showed antibacterial activity. Addition of the zeolite powder in the formulations did not cause significant changes in the other properties of the films.Turkish Republic Prime Ministry State Planning Organization (DPT-2006 K120690