Isothermal amplification methods most used in the diagnosis of infections

Nükleik asit amplifikasyonu, enfeksiyonların, tümörlerin, genetik anormalliklerin tanısında ve adli tıpta en fazla kullanılan yöntemlerdendir. İzotermal amplifikasyon yöntemleri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) metoduna göre sabit sıcaklıkta yapılmasıyla karmaşıklığı azaltır. Bu yöntemler, kullanılan enzim çeşitliliği, primerler, duyarlılıkları ile özgüllükleri bakımından farklılıklar göstermektedir. Bu derlemede izotermal amplifikasyon yöntemlerinden en sık kullanılanları, prensipleri, kullanım alanları ve getirdikleri yenilikler ele alınmıştır.Isothermal amplification of nucleic acid is one of the most commonly used methods to identify the infections, tumors, genetic abnormalities, and in forensic medicine. As isothermal amplification methods can be performed at one reaction temperature under simple conditions they are less complex in comparison to Polymerase Chain Reaction (PCR). These methods differ from each other with the diversity of enzymes, primers used, sensitivity and specificity. In this review, the most commonly used isothermal amplification methods, their principles, areas of use and innovations brought about are discussed

Extended-spectrum ?-lactamases among cloacal Escherichia coli isolates in healthy broilers in Turkey

The aim of this study was to determine the prevalence and clonal typing of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)- producing Escherichia coli in healthy broilers in Turkey. Three hundred broiler cloacal samples were collected from various broiler slaughterhouses and inoculated on Levine agar plates supplemented with 2 μg/mL cefotaxime. Suspected strains were identified using a BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID Kit (Becton Dickinson, USA) and ESBL production was confirmed using an ESBL phenotypic confirmatory test. ESBL types were analyzed using PCR and sequencing. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was performed with XbaI for the clonal typing of ESBL-producing E. coli isolates. While 33 phenotypic ESBL-producing E. coli isolates were identified, eight of them had only the blaTEM-1. Twenty-five ESBL-producing isolates were detected. This research is the first on the investigation and detection of ESBL-producing E. coli isolates from broilers in Turkey. In this study, 8.3% ESBL-producing E. coli were isolated from the cloacal samples of broilers collected from slaughterhouses in Turkey. CTX-M-15 (80%) was the most frequently isolated ESBL type. Using PFGE analysis, it was determined that these isolates had clonal similarity

Determination of macro and trace element levels of serum, tears, saliva, and hair samples in kilis goats with icp-ms

This study is focused on the evaluation of macro and trace elements concentration including sodium (Na), potassium (K), calcium (Ca), magnesium (Mg), iron (Fe), copper (Cu), zinc (Zn), selenium (Se), nickel (Ni), titanium (Ti), manganese (Mn), cobalt (Co), and chromium (Cr) of the serum, saliva, tears, and hair samples in Kilis goats. The study involved 33 goats without clinical signs of disease. Individual serum, saliva, tears, and hair samples from each goat were collected for element quantifications through the inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) method after acid digestion in a microwave system. Element concentrations varied and depended on the sample type. The most predominant element in serum and saliva samples was Na (3559±55.2 and 3265±53.6 mg/L, respectively), followed by K>Ca>Mg. Potassium was the most abundant element analyzed in tears and hair samples (3506±305 and 4664±100.5 mg/L, respectively). The major trace element was Fe in all sample types except hair samples. Nickel was detected only in serum samples (83.9±6.35 μg/L) and Mn was detected only in hair samples (12903±3142 μg/L). In all samples, Co was below the detection limit. There was a significant correlation of some elements between serum and hair (Na, K, Mg, Cu), tears and hair (K, Mg, Fe), serum and tears (K) samples. Trace elements concentration did not pose a risk for deficiency or excess. It was concluded that tears and saliva are potential alternative materials for element analysis and simultaneous tears, saliva, and hair along with serum could be useful in predicting the inorganic metabolic status of goats

Clopidogrel responsiveness in chronic kidney disease patients with acute coronary syndrome

Objective: Cardiovascular diseases are the leading cause of death in patients with chronic kidney disease (CKD). There is conflicting evidence about effect of CKD on clopidogrel responsiveness. We aimed to evaluate the clopidogrel responsiveness in CKD patients with acute coronary syndrome (ACS). Methods: A total of 101 patients; 55 with moderate to severe CKD and 46 with normal renal function or mild CKD, hospitalized with ACS were included in our study. Multiplate test was used to determine clopidogrel responsiveness. Platelet aggregation results were presented as aggregation unit (AU)*min and values over 470 AU*min were accepted as clopidogrel low responders. Results: The 101 patients (mean age 64.76±8.67 years; 61 [60.4%] male) were grouped into the two study groups as follows: group 1; 55 patients with eGFR<60 ml/min/1.73 m2 and group 2; 46 patients with eGFR>60 ml/min/1.73 m2. 35 patients (34.7%) of the study population were found to have low response to clopidogrel (16 [34.8%] patients in group 1 and 18 [33.3%] patients in group 2, p=0.879) . There was no significant difference between group 1 and 2 for Multiplate test results (414.67±281.21 vs 421.56±316.19 AU*min, p=0.909). Clopidogrel low responsiveness were independently related to Multiplate test results of aspirin responsiveness (OR=1.004, CI 1.002–1.007, p=0.001) and hemoglobin (OR=0.727, CI 0.571–0.925, p=0.010). Multiplate results were also independently related to Multiplate test results of aspirin responsiveness (β=0.402, p<0.0001) and hemoglobin (β=-0.251, p=0.007). Conclusion: Platelet response to clopidogrel does not differ between patients with eGFR < 60 ml/min/1.73 m2 and eGFR>60 ml/min/1.73 m2

Studies on phenotypic and genotypic features of staphylococus aureus isolated from human and animals

YÖK Tez ID: 203821Bu çalışmanın amacı, Kırıkkale ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinden (46 mastitisli inek sütü, 35 inek meme başı derisi, 3 inek burun, 3 bakıcı el ve 9 bakıcı burun sürüntü örneğinden) izole edilen S. aureus izolatlarının E-test metoduyla çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık profillerini, plazmid ve Pulsed Field Gel Elektroforez (PFGE) analizleri ile de genotipik özelliklerini belirlemektir. E-test sonuçlarına göre, S. aureus izolatlarının penisilin G, tetrasiklin, eritromisin, oksasilin ve enrofloksasin dirençleri sırasıyla %85,4 (82), 39,6 (38), %5,2 (5), 3,1 (3) ve %1,0 (1) olarak belirlendi. Plazmid analizleri ile 9 farklı tipte plazmid profili belirlendi. Analizleri yapılan izolatların 87 (% 90,6) tanesinde 1,8-19 kb arasında değişen büyüklükte on farklı plazmid belirlendi ve izolatlarının 9 tanesinde (%9,4) plazmid saptanamadı. Plazmid paternleri P1 (Patern 1), P2,..., P9 olarak ifade edildi. PFGE tiplendirme verilerine göre S. aureus izolatları genetik yakınlık bakımından 42 farklı paterne ve 13 ana gruba (A, B, C, D, E, F,G, H, I, J, K,L, M) ayrıldı. İzolatların % 58,3'ü (56 adet) A, %16,7'si (16) B, %5,2'si (5) C, %5,2'si (5) G, % 3,1'i (3) D, % 2,1'i (2) E, 2,1'i (2) L, 2,1'i (2) M, % 1,0'ı (1) F, % 1,0'ı (1) H, % 1,0'ı (1) I, % 1,0'ı (1) J ve % 1,0'ı (1) K pulsotipinde gruplandırıldı. Sonuç olarak plazmid analizleri ve PFGE verilerine göre, Kırıkkale ve çevresindeki süt sığırcığı işletmelerinde sınırlı sayıda S. aureus klonunun varlığı saptandı. Anahtar Sözcükler: Antibiyotik direnci, MİK, Plazmid analizi, PFGE, S. aureus 1The aim of this study is to determine susceptibility patterns of several antibiotics to S. aureus strains isolated (46 from bovine milk samples with mastitis, 35 from bovine teat skins, 3 from bovine noses, 3 from caretaker hands and 3 from caretaker noses) from dairy farms in Kırıkkale province by E-tets and define genotypic characteristic of these isolates by plasmid and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) analysis. According to E-test results, the percentages of S. aureus isolates resistant to penicilin G, tetracycline, erythromycin, oxacilline, enrofloxacin were found to be 85,4 % (82), 39,6 % (38), 5,2 % (5), 3,1 % (3) and 1,0 % (1), respectively. Nine different types of plasmid profiles were determined in the isolates by plasmid analysis. In 87 (90.6 %) of the isolates, 10 different types of plasmids having the size between 1,8 -19 kb were determined while no plasmid was detected from the 9 (9.4 %) of the isolates. Plasmid patterns were defined as P1,?.,P9. Genetic relationships among S. aureus isolates were performed using PFGE method, 42 distinct PFGE patterns of S. aureus isolates were identified. Strains were assigned as 13 major lineage groups (A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M) with respected to the genetic relationships. The percentage of PFGE pulsotypes of strains were clustered as 58,3 % (56 samples) A, 16,7 % (16) B, 5,2 % (5) C, 5,2 % (5) G, 3,1 % (3) D, 2,1 % (2) E, 2,1 % (2) L, 2,1 % (2) M, 1,0 % (1) F, 1,0 % (1) H, 1,0 % (1) I, 1,0 % (1) J and 1,0 % (1) K, respectively. In conclusion; according to plasmid analysis and PFGE data, a limited number of S. aureus clones was detected in dairy farms in Kırıkkale province. Key Words: Antibiotic resistance, MIC, Plasmid analysis, PFGE, S. aureu

İnsan ve hayvan kökenli staphylococcus aureus izolatlarının fenotipik ve genotipik özellikleri üzerine çalışmalar

Tez (Doktora) -- Kırıkkale Üniversitesi87152

Nesne yönelimli ortak çalışma ortamı tasarımı ve uygulamaları

Bu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.ÖZET Bu çalışmanın amacı bilgisayar destekli ortak çalışma ortamı tasarlamak ve uygulamaktır. Geliştirilen ortam sanal bir masaya benzetilebilir. İnsanlar bu masanın etrafına bilgisayarları aracılığı ile toplanırlar. Bunun için bütün makinaların internet protokolü olan TCP/IP ile bir ağa bağlı olmaları yeterlidir. Geliştirilen bu sistem yardımı ile farklı binalarda, farklı şehirlerde hatta farklı ülkelerde yaşayan çeşitli gruplardaki insanlar, fiziksel olarak bir arada bulunmadan da birlikte çalışmalar yürütebilirler. Böylece dünyanın çeşitli bölgelerindeki insanların bu masa ile interaktif olarak bilgi değişimi yapabilmesi sağlanır. Nesne yönelimli bir yaklaşımla tasarlanıp, uygulanan bu sistemin en büyük avantajı gelişmeye açık bir mimariye sahip olmasıdır. ABSTRACT The aim of this study is to design and implement a whiteboard system. The developed application can be thought as a virtual table. People gather around this table via their computers. The only requirement is that computers must connect to some network with Internet protocol which is TCP/IP. With the help of this system people from different socities in different buildings, different cities and different countries can collobarate remotely without physically meeting. Thus people around the world can exchange information by using this virtual table. Since this sytem is designed and implemented using object-oriented approach it has an expandable architecture.ÖZET Bu çalışmanın amacı bilgisayar destekli ortak çalışma ortamı tasarlamak ve uygulamaktır. Geliştirilen ortam sanal bir masaya benzetilebilir. İnsanlar bu masanın etrafına bilgisayarları aracılığı ile toplanırlar. Bunun için bütün makinaların internet protokolü olan TCP/IP ile bir ağa bağlı olmaları yeterlidir. Geliştirilen bu sistem yardımı ile farklı binalarda, farklı şehirlerde hatta farklı ülkelerde yaşayan çeşitli gruplardaki insanlar, fiziksel olarak bir arada bulunmadan da birlikte çalışmalar yürütebilirler. Böylece dünyanın çeşitli bölgelerindeki insanların bu masa ile interaktif olarak bilgi değişimi yapabilmesi sağlanır. Nesne yönelimli bir yaklaşımla tasarlanıp, uygulanan bu sistemin en büyük avantajı gelişmeye açık bir mimariye sahip olmasıdır. ABSTRACT The aim of this study is to design and implement a whiteboard system. The developed application can be thought as a virtual table. People gather around this table via their computers. The only requirement is that computers must connect to some network with Internet protocol which is TCP/IP. With the help of this system people from different socities in different buildings, different cities and different countries can collobarate remotely without physically meeting. Thus people around the world can exchange information by using this virtual table. Since this sytem is designed and implemented using object-oriented approach it has an expandable architectur

Antibiotic resistance of staphylococci isolated from animals with mastitis and methicillin resistant staphylococcus aureus in animals

Bu derleme, son yıllarda yapılan çalışmalar ışığında Türkiye’de mastitisli ineklerden ve koyunlardan izole edilen stafilokoklarda antimikrobiyal direnç ile çiftlik ve pet hayvanlarında Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)’ların değerlendirilmesi amacıyla hazırlanmıştır. Çiftlik hayvanlarında çeşitli antibiyotiklerin yaygın kullanımı, bu hayvanlardan izole edilen bakterilerde antimikrobiyal direncin ortaya çıkmasını, prevalansını ve yayılmasını artırmaktadır. Bu bakteriler, doğrudan temas veya bu hayvanlardan elde edilen ürünlerle dolaylı olarak insanlara geçebilmekte ve insanlarda antibiyotiklerin etkisini azaltabilmektedir. Türkiye’de sütçü ineklerdeki mastitis etkenlerinin antibiyotik direnciyle ilgili çok sayıda çalışma yapılmıştır. En yaygın mastitis etkeni Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklar (KNS)’dır. Türkiye’de çeşitli bölgelerde kısıtlı sayıda bakterilerle yapılan çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre mastitislerden izole edilen S. aureus’larda penisilin grubu antibiyotiklere direncin (penisilin %19-90.7) diğer ülkelere göre (penisilin %12.5-61) daha yüksek olduğu görülmektedir. Nozokomiyal ve toplum ilişkili enfeksiyonlar ile pet ve çiftlik hayvanlarında MRSA’ların önemi giderek artmaktadır. Türkiye’de bakterilerde artan antibiyotik direncinin önlenmesi için hayvan kaynaklı bakterilerdeki direnç durumunun gözlenmesini sağlayacak ulusal izleme programlarının oluşturulmasına ve bu bakterilerdeki direncin moleküler düzeyde araştırıldığı daha çok çalışmaya ihtiyaç bulunmaktadır.The aim of this review is to evaluate antimicrobial resistance of staphylococci isolated from cows and sheep mastitis and Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in livestock and companion animals in the light of recent studies in Turkey. The widespread use of antimicrobial agents on livestock can cause the emergence, prevalence and spread of antimicrobial resistance in bacteria isolated from these animals. The antibiotic resistant of bacteria is transmitted to direct or through livestock products and reduced the efficacy of antimicrobial drugs in humans. A lot of studies on antibiotic resistance in bacteria isolated from dairy cows mastitis in Turkey have been published. Staphylococcus aureus and coagulase negative staphylococci (CNS) are the most common aetiological agents causing mastitis. In various regions of Turkey, according to the results obtained from studies carried on limited number of bacteria, resistance to penicillin group antibiotics (penicillin 19-90.7%) by S. aureus was higher than other countries (penicillin 12.5-61%). Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has become a pathogen of increasing importance in nosocomial infections, community-associated infections and pet and farm animals. Prevention of increasing antimicrobial resistance in bacteria needs national surveillance systems for antimicrobial resistance and molecular typing in bacteria isolated from food-producing animals