A Lock Free Approach To Parallelize The Cellular Potts Model: Application To Ductal Carcinoma In Situ

In the field of computational biology, in order to simulate multiscale biological systems, the Cellular Potts Model (CPM) has been used, which determines the actions that simulated cells can perform by determining a hamiltonian of energy that takes into account the influence that neighboring cells exert, under a wide range of parameters. There are some proposals in the literature that parallelize the CPM; in all cases, either lockbased techniques or other techniques that require large amounts of information to be disseminated among parallel tasks are used to preserve data coherence. In both cases, computational performance is limited. This work proposes an alternative approach for the parallelization of the model that uses transactional memory to maintain the coherence of the information. A Java implementation has been applied to the simulation of the ductal adenocarcinoma of breast in situ (DCIS). Times and speedups of the simulated execution of the model on the cluster of our university are analyzed. The results show a good speedup

Modelos para el análisis comparativo de herramientas de software: Una revisión sistemática de la literatura

El análisis comparativo es el proceso mediante el cual se analiza el uso de determinadas herramientas de software bajo criterios de evaluación con la finalidad de determinar cuál es la más adecuada para el contexto seleccionado. Dicho análisis requiere modelos y sus elementos (procedimientos, prácticas, técnicas y herramientas, entre otros) bajo los cuales debe ser llevado a cabo para obtener los mejores resultados sobre el objeto de estudio. (OBJETIVOS) En este estudio se busca identificar modelos y sus elementos propuestos para la realización de análisis comparativo de herramientas para el desarrollo de software. (MÉTODOS) Para la identificación de los modelos y sus elementos se realizó una revisión sistemática de la literatura en las bases de datos reconocidas. (RESULTADOS) De un total de 1226 artículos revisados, se identificaron 32 artículos que hacen referencia a 8 modelos y sus elementos para la realización de análisis comparativo. Además se puede señalar que los modelos de análisis comparativo en la industria de software son utilizados para la evaluación de herramientas y/o metodologías de desarrollo de software. (CONCLUSIONES) Se puede concluir que existen diversos modelos y sus elementos para la realización de análisis comparativo en el ámbito de desarrollo de software siendo el modelo de definición de criterios el más utilizado en los estudios primarios seleccionados para la evaluación de herramientas y/o metodologías en el ámbito de la ingeniería de software.Trabajo de investigació

Software Engineering with Transactional Memory Versus Locks in Practice

Transactional Memory (TM) promises to simplify parallel programming by replacing locks with atomic transactions. Despite much recent progress in TM research, there is very little experience using TM to develop realistic parallel programs from scratch. In this article, we present the results of a detailed case study comparing teams of programmers developing a parallel program from scratch using transactional memory and locks. We analyze and quantify in a realistic environment the development time, programming progress, code metrics, programming patterns, and ease of code understanding for six teams who each wrote a parallel desktop search engine over a fifteen week period. Three randomly chosen teams used Intel’s Software Transactional Memory compiler and Pthreads, while the other teams used just Pthreads. Our analysis is exploratory: Given the same requirements, how far did each team get? The TM teams were among the first to have a prototype parallel search engine. Compared to the locks teams, the TM teams spent less than half the time debugging segmentation faults, but had more problems tuning performance and implementing queries. Code inspections with industry experts revealed that TM code was easier to understand than locks code, because the locks teams used many locks (up to thousands) to improve performance. Learning from each team’s individual success and failure story, this article provides valuable lessons for improving TM.Karlsruhe Institute of Technology (Excellence Initiative