Optimal Step Length EM Algorithm (OSLEM) for the estimation of haplotype frequency and its application in lipoprotein lipase genotyping

Background: Haplotype based linkage disequilibrium (LD) mapping has become a powerful and cost-effective method for performing genetic association studies, particularly in the search for genetic markers in linkage disequilibrium with complex disease loci. Various methods (e.g. Monte-Carlo (Gibbs sampling); EM (expectation maximization); and Clark's method) have been used to estimate haplotype frequencies from routine genotyping data. Results: These algorithms can be very slow for large number of SNPs. In order to speed them up, we have developed a new algorithm using numerical analysis technology, a so-called optimal step length EM (OSLEM) that accelerates the calculation. By optimizing approximately the step length of the EM algorithm, OSLEM can run at about twice the speed of EM. This algorithm has been used for lipoprotein lipase (LPL) genotyping analysis. Conclusions: This new optimal step length EM (OSLEM) algorithm can accelerate the calculation for haplotype frequency estimation for genotyping data without pedigree information. An OSLEM on-line server is available, as well as a free downloadable version

Bioinformática aplicada à unificação dos bancos de histocompatibilidade dos laboratórios de imunogenética do Hospital de Clínicas e Genética Molecular Humana da UFPR

Resumo: O Laboratório de Imunogenética do Hospital das Clínicas (LIHC) da Universidade Federal do Paraná (UFPR) dispõe de um grande volume de dados de tipagens HLA de familiares de pacientes, que foram cadastrados em um banco com o objetivo de serem doadores de medula. Por esse motivo, é desejável que este banco de doadores teoricamente neutro e não viciado possa ser utilizado em estudos de genética de populações como banco de controle. O Laboratório de Genética Molecular Humana (LGMH) da UFPR possui um banco de dados de indivíduos do Paraná que é utilizado como controle. Este trabalho teve como propósito principal a unificação dos bancos de dados do LIHC com o banco de dados do LGMH, com o objetivo secundário de determinar se o banco do LIHC pode ser empregado como banco controle(grupo de indivíduos). Foram criadas páginas e scripts para unificação, classificação e limpeza dos dados. Foi utilizado banco de dados PostgreSQL e linguagem de programação PHP. Um perfil dos bancos foi traçado através do programa PyPop e Arlequin. Descobriu-se que o banco do LIHC pode ser usado como controle em virtude da análise realizada. Porém a análise demonstrou que houve diferença estatística somente para três especificidades distintas das 43 observada para a etnia branca e nenhuma para a etnia mulata. Este resultado foi obtido para o cálculo de frequências comparativas do genes HLA-DRB1 em comparativo com o banco controle do LGMH. Por fim, os scripts e páginas criados para separação e organização dos dados permitem a realização de pesquisas em tempo menor, bem como a garantia de dados padronizados no futuro

Reproductive behaviour and the evolutionary history of the hybridogenetic complex Squalius alburnoides : (Pisces, Cyprinidae)

Tese de doutoramento em Biologia (Biologia Evolutiva), apresentada à Universidade de Lisboa através da Faculdade de Ciências, 200