Molecular Dynamic Simulation on High Performance Infrastrucutres

This thesis covers comparison between different computer platforms of high performance computing while performing molecular dynamics simulations, which falls under very complex problems and needs lots of processing power. Our goal was to critically evaluate different platforms while solving molecular dynamics, so we used 1 to 16 processor cores on a computer cluster and one and two graphics processing units (GPU) for simulations. The results will be used while planning on buying new computer hardware for biomolecular simulations. We used time needed for simulations and platform scalability as our benchmarks. For comparing speed in biomolecular simulations we used ns/day for comparison. Ns/day tells us how many nanoseconds is a system capable of simulating in one day. For this thesis we simulated a large hydrated MAO B protein with endogen phenylethylamine substrate. The simulated system is extremely important for neuroscience, since it regulates levels of biogenic amines, which have an essential part in neuro signal transmitting. The results have shown us that the use of GPUs is significantly faster than regular processors when it comes to molecular dynamics. Moreover it is also the most cost effective platform for classical molecular dynamics. From the perspective of scalability it makes sense to only use one GPU at the time, since the speed-up when using two GPUs is lower than expected

REAL-TIME DATA MINING FOR PROCESS OPERATIONS USING GRAPHICS PROCESSING UNIT (GPU)-BASED HIGH PERFORMANCE COMPUTING

Ph.DDOCTOR OF PHILOSOPH

Laskennallisten avaruussäämallien kehittäminen, validointi ja käyttö

Currently the majority of space-based assets are located inside the Earth's magnetosphere where they must endure the effects of the near-Earth space environment, i.e. space weather, which is driven by the supersonic flow of plasma from the Sun. Space weather refers to the day-to-day changes in the temperature, magnetic field and other parameters of the near-Earth space, similarly to ordinary weather which refers to changes in the atmosphere above ground level. Space weather can also cause adverse effects on the ground, for example, by inducing large direct currents in power transmission systems. The performance of computers has been growing exponentially for many decades and as a result the importance of numerical modeling in science has also increased rapidly. Numerical modeling is especially important in space plasma physics because there are no in-situ observations of space plasmas outside of the heliosphere and it is not feasible to study all aspects of space plasmas in a terrestrial laboratory. With the increasing number of computational cores in supercomputers, the parallel performance of numerical models on distributed memory hardware is also becoming crucial. This thesis consists of an introduction, four peer reviewed articles and describes the process of developing numerical space environment/weather models and the use of such models to study the near-Earth space. A complete model development chain is presented starting from initial planning and design to distributed memory parallelization and optimization, and finally testing, verification and validation of numerical models. A grid library that provides good parallel scalability on distributed memory hardware and several novel features, the distributed cartesian cell-refinable grid (DCCRG), is designed and developed. DCCRG is presently used in two numerical space weather models being developed at the Finnish Meteorological Institute. The first global magnetospheric test particle simulation based on the Vlasov description of plasma is carried out using the Vlasiator model. The test shows that the Vlasov equation for plasma in six-dimensionsional phase space is solved correctly by Vlasiator, that results are obtained beyond those of the magnetohydrodynamic (MHD) description of plasma and that global magnetospheric simulations using a hybrid-Vlasov model are feasible on current hardware. For the first time four global magnetospheric models using the MHD description of plasma (BATS-R-US, GUMICS, OpenGGCM, LFM) are run with identical solar wind input and the results compared to observations in the ionosphere and outer magnetosphere. Based on the results of the global magnetospheric MHD model GUMICS a hypothesis is formulated for a new mechanism of plasmoid formation in the Earth's magnetotail.Avaruuteen lähetetyistä laitteista suurin osa sijaitsee Maan magnetosfäärissä, missä ne altistuvat avaruussäälle. Avaruussäällä tarkoitetaan Maan lähiavaruuden läpötilan, magneettikentän ja muiden ominaisuuksien päivittäistä vaihtelua auringosta jatkuvasti virtaavan plasman - aurinkotuulen - vuoksi. Avaruussäällä voi olla haitallisia vaikutuksia myön Maan pinnalla, esimerkkinä sähkönsiirtoverkkoihin indusoituvat suuret tasavirrat. Tietokoneiden laskentateho on kasvanut eksponentiaalisesti jo vuosikymmenien ajan, minkä seurauksena myös laskennallisen mallinnuksen merkitys tieteelle on kasvanut huomattavasti. Laskennallinen mallintaminen on erityisen tärkeää avaruusplasmafysiikassa, sillä aurinkokunnan ulkopuolelta ei ole suoria mittauksia, eikä kaikkia avaruusplasman ominaisuuksia voida tutkia maanpäällisissä laboratorioissa. Supertietokoneiden laskentaytimien määrän kasvaessa myös laskennallisten mallien rinnakkaisesta suorituskyvystä on tullut ratkaisevan tärkeää. Väitöskirja koostuu johdannosta ja neljästä vertaisarvioidusta julkaisusta joissa kuvataan laskennallisten avaruussäämallien kehittämistä ja käyttöä Maan lähiavaruuden tutkimiseen. Avaruussäämallien kaikki kehittämisaskeleet käydään läpi alkaen alustavasta suunnittelusta ja toteutuksesta, jaetun muistin rinnakkaistuksesta ja laskentanopeuden optimoinnista aina testaukseen ja validointiin asti. Väitöskirjan yhteydessä on suunniteltu ja toteutettu rinnakkainen hila jota käytetään tällä hetkellä kahdessa Ilmatieteen laitoksella kehitettävässä avaruussäämallissa. Näistä toisen, Vlasovin yhtälöllä plasmaa mallintavan Vlasiatorin, täyden kuusiulotteisen faasiavaruuden (kolme paikka- ja kolme nopeusulottuvuutta) käsittävällä magnetosfääritestillä on osoitettu mallin toimivuus ja soveltuvuus Maapallon koko magnetosfäärin mallintamiseen nykyisillä supertietokoneilla. Ensimmäistä kertaa on myös vertailtu neljän eri avaruussäämallin (BATS-R-US, GUMICS, OpenGGCM, LFM) tuottamia ennusteita Maan lähiavaruudesta käyttäen samaa aurinkotuulisyötettä