The Iranian Integrated Care Electronic Health Record

E-health plays a crucial role in E-government by proposing healthcare services based on information technology. However, the way to administer these services by using E-health solutions is one of the challenging issues. One of these significant challenges is how one integrates heterogeneous healthcare information of the different point of care systems. This paper introduces the Iranian integrated care electronic health record using the information gathered from several point-of-care systems in healthcare enterprises in Iran. This service-oriented architecture has a remarkable characteristic - its accessibility to medical knowledge and medical concepts through archetypes and ontology, respectively. The Ministry of Health and Medical Education of the Islamic Republic of Iran has designed and implemented this national architecture

Biomedical informatics and translational medicine

Biomedical informatics involves a core set of methodologies that can provide a foundation for crossing the "translational barriers" associated with translational medicine. To this end, the fundamental aspects of biomedical informatics (e.g., bioinformatics, imaging informatics, clinical informatics, and public health informatics) may be essential in helping improve the ability to bring basic research findings to the bedside, evaluate the efficacy of interventions across communities, and enable the assessment of the eventual impact of translational medicine innovations on health policies. Here, a brief description is provided for a selection of key biomedical informatics topics (Decision Support, Natural Language Processing, Standards, Information Retrieval, and Electronic Health Records) and their relevance to translational medicine. Based on contributions and advancements in each of these topic areas, the article proposes that biomedical informatics practitioners ("biomedical informaticians") can be essential members of translational medicine teams

Мікросервіс парсингу і аналізу текстів, що отримуються з електронної медичної картки

Загальний обсяг роботи: 73 сторінки, 12 ілюстрацій, 19 таблиць, перелік посилань із 20 найменувань. Актуальність теми. Галузь аналізу великих даних, зокрема медичних, стрімко розвивається, і є великий попит на інструменти що дозволяють вилучати точкову інформацію з різного роду форматів даних. Медична інформація характеризується великим об’ємом різнорідних даних та, як і будь яка система обміну даними, певною мірою доповнюється мета інформацію, через збитковості даних часто виникають ситуації коли аналіз уповільнюється в рази, а інколи взагалі стає неможливим. Ці інструменти мають бути швидкими та гнучкими для забезпечення аналізу великих об’ємів даних. На разі, існує доволі мало рішень для парсингу повідомлень HL7 на платформі JVM, найпоширенішій платформі для розробки, а іcнуючі мають дуже низку швидкість парсингу точкової інформації. Мета та задачі дослідження. Метою даної роботи є удосконалення існуючих рішень для парсинга повідомлень медичного стандарту HL7. Задачею дослідження є реалізація парсера повідомлень стандарту HL7, що є більш ефективною для обробки великих масивів даних. Вирішення поставлених завдань та досягнуті результати. Було запропоновано розробку парсера на базі Scala та бібліотеки для побудови синтаксичного аналізатора Parboiled2, що мають достатньо можливостей для покращення роботи уже існуючого інструмента HAPI HL7 Terser для JVM платформи та Akka http для забезпення REST API та можливості впровадження як міні сервісу. Створений парсер було порівняно з HAPI HL7 Terser на наборі даних, що моделює отримання різної інформації з повідомлення. Об’єкт дослідження. Парсери повідомлень медичного стандарту HL7 Предмет дослідження. Граматика та структура медичного стандарту HL7 Методи дослідження. Досліджується структура повідомлення медичного стандарту HL7, його формат, особливості. Аналізуються інструменти, необхідні для створення парсера для таких повідомлень, а саме інструментарій створення синтаксичного аналізатора на основі граматик, інструменти для побудови DSL для запитів інформації. Наукова новизна Рішення що використовує Scala та Parboiled2 для покращення виконання задач парсингу інформаціїз медичного формату HL7. На разі, існує єдиний аналог для JVM, що дозволяє отримати будь-яку інформацію з повідомлення, це – HAPI HL7 Terser. За допомогою рішень, описаних в цій роботі, швидкість парсингу повідомлень збільшилась в середньому у 8 разів. Практичне значення одержаних результатів Розроблене рішення дозволяє отримати різнородну інформацію з повідомлення медичного стандрата HL7 на порядок швидше за існуючі аналоги на платформі JVM.The thesis contains 73 pages, 12 figures, 19 tables, 20 references. Relevance. The branch of analysis of large data, in particular medical, is rapidly developing, and there is a great demand for tools that allow to extract point information from various types of data formats. Medical information is characterized by a large amount of heterogeneous data and, like any data exchange system, the information is supplemented to a certain extent with information, due to the loss of data, situations often arise where the analysis slows down at times, and sometimes even becomes impossible. These tools should be fast and flexible to provide analysis of large amounts of data. At the moment, there are quite a few solutions for parsing HL7 messages on the JVM platform, a common development platform, and there are a lot of speed of parsing of point information. Purpose. The purpose of this work is to improve existing solutions for parsing messages of medical standard HL7. The task of the study is the implementation of the message parser standard HL7, which is more efficient for processing large data sets. Results. It was suggested to develop a parser based on Scala and a library for building Parboiled2 parser that have enough opportunities to improve the work of the existing HAPI HL7 Terser tool for the JVM platform and Akka http for the sake of the REST API and the possibility of implementing a mini service. The created parser was comparable to the HAPI HL7 Terser on a data set, simulating the receipt of various information from the message. Object of research. Message parsers of medical standard HL7. Subject of research. Grammar and structure of medical standard HL7. Research methods. The structure of the report of the medical standard HL7, its format, features is investigated. The tools needed to create a parser for such messages are analyzed, namely the tools for creating a grammar-based parser, tools for building DSL for information requests. Scientific novelty The solution uses Scala and Parboiled2 to improve the performance of information parsing tasks from medical format HL7. At the moment, there is only one analog for the JVM, which allows you to get any information from the message, it's HAPI HL7 Terser. With the help of the solutions described in this work, the message parsing speed has increased by an average of 8 times. Practical value. The developed solution allows you to obtain heterogeneous information from the medical standard HL7 message an order of magnitude faster than existing analogues.Общий объем работы: 73 страницы, 12 иллюстраций, 19 таблиц, перечень ссылок из 20 наименований. Актуальность темы. Отрасль анализа больших данных, в частности медицинских, стремительно развивается, и есть большой спрос на инструменты позволяющие изымать точечную информацию из различного рода форматов данных. Медицинская информация характеризуется большим объемом разнородных данных и, как и любая система обмена данными, в определенной степени дополняется цель информацию, из-за убыточности данных часто возникают ситуации, когда анализ замедляется в разы, а иногда вообще становится невозможным. Эти инструменты должны быть быстрыми и гибкими для обеспечения анализа больших объемов данных. На данный момент, существует довольно мало решений для парсинга сообщений HL7 на платформе JVM, распространенной платформе для разработки, а иcнуючи имеют очень ряд скорость парсинга точечной информации. Цель и задачи исследования. Целью данной работы является совершенствование существующих решений для парсинга сообщений медицинского стандарта HL7. Задачей исследования является реализация парсера сообщений стандарта HL7, что является более эффективной для обработки больших массивов данных. Решение поставленных задач и достигнутые результаты Было предложено разработку парсера на базе Scala и библиотеки для построения синтаксического анализатора Parboiled2, что имеют достаточно возможностей для улучшения работы уже существующего инструмента HAPI HL7 Terser для JVM платформы и Akka http для забезпення REST API и возможности внедрения мини сервиса. Созданный парсер было сравнимо с HAPI HL7 Terser на наборе данных, моделирующий получения различной информации из сообщения. Объект исследования Парсеры сообщений медицинского стандарта HL7. Предмет исследования Грамматика и структура медицинского стандарта HL7. Методы исследования Исследуется структура сообщение медицинского стандарта HL7, его формат, особенности. Анализируются инструменты, необходимые для создания парсера для таких сообщений, а именно инструментарий создания синтаксического анализатора на основе грамматик, инструменты для построения DSL для запросов информации. Научная новизна Решение использующий Scala и Parboiled2 для улучшения выполнения задач парсинга информации из медицинского формата HL7. На данный момент, существует единственный аналог для JVM, что позволяет получить любую информацию из сообщения, это - HAPI HL7 Terser. С помощью решений, описанных в этой работе, скорость парсинга сообщений увеличилась в среднем в 8 раз. Практическое значение полученных результатов. Разработанное решение позволяет получить разнородных информацию из сообщения медицинского стандрат HL7 на порядок быстрее существующих аналогов

Proposta de solução para a interoperabilidade de sistemas na plataforma Elder Care

Dissertação apresentado à Escola Superior de Tecnologia e Gestão do IPL para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática - Computação Móvel, orientada pelo Professor Doutor Rui Rijo.A população mundial regista um acentuado e acelerado envelhecimento ao mesmo tempo que os recursos humanos, materiais e financeiros necessários para prestar cuidados adequados aos idosos são cada vez menores. A população idosa requer, entre outros, cuidados continuados, e os seus familiares têm dificuldade na resposta a essas necessidades. Com o intuito de ajudar a ultrapassar essas dificuldades, decorre um enorme esforço de investigação orientado ao desenvolvimento de vários sistemas que têm como objectivo o bem-estar biopsicossocial dos idosos. No entanto, para que estes sistemas possam trabalhar como um todo coerente e eficaz é necessária uma plataforma integradora. Não foi identificada uma plataforma que conseguisse realizar a interligação de sistemas heterogéneos e que possibilitasse a interligação de todos estes sistemas. Neste documento é apresentado o estudo inicial realizado, a arquitectura resultante e o inicio do desenvolvimento do protótipo, de uma plataforma completa de integração de sistemas, para aplicações que abrangem diversas áreas do bem-estar biopsicossocial. Esta plataforma possibilita também o armazenamento de dados, a recepção de eventos e o tratamento de alertas. No que toca a integração de sistemas, um dos grandes desafios é encontrar uma solução que consiga partilhar o conhecimento que cada sistema representa. A abordagem utilizada como tentativa de resolução deste desafio, consiste numa ontologia por permitir definir um domínio conceptual passível de ser partilhado e aumentado. Para que o conhecimento seja disponibilizado, é necessário que cada sistema inseria o seu conhecimento na ontologia, seguindo um conjunto de regras fornecidas. A representação do conhecimento é efectuado pelo seu conteúdo semântico, possibilitando a agentes inteligentes efectuar as pesquisar e cruzar informação. Cada sistema armazena dados nesta plataforma, através da criação de uma estrutura de dados personalizada. Esta estrutura é criada com recurso a metadados, sendo única para cada sistema. Os dados recolhidos por cada sistema vão compor um conjunto de informação relevante para cada idoso. O problema da monitorização tem sempre associado o problema da notificação. Os sistemas de monitorização podem utilizar um serviço de lançamento de eventos, que desencadeia uma acção de validação, que pode transformar o evento num alerta. Quando um alerta é recebido, são efectuadas notificações com base no tipo de alerta que foi recebido. Com a implementação da arquitetura apresentada é possível disponibilizar um sistema de integração de plataformas, que armazena dados utilizando metadados e que consiga partilhar o conhecimento pelo seu conteudo semântico, utilizando ontologias

Clinical foundations and information architecture for the implementation of a federated health record service

Clinical care increasingly requires healthcare professionals to access patient record information that may be distributed across multiple sites, held in a variety of paper and electronic formats, and represented as mixtures of narrative, structured, coded and multi-media entries. A longitudinal person-centred electronic health record (EHR) is a much-anticipated solution to this problem, but its realisation is proving to be a long and complex journey. This Thesis explores the history and evolution of clinical information systems, and establishes a set of clinical and ethico-legal requirements for a generic EHR server. A federation approach (FHR) to harmonising distributed heterogeneous electronic clinical databases is advocated as the basis for meeting these requirements. A set of information models and middleware services, needed to implement a Federated Health Record server, are then described, thereby supporting access by clinical applications to a distributed set of feeder systems holding patient record information. The overall information architecture thus defined provides a generic means of combining such feeder system data to create a virtual electronic health record. Active collaboration in a wide range of clinical contexts, across the whole of Europe, has been central to the evolution of the approach taken. A federated health record server based on this architecture has been implemented by the author and colleagues and deployed in a live clinical environment in the Department of Cardiovascular Medicine at the Whittington Hospital in North London. This implementation experience has fed back into the conceptual development of the approach and has provided "proof-of-concept" verification of its completeness and practical utility. This research has benefited from collaboration with a wide range of healthcare sites, informatics organisations and industry across Europe though several EU Health Telematics projects: GEHR, Synapses, EHCR-SupA, SynEx, Medicate and 6WINIT. The information models published here have been placed in the public domain and have substantially contributed to two generations of CEN health informatics standards, including CEN TC/251 ENV 13606